*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240108090935181724.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240108090935181724.atom to be opened.
Openam> File opened: 240108090935181724.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1106
First residue number = 21
Last residue number = 573
Number of atoms found = 17434
Mean number per residue = 15.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 73.312026 +/- 12.474409 From: 38.291000 To: 109.097000
= 73.317193 +/- 28.049536 From: 12.986000 To: 134.610000
= 73.314019 +/- 21.265319 From: 17.050000 To: 130.342000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -1.5624 % Filled.
Pdbmat> 12181788 non-zero elements.
Pdbmat> 1342141 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 153.97 +/- 48.47
Maximum number = 254
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 2.684282E+07
Pdbmat> Larger element = 906.565
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1106 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240108090935181724.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240108090935181724.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240108090935181724.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 17434 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1106 residues.
Blocpdb> 97 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 84 atoms in block 2
Block first atom: 98
Blocpdb> 86 atoms in block 3
Block first atom: 182
Blocpdb> 86 atoms in block 4
Block first atom: 268
Blocpdb> 97 atoms in block 5
Block first atom: 354
Blocpdb> 91 atoms in block 6
Block first atom: 451
Blocpdb> 89 atoms in block 7
Block first atom: 542
Blocpdb> 84 atoms in block 8
Block first atom: 631
Blocpdb> 78 atoms in block 9
Block first atom: 715
Blocpdb> 88 atoms in block 10
Block first atom: 793
Blocpdb> 97 atoms in block 11
Block first atom: 881
Blocpdb> 82 atoms in block 12
Block first atom: 978
Blocpdb> 96 atoms in block 13
Block first atom: 1060
Blocpdb> 102 atoms in block 14
Block first atom: 1156
Blocpdb> 86 atoms in block 15
Block first atom: 1258
Blocpdb> 86 atoms in block 16
Block first atom: 1344
Blocpdb> 96 atoms in block 17
Block first atom: 1430
Blocpdb> 92 atoms in block 18
Block first atom: 1526
Blocpdb> 91 atoms in block 19
Block first atom: 1618
Blocpdb> 82 atoms in block 20
Block first atom: 1709
Blocpdb> 83 atoms in block 21
Block first atom: 1791
Blocpdb> 99 atoms in block 22
Block first atom: 1874
Blocpdb> 102 atoms in block 23
Block first atom: 1973
Blocpdb> 73 atoms in block 24
Block first atom: 2075
Blocpdb> 75 atoms in block 25
Block first atom: 2148
Blocpdb> 79 atoms in block 26
Block first atom: 2223
Blocpdb> 95 atoms in block 27
Block first atom: 2302
Blocpdb> 109 atoms in block 28
Block first atom: 2397
Blocpdb> 118 atoms in block 29
Block first atom: 2506
Blocpdb> 87 atoms in block 30
Block first atom: 2624
Blocpdb> 89 atoms in block 31
Block first atom: 2711
Blocpdb> 105 atoms in block 32
Block first atom: 2800
Blocpdb> 93 atoms in block 33
Block first atom: 2905
Blocpdb> 89 atoms in block 34
Block first atom: 2998
Blocpdb> 94 atoms in block 35
Block first atom: 3087
Blocpdb> 95 atoms in block 36
Block first atom: 3181
Blocpdb> 90 atoms in block 37
Block first atom: 3276
Blocpdb> 126 atoms in block 38
Block first atom: 3366
Blocpdb> 80 atoms in block 39
Block first atom: 3492
Blocpdb> 87 atoms in block 40
Block first atom: 3572
Blocpdb> 106 atoms in block 41
Block first atom: 3659
Blocpdb> 99 atoms in block 42
Block first atom: 3765
Blocpdb> 98 atoms in block 43
Block first atom: 3864
Blocpdb> 90 atoms in block 44
Block first atom: 3962
Blocpdb> 70 atoms in block 45
Block first atom: 4052
Blocpdb> 109 atoms in block 46
Block first atom: 4122
Blocpdb> 97 atoms in block 47
Block first atom: 4231
