*** ERMAP ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24010714485990770.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24010714485990770.atom to be opened.
Openam> File opened: 24010714485990770.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 475
First residue number = 1
Last residue number = 475
Number of atoms found = 3707
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 72.873706 +/- 28.696691 From: -1.910000 To: 129.997000
= 51.680671 +/- 22.358530 From: -6.321000 To: 90.163000
= -37.486243 +/- 21.594509 From: -73.887000 To: 11.659000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.0158 % Filled.
Pdbmat> 1246641 non-zero elements.
Pdbmat> 136066 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 73.41 +/- 25.16
Maximum number = 131
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 2.721320E+06
Pdbmat> Larger element = 470.878
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
475 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24010714485990770.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24010714485990770.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24010714485990770.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3707 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 475 residues.
Blocpdb> 25 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 26
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 43
Blocpdb> 28 atoms in block 4
Block first atom: 58
Blocpdb> 18 atoms in block 5
Block first atom: 86
Blocpdb> 23 atoms in block 6
Block first atom: 104
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 127
Blocpdb> 25 atoms in block 8
Block first atom: 153
Blocpdb> 24 atoms in block 9
Block first atom: 178
Blocpdb> 20 atoms in block 10
Block first atom: 202
Blocpdb> 17 atoms in block 11
Block first atom: 222
Blocpdb> 18 atoms in block 12
Block first atom: 239
Blocpdb> 28 atoms in block 13
Block first atom: 257
Blocpdb> 21 atoms in block 14
Block first atom: 285
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 306
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 321
Blocpdb> 21 atoms in block 17
Block first atom: 343
Blocpdb> 22 atoms in block 18
Block first atom: 364
Blocpdb> 25 atoms in block 19
Block first atom: 386
Blocpdb> 21 atoms in block 20
Block first atom: 411
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 432
Blocpdb> 33 atoms in block 22
Block first atom: 457
Blocpdb> 24 atoms in block 23
Block first atom: 490
Blocpdb> 27 atoms in block 24
Block first atom: 514
Blocpdb> 26 atoms in block 25
Block first atom: 541
Blocpdb> 22 atoms in block 26
Block first atom: 567
Blocpdb> 30 atoms in block 27
Block first atom: 589
Blocpdb> 21 atoms in block 28
Block first atom: 619
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 640
Blocpdb> 25 atoms in block 30
Block first atom: 665
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 690
Blocpdb> 25 atoms in block 32
Block first atom: 714
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 739
Blocpdb> 26 atoms in block 34
Block first atom: 764
Blocpdb> 22 atoms in block 35
Block first atom: 790
Blocpdb> 19 atoms in block 36
Block first atom: 812
Blocpdb> 22 atoms in block 37
Block first atom: 831
Blocpdb> 25 atoms in block 38
Block first atom: 853
Blocpdb> 26 atoms in block 39
Block first atom: 878
Blocpdb> 25 atoms in block 40
Block first atom: 904
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 929
Blocpdb> 29 atoms in block 42
Block first atom: 948
Blocpdb> 25 atoms in block 43
Block first atom: 977
Blocpdb> 19 atoms in block 44
Block first atom: 1002
Blocpdb> 23 atoms in block 45
Block first atom: 1021
Blocpdb> 24 atoms in block 46
Block first atom: 1044
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 1068
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1091
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 1112
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 1130
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 1147
Blocpdb> 18 atoms in block 52
Block first atom: 1168
Blocpdb> 18 atoms in block 53
Block first atom: 1186
Blocpdb> 23 atoms in block 54
Block first atom: 1204
Blocpdb> 22 atoms in block 55
Block first atom: 1227
Blocpdb> 23 atoms in block 56
Block first atom: 1249
Blocpdb> 23 atoms in block 57
Block first atom: 1272
Blocpdb> 20 atoms in block 58
Block first atom: 1295
Blocpdb> 30 atoms in block 59
Block first atom: 1315
Blocpdb> 29 atoms in block 60
Block first atom: 1345
Blocpdb> 25 atoms in block 61
Block first atom: 1374
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1399
Blocpdb> 29 atoms in block 63
Block first atom: 1425
Blocpdb> 24 atoms in block 64
Block first atom: 1454
Blocpdb> 24 atoms in block 65
Block first atom: 1478
Blocpdb> 24 atoms in block 66
Block first atom: 1502
Blocpdb> 24 atoms in block 67
Block first atom: 1526
Blocpdb> 23 atoms in block 68
Block first atom: 1550
Blocpdb> 22 atoms in block 69
Block first atom: 1573
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 1595
Blocpdb> 21 atoms in block 71
Block first atom: 1622
Blocpdb> 28 atoms in block 72
Block first atom: 1643
Blocpdb> 23 atoms in block 73
Block first atom: 1671
Blocpdb> 26 atoms in block 74
Block first atom: 1694
Blocpdb> 21 atoms in block 75
Block first atom: 1720
Blocpdb> 19 atoms in block 76
Block first atom: 1741
