*** HYDROLASE (SULFHYDRYL PROTEINASE) 01-NOV-76 2PAD ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240110231412668287.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240110231412668287.atom to be opened.
Openam> File opened: 240110231412668287.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 212
First residue number = 1
Last residue number = 212
Number of atoms found = 1655
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 31.093344 +/- 7.527084 From: 14.446000 To: 49.010000
= 70.495029 +/- 11.663535 From: 45.201000 To: 96.837000
= 12.796455 +/- 8.606778 From: -8.063000 To: 36.111000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.1144 % Filled.
Pdbmat> 630510 non-zero elements.
Pdbmat> 68965 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.34 +/- 23.64
Maximum number = 129
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 1.379300E+06
Pdbmat> Larger element = 510.378
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
212 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240110231412668287.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240110231412668287.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240110231412668287.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1655 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 212 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 21 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 25 atoms in block 4
Block first atom: 52
Blocpdb> 18 atoms in block 5
Block first atom: 77
Blocpdb> 9 atoms in block 6
Block first atom: 95
Blocpdb> 14 atoms in block 7
Block first atom: 104
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 118
Blocpdb> 17 atoms in block 9
Block first atom: 132
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 149
Blocpdb> 12 atoms in block 11
Block first atom: 162
Blocpdb> 10 atoms in block 12
Block first atom: 174
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 184
Blocpdb> 16 atoms in block 14
Block first atom: 204
Blocpdb> 11 atoms in block 15
Block first atom: 220
Blocpdb> 14 atoms in block 16
Block first atom: 231
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 245
Blocpdb> 13 atoms in block 18
Block first atom: 260
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 273
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 289
Blocpdb> 18 atoms in block 21
Block first atom: 306
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 324
Blocpdb> 16 atoms in block 23
Block first atom: 336
Blocpdb> 21 atoms in block 24
Block first atom: 352
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 373
Blocpdb> 18 atoms in block 26
Block first atom: 388
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 406
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 422
Blocpdb> 19 atoms in block 29
Block first atom: 436
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 455
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 472
Blocpdb> 14 atoms in block 32
Block first atom: 488
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 502
Blocpdb> 19 atoms in block 34
Block first atom: 510
Blocpdb> 20 atoms in block 35
Block first atom: 529
Blocpdb> 13 atoms in block 36
Block first atom: 549
Blocpdb> 17 atoms in block 37
Block first atom: 562
Blocpdb> 12 atoms in block 38
Block first atom: 579
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 591
Blocpdb> 12 atoms in block 40
Block first atom: 612
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 624
Blocpdb> 19 atoms in block 42
Block first atom: 646
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 665
Blocpdb> 19 atoms in block 44
Block first atom: 684
Blocpdb> 13 atoms in block 45
Block first atom: 703
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 716
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 732
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 755
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 772
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 789
Blocpdb> 11 atoms in block 51
Block first atom: 807
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 818
Blocpdb> 14 atoms in block 53
Block first atom: 835
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 849
Blocpdb> 11 atoms in block 55
Block first atom: 864
Blocpdb> 20 atoms in block 56
Block first atom: 875
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 895
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 911
Blocpdb> 17 atoms in block 59
Block first atom: 930
Blocpdb> 9 atoms in block 60
Block first atom: 947
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 956
Blocpdb> 18 atoms in block 62
Block first atom: 972
Blocpdb> 13 atoms in block 63
Block first atom: 990
Blocpdb> 17 atoms in block 64
Block first atom: 1003
Blocpdb> 14 atoms in block 65
Block first atom: 1020
Blocpdb> 13 atoms in block 66
Block first atom: 1034
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 1047
Blocpdb> 14 atoms in block 68
Block first atom: 1062
Blocpdb> 9 atoms in block 69
Block first atom: 1076
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1085
Blocpdb> 20 atoms in block 71
Block first atom: 1102
Blocpdb> 20 atoms in block 72
Block first atom: 1122
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1142
Blocpdb> 12 atoms in block 74
Block first atom: 1157
Blocpdb> 18 atoms in block 75
Block first atom: 1169
Blocpdb> 11 atoms in block 76
Block first atom: 1187
Blocpdb> 10 atoms in block 77
Block first atom: 1198
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1208
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1225
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1240
Blocpdb> 12 atoms in block 81
Block first atom: 1255
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 1267
Blocpdb> 16 atoms in block 83
Block first atom: 1279
Blocpdb> 11 atoms in block 84
Block first atom: 1295
Blocpdb> 20 atoms in block 85
Block first atom: 1306
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 1326
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 1342
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1359
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1373
Blocpdb> 11 atoms in block 90
Block first atom: 1391
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1402
Blocpdb> 17 atoms in block 92
Block first atom: 1420
Blocpdb> 16 atoms in block 93
Block first atom: 1437
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1453
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 1472
Blocpdb> 15 atoms in block 96
Block first atom: 1489
Blocpdb> 11 atoms in block 97
Block first atom: 1504
Blocpdb> 14 atoms in block 98
Block first atom: 1515
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1529
Blocpdb> 13 atoms in block 100
Block first atom: 1545
Blocpdb> 12 atoms in block 101
Block first atom: 1558
Blocpdb> 19 atoms in block 102
Block first atom: 1570
Blocpdb> 12 atoms in block 103
Block first atom: 1589
Blocpdb> 23 atoms in block 104
Block first atom: 1601
Blocpdb> 14 atoms in block 105
Block first atom: 1624
Blocpdb> 18 atoms in block 106
Block first atom: 1637
Blocpdb> 106 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 630616 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4965
Prepmat> Matrix trace = 1379300.0000
Prepmat> Last element read: 4965 4965 127.3416
Prepmat> 5672 lines saved.