Blocpdb> 98 atoms in block 48
Block first atom: 4328
Blocpdb> 97 atoms in block 49
Block first atom: 4426
Blocpdb> 72 atoms in block 50
Block first atom: 4523
Blocpdb> 110 atoms in block 51
Block first atom: 4595
Blocpdb> 89 atoms in block 52
Block first atom: 4705
Blocpdb> 101 atoms in block 53
Block first atom: 4794
Blocpdb> 109 atoms in block 54
Block first atom: 4895
Blocpdb> 97 atoms in block 55
Block first atom: 5004
Blocpdb> 110 atoms in block 56
Block first atom: 5101
Blocpdb> 93 atoms in block 57
Block first atom: 5211
Blocpdb> 80 atoms in block 58
Block first atom: 5304
Blocpdb> 99 atoms in block 59
Block first atom: 5384
Blocpdb> 86 atoms in block 60
Block first atom: 5483
Blocpdb> 78 atoms in block 61
Block first atom: 5569
Blocpdb> 90 atoms in block 62
Block first atom: 5647
Blocpdb> 92 atoms in block 63
Block first atom: 5737
Blocpdb> 102 atoms in block 64
Block first atom: 5829
Blocpdb> 117 atoms in block 65
Block first atom: 5931
Blocpdb> 93 atoms in block 66
Block first atom: 6048
Blocpdb> 117 atoms in block 67
Block first atom: 6141
Blocpdb> 91 atoms in block 68
Block first atom: 6258
Blocpdb> 82 atoms in block 69
Block first atom: 6349
Blocpdb> 81 atoms in block 70
Block first atom: 6431
Blocpdb> 123 atoms in block 71
Block first atom: 6512
Blocpdb> 75 atoms in block 72
Block first atom: 6635
Blocpdb> 99 atoms in block 73
Block first atom: 6710
Blocpdb> 100 atoms in block 74
Block first atom: 6809
Blocpdb> 109 atoms in block 75
Block first atom: 6909
Blocpdb> 83 atoms in block 76
Block first atom: 7018
Blocpdb> 90 atoms in block 77
Block first atom: 7101
Blocpdb> 107 atoms in block 78
Block first atom: 7191
Blocpdb> 93 atoms in block 79
Block first atom: 7298
Blocpdb> 88 atoms in block 80
Block first atom: 7391
Blocpdb> 89 atoms in block 81
Block first atom: 7479
Blocpdb> 95 atoms in block 82
Block first atom: 7568
Blocpdb> 93 atoms in block 83
Block first atom: 7663
Blocpdb> 106 atoms in block 84
Block first atom: 7756
Blocpdb> 84 atoms in block 85
Block first atom: 7862
Blocpdb> 96 atoms in block 86
Block first atom: 7946
Blocpdb> 107 atoms in block 87
Block first atom: 8042
Blocpdb> 114 atoms in block 88
Block first atom: 8149
Blocpdb> 90 atoms in block 89
Block first atom: 8263
Blocpdb> 111 atoms in block 90
Block first atom: 8353
Blocpdb> 114 atoms in block 91
Block first atom: 8464
Blocpdb> 120 atoms in block 92
Block first atom: 8578
Blocpdb> 20 atoms in block 93
Block first atom: 8698
Blocpdb> 97 atoms in block 94
Block first atom: 8718
Blocpdb> 84 atoms in block 95
Block first atom: 8815
Blocpdb> 86 atoms in block 96
Block first atom: 8899
Blocpdb> 86 atoms in block 97
Block first atom: 8985
Blocpdb> 97 atoms in block 98
Block first atom: 9071
Blocpdb> 91 atoms in block 99
Block first atom: 9168
Blocpdb> 89 atoms in block 100
Block first atom: 9259
Blocpdb> 84 atoms in block 101
Block first atom: 9348
Blocpdb> 78 atoms in block 102
Block first atom: 9432
Blocpdb> 88 atoms in block 103
Block first atom: 9510
Blocpdb> 97 atoms in block 104
Block first atom: 9598
Blocpdb> 82 atoms in block 105
Block first atom: 9695
Blocpdb> 96 atoms in block 106
Block first atom: 9777
Blocpdb> 102 atoms in block 107
Block first atom: 9873
Blocpdb> 86 atoms in block 108
Block first atom: 9975
Blocpdb> 86 atoms in block 109
Block first atom: 10061
Blocpdb> 96 atoms in block 110
Block first atom: 10147
Blocpdb> 92 atoms in block 111
Block first atom: 10243
Blocpdb> 91 atoms in block 112
Block first atom: 10335
Blocpdb> 82 atoms in block 113
Block first atom: 10426
Blocpdb> 83 atoms in block 114
Block first atom: 10508
Blocpdb> 99 atoms in block 115
Block first atom: 10591
Blocpdb> 102 atoms in block 116
Block first atom: 10690
Blocpdb> 73 atoms in block 117
Block first atom: 10792
Blocpdb> 75 atoms in block 118
