CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.


***  vegf  ***

B-factor analysis for ID 240125104642330507

Overall B-factor prediction

%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !

B-factors for all residues

Residue-by-residue B-factor prediction for CA atoms

B-factors are computed based on the first 100 normal modes (B-PREDICT) and are scaled to match the overall B-factors in the submitted model (B-SCALED). A high correlation with the observations is an indicator that the normal modes capture well the overall flexibility features of the model. Comparison of the observed (B-OBS, blue) and the computed (B-SCALED, red) B-factors for all C-alpha atoms is presented below. Differences between B-factors from normal mode analysis and from X-ray crystallographic data may for example indicate regions where the protein flexibility is modified due to external factors such as tight crystall-packing.

  ATOM TYP  RES  RESID   B-PREDICT    B-SCALED      B-OBS
B-SCALEDB-OBS
     5 CA   GLU      1      0.0420      0.0000      0.0000
    20 CA   VAL      2      0.0206      0.0000      0.0000
    36 CA   VAL      3      0.0158      0.0000      0.0000
    52 CA   LYS      4      0.0160      0.0000      0.0000
    74 CA   PHE      5      0.0107      0.0000      0.0000
    94 CA   MET      6      0.0143      0.0000      0.0000
   111 CA   ASP      7      0.0162      0.0000      0.0000
   123 CA   VAL      8      0.0097      0.0000      0.0000
   139 CA   TYR      9      0.0082      0.0000      0.0000
   160 CA   GLN     10      0.0127      0.0000      0.0000
   177 CA   ARG     11      0.0100      0.0000      0.0000
   201 CA   SER     12      0.0077      0.0000      0.0000
   212 CA   TYR     13      0.0092      0.0000      0.0000
   233 CA   CYX     14      0.0098      0.0000      0.0000
   243 CA   HID     15      0.0128      0.0000      0.0000
   268 CA   PRO     16      0.0145      0.0000      0.0000
   274 CA   ILE     17      0.0140      0.0000      0.0000
   293 CA   GLU     18      0.0138      0.0000      0.0000
   308 CA   THR     19      0.0148      0.0000      0.0000
   322 CA   LEU     20      0.0138      0.0000      0.0000
   341 CA   VAL     21      0.0151      0.0000      0.0000
   357 CA   ASP     22      0.0150      0.0000      0.0000
   369 CA   ILE     23      0.0140      0.0000      0.0000
   388 CA   PHE     24      0.0218      0.0000      0.0000
   408 CA   GLN     25      0.0251      0.0000      0.0000
   425 CA   GLU     26      0.0193      0.0000      0.0000
   440 CA   TYR     27      0.0220      0.0000      0.0000
   469 CA   PRO     28      0.0303      0.0000      0.0000
   475 CA   ASP     29      0.0322      0.0000      0.0000
   487 CA   GLU     30      0.0255      0.0000      0.0000
   502 CA   ILE     31      0.0280      0.0000      0.0000
   521 CA   GLU     32      0.0226      0.0000      0.0000
   536 CA   TYR     33      0.0146      0.0000      0.0000
   557 CA   ILE     34      0.0119      0.0000      0.0000
   576 CA   PHE     35      0.0100      0.0000      0.0000
   596 CA   LYS     36      0.0088      0.0000      0.0000
   626 CA   PRO     37      0.0090      0.0000      0.0000
   632 CA   SER     38      0.0103      0.0000      0.0000
   643 CA   CYX     39      0.0112      0.0000      0.0000
   653 CA   VAL     40      0.0107      0.0000      0.0000
   677 CA   PRO     41      0.0125      0.0000      0.0000
   683 CA   LEU     42      0.0136      0.0000      0.0000
   702 CA   MET     43      0.0144      0.0000      0.0000
   719 CA   ARG     44      0.0154      0.0000      0.0000
   743 CA   CYX     45      0.0140      0.0000      0.0000
   753 CA   GLY     46      0.0133      0.0000      0.0000
   760 CA   GLY     47      0.0097      0.0000      0.0000
   767 CA   CYX     48      0.0070      0.0000      0.0000