Blocpdb> 29 atoms in block 77
Block first atom: 1760
Blocpdb> 27 atoms in block 78
Block first atom: 1789
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 1816
Blocpdb> 19 atoms in block 80
Block first atom: 1845
Blocpdb> 23 atoms in block 81
Block first atom: 1864
Blocpdb> 22 atoms in block 82
Block first atom: 1887
Blocpdb> 22 atoms in block 83
Block first atom: 1909
Blocpdb> 25 atoms in block 84
Block first atom: 1931
Blocpdb> 23 atoms in block 85
Block first atom: 1956
Blocpdb> 28 atoms in block 86
Block first atom: 1979
Blocpdb> 24 atoms in block 87
Block first atom: 2007
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 2031
Blocpdb> 31 atoms in block 89
Block first atom: 2051
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 2082
Blocpdb> 23 atoms in block 91
Block first atom: 2103
Blocpdb> 31 atoms in block 92
Block first atom: 2126
Blocpdb> 26 atoms in block 93
Block first atom: 2157
Blocpdb> 21 atoms in block 94
Block first atom: 2183
Blocpdb> 18 atoms in block 95
Block first atom: 2204
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 2222
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 2254
Blocpdb> 28 atoms in block 98
Block first atom: 2272
Blocpdb> 30 atoms in block 99
Block first atom: 2300
Blocpdb> 23 atoms in block 100
Block first atom: 2330
Blocpdb> 24 atoms in block 101
Block first atom: 2353
Blocpdb> 31 atoms in block 102
Block first atom: 2377
Blocpdb> 19 atoms in block 103
Block first atom: 2408
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 2427
Blocpdb> 19 atoms in block 105
Block first atom: 2448
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2467
Blocpdb> 23 atoms in block 107
Block first atom: 2491
Blocpdb> 18 atoms in block 108
Block first atom: 2514
Blocpdb> 17 atoms in block 109
Block first atom: 2532
Blocpdb> 32 atoms in block 110
Block first atom: 2549
Blocpdb> 28 atoms in block 111
Block first atom: 2581
Blocpdb> 21 atoms in block 112
Block first atom: 2609
Blocpdb> 29 atoms in block 113
Block first atom: 2630
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 2659
Blocpdb> 20 atoms in block 115
Block first atom: 2681
Blocpdb> 22 atoms in block 116
Block first atom: 2701
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 2723
Blocpdb> 25 atoms in block 118
Block first atom: 2753
Blocpdb> 24 atoms in block 119
Block first atom: 2778
Blocpdb> 19 atoms in block 120
Block first atom: 2802
Blocpdb> 27 atoms in block 121
Block first atom: 2821
Blocpdb> 26 atoms in block 122
Block first atom: 2848
Blocpdb> 19 atoms in block 123
Block first atom: 2874
Blocpdb> 29 atoms in block 124
Block first atom: 2893
Blocpdb> 22 atoms in block 125
Block first atom: 2922
Blocpdb> 23 atoms in block 126
Block first atom: 2944
Blocpdb> 29 atoms in block 127
Block first atom: 2967
Blocpdb> 25 atoms in block 128
Block first atom: 2996
Blocpdb> 29 atoms in block 129
Block first atom: 3021
Blocpdb> 17 atoms in block 130
Block first atom: 3050
Blocpdb> 26 atoms in block 131
Block first atom: 3067
Blocpdb> 31 atoms in block 132
Block first atom: 3093
Blocpdb> 21 atoms in block 133
Block first atom: 3124
Blocpdb> 22 atoms in block 134
Block first atom: 3145
Blocpdb> 21 atoms in block 135
Block first atom: 3167
Blocpdb> 19 atoms in block 136
Block first atom: 3188
Blocpdb> 23 atoms in block 137
Block first atom: 3207
Blocpdb> 21 atoms in block 138
Block first atom: 3230
Blocpdb> 27 atoms in block 139
Block first atom: 3251
Blocpdb> 24 atoms in block 140
Block first atom: 3278
Blocpdb> 21 atoms in block 141
Block first atom: 3302
Blocpdb> 25 atoms in block 142
Block first atom: 3323
Blocpdb> 22 atoms in block 143
Block first atom: 3348
Blocpdb> 19 atoms in block 144
Block first atom: 3370
Blocpdb> 20 atoms in block 145
Block first atom: 3389
Blocpdb> 21 atoms in block 146
Block first atom: 3409
Blocpdb> 24 atoms in block 147
Block first atom: 3430
Blocpdb> 20 atoms in block 148
Block first atom: 3454
Blocpdb> 22 atoms in block 149
Block first atom: 3474
Blocpdb> 21 atoms in block 150
Block first atom: 3496
Blocpdb> 26 atoms in block 151
Block first atom: 3517
Blocpdb> 24 atoms in block 152
Block first atom: 3543
Blocpdb> 22 atoms in block 153
Block first atom: 3567
Blocpdb> 22 atoms in block 154
Block first atom: 3589
Blocpdb> 19 atoms in block 155
Block first atom: 3611
Blocpdb> 22 atoms in block 156
Block first atom: 3630
Blocpdb> 26 atoms in block 157
Block first atom: 3652
Blocpdb> 18 atoms in block 158
Block first atom: 3678
Blocpdb> 12 atoms in block 159
Block first atom: 3695
Blocpdb> 159 blocks.
Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1246800 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11121
Prepmat> Matrix trace = 2721320.0000
Prepmat> Last element read: 11121 11121 81.3931
Prepmat> 12721 lines saved.
Prepmat> 11469 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3707
RTB> Total mass = 3707.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3707
RTB> Number of blocks = 159
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 173431.5661
RTB> 42651 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 954
Diagstd> Nb of non-zero elements: 42651
Diagstd> Projected matrix trace = 173431.5661
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 954 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 173431.5661