Block first atom: 10865
Blocpdb> 79 atoms in block 119
Block first atom: 10940
Blocpdb> 95 atoms in block 120
Block first atom: 11019
Blocpdb> 109 atoms in block 121
Block first atom: 11114
Blocpdb> 118 atoms in block 122
Block first atom: 11223
Blocpdb> 87 atoms in block 123
Block first atom: 11341
Blocpdb> 89 atoms in block 124
Block first atom: 11428
Blocpdb> 105 atoms in block 125
Block first atom: 11517
Blocpdb> 93 atoms in block 126
Block first atom: 11622
Blocpdb> 89 atoms in block 127
Block first atom: 11715
Blocpdb> 94 atoms in block 128
Block first atom: 11804
Blocpdb> 95 atoms in block 129
Block first atom: 11898
Blocpdb> 90 atoms in block 130
Block first atom: 11993
Blocpdb> 126 atoms in block 131
Block first atom: 12083
Blocpdb> 80 atoms in block 132
Block first atom: 12209
Blocpdb> 87 atoms in block 133
Block first atom: 12289
Blocpdb> 106 atoms in block 134
Block first atom: 12376
Blocpdb> 99 atoms in block 135
Block first atom: 12482
Blocpdb> 98 atoms in block 136
Block first atom: 12581
Blocpdb> 90 atoms in block 137
Block first atom: 12679
Blocpdb> 70 atoms in block 138
Block first atom: 12769
Blocpdb> 109 atoms in block 139
Block first atom: 12839
Blocpdb> 97 atoms in block 140
Block first atom: 12948
Blocpdb> 98 atoms in block 141
Block first atom: 13045
Blocpdb> 97 atoms in block 142
Block first atom: 13143
Blocpdb> 72 atoms in block 143
Block first atom: 13240
Blocpdb> 110 atoms in block 144
Block first atom: 13312
Blocpdb> 89 atoms in block 145
Block first atom: 13422
Blocpdb> 101 atoms in block 146
Block first atom: 13511
Blocpdb> 109 atoms in block 147
Block first atom: 13612
Blocpdb> 97 atoms in block 148
Block first atom: 13721
Blocpdb> 110 atoms in block 149
Block first atom: 13818
Blocpdb> 93 atoms in block 150
Block first atom: 13928
Blocpdb> 80 atoms in block 151
Block first atom: 14021
Blocpdb> 99 atoms in block 152
Block first atom: 14101
Blocpdb> 86 atoms in block 153
Block first atom: 14200
Blocpdb> 78 atoms in block 154
Block first atom: 14286
Blocpdb> 90 atoms in block 155
Block first atom: 14364
Blocpdb> 92 atoms in block 156
Block first atom: 14454
Blocpdb> 102 atoms in block 157
Block first atom: 14546
Blocpdb> 117 atoms in block 158
Block first atom: 14648
Blocpdb> 93 atoms in block 159
Block first atom: 14765
Blocpdb> 117 atoms in block 160
Block first atom: 14858
Blocpdb> 91 atoms in block 161
Block first atom: 14975
Blocpdb> 82 atoms in block 162
Block first atom: 15066
Blocpdb> 81 atoms in block 163
Block first atom: 15148
Blocpdb> 123 atoms in block 164
Block first atom: 15229
Blocpdb> 75 atoms in block 165
Block first atom: 15352
Blocpdb> 99 atoms in block 166
Block first atom: 15427
Blocpdb> 100 atoms in block 167
Block first atom: 15526
Blocpdb> 109 atoms in block 168
Block first atom: 15626
Blocpdb> 83 atoms in block 169
Block first atom: 15735
Blocpdb> 90 atoms in block 170
Block first atom: 15818
Blocpdb> 107 atoms in block 171
Block first atom: 15908
Blocpdb> 93 atoms in block 172
Block first atom: 16015
Blocpdb> 88 atoms in block 173
Block first atom: 16108
Blocpdb> 89 atoms in block 174
Block first atom: 16196
Blocpdb> 95 atoms in block 175
Block first atom: 16285
Blocpdb> 93 atoms in block 176
Block first atom: 16380
Blocpdb> 106 atoms in block 177
Block first atom: 16473
Blocpdb> 84 atoms in block 178
Block first atom: 16579
Blocpdb> 96 atoms in block 179
Block first atom: 16663
Blocpdb> 107 atoms in block 180
Block first atom: 16759
Blocpdb> 114 atoms in block 181
Block first atom: 16866
Blocpdb> 90 atoms in block 182
Block first atom: 16980
Blocpdb> 111 atoms in block 183
Block first atom: 17070
Blocpdb> 114 atoms in block 184
Block first atom: 17181
Blocpdb> 120 atoms in block 185
Block first atom: 17295
Blocpdb> 20 atoms in block 186
Block first atom: 17414
Blocpdb> 186 blocks.
