*** HVEM ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240112144245863457.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240112144245863457.atom to be opened.
Openam> File opened: 240112144245863457.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 283
First residue number = 1
Last residue number = 283
Number of atoms found = 4174
Mean number per residue = 14.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -67.702344 +/- 14.997681 From: -100.763000 To: -26.200000
= -62.296659 +/- 49.183633 From: -178.477000 To: 18.785000
= 117.562061 +/- 32.066285 From: 53.914000 To: 195.249000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.6764 % Filled.
Pdbmat> 2098491 non-zero elements.
Pdbmat> 230418 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 110.41 +/- 41.58
Maximum number = 241
Minimum number = 20
Pdbmat> Matrix trace = 4.608360E+06
Pdbmat> Larger element = 839.750
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
283 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240112144245863457.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240112144245863457.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240112144245863457.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4174 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 283 residues.
Blocpdb> 34 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 28 atoms in block 2
Block first atom: 35
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 63
Blocpdb> 31 atoms in block 4
Block first atom: 82
Blocpdb> 28 atoms in block 5
Block first atom: 113
Blocpdb> 38 atoms in block 6
Block first atom: 141
Blocpdb> 35 atoms in block 7
Block first atom: 179
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 214
Blocpdb> 36 atoms in block 9
Block first atom: 242
Blocpdb> 28 atoms in block 10
Block first atom: 278
Blocpdb> 43 atoms in block 11
Block first atom: 306
Blocpdb> 35 atoms in block 12
Block first atom: 349
Blocpdb> 40 atoms in block 13
Block first atom: 384
Blocpdb> 33 atoms in block 14
Block first atom: 424
Blocpdb> 39 atoms in block 15
Block first atom: 457
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 496
Blocpdb> 25 atoms in block 17
Block first atom: 513
Blocpdb> 31 atoms in block 18
Block first atom: 538
Blocpdb> 24 atoms in block 19
Block first atom: 569
Blocpdb> 33 atoms in block 20
Block first atom: 593
Blocpdb> 21 atoms in block 21
Block first atom: 626
Blocpdb> 37 atoms in block 22
Block first atom: 647
Blocpdb> 27 atoms in block 23
Block first atom: 684
Blocpdb> 35 atoms in block 24
Block first atom: 711
Blocpdb> 23 atoms in block 25
Block first atom: 746
Blocpdb> 26 atoms in block 26
Block first atom: 769
Blocpdb> 20 atoms in block 27
Block first atom: 795
Blocpdb> 36 atoms in block 28
Block first atom: 815
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 851
Blocpdb> 21 atoms in block 30
Block first atom: 872
Blocpdb> 45 atoms in block 31
Block first atom: 893
Blocpdb> 38 atoms in block 32
Block first atom: 938
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 976
Blocpdb> 17 atoms in block 34
Block first atom: 1001
Blocpdb> 34 atoms in block 35
Block first atom: 1018
Blocpdb> 21 atoms in block 36
Block first atom: 1052
Blocpdb> 30 atoms in block 37
Block first atom: 1073
Blocpdb> 25 atoms in block 38
Block first atom: 1103
Blocpdb> 24 atoms in block 39
Block first atom: 1128
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 1152
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 1180
Blocpdb> 40 atoms in block 42
Block first atom: 1201
Blocpdb> 27 atoms in block 43
Block first atom: 1241
Blocpdb> 33 atoms in block 44
Block first atom: 1268
Blocpdb> 26 atoms in block 45
Block first atom: 1301
Blocpdb> 33 atoms in block 46
Block first atom: 1327
Blocpdb> 29 atoms in block 47
Block first atom: 1360
Blocpdb> 27 atoms in block 48
Block first atom: 1389
Blocpdb> 34 atoms in block 49
Block first atom: 1416
Blocpdb> 22 atoms in block 50
Block first atom: 1450
Blocpdb> 24 atoms in block 51
Block first atom: 1472
Blocpdb> 24 atoms in block 52
Block first atom: 1496
Blocpdb> 43 atoms in block 53
Block first atom: 1520
Blocpdb> 21 atoms in block 54
Block first atom: 1563
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 1584
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 1622
Blocpdb> 38 atoms in block 57
Block first atom: 1643
Blocpdb> 29 atoms in block 58
Block first atom: 1681
Blocpdb> 26 atoms in block 59
Block first atom: 1710
Blocpdb> 17 atoms in block 60