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0005705 0.0010558 0.0015599 0.0041445
0.0067486 0.0259957 0.0314781 0.0415598 0.0744113
0.1858878 0.2454771 0.3589602 0.4330154 0.5052127
0.6511803 0.7103755 0.9044703 1.0613046 1.0735773
1.1952959 1.2426897 1.3678769 1.6791109 1.7575767
2.1231922 2.2162868 2.4543250 2.5153430 3.2313040
3.4236828 3.7221854 4.0829682 4.6149092 4.7938371
5.0175140 5.2541882 5.4899102 5.5570936 5.8908715
6.1896975 6.5149395 6.7065630 6.8561788 7.4316665
7.8448452 8.0095953 8.1679157 8.6960284 8.9733035
9.4491735 9.7216548 9.9060056 10.6315425 10.9021979
11.2350749 12.0452596 12.3835195 12.4688959 13.1771790
13.7762866 13.8522345 14.0015370 14.3332950 15.1091033
15.7855888 16.3368595 16.4711552 17.0907843 17.4508382
17.7162607 17.7338419 17.8672232 18.1882547 18.3923627
18.6503790 19.2948685 19.9590688 20.2397383 20.4354921
20.6341541 21.1327099 21.6038143 22.2173731 22.7842125
23.1971387 23.5116438 24.1282510 24.4226862 24.4867168
25.0671950 25.1675352 25.3817203 25.4143829 26.1116128
26.4067521 26.7746779 27.1970448 28.2487217 28.4421124
28.5669022
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034331 0.0034332 0.0034332 0.0034333 0.0034341
0.0034346 2.5936843 3.5284872 4.2889313 6.9908355
8.9207635 17.5083953 19.2663519 22.1376670 29.6220225
46.8188478 53.8022917 65.0606523 71.4573548 77.1849126
87.6286063 91.5249035 103.2743435 111.8704269 112.5153926
118.7224878 121.0532998 127.0044070 140.7132415 143.9635085
158.2304046 161.6621156 170.1223269 172.2240856 195.2019655
200.9287320 209.5049454 219.4235718 233.2796541 237.7589729
243.2425670 248.9132941 254.4356139 255.9877215 263.5633723
270.1655635 277.1727140 281.2194055 284.3389450 296.0318138
304.1497531 307.3268940 310.3493950 320.2253846 325.2905595
333.8045030 338.5831784 341.7783625 354.0734974 358.5521338
363.9848148 376.8802350 382.1354490 383.4504749 394.1908172
403.0522634 404.1617387 406.3339742 411.1197116 422.0992931
431.4452313 438.9141352 440.7144697 448.9275692 453.6317320
457.0685209 457.2952571 459.0117592 463.1170754 465.7083679
468.9635745 476.9975975 485.1381393 488.5372982 490.8941206
493.2744436 499.1980455 504.7316023 511.8487347 518.3370958
523.0130070 526.5465570 533.4063747 536.6510646 537.3540906
543.6860002 544.7730600 547.0862592 547.4381571 554.8966830
558.0238669 561.8978985 566.3124879 577.1579475 579.1301888
580.3992653
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3707
Rtb_to_modes> Number of blocs = 159
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9952E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.1445E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.1478E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.061
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.195
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.368
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.231
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.424
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.722
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.083
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.615
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.794
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.254
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.490
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.891
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.190
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.515
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.707
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.856
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.432
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.845
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.010
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.168
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.696
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.973
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.722
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.906
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.96
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.57
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 954 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99996
1.00001 1.00001 0.99996 0.99997 1.00000
0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999
1.00002 1.00003 1.00004 1.00002 1.00000
1.00002 0.99997 0.99995 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002
1.00002 0.99995 1.00001 1.00000 0.99998
1.00003 0.99999 1.00000 1.00001 0.99996
0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001
0.99999 0.99995 1.00002 0.99999 0.99998
1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002
1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 1.00001
1.00001 0.99997 1.00004 1.00001 1.00000
1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000
0.99998 0.99995 1.00001 0.99999 1.00002
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 66726 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99996
1.00001 1.00001 0.99996 0.99997 1.00000
0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999
1.00002 1.00003 1.00004 1.00002 1.00000
1.00002 0.99997 0.99995 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002
1.00002 0.99995 1.00001 1.00000 0.99998
