*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401042010383873228.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401042010383873228.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401042010383873228.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 232
First residue number = 52
Last residue number = 283
Number of atoms found = 2335
Mean number per residue = 10.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 29.914859 +/- 11.532149 From: -0.136000 To: 53.329000
= 31.334521 +/- 10.372447 From: 7.057000 To: 56.077000
= 23.585831 +/- 8.612552 From: -1.231000 To: 46.778000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.1209 % Filled.
Pdbmat> 1011207 non-zero elements.
Pdbmat> 110818 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 94.92 +/- 28.70
Maximum number = 151
Minimum number = 14
Pdbmat> Matrix trace = 2.216360E+06
Pdbmat> Larger element = 564.881
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
232 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401042010383873228.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401042010383873228.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401042010383873228.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2335 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 232 residues.
Blocpdb> 24 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 21 atoms in block 2
Block first atom: 25
Blocpdb> 21 atoms in block 3
Block first atom: 46
Blocpdb> 13 atoms in block 4
Block first atom: 67
Blocpdb> 13 atoms in block 5
Block first atom: 80
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 93
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 114
Blocpdb> 26 atoms in block 8
Block first atom: 135
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 161
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 173
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 194
Blocpdb> 19 atoms in block 12
Block first atom: 214
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 233
Blocpdb> 21 atoms in block 14
Block first atom: 255
Blocpdb> 14 atoms in block 15
Block first atom: 276
Blocpdb> 26 atoms in block 16
Block first atom: 290
Blocpdb> 22 atoms in block 17
Block first atom: 316
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 338
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 356
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 372
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 397
Blocpdb> 29 atoms in block 22
Block first atom: 422
Blocpdb> 25 atoms in block 23
Block first atom: 451
Blocpdb> 25 atoms in block 24
Block first atom: 476
Blocpdb> 17 atoms in block 25
Block first atom: 501
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 518
Blocpdb> 25 atoms in block 27
Block first atom: 533
Blocpdb> 23 atoms in block 28
Block first atom: 558
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 581
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 599
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 616
Blocpdb> 20 atoms in block 32
Block first atom: 635
Blocpdb> 18 atoms in block 33
Block first atom: 655
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 673
Blocpdb> 14 atoms in block 35
Block first atom: 693
Blocpdb> 15 atoms in block 36
Block first atom: 707
Blocpdb> 21 atoms in block 37
Block first atom: 722
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 743
Blocpdb> 20 atoms in block 39
Block first atom: 766
Blocpdb> 19 atoms in block 40
Block first atom: 786
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 805
Blocpdb> 17 atoms in block 42
Block first atom: 824
Blocpdb> 21 atoms in block 43
Block first atom: 841
Blocpdb> 23 atoms in block 44
Block first atom: 862
Blocpdb> 15 atoms in block 45
Block first atom: 885
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 900
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 916
Blocpdb> 16 atoms in block 48
Block first atom: 939
Blocpdb> 24 atoms in block 49
Block first atom: 955
Blocpdb> 24 atoms in block 50
Block first atom: 979
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1003
Blocpdb> 23 atoms in block 52
Block first atom: 1028
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1051
Blocpdb> 23 atoms in block 54
Block first atom: 1076
Blocpdb> 25 atoms in block 55
Block first atom: 1099
Blocpdb> 23 atoms in block 56
Block first atom: 1124
Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 1147
Blocpdb> 15 atoms in block 58
Block first atom: 1164
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1179
Blocpdb> 26 atoms in block 60
Block first atom: 1200
Blocpdb> 22 atoms in block 61
Block first atom: 1226
Blocpdb> 17 atoms in block 62
Block first atom: 1248
Blocpdb> 19 atoms in block 63
Block first atom: 1265
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1284
Blocpdb> 18 atoms in block 65
Block first atom: 1300
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1318
Blocpdb> 18 atoms in block 67
Block first atom: 1339
Blocpdb> 25 atoms in block 68
Block first atom: 1357
Blocpdb> 26 atoms in block 69
Block first atom: 1382
Blocpdb> 22 atoms in block 70
Block first atom: 1408
Blocpdb> 19 atoms in block 71
Block first atom: 1430
Blocpdb> 23 atoms in block 72
Block first atom: 1449
Blocpdb> 20 atoms in block 73
Block first atom: 1472
Blocpdb> 14 atoms in block 74
Block first atom: 1492
Blocpdb> 15 atoms in block 75
Block first atom: 1506
Blocpdb> 26 atoms in block 76
Block first atom: 1521
Blocpdb> 17 atoms in block 77
Block first atom: 1547
Blocpdb> 24 atoms in block 78
Block first atom: 1564
Blocpdb> 17 atoms in block 79
Block first atom: 1588
Blocpdb> 17 atoms in block 80
Block first atom: 1605
Blocpdb> 18 atoms in block 81
