*** HYDROLASE (SULFHYDRYL PROTEINASE) 31-MAR-86 9PAP ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240110225851597584.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240110225851597584.atom to be opened.
Openam> File opened: 240110225851597584.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 211
First residue number = 1
Last residue number = 212
Number of atoms found = 1646
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 30.858674 +/- 7.498344 From: 14.280000 To: 48.123000
= 70.350708 +/- 11.714952 From: 45.616000 To: 96.708000
= 12.819265 +/- 8.490833 From: -7.654000 To: 33.257000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.1549 % Filled.
Pdbmat> 628614 non-zero elements.
Pdbmat> 68762 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.55 +/- 22.97
Maximum number = 129
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 1.375240E+06
Pdbmat> Larger element = 495.622
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
211 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240110225851597584.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240110225851597584.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240110225851597584.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1646 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 211 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 21 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 25 atoms in block 4
Block first atom: 52
Blocpdb> 18 atoms in block 5
Block first atom: 77
Blocpdb> 9 atoms in block 6
Block first atom: 95
Blocpdb> 14 atoms in block 7
Block first atom: 104
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 118
Blocpdb> 17 atoms in block 9
Block first atom: 132
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 149
Blocpdb> 12 atoms in block 11
Block first atom: 162
Blocpdb> 10 atoms in block 12
Block first atom: 174
Blocpdb> 19 atoms in block 13
Block first atom: 184
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 203
Blocpdb> 12 atoms in block 15
Block first atom: 220
Blocpdb> 14 atoms in block 16
Block first atom: 232
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 246
Blocpdb> 12 atoms in block 18
Block first atom: 263
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 275
Blocpdb> 19 atoms in block 20
Block first atom: 292
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 311
Blocpdb> 16 atoms in block 22
Block first atom: 322
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 338
Blocpdb> 18 atoms in block 24
Block first atom: 355
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 373
Blocpdb> 17 atoms in block 26
Block first atom: 391
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 408
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 424
Blocpdb> 22 atoms in block 29
Block first atom: 438
Blocpdb> 18 atoms in block 30
Block first atom: 460
Blocpdb> 10 atoms in block 31
Block first atom: 478
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 488
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 500
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 516
Blocpdb> 11 atoms in block 35
Block first atom: 537
Blocpdb> 17 atoms in block 36
Block first atom: 548
Blocpdb> 15 atoms in block 37
Block first atom: 565
Blocpdb> 14 atoms in block 38
Block first atom: 580
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 594
Blocpdb> 18 atoms in block 40
Block first atom: 610
Blocpdb> 23 atoms in block 41
Block first atom: 628
Blocpdb> 15 atoms in block 42
Block first atom: 651
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 666
Blocpdb> 21 atoms in block 44
Block first atom: 685
Blocpdb> 11 atoms in block 45
Block first atom: 706
Blocpdb> 20 atoms in block 46
Block first atom: 717
Blocpdb> 18 atoms in block 47
Block first atom: 737
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 755
Blocpdb> 20 atoms in block 49
Block first atom: 772
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 792
Blocpdb> 19 atoms in block 51
Block first atom: 805
Blocpdb> 10 atoms in block 52
Block first atom: 824
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 834
Blocpdb> 12 atoms in block 54
Block first atom: 850
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 862
Blocpdb> 16 atoms in block 56
Block first atom: 880
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 896
Blocpdb> 20 atoms in block 58
Block first atom: 912
Blocpdb> 13 atoms in block 59
Block first atom: 932
Blocpdb> 13 atoms in block 60
Block first atom: 945
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 958
Blocpdb> 14 atoms in block 62
Block first atom: 978
Blocpdb> 13 atoms in block 63
Block first atom: 992
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1005
Blocpdb> 13 atoms in block 65
Block first atom: 1021
Blocpdb> 14 atoms in block 66
Block first atom: 1034
Blocpdb> 17 atoms in block 67
Block first atom: 1048
Blocpdb> 10 atoms in block 68
Block first atom: 1065
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 1075
Blocpdb> 19 atoms in block 70
Block first atom: 1085
