*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240109110516359579.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240109110516359579.atom to be opened.
Openam> File opened: 240109110516359579.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 224
First residue number = 2
Last residue number = 225
Number of atoms found = 1812
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -6.869532 +/- 7.693824 From: -23.245000 To: 13.921000
= 14.278776 +/- 10.656569 From: -11.075000 To: 36.903000
= 7.360392 +/- 9.683074 From: -16.532000 To: 31.568000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.9059 % Filled.
Pdbmat> 724977 non-zero elements.
Pdbmat> 79355 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 87.59 +/- 23.95
Maximum number = 145
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 1.587100E+06
Pdbmat> Larger element = 536.862
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
224 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240109110516359579.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240109110516359579.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240109110516359579.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1812 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 224 residues.
Blocpdb> 12 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 16 atoms in block 2
Block first atom: 13
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 29
Blocpdb> 25 atoms in block 4
Block first atom: 49
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 74
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 88
Blocpdb> 11 atoms in block 7
Block first atom: 104
Blocpdb> 16 atoms in block 8
Block first atom: 115
Blocpdb> 15 atoms in block 9
Block first atom: 131
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 146
Blocpdb> 18 atoms in block 11
Block first atom: 161
Blocpdb> 14 atoms in block 12
Block first atom: 179
Blocpdb> 19 atoms in block 13
Block first atom: 193
Blocpdb> 12 atoms in block 14
Block first atom: 212
Blocpdb> 11 atoms in block 15
Block first atom: 224
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 235
Blocpdb> 23 atoms in block 17
Block first atom: 252
Blocpdb> 13 atoms in block 18
Block first atom: 275
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 288
Blocpdb> 14 atoms in block 20
Block first atom: 308
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 322
Blocpdb> 15 atoms in block 22
Block first atom: 339
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 354
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 369
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 383
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 401
Blocpdb> 9 atoms in block 27
Block first atom: 416
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 425
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 443
Blocpdb> 15 atoms in block 30
Block first atom: 459
Blocpdb> 15 atoms in block 31
Block first atom: 474
Blocpdb> 9 atoms in block 32
Block first atom: 489
Blocpdb> 30 atoms in block 33
Block first atom: 498
Blocpdb> 13 atoms in block 34
Block first atom: 528
Blocpdb> 16 atoms in block 35
Block first atom: 541
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 557
Blocpdb> 14 atoms in block 37
Block first atom: 571
Blocpdb> 14 atoms in block 38
Block first atom: 585
Blocpdb> 26 atoms in block 39
Block first atom: 599
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 625
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 642
Blocpdb> 19 atoms in block 42
Block first atom: 661
Blocpdb> 14 atoms in block 43
Block first atom: 680
Blocpdb> 15 atoms in block 44
Block first atom: 694
Blocpdb> 16 atoms in block 45
Block first atom: 709
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 725
Blocpdb> 26 atoms in block 47
Block first atom: 755
Blocpdb> 19 atoms in block 48
Block first atom: 781
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 800
Blocpdb> 19 atoms in block 50
Block first atom: 818
Blocpdb> 11 atoms in block 51
Block first atom: 837
Blocpdb> 12 atoms in block 52
Block first atom: 848
Blocpdb> 15 atoms in block 53
Block first atom: 860
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 875
Blocpdb> 14 atoms in block 55
Block first atom: 890
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 904
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 922
Blocpdb> 16 atoms in block 58
Block first atom: 934
Blocpdb> 17 atoms in block 59
Block first atom: 950
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 967
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 983
Blocpdb> 16 atoms in block 62
Block first atom: 1003
Blocpdb> 18 atoms in block 63
Block first atom: 1019
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1037
Blocpdb> 13 atoms in block 65
Block first atom: 1053
Blocpdb> 15 atoms in block 66
Block first atom: 1066
Blocpdb> 11 atoms in block 67
Block first atom: 1081
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1092
Blocpdb> 22 atoms in block 69
Block first atom: 1108
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1130
Blocpdb> 21 atoms in block 71
Block first atom: 1146
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1167
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1185
Blocpdb> 11 atoms in block 74
Block first atom: 1200
Blocpdb> 18 atoms in block 75
Block first atom: 1211
Blocpdb> 21 atoms in block 76
Block first atom: 1229
Blocpdb> 14 atoms in block 77
Block first atom: 1250
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1264
Blocpdb> 8 atoms in block 79
Block first atom: 1281
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1289
Blocpdb> 17 atoms in block 81
Block first atom: 1304
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1321
Blocpdb> 22 atoms in block 83
Block first atom: 1337
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1359
Blocpdb> 17 atoms in block 85
Block first atom: 1376
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 1393
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1410
Blocpdb> 16 atoms in block 88
Block first atom: 1422
Blocpdb> 11 atoms in block 89
Block first atom: 1438
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1449
Blocpdb> 19 atoms in block 91
Block first atom: 1464
Blocpdb> 10 atoms in block 92
Block first atom: 1483
Blocpdb> 15 atoms in block 93
Block first atom: 1493
Blocpdb> 15 atoms in block 94
Block first atom: 1508
Blocpdb> 22 atoms in block 95
Block first atom: 1523
Blocpdb> 15 atoms in block 96
Block first atom: 1545
Blocpdb> 8 atoms in block 97
Block first atom: 1560
Blocpdb> 12 atoms in block 98
Block first atom: 1568
Blocpdb> 14 atoms in block 99
Block first atom: 1580
Blocpdb> 16 atoms in block 100
Block first atom: 1594
Blocpdb> 22 atoms in block 101
Block first atom: 1610
Blocpdb> 12 atoms in block 102
Block first atom: 1632
Blocpdb> 18 atoms in block 103
Block first atom: 1644
Blocpdb> 16 atoms in block 104
Block first atom: 1662
Blocpdb> 14 atoms in block 105
Block first atom: 1678
Blocpdb> 12 atoms in block 106
Block first atom: 1692
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1704
Blocpdb> 19 atoms in block 108
Block first atom: 1721
Blocpdb> 26 atoms in block 109
Block first atom: 1740
Blocpdb> 13 atoms in block 110
Block first atom: 1766
Blocpdb> 22 atoms in block 111
Block first atom: 1779
Blocpdb> 12 atoms in block 112
Block first atom: 1800
Blocpdb> 112 blocks.
