*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401041337523839295.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401041337523839295.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401041337523839295.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 400
First residue number = 1
Last residue number = 400
Number of atoms found = 5785
Mean number per residue = 14.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 78.510982 +/- 16.677114 From: 47.394000 To: 127.419000
= 78.506781 +/- 10.235788 From: 55.467000 To: 107.945000
= 78.501982 +/- 18.209699 From: 33.147000 To: 118.636000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.1687 % Filled.
Pdbmat> 3266251 non-zero elements.
Pdbmat> 359114 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 124.15 +/- 41.22
Maximum number = 243
Minimum number = 21
Pdbmat> Matrix trace = 7.182280E+06
Pdbmat> Larger element = 904.607
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
400 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401041337523839295.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401041337523839295.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401041337523839295.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5785 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 400 residues.
Blocpdb> 47 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 53 atoms in block 2
Block first atom: 48
Blocpdb> 36 atoms in block 3
Block first atom: 101
Blocpdb> 46 atoms in block 4
Block first atom: 137
Blocpdb> 39 atoms in block 5
Block first atom: 183
Blocpdb> 33 atoms in block 6
Block first atom: 222
Blocpdb> 56 atoms in block 7
Block first atom: 255
Blocpdb> 32 atoms in block 8
Block first atom: 311
Blocpdb> 36 atoms in block 9
Block first atom: 343
Blocpdb> 41 atoms in block 10
Block first atom: 379
Blocpdb> 31 atoms in block 11
Block first atom: 420
Blocpdb> 35 atoms in block 12
Block first atom: 451
Blocpdb> 39 atoms in block 13
Block first atom: 486
Blocpdb> 34 atoms in block 14
Block first atom: 525
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 559
Blocpdb> 39 atoms in block 16
Block first atom: 589
Blocpdb> 66 atoms in block 17
Block first atom: 628
Blocpdb> 37 atoms in block 18
Block first atom: 694
Blocpdb> 55 atoms in block 19
Block first atom: 731
Blocpdb> 42 atoms in block 20
Block first atom: 786
Blocpdb> 53 atoms in block 21
Block first atom: 828
Blocpdb> 51 atoms in block 22
Block first atom: 881
Blocpdb> 52 atoms in block 23
Block first atom: 932
Blocpdb> 43 atoms in block 24
Block first atom: 984
Blocpdb> 40 atoms in block 25
Block first atom: 1027
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 1067
Blocpdb> 45 atoms in block 27
Block first atom: 1092
Blocpdb> 41 atoms in block 28
Block first atom: 1137
Blocpdb> 50 atoms in block 29
Block first atom: 1178
Blocpdb> 40 atoms in block 30
Block first atom: 1228
Blocpdb> 45 atoms in block 31
Block first atom: 1268
Blocpdb> 41 atoms in block 32
Block first atom: 1313
Blocpdb> 39 atoms in block 33
Block first atom: 1354
Blocpdb> 51 atoms in block 34
Block first atom: 1393
Blocpdb> 39 atoms in block 35
Block first atom: 1444
Blocpdb> 43 atoms in block 36
Block first atom: 1483
Blocpdb> 46 atoms in block 37
Block first atom: 1526
Blocpdb> 41 atoms in block 38
Block first atom: 1572
Blocpdb> 32 atoms in block 39
Block first atom: 1613
Blocpdb> 50 atoms in block 40
Block first atom: 1645
Blocpdb> 48 atoms in block 41
Block first atom: 1695
Blocpdb> 51 atoms in block 42
Block first atom: 1743
Blocpdb> 54 atoms in block 43
Block first atom: 1794
Blocpdb> 45 atoms in block 44
Block first atom: 1848
Blocpdb> 52 atoms in block 45
Block first atom: 1893
Blocpdb> 31 atoms in block 46
Block first atom: 1945
Blocpdb> 44 atoms in block 47
Block first atom: 1976
Blocpdb> 44 atoms in block 48
Block first atom: 2020
Blocpdb> 44 atoms in block 49
Block first atom: 2064
Blocpdb> 42 atoms in block 50
Block first atom: 2108
Blocpdb> 28 atoms in block 51
Block first atom: 2150
Blocpdb> 43 atoms in block 52
Block first atom: 2178
Blocpdb> 45 atoms in block 53
Block first atom: 2221
Blocpdb> 45 atoms in block 54
Block first atom: 2266
Blocpdb> 32 atoms in block 55
Block first atom: 2311
Blocpdb> 47 atoms in block 56
Block first atom: 2343
Blocpdb> 31 atoms in block 57
Block first atom: 2390
Blocpdb> 43 atoms in block 58
Block first atom: 2421
Blocpdb> 55 atoms in block 59
Block first atom: 2464