Block first atom: 1736
Blocpdb> 21 atoms in block 61
Block first atom: 1753
Blocpdb> 21 atoms in block 62
Block first atom: 1774
Blocpdb> 37 atoms in block 63
Block first atom: 1795
Blocpdb> 29 atoms in block 64
Block first atom: 1832
Blocpdb> 33 atoms in block 65
Block first atom: 1861
Blocpdb> 19 atoms in block 66
Block first atom: 1894
Blocpdb> 29 atoms in block 67
Block first atom: 1913
Blocpdb> 20 atoms in block 68
Block first atom: 1942
Blocpdb> 20 atoms in block 69
Block first atom: 1962
Blocpdb> 34 atoms in block 70
Block first atom: 1982
Blocpdb> 31 atoms in block 71
Block first atom: 2016
Blocpdb> 25 atoms in block 72
Block first atom: 2047
Blocpdb> 25 atoms in block 73
Block first atom: 2072
Blocpdb> 24 atoms in block 74
Block first atom: 2097
Blocpdb> 40 atoms in block 75
Block first atom: 2121
Blocpdb> 39 atoms in block 76
Block first atom: 2161
Blocpdb> 14 atoms in block 77
Block first atom: 2200
Blocpdb> 29 atoms in block 78
Block first atom: 2214
Blocpdb> 28 atoms in block 79
Block first atom: 2243
Blocpdb> 26 atoms in block 80
Block first atom: 2271
Blocpdb> 30 atoms in block 81
Block first atom: 2297
Blocpdb> 31 atoms in block 82
Block first atom: 2327
Blocpdb> 24 atoms in block 83
Block first atom: 2358
Blocpdb> 21 atoms in block 84
Block first atom: 2382
Blocpdb> 34 atoms in block 85
Block first atom: 2403
Blocpdb> 25 atoms in block 86
Block first atom: 2437
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 2462
Blocpdb> 33 atoms in block 88
Block first atom: 2483
Blocpdb> 30 atoms in block 89
Block first atom: 2516
Blocpdb> 27 atoms in block 90
Block first atom: 2546
Blocpdb> 34 atoms in block 91
Block first atom: 2573
Blocpdb> 36 atoms in block 92
Block first atom: 2607
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2643
Blocpdb> 43 atoms in block 94
Block first atom: 2665
Blocpdb> 30 atoms in block 95
Block first atom: 2708
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 2738
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 2770
Blocpdb> 21 atoms in block 98
Block first atom: 2787
Blocpdb> 22 atoms in block 99
Block first atom: 2808
Blocpdb> 28 atoms in block 100
Block first atom: 2830
Blocpdb> 40 atoms in block 101
Block first atom: 2858
Blocpdb> 48 atoms in block 102
Block first atom: 2898
Blocpdb> 39 atoms in block 103
Block first atom: 2946
Blocpdb> 18 atoms in block 104
Block first atom: 2985
Blocpdb> 30 atoms in block 105
Block first atom: 3003
Blocpdb> 35 atoms in block 106
Block first atom: 3033
Blocpdb> 35 atoms in block 107
Block first atom: 3068
Blocpdb> 27 atoms in block 108
Block first atom: 3103
Blocpdb> 25 atoms in block 109
Block first atom: 3130
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 3155
Blocpdb> 38 atoms in block 111
Block first atom: 3178
Blocpdb> 30 atoms in block 112
Block first atom: 3216
Blocpdb> 38 atoms in block 113
Block first atom: 3246
Blocpdb> 48 atoms in block 114
Block first atom: 3284
Blocpdb> 36 atoms in block 115
Block first atom: 3332
Blocpdb> 31 atoms in block 116
Block first atom: 3368
Blocpdb> 28 atoms in block 117
Block first atom: 3399
Blocpdb> 38 atoms in block 118
Block first atom: 3427
Blocpdb> 35 atoms in block 119
Block first atom: 3465
Blocpdb> 27 atoms in block 120
Block first atom: 3500
Blocpdb> 33 atoms in block 121
Block first atom: 3527
Blocpdb> 46 atoms in block 122
Block first atom: 3560
Blocpdb> 41 atoms in block 123
Block first atom: 3606
Blocpdb> 25 atoms in block 124
Block first atom: 3647
Blocpdb> 22 atoms in block 125
Block first atom: 3672
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 3694
Blocpdb> 30 atoms in block 127
Block first atom: 3719
Blocpdb> 34 atoms in block 128
Block first atom: 3749
Blocpdb> 29 atoms in block 129
Block first atom: 3783
Blocpdb> 27 atoms in block 130
Block first atom: 3812
Blocpdb> 28 atoms in block 131
Block first atom: 3839
Blocpdb> 28 atoms in block 132
Block first atom: 3867
Blocpdb> 28 atoms in block 133
Block first atom: 3895
Blocpdb> 26 atoms in block 134
Block first atom: 3923
Blocpdb> 31 atoms in block 135
Block first atom: 3949
Blocpdb> 29 atoms in block 136
Block first atom: 3980
Blocpdb> 33 atoms in block 137
Block first atom: 4009
Blocpdb> 31 atoms in block 138
Block first atom: 4042
Blocpdb> 21 atoms in block 139
Block first atom: 4073
Blocpdb> 35 atoms in block 140
Block first atom: 4094
Blocpdb> 28 atoms in block 141
Block first atom: 4129
Blocpdb> 18 atoms in block 142
Block first atom: 4156
Blocpdb> 142 blocks.