Blocpdb> 17 atoms in block 71
Block first atom: 1104
Blocpdb> 23 atoms in block 72
Block first atom: 1121
Blocpdb> 8 atoms in block 73
Block first atom: 1144
Blocpdb> 19 atoms in block 74
Block first atom: 1152
Blocpdb> 11 atoms in block 75
Block first atom: 1171
Blocpdb> 13 atoms in block 76
Block first atom: 1182
Blocpdb> 12 atoms in block 77
Block first atom: 1195
Blocpdb> 16 atoms in block 78
Block first atom: 1207
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 1223
Blocpdb> 12 atoms in block 80
Block first atom: 1241
Blocpdb> 10 atoms in block 81
Block first atom: 1253
Blocpdb> 11 atoms in block 82
Block first atom: 1263
Blocpdb> 16 atoms in block 83
Block first atom: 1274
Blocpdb> 15 atoms in block 84
Block first atom: 1290
Blocpdb> 20 atoms in block 85
Block first atom: 1305
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 1325
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 1341
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 1358
Blocpdb> 11 atoms in block 89
Block first atom: 1378
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 1389
Blocpdb> 13 atoms in block 91
Block first atom: 1407
Blocpdb> 12 atoms in block 92
Block first atom: 1420
Blocpdb> 20 atoms in block 93
Block first atom: 1432
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1452
Blocpdb> 20 atoms in block 95
Block first atom: 1471
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 1491
Blocpdb> 12 atoms in block 97
Block first atom: 1502
Blocpdb> 18 atoms in block 98
Block first atom: 1514
Blocpdb> 11 atoms in block 99
Block first atom: 1532
Blocpdb> 10 atoms in block 100
Block first atom: 1543
Blocpdb> 20 atoms in block 101
Block first atom: 1553
Blocpdb> 13 atoms in block 102
Block first atom: 1573
Blocpdb> 17 atoms in block 103
Block first atom: 1586
Blocpdb> 19 atoms in block 104
Block first atom: 1603
Blocpdb> 16 atoms in block 105
Block first atom: 1622
Blocpdb> 9 atoms in block 106
Block first atom: 1637
Blocpdb> 106 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 628720 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4938
Prepmat> Matrix trace = 1375240.0000
Prepmat> Last element read: 4938 4938 161.4949
Prepmat> 5672 lines saved.
Prepmat> 4513 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1646
RTB> Total mass = 1646.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1646
RTB> Number of blocks = 106
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 150861.7691
RTB> 40098 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 636
Diagstd> Nb of non-zero elements: 40098
Diagstd> Projected matrix trace = 150861.7691
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 636 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 150861.7691
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 5.6548290 6.0549322 7.7303479 14.9670789
16.3072082 17.1840247 18.8169025 20.6017227 21.4588667
22.3391038 23.9432897 24.9145574 26.9224556 27.9776752
29.9541509 31.5836919 32.8318518 33.5056216 34.5399096
36.0486705 37.5449388 38.0309710 38.5001573 39.9087182
42.3834060 42.9123556 44.1221207 44.8185126 45.8812193
47.3650071 47.9896068 48.3709934 48.8064042 50.3917335
51.2750163 52.4324931 53.2283707 53.7584362 54.7742651
55.6331570 56.7518124 57.1703141 59.1456285 59.8443962
60.2088059 61.8092200 62.4066547 63.0470179 64.0859992
64.6078612 65.2241388 67.3792713 67.5341249 69.5740053
70.1066217 71.5932159 73.5523303 74.5055210 74.8384912
76.3092650 77.2308351 77.7393464 78.2062531 79.2583595
80.3553750 81.4165069 81.8470951 82.7271819 83.6899445
85.8210383 86.3324170 86.7302022 88.9786371 89.3267040
90.0996689 92.0668090 92.7922455 93.3452525 93.9223092
95.0445638 95.7718377 97.5137610 97.6056485 98.4948653
99.8575132 100.5653603 101.6374770 102.6300936 103.5900613
104.0262735 105.1982092 105.7772352 107.1481196 107.7395581
109.1380383 109.1616015 110.9393793 111.5937091 112.6646593
113.0133240
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034329 0.0034332 0.0034333 0.0034339
0.0034340 258.2290037 267.2082870 301.9220281 420.1107587
438.5156406 450.1504876 471.0525371 492.8866431 503.0355416
513.2490489 531.3579598 542.0281833 563.4464088 574.3823586
594.3247100 610.2766133 622.2185714 628.5706812 638.1986458
651.9884561 665.3818966 669.6748468 673.7930577 686.0079836
706.9573395 711.3551134 721.3125184 726.9825725 735.5509412
747.3500769 752.2615699 755.2448696 758.6364170 770.8589689
777.5855541 786.3131420 792.2584258 796.1934377 803.6807389
809.9573167 818.0599818 821.0707283 835.1348479 840.0536537
842.6074356 853.7326915 857.8487676 862.2387866 869.3143729
872.8466759 876.9997249 891.3708659 892.3945693 905.7717744
909.2321844 918.8216414 931.3083541 937.3235060 939.4156519
948.6017371 954.3125734 957.4491603 960.3201020 966.7581004
973.4255615 979.8317614 982.4193669 987.6871316 993.4177604
1005.9865226 1008.9792387 1011.3010534 1024.3259022 1026.3274276
1030.7583883 1041.9498724 1046.0468173 1049.1592108 1052.3971450
1058.6658917 1062.7085892 1072.3294509 1072.8345615 1077.7104044