Blocpdb> At most, 30 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 725089 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5436
Prepmat> Matrix trace = 1587100.0000
Prepmat> Last element read: 5436 5436 136.4541
Prepmat> 6329 lines saved.
Prepmat> 5072 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1812
RTB> Total mass = 1812.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1812
RTB> Number of blocks = 112
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 168718.5319
RTB> 43536 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 672
Diagstd> Nb of non-zero elements: 43536
Diagstd> Projected matrix trace = 168718.5319
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 672 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 168718.5319
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 7.4347752 9.2137856 12.5192925 14.9919325
15.9714176 17.3124122 17.7115709 18.3329124 19.3070240
20.1985775 22.8102222 24.0295129 24.3476056 26.7200806
27.3441533 27.9362144 29.6004392 30.3453134 30.6238706
31.7823401 32.1714023 34.2613417 36.8185864 37.5369290
38.2209448 42.3246310 43.1469860 43.6120199 44.5694284
45.5490603 45.8032628 47.1794453 47.9915903 49.3054862
49.6998891 50.5699110 51.6992168 52.1537385 53.4545383
53.8605173 55.8117860 56.5882983 57.9080198 58.6248621
59.3681884 60.7869010 61.6084869 63.4610854 64.8998380
65.8152833 66.7016718 67.1534767 68.1948952 68.9784573
70.4506665 70.7531137 71.0967142 73.2746732 74.7073679
75.0539450 75.5402981 76.2352905 78.8525093 79.4666554
79.6412740 80.4391088 81.6246833 82.0178714 83.1681295
84.4701788 85.6134570 86.8278674 87.0503376 87.8901717
88.9654675 91.3537771 92.2125595 92.8451548 93.6436169
94.6674282 96.4785024 97.7305499 97.9571225 98.3357570
99.2597079 100.2469659 101.4227338 102.0654840 102.6760280
104.2463436 104.8802921 106.7313728 107.0773046 108.0248079
108.4549125 109.1148058 109.8216452 110.5561202 112.2102475
112.6859361
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034324 0.0034325 0.0034334 0.0034336
0.0034339 296.0937241 329.6205895 384.2246053 420.4594223
433.9772994 451.8289696 457.0080200 464.9550960 477.1478244
488.0402853 518.6328696 532.3138476 535.8255384 561.3247124
567.8420115 573.9566049 590.8052662 598.1926793 600.9319860
612.1927971 615.9284655 635.6198670 658.9141526 665.3109169
671.3453564 706.4669842 713.2971883 717.1308091 724.9596120
732.8835789 734.9257906 745.8846943 752.2771164 762.5053639
765.5489939 772.2205857 780.7954294 784.2201604 793.9397964
796.9490192 811.2565955 816.8806289 826.3511530 831.4501141
836.7046425 846.6429216 852.3452622 865.0655715 874.8167438
880.9650063 886.8775056 889.8760761 896.7496447 901.8867754
911.4604599 913.4148307 915.6300665 929.5488659 938.5923235
940.7669302 943.8101151 948.1418362 964.2797339 968.0276173
969.0905968 973.9326054 981.0836425 983.4437556 990.3158893
998.0377926 1004.7691618 1011.8702965 1013.1657735 1018.0413932
1024.2500949 1037.9072231 1042.7742990 1046.3449984 1050.8346144
1056.5634180 1066.6220486 1073.5207702 1074.7644429 1076.8395874
1081.8866869 1087.2537113 1093.6111680 1097.0709869 1100.3473712
1108.7297372 1112.0958610 1121.8668827 1123.6834783 1128.6441413
1130.8887777 1134.3240034 1137.9921153 1141.7911564 1150.3011141
1152.7367491
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1812
Rtb_to_modes> Number of blocs = 112
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9883E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.435
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.214
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.7
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 672 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
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1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 32616 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
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1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 0.99996 1.00001 0.99998
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1.00000 0.99998 1.00002 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
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0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 1.00002
1.00003 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
0.99997 1.00003 0.99999 1.00002 0.99997
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997
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0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 1.00004
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00002
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240109110516359579.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240109110516359579.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240109110516359579.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240109110516359579.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 224
First residue number = 2
Last residue number = 225
Number of atoms found = 1812
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9883E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.435
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.214
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.34
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.26
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.8
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.7
Bfactors> 106 vectors, 5436 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 7.435000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.560 for 238 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.015 +/- 0.01
Bfactors> = 13.469 +/- 7.38
Bfactors> Shiftng-fct= 13.454
Bfactors> Scaling-fct= 650.699
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240109110516359579 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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240109110516359579.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240109110516359579.eigenfacs
240109110516359579.atom
making animated gifs
11 models are in 240109110516359579.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240109110516359579 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=60
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240109110516359579.atom
making animated gifs
11 models are in 240109110516359579.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240109110516359579 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240109110516359579 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240109110516359579.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240109110516359579 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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making animated gifs
11 models are in 240109110516359579.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240109110516359579.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
240109110516359579.10.pdb
240109110516359579.11.pdb
240109110516359579.7.pdb
240109110516359579.8.pdb
240109110516359579.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.827s
user 0m5.795s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240109110516359579.Chkmod.res: No such file or directory
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