*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401041731083859837.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401041731083859837.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401041731083859837.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 413
First residue number = 1
Last residue number = 413
Number of atoms found = 3000
Mean number per residue = 7.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -2.049632 +/- 14.175040 From: -32.055000 To: 31.163000
= 0.285769 +/- 18.177528 From: -46.734000 To: 46.792000
= -5.324050 +/- 21.477418 From: -49.059000 To: 39.425000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.5892 % Filled.
Pdbmat> 643699 non-zero elements.
Pdbmat> 69541 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 46.36 +/- 19.24
Maximum number = 121
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 1.390820E+06
Pdbmat> Larger element = 456.816
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
413 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401041731083859837.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401041731083859837.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401041731083859837.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3000 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 413 residues.
Blocpdb> 28 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 29
Blocpdb> 18 atoms in block 3
Block first atom: 48
Blocpdb> 17 atoms in block 4
Block first atom: 66
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 83
Blocpdb> 27 atoms in block 6
Block first atom: 107
Blocpdb> 22 atoms in block 7
Block first atom: 134
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 156
Blocpdb> 19 atoms in block 9
Block first atom: 176
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 195
Blocpdb> 22 atoms in block 11
Block first atom: 217
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 239
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 263
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 283
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 303
Blocpdb> 19 atoms in block 16
Block first atom: 318
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 337
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 355
Blocpdb> 15 atoms in block 19
Block first atom: 374
Blocpdb> 18 atoms in block 20
Block first atom: 389
Blocpdb> 29 atoms in block 21
Block first atom: 407
Blocpdb> 24 atoms in block 22
Block first atom: 436
Blocpdb> 26 atoms in block 23
Block first atom: 460
Blocpdb> 27 atoms in block 24
Block first atom: 486
Blocpdb> 25 atoms in block 25
Block first atom: 513
Blocpdb> 28 atoms in block 26
Block first atom: 538
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 566
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 589
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 611
Blocpdb> 15 atoms in block 30
Block first atom: 632
Blocpdb> 25 atoms in block 31
Block first atom: 647
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 672
Blocpdb> 21 atoms in block 33
Block first atom: 695
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 716
Blocpdb> 27 atoms in block 35
Block first atom: 736
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 763
Blocpdb> 20 atoms in block 37
Block first atom: 781
Blocpdb> 27 atoms in block 38
Block first atom: 801
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 828
Blocpdb> 21 atoms in block 40
Block first atom: 849
Blocpdb> 24 atoms in block 41
Block first atom: 870
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 894
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 914
Blocpdb> 24 atoms in block 44
Block first atom: 933
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 957
Blocpdb> 24 atoms in block 46
Block first atom: 981
Blocpdb> 28 atoms in block 47
Block first atom: 1005
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1033
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1054
Blocpdb> 19 atoms in block 50
Block first atom: 1077
Blocpdb> 20 atoms in block 51
Block first atom: 1096
Blocpdb> 20 atoms in block 52
Block first atom: 1116
Blocpdb> 21 atoms in block 53
Block first atom: 1136
Blocpdb> 19 atoms in block 54
Block first atom: 1157
Blocpdb> 20 atoms in block 55
Block first atom: 1176
Blocpdb> 26 atoms in block 56
Block first atom: 1196
Blocpdb> 19 atoms in block 57
Block first atom: 1222
Blocpdb> 28 atoms in block 58
Block first atom: 1241
Blocpdb> 18 atoms in block 59
Block first atom: 1269
Blocpdb> 21 atoms in block 60