1.00003 0.99999 1.00000 1.00001 0.99996
0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001
0.99999 0.99995 1.00002 0.99999 0.99998
1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002
1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 1.00001
1.00001 0.99997 1.00004 1.00001 1.00000
1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000
0.99998 0.99995 1.00001 0.99999 1.00002
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24010714485990770.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24010714485990770.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24010714485990770.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24010714485990770.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 475
First residue number = 1
Last residue number = 475
Number of atoms found = 3707
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9952E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.7048E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0558E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5599E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.1445E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.7486E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.5996E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1478E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.1560E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.4411E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1859
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2455
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3590
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4330
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5052
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6512
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7104
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9045
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.061
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.074
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.195
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.243
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.368
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.679
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.758
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.123
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.216
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.454
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.515
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.231
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.424
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.083
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.615
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.018
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.254
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.490
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.557
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.891
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.515
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.707
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.856
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.432
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.845
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.010
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.168
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.696
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.973
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.449
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.906
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.57
Bfactors> 106 vectors, 11121 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000570
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.317 for 475 C-alpha atoms.
Bfactors> = 16.647 +/- 32.30
Bfactors> = 3.990 +/- 4.48
Bfactors> Shiftng-fct= -12.658
Bfactors> Scaling-fct= 0.139
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 24010714485990770.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24010714485990770.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 24010714485990770.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24010714485990770.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 24010714485990770.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
24010714485990770.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.594
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.528
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.289
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.991
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.920
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 46.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 403.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.4
Projmod> 106 vectors, 11121 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 475
First residue number = 1
Last residue number = 475
Number of atoms found = 3707
Mean number per residue = 7.8
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 475
First residue number = 1
Last residue number = 475
Number of atoms found = 3707
Mean number per residue = 7.8
%Projmod-Wn> Atom 3 has name C in a file and CB in the other.