Blocpdb> At most, 126 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 20 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 12181974 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 52302
Prepmat> Matrix trace = 26842820.0001
Prepmat> Last element read: 52302 52302 307.0266
Prepmat> 17392 lines saved.
Prepmat> 15757 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 17434
RTB> Total mass = 17434.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 17434
RTB> Number of blocks = 186
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 366904.3293
RTB> 56034 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1116
Diagstd> Nb of non-zero elements: 56034
Diagstd> Projected matrix trace = 366904.3293
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1116 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 366904.3293
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3650420 0.5004428 0.7864208 0.8751674
1.2423641 1.6436424 1.7022101 2.1665841 2.6015855
3.4826930 4.1993072 4.5990585 4.6208662 4.8319376
5.1210038 5.2473477 5.7151638 6.3336416 7.0833524
7.5339278 7.6772435 8.2666430 8.4090652 9.1894438
9.4369277 9.6766870 10.3006794 11.2126126 11.6114321
11.8951565 12.5722177 13.1199420 13.4254898 13.6898680
14.4576346 14.6357955 15.2736330 15.3542550 15.9704364
16.5875554 16.9245990 17.4145658 17.6119124 18.9117978
19.2139140 19.6902273 20.5417992 20.6291166 21.0508802
21.8966693 22.2667263 23.0928968 23.1585225 24.0711855
24.4599496 24.9885743 25.5773516 26.0689535 26.3225070
27.1723583 28.0210788 28.2487477 29.1532173 29.2979747
30.5356105 31.2194135 31.5308344 31.6721714 32.3250338
34.3126745 34.4185300 35.0605381 35.8024993 36.8173928
38.4505235 38.8211866 39.4792331 40.0739945 41.1594856
41.4241963 41.6220258 42.3484756 42.8193017 43.5010755
44.5084260 44.7277898 45.8150137 46.7633229 47.0804534
48.3297187 48.9433374 49.3553241 50.1449885 50.9391246
51.8484289 52.4018314 53.4858314 54.3662894 54.8535543
56.1349056
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034314 0.0034314 0.0034324 0.0034331 0.0034341
0.0034344 65.6094956 76.8196801 96.2992225 101.5876346
121.0374395 139.2191388 141.6778198 159.8391113 175.1516903
202.6529246 222.5277125 232.8786882 233.4301645 238.7019334
245.7382891 248.7512104 259.6029484 273.2889184 289.0112213
298.0615851 300.8831994 312.2193899 314.8974469 329.1848913
333.5881347 337.7992077 348.5204095 363.6207754 370.0310552
374.5246107 385.0359023 393.3337727 397.8875499 401.7861024
412.8990677 415.4353483 424.3912843 425.5098867 433.9639679
442.2689733 446.7396237 453.1600393 455.7204723 472.2388236
475.9958889 481.8597429 492.1692994 493.2142270 498.2306145
508.1410842 512.4169245 521.8365418 522.5774968 532.7752239
537.0603113 542.8327230 549.1905640 554.4432222 557.1330279
566.0554118 574.8277243 577.1582129 586.3251522 587.7790194
600.0653975 606.7470174 609.7657293 611.1308395 617.3973689
636.0958549 637.0762853 642.9905187 649.7584752 658.9034712
673.3585963 676.5964006 682.3066973 687.4270183 696.6750374
698.9117239 700.5786327 706.6659590 710.5834211 716.2180755
724.4633145 726.2464115 735.0200578 742.5880600 745.1017761
754.9225771 759.6999021 762.8906364 768.9693828 775.0344712
781.9213670 786.0831972 794.1721549 800.6821131 804.2622177
813.6015714
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 17434
Rtb_to_modes> Number of blocs = 186
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9849E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9851E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9909E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9952E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3650
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5004
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7864
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8752
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.242
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.644
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.702
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.167
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.602
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.483
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.199
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.599
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.621
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.832
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.121
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.247
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.715
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.334
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.083
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.534
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.677
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.267
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.409
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.189
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.437
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.677
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.13
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1116 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99998 1.00003 1.00004
1.00003 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
0.99997 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00004 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99999 0.99998 1.00004 1.00001
0.99999 0.99999 0.99997 1.00002 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 1.00001
1.00000 1.00000 1.00004 1.00004 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99996 1.00004
1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00005
1.00000 0.99999 0.99998 0.99997 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00002
1.00000 1.00003 1.00000 1.00003 1.00000
1.00002 0.99997 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 313812 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99998 1.00003 1.00004
1.00003 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
0.99997 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00004 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99999 0.99998 1.00004 1.00001
0.99999 0.99999 0.99997 1.00002 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 1.00001
1.00000 1.00000 1.00004 1.00004 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99996 1.00004
1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00005
1.00000 0.99999 0.99998 0.99997 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00002
1.00000 1.00003 1.00000 1.00003 1.00000
1.00002 0.99997 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240108090935181724.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240108090935181724.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240108090935181724.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240108090935181724.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1106
First residue number = 21
Last residue number = 573
Number of atoms found = 17434
Mean number per residue = 15.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9849E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9851E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9909E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9952E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3650
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5004
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7864
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8752
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.242
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.644
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.702
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.167
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.602
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.483
