Retrouvez les profils et publications de toute l’équipe du laboratoire.
Le groupe expérimental que je dirige, travaille à l’isolement de nouveaux membres des familles de virus géants déjà connues et à la découverte de nouvelles familles en prospectant des environnements exotiques et en utilisant d’autres hôtes qu’Acanthamoeba. Des études de génomiques, transcritomiques et protéomiques sont systématiquement réalisées afin d’étudier l’évolution des virus dont nous disposons, ainsi que les échanges possibles entre chacun des virus et leurs hôtes cellulaires. Dans ce contexte, il est nécessaire de coordonner nos efforts avec le groupe de bioinformaticiens du laboratoire. Nous développons également les outils analytiques nécessaires à l’étude de la physiologie de nos virus géants en combinant de la génétique, de la biologie structurale et de la biologie cellulaire avec de l’expression in vivo et de l’imagerie par microscopie électronique et à fluorescence
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Je participe à la remise en culture d’échantillons environnementaux dans le but d’isoler de nouveaux virus infectant A. castellanii et de les caractériser (profils protéique, extraction d’ADN, visualisation en coloration négative, analyse des cycles infectieux en microscopie optique (DAPI)).
Je suis également chargé de l’installation du modèle Paramecium au laboratoire (mise en culture et maintien des cellules).
Je développe et met en place des protocoles d’ouverture de nos virus géants qui permettrons de réaliser l’étude de l’organisation de l’ADN des Mimiviridae, d’identifier en conditions natives la présence d’activité enzymatiques dans les virions (endonucléases, RNAses, Méthylases…).
Des protocoles de défibrillation permettront également de caractériser les sucres composant les fibrilles des capsides des différents virus de la famille des Megaviridae dont nous disposons au laboratoire.
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Au sein du groupe expérimental du laboratoire je partage mon activité entre la biologie cellulaire/virologie et la microscopie électronique. Je participe à l’étude de l’origine et du devenir de l’ADN des virus géants au cours de leurs cycles infectieux ainsi qu’à celle des virophages qui parasitent les virus géants. Je gère et entretiens les stocks de virus pour notre usage et celui de collaborateurs français et internationaux. En parallèle de mon activité expérimentale, je suis l’assistant de prévention du laboratoire.
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Les Mimiviridae sont une famille de virus géants infectant des micro-organismes unicellulaires, les amibes. Mais l'histoire ne s'arrête pas la, ces virus géants sont eux même parasités par d'autres virus appelés virophages et ont la particularité d'être associés à des éléments mobiles d'ADN nommés transpovirons. J'étudie donc un système à 4 partenaires complexes combinant une cellule hôte eucaryote, un virus géant, un virophage et un transpoviron. Mon sujet de thèse porte sur l'étude des interactions entre ces entités par des approches multi-omiques. De plus, je m'intéresse à l'intégration, la diversité et l'évolution des transpovirons.
Mots clefs : Virus géants – Génomique – Transcriptomique – Protéomique – Métagénomique – Mobilome
I am a Uruguayan postdoctoral fellow which join the lab with the objective to advance in the molecular tractability of giant viruses. For that, we aim to apply the CRISPR/Cas9 technology in Acanthamoeba in order to modify the genome of several types of viruses.
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Ingénieure d'études en biochimie, je travaille à la caractérisation de protéines riches en cystéines de virus géant, incluant les métalloprotéines. La caractérisation de ces protéines est réalisée en utilisant des approches pluridisciplinaires combinant des études biochimiques, fonctionnelles et structurales"
Je fais partie du projet ERC VIREVOL. En tant qu’ingénieure d’études en microbiologie, j’effectue des missions allant de la production de virus à la production et la caractérisation de protéines, selon les besoins du laboratoire.
BioSketch :
Jean-Michel Claverie is full professor of Genomics and Bioinformatics at the School of Medicine of Aix-Marseille University, director of the Mediterranean Institute of Microbiology, and head of the Structural and Genomic Information Laboratory, a unit of the French National Research Center (CNRS) that he founded in 1996.
He got his initial training both in biochemistry, computer science and theoretical particle physics at the University of Paris and combined his multidisciplinary education into a Doctorate (Dr. Sc.) on the subject of mathematical modeling of biological system in 1977. He then successively hold research positions at the Jacques Monod Institute (CNRS) in Paris, then at the Salk Institute in La Jolla, before creating in 1982 one of the first pre-Internet era computational biology laboratory at the Pasteur Institute (Paris) where he remained until 1990. He then returned to the USA, at the National Center for Biotechnology Information (NCBI, NLM-NIH, Bethesda) where he participated to the exciting beginning of the genomic era, as a NIH senior Fogarty scientist, until 1995. Before returning to France, he spent one year as director of bioinformatics at Incyte pharmaceuticals (Palo Alto).
Owing to his theoretical background, Jean-Michel Claverie worked on a wide range of topics ranging from the mathematical modeling of ultracentrifugation experiments, microbial and human genetics, cellular immunology, and more recently microbial genomics. Following the discovery and initial characterization of Mimivirus, the first "giant" virus in 2003, he then focused on the search for more giant and/or unconventional viruses in increasingly exotic environments. In the last ten years, his laboratory described four new families encompassing the largest known viruses in terms of particle and genome sizes : the Mega/Mimiviridae, the Pandoraviruses, Pithovirus and Mollivirus. The last two viruses were revived from 30,000 year-old Siberian permafrost, opening the field of "Paleovirology". While continuously searching for more ancient and/or exotic viruses, his laboratory is also involved in deciphering the biology and evolutionary origin of these giant viruses. The laboratory’s approaches include structural, molecular, and cellular biology, high throughput proteomics, genome and transcriptome sequencing, environmental sampling, large-scale comparative genomics and metagenomics, together with the development of relevant bioinformatics methods for sequence analysis and data mining.