   777 CA   CYX     49      0.0071      0.0000      0.0000
   787 CA   ASN     50      0.0074      0.0000      0.0000
   801 CA   ASP     51      0.0069      0.0000      0.0000
   813 CA   GLU     52      0.0054      0.0000      0.0000
   828 CA   GLY     53      0.0076      0.0000      0.0000
   835 CA   LEU     54      0.0083      0.0000      0.0000
   854 CA   GLU     55      0.0103      0.0000      0.0000
   869 CA   CYX     56      0.0112      0.0000      0.0000
   879 CA   VAL     57      0.0159      0.0000      0.0000
   903 CA   PRO     58      0.0173      0.0000      0.0000
   909 CA   THR     59      0.0242      0.0000      0.0000
   923 CA   GLU     60      0.0257      0.0000      0.0000
   938 CA   GLU     61      0.0231      0.0000      0.0000
   953 CA   SER     62      0.0246      0.0000      0.0000
   964 CA   ASN     63      0.0178      0.0000      0.0000
   978 CA   ILE     64      0.0147      0.0000      0.0000
   997 CA   THR     65      0.0139      0.0000      0.0000
  1011 CA   MET     66      0.0115      0.0000      0.0000
  1028 CA   GLN     67      0.0121      0.0000      0.0000
  1045 CA   ILE     68      0.0099      0.0000      0.0000
  1064 CA   MET     69      0.0102      0.0000      0.0000
  1081 CA   ARG     70      0.0113      0.0000      0.0000
  1105 CA   ILE     71      0.0114      0.0000      0.0000
  1124 CA   LYS     72      0.0146      0.0000      0.0000
  1154 CA   PRO     73      0.0139      0.0000      0.0000
  1160 CA   HIE     74      0.0179      0.0000      0.0000
  1177 CA   GLN     75      0.0232      0.0000      0.0000
  1194 CA   GLY     76      0.0225      0.0000      0.0000
  1201 CA   GLN     77      0.0159      0.0000      0.0000
  1218 CA   HIE     78      0.0168      0.0000      0.0000
  1235 CA   ILE     79      0.0141      0.0000      0.0000
  1254 CA   GLY     80      0.0153      0.0000      0.0000
  1261 CA   GLU     81      0.0150      0.0000      0.0000
  1276 CA   MET     82      0.0131      0.0000      0.0000
  1293 CA   SER     83      0.0143      0.0000      0.0000
  1304 CA   PHE     84      0.0139      0.0000      0.0000
  1324 CA   LEU     85      0.0171      0.0000      0.0000
  1343 CA   GLN     86      0.0160      0.0000      0.0000
  1360 CA   HIE     87      0.0169      0.0000      0.0000
  1377 CA   ASN     88      0.0194      0.0000      0.0000
  1391 CA   LYS     89      0.0189      0.0000      0.0000
  1413 CA   CYX     90      0.0154      0.0000      0.0000
  1423 CA   GLU     91      0.0150      0.0000      0.0000
  1438 CA   CYX     92      0.0117      0.0000      0.0000
  1448 CA   ARG     93      0.0149      0.0000      0.0000
  1480 CA   PRO     94      0.0130      0.0000      0.0000
  1486 CA   LYS     95      0.0127      0.0000      0.0000
  1508 CA   LYS     96      0.0192      0.0000      0.0000
  1530 CA   ASP     97      0.0141      0.0000      0.0000
  1542 CA   ARG     98      0.0114      0.0000      0.0000
  1566 CA   ALA     99      0.0187      0.0000      0.0000
  1576 CA   ARG    100      0.0202      0.0000      0.0000
  1600 CA   GLN    101      0.0187      0.0000      0.0000
  1617 CA   GLU    102      0.0155      0.0000      0.0000
  1632 CA   ASN    103      0.0094      0.0000      0.0000
  1654 CA   PRO    104      0.0098      0.0000      0.0000
  1660 CA   CYX    105      0.0097      0.0000      0.0000
  1670 CA   GLY    106      0.0124      0.0000      0.0000
  1685 CA   PRO    107      0.0151      0.0000      0.0000
  1691 CA   CYX    108      0.0190      0.0000      0.0000
  1701 CA   SER    109      0.0318      0.0000      0.0000
  1712 CA   GLU    110      0.0381      0.0000      0.0000
  1727 CA   ARG    111      0.0282      0.0000      0.0000
  1751 CA   ARG    112      0.0193      0.0000      0.0000
  1775 CA   LYS    113      0.0171      0.0000      0.0000