%Projmod-Wn> Atom 4 has name CB in a file and CG in the other.
%Projmod-Wn> Atom 5 has name O in a file and SD in the other.
%Projmod-Wn> Atom 6 has name CG in a file and CE in the other.
%Projmod-Wn> ...
%Projmod-Wn> 2603 atoms have different names in the two pdb files.
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 3707 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 137.82
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.368 Sum= 0.136 q= -3089.6707
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.079 Sum= 0.142 q= -659.6669
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.149 Sum= 0.164 q= 1250.0625
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.606 Sum= 0.532 q= -5088.2549
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.605 Sum= 0.898 q= -5078.5680
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.009 Sum= 0.898 q= 79.0299
Vector: 7 F= 2.59 Cos= -0.022 Sum= 0.899 q= -182.9281
Vector: 8 F= 3.53 Cos= -0.014 Sum= 0.899 q= -115.6132
Vector: 9 F= 4.29 Cos= 0.002 Sum= 0.899 q= 17.8714
Vector: 10 F= 6.99 Cos= -0.002 Sum= 0.899 q= -18.6146
Vector: 11 F= 8.92 Cos= -0.065 Sum= 0.903 q= -548.6642
Vector: 12 F= 17.51 Cos= 0.041 Sum= 0.905 q= 347.2698
Vector: 13 F= 19.27 Cos= 0.072 Sum= 0.910 q= 607.9432
Vector: 14 F= 22.14 Cos= 0.018 Sum= 0.910 q= 149.1771
Vector: 15 F= 29.62 Cos= 0.040 Sum= 0.912 q= 337.7400
Vector: 16 F= 46.82 Cos= 0.152 Sum= 0.935 q= 1272.3528
Vector: 17 F= 53.80 Cos= -0.033 Sum= 0.936 q= -274.5250
%Projmod-Wn> Eigenvector 18 Norm= 1.0001
Vector: 18 F= 65.06 Cos= 0.016 Sum= 0.936 q= 135.1413
Vector: 19 F= 71.45 Cos= 0.006 Sum= 0.936 q= 46.3141
Vector: 20 F= 77.18 Cos= 0.000 Sum= 0.936 q= 2.4941
Vector: 21 F= 87.63 Cos= -0.021 Sum= 0.937 q= -178.6667
Vector: 22 F= 91.52 Cos= 0.004 Sum= 0.937 q= 32.8614
Vector: 23 F= 103.27 Cos= -0.000 Sum= 0.937 q= -0.3800
Vector: 24 F= 111.85 Cos= -0.031 Sum= 0.938 q= -262.9572
Vector: 25 F= 112.53 Cos= 0.018 Sum= 0.938 q= 150.6913
Vector: 26 F= 118.70 Cos= 0.012 Sum= 0.938 q= 101.4444
Vector: 27 F= 121.06 Cos= 0.001 Sum= 0.938 q= 7.3778
Vector: 28 F= 127.00 Cos= 0.001 Sum= 0.938 q= 11.9993
Vector: 29 F= 140.70 Cos= -0.046 Sum= 0.940 q= -386.1119
%Projmod-Wn> Eigenvector 30 Norm= 1.0001
Vector: 30 F= 143.97 Cos= 0.017 Sum= 0.941 q= 140.2785
Vector: 31 F= 158.22 Cos= -0.015 Sum= 0.941 q= -123.9050
%Projmod-Wn> Eigenvector 32 Norm= 0.9999
Vector: 32 F= 161.64 Cos= -0.024 Sum= 0.941 q= -202.8258
Vector: 33 F= 170.10 Cos= 0.006 Sum= 0.941 q= 47.6912
Vector: 34 F= 172.20 Cos= -0.005 Sum= 0.941 q= -41.9342
Vector: 35 F= 195.18 Cos= 0.028 Sum= 0.942 q= 239.0128
Vector: 36 F= 200.93 Cos= 0.008 Sum= 0.942 q= 68.1156
Vector: 37 F= 209.49 Cos= 0.016 Sum= 0.943 q= 134.8588
Vector: 38 F= 219.42 Cos= -0.003 Sum= 0.943 q= -25.9154
Vector: 39 F= 233.27 Cos= 0.008 Sum= 0.943 q= 69.6188
Vector: 40 F= 237.75 Cos= -0.027 Sum= 0.943 q= -228.9706
Vector: 41 F= 243.24 Cos= 0.085 Sum= 0.951 q= 713.8134
Vector: 42 F= 248.90 Cos= 0.040 Sum= 0.952 q= 336.1910
Vector: 43 F= 254.43 Cos= -0.037 Sum= 0.954 q= -311.7227
Vector: 44 F= 255.97 Cos= 0.002 Sum= 0.954 q= 19.9046
Vector: 45 F= 263.55 Cos= -0.068 Sum= 0.958 q= -566.9157
Vector: 46 F= 270.16 Cos= 0.042 Sum= 0.960 q= 349.2589
Vector: 47 F= 277.16 Cos= 0.028 Sum= 0.961 q= 237.3968
Vector: 48 F= 281.22 Cos= 0.016 Sum= 0.961 q= 137.6824
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Vector: 63 F= 382.06 Cos= -0.013 Sum= 0.971 q= -108.0608
Vector: 64 F= 383.45 Cos= 0.024 Sum= 0.972 q= 203.6133
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Vector: 66 F= 403.09 Cos= 0.025 Sum= 0.973 q= 207.6415
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Vector: 75 F= 453.60 Cos= 0.002 Sum= 0.974 q= 16.7367
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Vector: 100 F= 554.86 Cos= -0.028 Sum= 0.977 q= -237.2426
Vector: 101 F= 558.03 Cos= 0.001 Sum= 0.977 q= 9.6025
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Vector: 103 F= 566.32 Cos= -0.014 Sum= 0.978 q= -121.2571
Vector: 104 F= 577.15 Cos= 0.005 Sum= 0.978 q= 41.7426
Vector: 105 F= 579.08 Cos= 0.020 Sum= 0.978 q= 163.8501
Vector: 106 F= 580.41 Cos= 0.020 Sum= 0.979 q= 169.8276
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 2.593563
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.61 for mode 4 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.368 0.870 0.922 0.938 0.947 0.979
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24010714485990770 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 475 43.324
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 475 43.294
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MODEL 8 MODE=7 DQ=40 475 43.162
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 475 43.148
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 475 43.135
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 475 43.125