Block first atom: 1287
Blocpdb> 19 atoms in block 61
Block first atom: 1308
Blocpdb> 23 atoms in block 62
Block first atom: 1327
Blocpdb> 22 atoms in block 63
Block first atom: 1350
Blocpdb> 23 atoms in block 64
Block first atom: 1372
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1395
Blocpdb> 22 atoms in block 66
Block first atom: 1417
Blocpdb> 20 atoms in block 67
Block first atom: 1439
Blocpdb> 26 atoms in block 68
Block first atom: 1459
Blocpdb> 21 atoms in block 69
Block first atom: 1485
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1506
Blocpdb> 19 atoms in block 71
Block first atom: 1522
Blocpdb> 33 atoms in block 72
Block first atom: 1541
Blocpdb> 30 atoms in block 73
Block first atom: 1574
Blocpdb> 21 atoms in block 74
Block first atom: 1604
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1625
Blocpdb> 19 atoms in block 76
Block first atom: 1651
Blocpdb> 24 atoms in block 77
Block first atom: 1670
Blocpdb> 27 atoms in block 78
Block first atom: 1694
Blocpdb> 21 atoms in block 79
Block first atom: 1721
Blocpdb> 26 atoms in block 80
Block first atom: 1742
Blocpdb> 27 atoms in block 81
Block first atom: 1768
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 1795
Blocpdb> 27 atoms in block 83
Block first atom: 1820
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1847
Blocpdb> 20 atoms in block 85
Block first atom: 1869
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1889
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 1911
Blocpdb> 23 atoms in block 88
Block first atom: 1932
Blocpdb> 21 atoms in block 89
Block first atom: 1955
Blocpdb> 33 atoms in block 90
Block first atom: 1976
Blocpdb> 24 atoms in block 91
Block first atom: 2009
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 2033
Blocpdb> 20 atoms in block 93
Block first atom: 2051
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 2071
Blocpdb> 24 atoms in block 95
Block first atom: 2090
Blocpdb> 29 atoms in block 96
Block first atom: 2114
Blocpdb> 26 atoms in block 97
Block first atom: 2143
Blocpdb> 26 atoms in block 98
Block first atom: 2169
Blocpdb> 23 atoms in block 99
Block first atom: 2195
Blocpdb> 28 atoms in block 100
Block first atom: 2218
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2246
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 2267
Blocpdb> 25 atoms in block 103
Block first atom: 2293
Blocpdb> 19 atoms in block 104
Block first atom: 2318
Blocpdb> 22 atoms in block 105
Block first atom: 2337
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2359
Blocpdb> 20 atoms in block 107
Block first atom: 2383
Blocpdb> 15 atoms in block 108
Block first atom: 2403
Blocpdb> 14 atoms in block 109
Block first atom: 2418
Blocpdb> 20 atoms in block 110
Block first atom: 2432
Blocpdb> 13 atoms in block 111
Block first atom: 2452
Blocpdb> 26 atoms in block 112
Block first atom: 2465
Blocpdb> 16 atoms in block 113
Block first atom: 2491
Blocpdb> 14 atoms in block 114
Block first atom: 2507
Blocpdb> 18 atoms in block 115
Block first atom: 2521
Blocpdb> 19 atoms in block 116
Block first atom: 2539
Blocpdb> 18 atoms in block 117
Block first atom: 2558
Blocpdb> 19 atoms in block 118
Block first atom: 2576
Blocpdb> 19 atoms in block 119
Block first atom: 2595
Blocpdb> 18 atoms in block 120
Block first atom: 2614
Blocpdb> 23 atoms in block 121
Block first atom: 2632
Blocpdb> 25 atoms in block 122
Block first atom: 2655
Blocpdb> 19 atoms in block 123
Block first atom: 2680
Blocpdb> 22 atoms in block 124
Block first atom: 2699
Blocpdb> 17 atoms in block 125
Block first atom: 2721
Blocpdb> 23 atoms in block 126
Block first atom: 2738
Blocpdb> 23 atoms in block 127
Block first atom: 2761
Blocpdb> 22 atoms in block 128
Block first atom: 2784
Blocpdb> 23 atoms in block 129
Block first atom: 2806
Blocpdb> 17 atoms in block 130
Block first atom: 2829
Blocpdb> 17 atoms in block 131
Block first atom: 2846
Blocpdb> 25 atoms in block 132
Block first atom: 2863
Blocpdb> 19 atoms in block 133
Block first atom: 2888
Blocpdb> 21 atoms in block 134
Block first atom: 2907
Blocpdb> 20 atoms in block 135
Block first atom: 2928
Blocpdb> 21 atoms in block 136
Block first atom: 2948
Blocpdb> 20 atoms in block 137
Block first atom: 2969
Blocpdb> 12 atoms in block 138
Block first atom: 2988
Blocpdb> 138 blocks.
Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 643837 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9000
Prepmat> Matrix trace = 1390820.0000
Prepmat> Last element read: 9000 9000 55.8191
Prepmat> 9592 lines saved.