  1797 CA   HIE    114      0.0149      0.0000      0.0000
  1814 CA   LEU    115      0.0240      0.0000      0.0000
  1833 CA   PHE    116      0.0265      0.0000      0.0000
  1853 CA   VAL    117      0.0379      0.0000      0.0000
  1869 CA   GLN    118      0.0383      0.0000      0.0000
  1886 CA   ASP    119      0.0644      0.0000      0.0000
  1906 CA   PRO    120      0.0837      0.0000      0.0000
  1912 CA   GLN    121      0.1393      0.0000      0.0000
  1929 CA   THR    122      0.1378      0.0000      0.0000
  1943 CA   CYX    123      0.1016      0.0000      0.0000
  1953 CA   LYS    124      0.0746      0.0000      0.0000
  1975 CA   CYX    125      0.0425      0.0000      0.0000
  1985 CA   SER    126      0.0473      0.0000      0.0000
  1996 CA   CYX    127      0.0679      0.0000      0.0000
  2006 CA   LYS    128      0.0628      0.0000      0.0000
  2028 CA   ASN    129      0.0432      0.0000      0.0000
  2042 CA   THR    130      0.0361      0.0000      0.0000
  2056 CA   ASP    131      0.0372      0.0000      0.0000
  2068 CA   SER    132      0.0466      0.0000      0.0000
  2079 CA   ARG    133      0.0422      0.0000      0.0000
  2103 CA   CYX    134      0.0474      0.0000      0.0000
  2113 CA   LYS    135      0.0644      0.0000      0.0000
  2135 CA   ALA    136      0.0731      0.0000      0.0000
  2145 CA   ARG    137      0.0743      0.0000      0.0000
  2169 CA   GLN    138      0.0898      0.0000      0.0000
  2186 CA   LEU    139      0.0718      0.0000      0.0000
  2205 CA   GLU    140      0.0837      0.0000      0.0000
  2220 CA   LEU    141      0.0606      0.0000      0.0000
  2239 CA   ASN    142      0.0667      0.0000      0.0000
  2253 CA   GLU    143      0.0602      0.0000      0.0000
  2268 CA   ARG    144      0.0522      0.0000      0.0000
  2292 CA   THR    145      0.0388      0.0000      0.0000
  2306 CA   CYX    146      0.0379      0.0000      0.0000
  2316 CA   ARG    147      0.0344      0.0000      0.0000
  2340 CA   CYX    148      0.0429      0.0000      0.0000
  2350 CA   ASP    149      0.0387      0.0000      0.0000
  2362 CA   LYS    150      0.0440      0.0000      0.0000
  2392 CA   PRO    151      0.0347      0.0000      0.0000
  2398 CA   ARG    152      0.0316      0.0000      0.0000
  2422 CA   ARG    153      0.0507      0.0000      0.0000
  2449 CA   GLU    154      0.0424      0.0000      0.0000
  2464 CA   VAL    155      0.0194      0.0000      0.0000
  2480 CA   VAL    156      0.0162      0.0000      0.0000
  2496 CA   LYS    157      0.0168      0.0000      0.0000
  2518 CA   PHE    158      0.0128      0.0000      0.0000
  2538 CA   MET    159      0.0164      0.0000      0.0000
  2555 CA   ASP    160      0.0169      0.0000      0.0000
  2567 CA   VAL    161      0.0115      0.0000      0.0000
  2583 CA   TYR    162      0.0110      0.0000      0.0000
  2604 CA   GLN    163      0.0154      0.0000      0.0000
  2621 CA   ARG    164      0.0150      0.0000      0.0000
  2645 CA   SER    165      0.0119      0.0000      0.0000
  2656 CA   TYR    166      0.0138      0.0000      0.0000
  2677 CA   CYX    167      0.0170      0.0000      0.0000
  2687 CA   HIE    168      0.0166      0.0000      0.0000
  2712 CA   PRO    169      0.0176      0.0000      0.0000
  2718 CA   ILE    170      0.0168      0.0000      0.0000
  2737 CA   GLU    171      0.0155      0.0000      0.0000
  2752 CA   THR    172      0.0135      0.0000      0.0000
  2766 CA   LEU    173      0.0103      0.0000      0.0000
  2785 CA   VAL    174      0.0108      0.0000      0.0000
  2801 CA   ASP    175      0.0093      0.0000      0.0000
  2813 CA   ILE    176      0.0087      0.0000      0.0000
  2832 CA   PHE    177      0.0129      0.0000      0.0000