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24010714485990770 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=20
24010714485990770.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24010714485990770.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 475 43.338
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 475 43.306
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MODEL 7 MODE=8 DQ=20 475 43.177
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 475 43.159
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 475 43.143
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 475 43.129
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 475 43.118
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24010714485990770 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24010714485990770.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
24010714485990770.eigenfacs
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24010714485990770.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
making animated gifs
11 models are in 24010714485990770.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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11 models are in 24010714485990770.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24010714485990770.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 475 43.178
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 475 43.177
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 475 43.179
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MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 475 43.189
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 475 43.198
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 475 43.209
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 475 43.222
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 475 43.238
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 475 43.256
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 475 43.276
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24010714485990770 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
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calculating perturbed structure for DQ=100
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24010714485990770.atom
making animated gifs
11 models are in 24010714485990770.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24010714485990770.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24010714485990770.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 475 43.125
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 475 43.135
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 475 43.148
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 475 43.162
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 475 43.179
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 475 43.198
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 475 43.219
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 475 43.242
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 475 43.268
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 475 43.295
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 475 43.325
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24010714485990770 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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24010714485990770.atom
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
24010714485990770.eigenfacs
24010714485990770.atom
making animated gifs
11 models are in 24010714485990770.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24010714485990770.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24010714485990770.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 475 42.789
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 475 42.866
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 475 42.945
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 475 43.027
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 475 43.111
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 475 43.198
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 475 43.287
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 475 43.379
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 475 43.473
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 475 43.569
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 475 43.668
24010714485990770.10.pdb
24010714485990770.11.pdb
24010714485990770.7.pdb
24010714485990770.8.pdb
24010714485990770.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m17.002s
user 0m16.943s
sys 0m0.044s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24010714485990770.Chkmod.res: No such file or directory
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elNémo
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