Prepmat> 4515 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1655
RTB> Total mass = 1655.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1655
RTB> Number of blocks = 106
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 151047.6344
RTB> 40026 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 636
Diagstd> Nb of non-zero elements: 40026
Diagstd> Projected matrix trace = 151047.6344
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 636 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 151047.6344
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 5.7371244 6.1178727 7.7910752 14.1892231
15.9804125 17.5342087 17.8274480 20.0670406 20.6280861
21.0113947 21.9434650 23.5858196 25.3563111 26.4781888
27.4287715 28.2024555 28.5928976 29.9289916 31.2737651
31.9544517 32.2138953 35.0877589 35.6570875 36.5011985
37.7575326 38.5528107 40.2256537 40.5510354 41.6870004
42.4146218 43.9997939 44.3545175 45.4000589 46.5474078
47.5462044 48.9314665 49.5263879 50.5721708 52.7611222
53.9796666 54.5709537 55.0311882 56.2329874 57.1584646
57.7343207 58.7423287 59.5841769 60.2359051 60.4986896
61.4170165 63.2765546 64.0007421 64.9113935 65.7707700
67.2254412 68.4419650 68.6098631 70.0315204 71.2862775
72.7616178 73.1054996 74.0306677 75.4007894 75.8495459
76.4664858 78.2319957 78.5803982 79.7321565 80.9793050
82.2506030 83.4702051 84.0278749 84.9068552 86.0674266
86.7174110 87.6379891 88.4182959 90.0849031 90.9447309
92.2666914 93.1770151 94.1050503 94.6023227 95.6237741
96.2008656 97.0507419 97.4887492 98.7339423 99.4933542
100.0818406 100.6821631 101.6791469 103.3344991 103.5153814
104.1077346 104.5082945 104.8707521 105.9125960 106.5722578
107.7449044
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034330 0.0034337 0.0034342 0.0034350 0.0034354
0.0034355 260.1012355 268.5935005 303.1056136 409.0482964
434.0994873 454.7140418 458.5005592 486.4485855 493.2019084
497.7631250 508.6837722 527.3764917 546.8123522 558.7781531
568.7199436 576.6851147 580.6632821 594.0750628 607.2749478
613.8481696 616.3351009 643.2400771 648.4376361 656.0679810
667.2630605 674.2536452 688.7265666 691.5064801 701.1252428
707.2176319 720.3119193 723.2096458 731.6838820 740.8717422
748.7782257 759.6077658 764.2115681 772.2378397 788.7734654
797.8300305 802.1877989 805.5633981 814.3120440 820.9856331
825.1108736 832.2826858 838.2252756 842.7970376 844.6334259
851.0197482 863.8069467 868.7359327 874.8946211 880.6670418
890.3527629 898.3726365 899.4738808 908.7450490 916.8499144
926.2888869 928.4751933 934.3317637 942.9381926 945.7400325
949.5784413 960.4781397 962.6144857 969.6433773 977.1974000
984.8380637 992.1127264 995.4213934 1000.6141916 1007.4295589
1011.2264765 1016.5798151 1021.0954724 1030.6739232 1035.5809465
1043.0803258 1048.2133275 1053.4204520 1056.2000410 1061.8867960
1065.0862307 1069.7805811 1072.1919182 1079.0175773 1083.1592588
1086.3578883 1089.6111758 1094.9927084 1103.8700480 1104.8357626
1107.9923920 1110.1218749 1112.0452811 1117.5554655 1121.0303319
1127.1809759
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1655
Rtb_to_modes> Number of blocs = 106
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.737
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.118
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.791
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.7
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 636 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 0.99998
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1.00003 1.00003 0.99999 0.99999 0.99997
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1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 29790 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
0.99999 1.00003 1.00002 0.99997 0.99995
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0.99998 0.99999 0.99997 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 0.99998
0.99999 0.99998 1.00000 1.00003 0.99999
1.00003 1.00003 0.99999 0.99999 0.99997
1.00001 1.00004 0.99999 1.00001 0.99997
0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002
1.00003 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 0.99998
1.00000 0.99996 1.00002 0.99997 0.99998
0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
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0.99999 1.00000 0.99997 1.00003 1.00000
1.00002 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002
0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00003
1.00001 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000
1.00000 1.00002 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240110231412668287.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240110231412668287.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240110231412668287.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240110231412668287.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 212
First residue number = 1
Last residue number = 212
Number of atoms found = 1655
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.737
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.118
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.791
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.73
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.7
Bfactors> 106 vectors, 4965 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 5.737000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.019 +/- 0.02
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.019
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240110231412668287 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
making animated gifs
11 models are in 240110231412668287.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240110231412668287 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240110231412668287.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
240110231412668287.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
240110231412668287.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
making animated gifs
11 models are in 240110231412668287.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240110231412668287 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240110231412668287.atom
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calculating perturbed structure for DQ=0
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=100
240110231412668287.eigenfacs
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240110231412668287 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240110231412668287.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
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240110231412668287.eigenfacs
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11 models are in 240110231412668287.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240110231412668287 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240110231412668287.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
240110231412668287.eigenfacs
240110231412668287.atom
making animated gifs
11 models are in 240110231412668287.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240110231412668287.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
240110231412668287.10.pdb
240110231412668287.11.pdb
240110231412668287.7.pdb
240110231412668287.8.pdb
240110231412668287.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m4.998s
user 0m4.970s
sys 0m0.028s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240110231412668287.Chkmod.res: No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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