Blocpdb> 45 atoms in block 60
Block first atom: 2519
Blocpdb> 52 atoms in block 61
Block first atom: 2564
Blocpdb> 39 atoms in block 62
Block first atom: 2616
Blocpdb> 49 atoms in block 63
Block first atom: 2655
Blocpdb> 42 atoms in block 64
Block first atom: 2704
Blocpdb> 32 atoms in block 65
Block first atom: 2746
Blocpdb> 34 atoms in block 66
Block first atom: 2778
Blocpdb> 47 atoms in block 67
Block first atom: 2812
Blocpdb> 72 atoms in block 68
Block first atom: 2859
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 2931
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 2981
Blocpdb> 44 atoms in block 71
Block first atom: 3026
Blocpdb> 28 atoms in block 72
Block first atom: 3070
Blocpdb> 57 atoms in block 73
Block first atom: 3098
Blocpdb> 53 atoms in block 74
Block first atom: 3155
Blocpdb> 38 atoms in block 75
Block first atom: 3208
Blocpdb> 57 atoms in block 76
Block first atom: 3246
Blocpdb> 57 atoms in block 77
Block first atom: 3303
Blocpdb> 68 atoms in block 78
Block first atom: 3360
Blocpdb> 54 atoms in block 79
Block first atom: 3428
Blocpdb> 57 atoms in block 80
Block first atom: 3482
Blocpdb> 31 atoms in block 81
Block first atom: 3539
Blocpdb> 42 atoms in block 82
Block first atom: 3570
Blocpdb> 42 atoms in block 83
Block first atom: 3612
Blocpdb> 42 atoms in block 84
Block first atom: 3654
Blocpdb> 47 atoms in block 85
Block first atom: 3696
Blocpdb> 72 atoms in block 86
Block first atom: 3743
Blocpdb> 35 atoms in block 87
Block first atom: 3815
Blocpdb> 33 atoms in block 88
Block first atom: 3850
Blocpdb> 41 atoms in block 89
Block first atom: 3883
Blocpdb> 28 atoms in block 90
Block first atom: 3924
Blocpdb> 61 atoms in block 91
Block first atom: 3952
Blocpdb> 58 atoms in block 92
Block first atom: 4013
Blocpdb> 47 atoms in block 93
Block first atom: 4071
Blocpdb> 57 atoms in block 94
Block first atom: 4118
Blocpdb> 55 atoms in block 95
Block first atom: 4175
Blocpdb> 41 atoms in block 96
Block first atom: 4230
Blocpdb> 50 atoms in block 97
Block first atom: 4271
Blocpdb> 62 atoms in block 98
Block first atom: 4321
Blocpdb> 43 atoms in block 99
Block first atom: 4383
Blocpdb> 36 atoms in block 100
Block first atom: 4426
Blocpdb> 66 atoms in block 101
Block first atom: 4462
Blocpdb> 42 atoms in block 102
Block first atom: 4528
Blocpdb> 37 atoms in block 103
Block first atom: 4570
Blocpdb> 28 atoms in block 104
Block first atom: 4607
Blocpdb> 35 atoms in block 105
Block first atom: 4635
Blocpdb> 31 atoms in block 106
Block first atom: 4670
Blocpdb> 34 atoms in block 107
Block first atom: 4701
Blocpdb> 49 atoms in block 108
Block first atom: 4735
Blocpdb> 24 atoms in block 109
Block first atom: 4784
Blocpdb> 29 atoms in block 110
Block first atom: 4808
Blocpdb> 32 atoms in block 111
Block first atom: 4837
Blocpdb> 38 atoms in block 112
Block first atom: 4869
Blocpdb> 28 atoms in block 113
Block first atom: 4907
Blocpdb> 52 atoms in block 114
Block first atom: 4935
Blocpdb> 35 atoms in block 115
Block first atom: 4987
Blocpdb> 31 atoms in block 116
Block first atom: 5022
Blocpdb> 57 atoms in block 117
Block first atom: 5053
Blocpdb> 43 atoms in block 118
Block first atom: 5110
Blocpdb> 37 atoms in block 119
Block first atom: 5153
Blocpdb> 46 atoms in block 120
Block first atom: 5190
Blocpdb> 37 atoms in block 121
Block first atom: 5236
Blocpdb> 47 atoms in block 122
Block first atom: 5273
Blocpdb> 51 atoms in block 123
Block first atom: 5320
Blocpdb> 35 atoms in block 124
Block first atom: 5371
Blocpdb> 45 atoms in block 125
Block first atom: 5406
Blocpdb> 39 atoms in block 126
Block first atom: 5451
Blocpdb> 38 atoms in block 127
Block first atom: 5490
Blocpdb> 35 atoms in block 128
Block first atom: 5528
Blocpdb> 45 atoms in block 129
Block first atom: 5563
Blocpdb> 42 atoms in block 130
Block first atom: 5608
Blocpdb> 39 atoms in block 131
Block first atom: 5650
Blocpdb> 42 atoms in block 132
Block first atom: 5689
Blocpdb> 44 atoms in block 133
Block first atom: 5731
Blocpdb> 11 atoms in block 134
Block first atom: 5774
Blocpdb> 134 blocks.
Blocpdb> At most, 72 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 11 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3266385 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17355
Prepmat> Matrix trace = 7182280.0000
Prepmat> Last element read: 17355 17355 293.2197
Prepmat> 9046 lines saved.
Prepmat> 7948 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5785