Block first atom: 1622
Blocpdb> 23 atoms in block 82
Block first atom: 1640
Blocpdb> 16 atoms in block 83
Block first atom: 1663
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1679
Blocpdb> 17 atoms in block 85
Block first atom: 1701
Blocpdb> 23 atoms in block 86
Block first atom: 1718
Blocpdb> 18 atoms in block 87
Block first atom: 1741
Blocpdb> 21 atoms in block 88
Block first atom: 1759
Blocpdb> 21 atoms in block 89
Block first atom: 1780
Blocpdb> 16 atoms in block 90
Block first atom: 1801
Blocpdb> 14 atoms in block 91
Block first atom: 1817
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1831
Blocpdb> 20 atoms in block 93
Block first atom: 1844
Blocpdb> 26 atoms in block 94
Block first atom: 1864
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 1890
Blocpdb> 26 atoms in block 96
Block first atom: 1907
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 1933
Blocpdb> 18 atoms in block 98
Block first atom: 1951
Blocpdb> 14 atoms in block 99
Block first atom: 1969
Blocpdb> 24 atoms in block 100
Block first atom: 1983
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2007
Blocpdb> 21 atoms in block 102
Block first atom: 2028
Blocpdb> 20 atoms in block 103
Block first atom: 2049
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 2069
Blocpdb> 25 atoms in block 105
Block first atom: 2086
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2111
Blocpdb> 16 atoms in block 107
Block first atom: 2135
Blocpdb> 25 atoms in block 108
Block first atom: 2151
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2176
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2197
Blocpdb> 14 atoms in block 111
Block first atom: 2222
Blocpdb> 20 atoms in block 112
Block first atom: 2236
Blocpdb> 17 atoms in block 113
Block first atom: 2256
Blocpdb> 25 atoms in block 114
Block first atom: 2273
Blocpdb> 19 atoms in block 115
Block first atom: 2298
Blocpdb> 19 atoms in block 116
Block first atom: 2316
Blocpdb> 116 blocks.
Blocpdb> At most, 29 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1011323 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 7005
Prepmat> Matrix trace = 2216360.0000
Prepmat> Last element read: 7005 7005 178.6686
Prepmat> 6787 lines saved.
Prepmat> 5534 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2335
RTB> Total mass = 2335.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2335
RTB> Number of blocks = 116
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 184721.0293
RTB> 43332 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 696
Diagstd> Nb of non-zero elements: 43332
Diagstd> Projected matrix trace = 184721.0293
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 696 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 184721.0293
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.6176046 4.2879732 4.9199425 7.8906646
9.6198870 10.5750686 13.7649843 14.7147374 15.6409991
16.1802615 17.0847035 17.3666569 18.0737087 20.3060965
20.4126417 21.0656521 21.8180135 22.9850033 23.4847587
24.0667820 25.8328846 26.1295547 26.6244425 28.0074634
28.6540357 29.5840100 30.7334611 31.6424188 32.4790693
33.6943413 34.6391581 35.7900301 37.4257053 37.9603771
38.5943522 39.5999709 40.9343906 41.6383080 42.4987182
43.9459723 44.4250751 44.8919173 45.9840946 46.7684576
48.8941804 50.3344252 51.6253851 52.1671087 53.3127657
54.1089663 55.1987909 56.1704985 56.5781225 57.3349602
57.5967906 59.0696327 59.4692869 61.3676898 62.4386673
62.9287935 63.5914452 64.8404195 65.5679058 66.1099837
66.9036344 67.6413831 70.5221998 71.5525310 72.2897033
72.5678587 73.2226307 74.3793606 75.6416857 76.1878817
77.3364437 78.1312365 79.2321352 81.0000521 81.4225032
82.4256685 83.1104793 83.8334937 85.2291839 85.9835408
86.8303484 88.7266867 89.1822936 90.9718881 91.6840598
93.2644244 93.9283080 94.2836170 95.1227035 96.9366780
98.4591195 99.4615592 100.9664463 101.3494876 101.8899165
102.5065777
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034333 0.0034335 0.0034342 0.0034345
0.0034349 206.5407890 224.8647133 240.8658845 305.0366854
336.8063458 353.1318396 402.8868948 416.5542197 429.4647525
436.8054496 448.8476995 452.5362696 461.6564622 489.3375049
490.6195911 498.4053947 507.2276073 520.6160651 526.2454224
532.7264898 551.9271173 555.0872916 560.3192479 574.6880526
581.2837462 590.6412849 602.0062722 610.8437256 618.8666333
630.3384004 639.1149026 649.6453171 664.3245113 669.0530260
674.6168088 683.3492364 694.7674200 700.7156494 707.9183929
719.8712332 723.7846457 727.5776623 736.3751089 742.6288275
759.3182978 770.4205119 780.2377024 784.3206756 792.8862504
798.7849965 806.7891755 813.8594665 816.8071786 822.2521883
824.1275310 834.5981454 837.4167542 850.6779337 858.0687641
861.4299815 865.9536113 874.4161865 879.3078221 882.9351471
888.2191565 893.1029421 911.9230761 918.5605310 923.2801557
925.0547433 929.2187067 936.5295837 944.4432771 947.8469775
954.9648335 959.8594146 966.5981511 977.3225720 979.8678425
985.8855910 989.9725983 994.2693755 1002.5116895 1006.9384922
1011.8847531 1022.8746424 1025.4974837 1035.7355536 1039.7817680
1048.7048762 1052.4307526 1054.4194239 1059.1009870 1069.1517384
1077.5148249 1082.9861731 1091.1483883 1093.2162003 1096.1270201
1099.4390225
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2335
Rtb_to_modes> Number of blocs = 116
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9901E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.618
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.288
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.920
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.891
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.620