  2852 CA   GLN    178      0.0192      0.0000      0.0000
  2869 CA   GLU    179      0.0170      0.0000      0.0000
  2884 CA   TYR    180      0.0160      0.0000      0.0000
  2913 CA   PRO    181      0.0199      0.0000      0.0000
  2919 CA   ASP    182      0.0206      0.0000      0.0000
  2931 CA   GLU    183      0.0120      0.0000      0.0000
  2946 CA   ILE    184      0.0124      0.0000      0.0000
  2965 CA   GLU    185      0.0141      0.0000      0.0000
  2980 CA   TYR    186      0.0095      0.0000      0.0000
  3001 CA   ILE    187      0.0060      0.0000      0.0000
  3020 CA   PHE    188      0.0047      0.0000      0.0000
  3040 CA   LYS    189      0.0043      0.0000      0.0000
  3070 CA   PRO    190      0.0046      0.0000      0.0000
  3076 CA   SER    191      0.0051      0.0000      0.0000
  3087 CA   CYX    192      0.0064      0.0000      0.0000
  3097 CA   VAL    193      0.0077      0.0000      0.0000
  3121 CA   PRO    194      0.0102      0.0000      0.0000
  3127 CA   LEU    195      0.0124      0.0000      0.0000
  3146 CA   MET    196      0.0149      0.0000      0.0000
  3163 CA   ARG    197      0.0158      0.0000      0.0000
  3187 CA   CYX    198      0.0194      0.0000      0.0000
  3197 CA   GLY    199      0.0171      0.0000      0.0000
  3204 CA   GLY    200      0.0149      0.0000      0.0000
  3211 CA   CYX    201      0.0142      0.0000      0.0000
  3221 CA   CYX    202      0.0138      0.0000      0.0000
  3231 CA   ASN    203      0.0107      0.0000      0.0000
  3245 CA   ASP    204      0.0128      0.0000      0.0000
  3257 CA   GLU    205      0.0176      0.0000      0.0000
  3272 CA   GLY    206      0.0195      0.0000      0.0000
  3279 CA   LEU    207      0.0191      0.0000      0.0000
  3298 CA   GLU    208      0.0239      0.0000      0.0000
  3313 CA   CYX    209      0.0216      0.0000      0.0000
  3323 CA   VAL    210      0.0265      0.0000      0.0000
  3347 CA   PRO    211      0.0261      0.0000      0.0000
  3353 CA   THR    212      0.0318      0.0000      0.0000
  3367 CA   GLU    213      0.0300      0.0000      0.0000
  3382 CA   GLU    214      0.0256      0.0000      0.0000
  3397 CA   SER    215      0.0247      0.0000      0.0000
  3408 CA   ASN    216      0.0214      0.0000      0.0000
  3422 CA   ILE    217      0.0154      0.0000      0.0000
  3441 CA   THR    218      0.0130      0.0000      0.0000
  3455 CA   MET    219      0.0098      0.0000      0.0000
  3472 CA   GLN    220      0.0091      0.0000      0.0000
  3489 CA   ILE    221      0.0062      0.0000      0.0000
  3508 CA   MET    222      0.0063      0.0000      0.0000
  3525 CA   ARG    223      0.0067      0.0000      0.0000
  3549 CA   ILE    224      0.0092      0.0000      0.0000
  3568 CA   LYS    225      0.0135      0.0000      0.0000
  3598 CA   PRO    226      0.0199      0.0000      0.0000
  3604 CA   HIE    227      0.0333      0.0000      0.0000
  3621 CA   GLN    228      0.0329      0.0000      0.0000
  3638 CA   GLY    229      0.0204      0.0000      0.0000
  3645 CA   GLN    230      0.0170      0.0000      0.0000
  3662 CA   HIE    231      0.0128      0.0000      0.0000
  3679 CA   ILE    232      0.0105      0.0000      0.0000
  3698 CA   GLY    233      0.0103      0.0000      0.0000
  3705 CA   GLU    234      0.0101      0.0000      0.0000
  3720 CA   MET    235      0.0098      0.0000      0.0000
  3737 CA   SER    236      0.0131      0.0000      0.0000
  3748 CA   PHE    237      0.0136      0.0000      0.0000
  3768 CA   LEU    238      0.0167      0.0000      0.0000
  3787 CA   GLN    239      0.0168      0.0000      0.0000
  3804 CA   HIE    240      0.0192      0.0000      0.0000
  3821 CA   ASN    241      0.0225      0.0000      0.0000
  3835 CA   LYS    242      0.0252      0.0000      0.0000