RTB> Total mass = 5785.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5785
RTB> Number of blocks = 134
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 242129.6423
RTB> 37482 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 804
Diagstd> Nb of non-zero elements: 37482
Diagstd> Projected matrix trace = 242129.6423
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 804 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 242129.6423
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2958802 0.5413835 0.8992301 1.1312234
1.5292155 2.1194058 2.2211083 2.7243310 3.0256569
3.4347934 4.0346017 4.7174572 5.8163922 5.9955186
6.3512690 7.4345670 7.9369285 8.4386592 9.1836475
9.7454670 10.1951053 10.7376393 11.2365934 11.7577810
12.4912037 12.9762451 14.3990153 15.0396432 16.1449513
17.4782157 18.1815388 18.7708982 19.4599808 20.3928378
21.0902115 21.2671898 22.0627153 22.8118938 23.6454362
23.9808057 24.9208130 25.7848312 26.8495364 26.9885511
28.5582658 29.0383621 29.5989524 30.2600578 31.2711472
31.4454799 32.7446168 33.3231654 34.3027791 34.3634735
36.3713147 36.9646382 37.5897893 38.7601372 39.1484516
39.8924740 40.4197220 41.1773565 41.5294156 42.2605464
43.8616500 44.2145730 44.8669753 45.3985098 47.4498534
48.3528596 49.1094588 49.9408530 50.4796301 51.8405497
52.4087209 52.8374628 53.7774083 54.8198514 56.0478990
56.2355960 57.4091077 58.0544906 59.5796771 59.6739375
61.0503498 61.7666615 62.4757800 63.6249289 64.3669756
65.5942195 65.8594639 67.6241473 68.3642551 68.8589190
70.0910891 70.8817966 72.0883813 72.8849577 73.5615782
75.2316796
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034306 0.0034323 0.0034328 0.0034335 0.0034344
0.0034351 59.0681272 79.9001854 102.9747380 115.4966719
134.2856548 158.0892505 161.8378673 179.2359883 188.8883254
201.2544957 218.1200636 235.8572678 261.8919342 265.8940741
273.6689558 296.0895772 305.9296102 315.4510693 329.0810561
338.9975880 346.7297754 355.8358372 364.0094129 372.3556631
383.7933324 391.1738365 412.0611564 421.1279315 436.3285697
453.9874290 463.0315658 470.4763616 479.0341602 490.3815399
498.6958427 500.7838716 510.0641039 518.6518729 528.0425811
531.7740810 542.0962258 551.4135410 562.6828464 564.1376243
580.3115250 585.1690373 590.7904279 597.3517727 607.2495301
608.9398474 621.3913974 626.8568913 636.0041269 636.5665423
654.8996827 660.2197477 665.7792042 676.0641904 679.4422906
685.8683547 690.3859454 696.8262640 699.7987949 705.9319438
719.1802674 722.0678323 727.3755129 731.6713996 748.0191523
755.1032892 760.9880804 767.4025855 771.5309676 781.8619519
786.1348704 789.3439011 796.3339193 804.0151035 812.9708035
814.3309320 822.7836986 827.3955666 838.1936237 838.8564110
848.4756018 853.4387237 858.3237384 866.1815628 871.2179848
879.4842467 881.2606449 892.9891480 897.8624794 901.1049609
909.1314552 914.2450941 921.9936230 927.0736414 931.3669000
941.8801824
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5785
Rtb_to_modes> Number of blocs = 134
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9806E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9904E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2959
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5414
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8992
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.131
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.23
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 804 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999
1.00001 1.00003 0.99999 1.00000 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00003
1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 0.99998 1.00005
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1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
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0.99998 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999
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1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998
0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999
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0.99998 1.00003 1.00000 1.00002 1.00002
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 104130 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999
1.00001 1.00003 0.99999 1.00000 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00003
1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 0.99998 1.00005