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.07
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 696 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99997 0.99999 0.99996 1.00002
0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 0.99999
1.00003 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002
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0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 42030 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000
1.00001 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000
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1.00003 0.99996 0.99999 0.99997 0.99999
1.00000 0.99997 0.99999 0.99996 1.00002
0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 0.99999
1.00003 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 0.99999 0.99997 1.00002 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00002 1.00001 0.99997 1.00001 0.99998
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99998 0.99997 0.99996
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1.00000 0.99999 0.99996 1.00001 1.00001
1.00000 1.00002 1.00002 0.99998 0.99998
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401042010383873228.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401042010383873228.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401042010383873228.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401042010383873228.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 232
First residue number = 52
Last residue number = 283
Number of atoms found = 2335
Mean number per residue = 10.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9901E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.618
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.288
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.920
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.891
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.620
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.13
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.23
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.00
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.0
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.3
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.5
Bfactors> 106 vectors, 7005 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.618000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.017 +/- 0.02
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.017
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401042010383873228 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2401042010383873228.atom
making animated gifs
11 models are in 2401042010383873228.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2401042010383873228 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401042010383873228.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
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calculating perturbed structure for DQ=0
2401042010383873228.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2401042010383873228.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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2401042010383873228.atom
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calculating perturbed structure for DQ=100
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2401042010383873228.atom
making animated gifs
11 models are in 2401042010383873228.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2401042010383873228 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401042010383873228.atom
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2401042010383873228.atom
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2401042010383873228.atom
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2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
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2401042010383873228.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401042010383873228.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401042010383873228.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2401042010383873228.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2401042010383873228 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401042010383873228.eigenfacs
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2401042010383873228.eigenfacs
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2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
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2401042010383873228.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2401042010383873228.eigenfacs
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2401042010383873228.eigenfacs
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2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
making animated gifs
11 models are in 2401042010383873228.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2401042010383873228 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401042010383873228.eigenfacs
2401042010383873228.atom
making animated gifs
11 models are in 2401042010383873228.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401042010383873228.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2401042010383873228.10.pdb
2401042010383873228.11.pdb
2401042010383873228.7.pdb
2401042010383873228.8.pdb
2401042010383873228.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m7.095s
user 0m7.031s
sys 0m0.064s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401042010383873228.Chkmod.res: No such file or directory
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