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.199
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.599
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.621
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.832
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.121
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.247
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.715
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.334
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.083
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.534
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.677
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.267
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.409
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.189
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.437
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.677
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.13
Bfactors> 106 vectors, 52302 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.365000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.013 +/- 0.02
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.013
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 240108090935181724.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240108090935181724.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 240108090935181724.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240108090935181724.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 240108090935181724.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
240108090935181724.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4312E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4313E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 314.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 329.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 794.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.5
Projmod> 106 vectors, 52302 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1106
First residue number = 21
Last residue number = 573
Number of atoms found = 17434
Mean number per residue = 15.8
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1106
First residue number = 21
Last residue number = 573
Number of atoms found = 17436
Mean number per residue = 15.8
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 2 of first conformer: ARG 21 H1 not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240108090935181724 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
making animated gifs
11 models are in 240108090935181724.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 553 0.564 553 0.564
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 553 0.502 553 0.502
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 553 0.449 553 0.449
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 553 0.408 553 0.408
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 553 0.384 553 0.384
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 553 0.378 553 0.378
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 553 0.393 553 0.393
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 553 0.426 553 0.426
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 553 0.474 553 0.474
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 553 0.532 553 0.532
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 553 0.598 553 0.598
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240108090935181724 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
making animated gifs
11 models are in 240108090935181724.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 553 0.456 553 0.456
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 553 0.426 553 0.426
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 553 0.402 553 0.402
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 553 0.386 553 0.386
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 553 0.378 553 0.378
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 553 0.378 553 0.378
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 553 0.388 553 0.388
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 553 0.404 553 0.404
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 553 0.428 553 0.428
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 553 0.458 553 0.458
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 553 0.492 553 0.492
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240108090935181724 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
making animated gifs
11 models are in 240108090935181724.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 553 0.704 553 0.704
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 553 0.606 553 0.606
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 553 0.518 553 0.518
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 553 0.445 553 0.445
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 553 0.395 553 0.395
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 553 0.378 553 0.378
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 553 0.399 553 0.399
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 553 0.452 553 0.452
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 553 0.527 553 0.527
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 553 0.617 553 0.617
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 553 0.715 553 0.715
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240108090935181724 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
making animated gifs
11 models are in 240108090935181724.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 553 0.652 553 0.652
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 553 0.568 553 0.568
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 553 0.492 553 0.492
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 553 0.431 553 0.431
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 553 0.391 553 0.391
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 553 0.378 553 0.378
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 553 0.396 553 0.396
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 553 0.441 553 0.441
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 553 0.506 553 0.506
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 553 0.584 553 0.584
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 553 0.671 553 0.671
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240108090935181724 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240108090935181724.eigenfacs
240108090935181724.atom
making animated gifs
11 models are in 240108090935181724.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240108090935181724.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 553 0.860 543 0.693
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 553 0.730 548 0.656
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 553 0.609 553 0.609
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 553 0.501 553 0.501
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 553 0.419 553 0.419
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 553 0.378 553 0.378
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 553 0.393 553 0.393
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 553 0.457 553 0.457
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 553 0.554 553 0.554
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 553 0.669 552 0.656
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 553 0.795 544 0.668
240108090935181724.10.pdb
240108090935181724.11.pdb
240108090935181724.7.pdb
240108090935181724.8.pdb
240108090935181724.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 2m0.960s
user 2m0.330s
sys 0m0.436s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240108090935181724.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|