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1.00001 0.99997 0.99999 1.00000 0.99998
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1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
0.99999 1.00003 0.99997 1.00000 1.00001
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0.99997 0.99995 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998
0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999
1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 1.00002
0.99998 1.00003 1.00000 1.00002 1.00002
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401041337523839295.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401041337523839295.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401041337523839295.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401041337523839295.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 400
First residue number = 1
Last residue number = 400
Number of atoms found = 5785
Mean number per residue = 14.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9806E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9904E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2959
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5414
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8992
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.131
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.529
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.119
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.221
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.724
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.026
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.035
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.40
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.48
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.84
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.24
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.05
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.58
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.67
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.05
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.62
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.37
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.59
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.86
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.36
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.23
Bfactors> 106 vectors, 17355 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.295900
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.126 for 400 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.037 +/- 0.05
Bfactors> = 7.427 +/- 3.25
Bfactors> Shiftng-fct= 7.390
Bfactors> Scaling-fct= 65.656
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041337523839295 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041337523839295.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041337523839295 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041337523839295.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041337523839295 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401041337523839295.atom
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2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041337523839295.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041337523839295.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041337523839295 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041337523839295.eigenfacs
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2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041337523839295.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041337523839295 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041337523839295.eigenfacs
2401041337523839295.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041337523839295.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041337523839295.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2401041337523839295.10.pdb
2401041337523839295.11.pdb
2401041337523839295.7.pdb
2401041337523839295.8.pdb
2401041337523839295.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m19.595s
user 0m19.458s
sys 0m0.136s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401041337523839295.Chkmod.res: No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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