  3857 CA   CYX    243      0.0234      0.0000      0.0000
  3867 CA   GLU    244      0.0248      0.0000      0.0000
  3882 CA   CYX    245      0.0206      0.0000      0.0000
  3892 CA   ARG    246      0.0265      0.0000      0.0000
  3924 CA   PRO    247      0.0269      0.0000      0.0000
  3930 CA   LYS    248      0.0333      0.0000      0.0000
  3952 CA   LYS    249      0.0659      0.0000      0.0000
  3974 CA   ASP    250      0.0455      0.0000      0.0000
  3986 CA   ARG    251      0.0384      0.0000      0.0000
  4010 CA   ALA    252      0.0392      0.0000      0.0000
  4020 CA   ARG    253      0.0302      0.0000      0.0000
  4044 CA   GLN    254      0.0509      0.0000      0.0000
  4061 CA   GLU    255      0.0598      0.0000      0.0000
  4076 CA   ASN    256      0.0350      0.0000      0.0000
  4098 CA   PRO    257      0.0227      0.0000      0.0000
  4104 CA   CYX    258      0.0221      0.0000      0.0000
  4114 CA   GLY    259      0.0211      0.0000      0.0000
  4129 CA   PRO    260      0.0264      0.0000      0.0000
  4135 CA   CYX    261      0.0292      0.0000      0.0000
  4145 CA   SER    262      0.0346      0.0000      0.0000
  4156 CA   GLU    263      0.0380      0.0000      0.0000
  4171 CA   ARG    264      0.0248      0.0000      0.0000
  4195 CA   ARG    265      0.0183      0.0000      0.0000
  4219 CA   LYS    266      0.0197      0.0000      0.0000
  4241 CA   HIE    267      0.0309      0.0000      0.0000
  4258 CA   LEU    268      0.0332      0.0000      0.0000
  4277 CA   PHE    269      0.0314      0.0000      0.0000
  4297 CA   VAL    270      0.0465      0.0000      0.0000
  4313 CA   GLN    271      0.0552      0.0000      0.0000
  4330 CA   ASP    272      0.0946      0.0000      0.0000
  4350 CA   PRO    273      0.1377      0.0000      0.0000
  4356 CA   GLN    274      0.2016      0.0000      0.0000
  4373 CA   THR    275      0.1747      0.0000      0.0000
  4387 CA   CYX    276      0.1452      0.0000      0.0000
  4397 CA   LYS    277      0.0829      0.0000      0.0000
  4419 CA   CYX    278      0.0523      0.0000      0.0000
  4429 CA   SER    279      0.0432      0.0000      0.0000
  4440 CA   CYX    280      0.0357      0.0000      0.0000
  4450 CA   LYS    281      0.0473      0.0000      0.0000
  4472 CA   ASN    282      0.0543      0.0000      0.0000
  4486 CA   THR    283      0.0805      0.0000      0.0000
  4500 CA   ASP    284      0.0818      0.0000      0.0000
  4512 CA   SER    285      0.1207      0.0000      0.0000
  4523 CA   ARG    286      0.1102      0.0000      0.0000
  4547 CA   CYX    287      0.0799      0.0000      0.0000
  4557 CA   LYS    288      0.1167      0.0000      0.0000
  4579 CA   ALA    289      0.1476      0.0000      0.0000
  4589 CA   ARG    290      0.1317      0.0000      0.0000
  4613 CA   GLN    291      0.1234      0.0000      0.0000
  4630 CA   LEU    292      0.0856      0.0000      0.0000
  4649 CA   GLU    293      0.0717      0.0000      0.0000
  4664 CA   LEU    294      0.0454      0.0000      0.0000
  4683 CA   ASN    295      0.0357      0.0000      0.0000
  4697 CA   GLU    296      0.0275      0.0000      0.0000
  4712 CA   ARG    297      0.0196      0.0000      0.0000
  4736 CA   THR    298      0.0244      0.0000      0.0000
  4750 CA   CYX    299      0.0268      0.0000      0.0000
  4760 CA   ARG    300      0.0392      0.0000      0.0000
  4784 CA   CYX    301      0.0517      0.0000      0.0000
  4794 CA   ASP    302      0.0786      0.0000      0.0000
  4806 CA   LYS    303      0.1158      0.0000      0.0000
  4836 CA   PRO    304      0.1374      0.0000      0.0000
  4842 CA   ARG    305      0.2015      0.0000      0.0000
  4866 CA   ARG    306      0.2294      0.0000      0.0000

If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.