Prepmat> 9024 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3000
RTB> Total mass = 3000.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3000
RTB> Number of blocks = 138
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 74585.4646
RTB> 18342 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 828
Diagstd> Nb of non-zero elements: 18342
Diagstd> Projected matrix trace = 74585.4646
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 828 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 74585.4646
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0008089 0.0011561 0.0039775 0.0050706
0.0059124 0.0075613 0.0106462 0.0170165 0.0203305
0.0264270 0.0282526 0.0310511 0.0335640 0.0405829
0.0458285 0.0490868 0.0569275 0.0621233 0.0666814
0.0696450 0.0753102 0.0888768 0.0945147 0.0995795
0.1053357 0.1257613 0.1386355 0.1503211 0.1676996
0.1749673 0.1954832 0.2011997 0.2102531 0.2210718
0.2429085 0.2445495 0.2655864 0.2952067 0.2975443
0.3359195 0.3442859 0.3888933 0.4013272 0.4207804
0.4381025 0.4587369 0.4703936 0.4803208 0.5389386
0.5722457 0.5930643 0.6087634 0.6149209 0.6494525
0.6779539 0.7665415 0.7772918 0.8526486 0.8608159
0.8761436 0.9066010 0.9509732 0.9580347 0.9995354
1.0327302 1.0391815 1.0852906 1.1497604 1.1784094
1.2228059 1.2540348 1.2627414 1.3047874 1.3618308
1.3716986 1.4344717 1.4601797 1.5551388 1.5713032
1.6060326 1.6510765 1.7024005 1.7530985 1.7748984
1.8306193 1.8666758 1.8828393 1.9624790 2.0333957
2.0726210 2.1206055 2.1877927 2.2157162 2.2358210
2.3265589 2.3579007 2.4809419 2.5157596 2.6122082
2.6871806
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034340
0.0034340 3.0884456 3.6922487 6.8485426 7.7325740
8.3498262 9.4426485 11.2045268 14.1654425 15.4835152
17.6530442 18.2526008 19.1352404 19.8944538 21.8759551
23.2468062 24.0589998 25.9093300 27.0659005 28.0412772
28.6576207 29.8004093 32.3734803 33.3845031 34.2673321
35.2438312 38.5095870 40.4326834 42.1022445 44.4694005
45.4227798 48.0120208 48.7089750 49.7927928 51.0577838
53.5200660 53.7005385 55.9626454 59.0008659 59.2340100
62.9379930 63.7169349 67.7189970 68.7930522 70.4405985
71.8758732 73.5490580 74.4776547 75.2594361 79.7195652
82.1460213 83.6269316 84.7265565 85.1539735 87.5122756
89.4119100 95.0742932 95.7386529 100.2721470 100.7512419
101.6442783 103.3959166 105.8959665 106.2884090 108.5661328
110.3541610 110.6983078 113.1275286 116.4391320 117.8808829
120.0809310 121.6046197 122.0260307 124.0409726 126.7234119
127.1816998 130.0592588 131.2195146 135.4190807 136.1210449
137.6171161 139.5336243 141.6857425 143.7799863 144.6711810
146.9245262 148.3644099 149.0053657 152.1240178 154.8482231
156.3346424 158.1339891 160.6195367 161.6413038 162.3729920
165.6350736 166.7470011 171.0423179 172.2383482 175.5089118
178.0097157
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3000
Rtb_to_modes> Number of blocs = 138
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.0889E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1561E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.9775E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.0706E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.9124E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.5613E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.687
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 828 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99996 0.99999 1.00001 1.00000
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0.99996 0.99998 1.00001 0.99999 1.00001
1.00003 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 1.00001
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0.99997 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 0.99999 1.00004 1.00001 0.99999
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0.99999 0.99999 0.99996 1.00003 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 54000 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00001 0.99996 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 0.99995 1.00000 1.00000 0.99996
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0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 1.00001
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0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999
0.99997 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 0.99999 1.00004 1.00001 0.99999
1.00003 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999
0.99997 0.99998 0.99998 0.99999 0.99997
0.99999 0.99999 0.99996 1.00003 1.00000
1.00003 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99995
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401041731083859837.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401041731083859837.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401041731083859837.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401041731083859837.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 413
First residue number = 1
Last residue number = 413
Number of atoms found = 3000
Mean number per residue = 7.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.0889E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.1561E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.9775E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0706E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.9124E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.5613E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0646E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7016E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0331E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.6427E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.8253E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1051E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.3564E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.0583E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.5829E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9087E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.6927E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2123E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.6681E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.9645E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.5310E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.8877E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.4515E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9580E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1053
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1258
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1386
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1503
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1677
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1750
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1955
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2012
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2103
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2211
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2429
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2445
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2656
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2952
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2975
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3359
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3443
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3889
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4013
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4208
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4381
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4587
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4704
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4803
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5389
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5931
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6088
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6149
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6780
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8608
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9580
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9995
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.753
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.358
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.481
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.516
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.612
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.687
Bfactors> 106 vectors, 9000 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000809
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.217 for 413 C-alpha atoms.
Bfactors> = 18.984 +/- 69.14
Bfactors> = 50.677 +/- 21.20
Bfactors> Shiftng-fct= 31.693
Bfactors> Scaling-fct= 0.307
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041731083859837 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041731083859837.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041731083859837 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041731083859837.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041731083859837 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041731083859837.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041731083859837 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041731083859837.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2401041731083859837.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2401041731083859837.eigenfacs
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2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041731083859837.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041731083859837 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041731083859837.eigenfacs
2401041731083859837.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041731083859837.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041731083859837.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2401041731083859837.10.pdb
2401041731083859837.11.pdb
2401041731083859837.7.pdb
2401041731083859837.8.pdb
2401041731083859837.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m10.813s
user 0m10.769s
sys 0m0.028s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401041731083859837.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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