Dr. Jean-Michel Claverie co-authored more than 220 scientific publications, as well as the best-seller book "Bioinformatics for Dummies". He was a member of the Board of reviewing editors of Science for 10 years (2002-2012). He was recipient of the CNRS Silver medal in 2003, and a Knight in the National Order of the Academic Palms (2016).
EDUCATION 1977 Dr. Sc. "Mathematical modelling and simulation of biological systems", Institut Jacques Monod, University Paris 7, France 1972 Master (DEA) in Biochemistry, University Paris 7, Paris, France 1973 Master (DEA) in Applied Computer Science, Univ. Paris 6, Paris, France 1974 Master (DEA) in Theoretical Physics, University Paris 6 & 7 & 11, Paris, France
CURRENT POSITION(S) 2004 – today Professor of Medicine (PU/PH), Biostatistics and Genomics, Aix-Marseille Univ. & APHM 2008 – today Head, Mediterranean Institute of Microbiology (CNRS-AMU), France 1995 – today Founder & head, Structural & Genomic Information Lab. (CNRS-AMU), Marseille, France
PREVIOUS POSITIONS 1996 – 2004 Senior CNRS researchers (Director level 1) 1990 – 1995 Senior Fogarty visiting Scientist, NCBI-National Institutes of Health, Bethesda, USA 1982 – 1992 Head of laboratory (Computational Biology), Institut Pasteur, Paris, France 1989 – 1990 Professor of Immunology, Rouen University, Rouen, France 1975 – 1995 CNRS researcher (from junior to director grade, with on leave periods when abroad)
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Je suis en charge de la sécurité des Systèmes d’Information.
Je suis postdoctorante en CDD et je fais partie de l'équipe expérimentale du projet ERC-VIREVOL. Mon activité vise à caractériser certains aspects structurels des virus géants, en utilisant la biologie cellulaire et moléculaire ainsi que la microscopie électronique.
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Mes centres d’intérêt principaux concernent l’évolution des organismes et des génomes ; et plus particulièrement l’évolution des virus géants et de leurs hôtes cellulaires, dont les trajectoires évolutives s’entrecroisent.
Mon travail de thèse s’articule en deux axes complémentaires :
Analyse génomique d’un virus en particulier, CeV, qui infecte une algue ; et comparaison avec les autres membres de sa famille pour étudier les modes d’évolutions de ces virus.
Analyse des séquences virales présentes dans les assemblages eucaryotes, afin de
étendre le spectre de séquences virales étudiées en s’affranchissant des restrictions dues aux méthodes classiques d’obtention de matériel génétique de virus (isolation de virions à partir d’hôtes cultivables, connus) tout en conservant les informations liées à leur écologie, en partie perdues lors d’analyses métagénomiques
mettre en évidence les processus par lesquels l’interaction des virus géants avec des cellules a mené à l’évolution du génome de ces dernières, et expliciter ces innovations génétiques.
Thèse soutenue le 7 novembre 2017:
Génomique des virus géants, des virophages, et échanges génétiques avec leurs hôtes eucaryotes
Discipline : Biologie
Spécialité : Génomique et Bioinformatique
jury :
Elisabeth Herniou Rapportrice
Marie-Agnès Petit Rapportrice
Gwenaël Piganeau Examinatrice
Christophe Robaglia Examinateur
Guillaume Blanc Co-directeur de thèse
Jean-Michel Claverie Co-directeur de thèse
I am a French Structural Biochemist. Following undergraduate studies at Aix-Marseille University, I obtained a PhD in Physics at Joseph Fourier University in Grenoble in 1998. In 1999, I joined the labs of Profs. John Tainer and Elizabeth Getzoff at the Scripps Research Institute La Jolla (USA) for my postdoctoral studies focused on structural biochemistry of metalloproteins. In 2008, I started my own lab as a tenure-track Assistant Professor in the Department of Chemistry and Biochemistry at the University of Maryland Baltimore County (USA), and was promoted to Associate Professor with tenure in 2015. I have spent most of my scientific career in the United States with a focus on structural and functional characterizations of metalloproteins. From August 2018 to July 2019, I had the opportunity to join the Laboratoire d’Information Génomique et Structurale (IGS) led by Dr. Chantal Abergel as a Visiting Scientist, applying my expertise to the lab’s study of giant viruses. In 2019, I obtained an A*MIDEX Chaire d’Excellence for three years and I am currently a Professor at Aix-Marseille University where I teach Biochemistry. Finally, I lead a small team to study new metabolic pathways in giant viruses at the IGS where my expertise in structural biology, metalloproteins, and protein-nucleic acid interactions complements the laboratory savoir-faire.
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Je travaille sur le projet ERC VIREVOL du laboratoire qui a pour but de percer les secrets des virus géants. Je partage mon activité entre biologie moléculaire, biologie cellulaire, virologie, biochimie et microscopie électronique.
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