1085.1397022 1088.9789558 1094.7683117 1100.1012109 1105.2342261
1107.5588224 1113.7800988 1116.8410956 1124.0549881 1127.1530105
1134.4447559 1134.5672143 1143.7685381 1147.1366008 1152.6279172
1154.4100650
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1646
Rtb_to_modes> Number of blocs = 106
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.055
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.730
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.0
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 636 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 0.99996 1.00001 0.99998 1.00003
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
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1.00000 0.99997 0.99997 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
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0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
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1.00002 1.00000 1.00003 0.99998 0.99999
1.00002 1.00001 0.99998 1.00000 1.00003
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0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 29628 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99996 1.00001 0.99998 1.00003
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
0.99997 1.00001 1.00003 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 0.99997 0.99997 0.99999
1.00000 0.99997 0.99997 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99995
0.99999 0.99998 1.00002 1.00004 0.99995
1.00000 0.99997 0.99998 0.99997 0.99999
1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
1.00002 1.00001 0.99997 1.00002 0.99999
1.00000 1.00002 0.99998 1.00003 1.00000
1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 0.99998
1.00002 1.00000 1.00003 0.99998 0.99999
1.00002 1.00001 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000 0.99998 1.00004 1.00001 1.00000
1.00002 1.00001 1.00002 0.99998 1.00001
0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240110225851597584.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240110225851597584.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240110225851597584.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240110225851597584.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 211
First residue number = 1
Last residue number = 212
Number of atoms found = 1646
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.055
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.730
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.0
Bfactors> 106 vectors, 4938 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 5.655000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.570 for 211 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.019 +/- 0.01
Bfactors> = 11.853 +/- 6.92
Bfactors> Shiftng-fct= 11.834
Bfactors> Scaling-fct= 485.321
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240110225851597584 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
making animated gifs
11 models are in 240110225851597584.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240110225851597584 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
240110225851597584.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
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making animated gifs
11 models are in 240110225851597584.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240110225851597584 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240110225851597584 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240110225851597584.eigenfacs
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240110225851597584.atom
making animated gifs
11 models are in 240110225851597584.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240110225851597584 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240110225851597584.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240110225851597584.eigenfacs
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240110225851597584.eigenfacs
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240110225851597584.eigenfacs
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240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
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240110225851597584.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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240110225851597584.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
240110225851597584.eigenfacs
240110225851597584.atom
making animated gifs
11 models are in 240110225851597584.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110225851597584.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
240110225851597584.10.pdb
240110225851597584.11.pdb
240110225851597584.7.pdb
240110225851597584.8.pdb
240110225851597584.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.152s
user 0m4.956s
sys 0m0.028s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240110225851597584.Chkmod.res: No such file or directory
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