Blocpdb> At most, 48 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2098633 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 12522
Prepmat> Matrix trace = 4608360.0000
Prepmat> Last element read: 12522 12522 57.5696
Prepmat> 10154 lines saved.
Prepmat> 9187 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4174
RTB> Total mass = 4174.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4174
RTB> Number of blocks = 142
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 245023.2096
RTB> 32646 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 852
Diagstd> Nb of non-zero elements: 32646
Diagstd> Projected matrix trace = 245023.2096
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 852 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 245023.2096
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0007572 0.0016843 0.0037567 0.0060826
0.0103820 0.0133331 0.0209841 0.0247753 0.0615220
0.0716680 0.1022948 0.1380562 0.1542528 0.2056514
0.2414655 0.3203830 0.3740972 0.3982097 0.4068002
0.5049330 0.5587159 0.6982752 0.8961544 1.0703214
1.1372555 1.3422885 1.5415210 1.6237652 1.7909696
1.9137356 2.0808294 2.1843432 2.2844249 2.8099742
2.9479474 3.2098223 3.4144411 3.5636160 3.6355836
3.7462186 3.8920072 4.2529705 4.6501764 4.8866584
5.1047965 5.3097116 5.7301357 5.9277869 6.1114716
6.5466045 6.7839370 7.2795490 7.6976850 7.8374427
8.0923769 8.6177677 9.0116100 9.4049717 9.6036564
9.9475316 10.1712468 11.1380458 11.3018689 11.6274098
11.6321730 12.2426464 13.3229721 13.5955569 13.7481941
14.1489419 14.8313827 15.6543235 15.8276196 16.3219277
16.6599186 17.0374690 17.9051313 18.4810304 19.2238512
19.4808426 19.8962939 20.8474765 21.4438867 21.8283385
23.4781791 24.0001033 25.2252301 25.7413596 26.3500363
26.6355346 27.2393490 28.3161766 28.6684168 29.1358203
29.6755375 30.0090461 31.3762934 31.8880060 34.2637810
34.4305870
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034329 0.0034332 0.0034344 0.0034347
0.0034348 2.9880411 4.4566444 6.6558020 8.4691718
11.0646146 12.5389445 15.7304114 17.0924768 26.9345952
29.0708608 34.7313851 40.3481202 42.6492912 49.2448794
53.3608569 61.4653030 66.4182593 68.5253424 69.2605359
77.1635463 81.1691120 90.7420490 102.7984805 112.3446450
115.8041955 125.8108851 134.8248678 138.3747651 145.3246852
150.2229370 156.6439113 160.4928618 164.1283967 182.0314565
186.4468908 194.5520345 200.6573591 204.9938007 207.0533924
210.1802173 214.2308918 223.9450484 234.1693194 240.0497567
245.3491154 250.2250274 259.9427652 264.3878971 268.4529494
277.8454771 282.8369748 292.9864375 301.2834999 304.0062211
308.9109693 318.7811786 325.9841427 333.0228444 336.5220968
342.4939810 346.3238304 362.4096726 365.0651815 370.2855545
370.3613911 379.9556726 396.3654942 400.3997346 402.6411042
408.4672689 418.2019951 429.6476419 432.0192341 438.7135060
443.2326233 448.2267993 459.4984336 466.8295852 476.1189623
479.2908624 484.3746148 495.8177000 502.8599317 507.3476117
526.1716997 531.9879994 545.3971300 550.9485209 557.4242894
560.4359543 566.7527580 577.8466326 581.4295970 586.1501833
591.5542476 594.8690528 608.2695819 613.2096232 635.6424943
637.1878613
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4174
Rtb_to_modes> Number of blocs = 142
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9939E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.43
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 852 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000
0.99998 0.99999 1.00001 1.00004 0.99999
0.99996 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000
0.99999 1.00003 1.00002 1.00002 1.00000
1.00006 1.00001 0.99996 0.99999 1.00001
0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998
1.00000 1.00003 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00000 1.00004 0.99996
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0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 1.00001 0.99996 1.00000
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1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 75132 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
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1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000
0.99998 0.99999 1.00001 1.00004 0.99999
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0.99999 1.00003 1.00002 1.00002 1.00000
1.00006 1.00001 0.99996 0.99999 1.00001
0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998
1.00000 1.00003 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00000 1.00004 0.99996
0.99995 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002
0.99998 0.99997 0.99997 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00002 1.00002 1.00002
0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 1.00001 0.99996 1.00000
0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001
1.00001 0.99996 0.99998 0.99997 0.99999
1.00002 0.99997 1.00003 1.00000 1.00002
1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240112144245863457.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240112144245863457.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240112144245863457.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240112144245863457.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 283
First residue number = 1
Last residue number = 283
Number of atoms found = 4174
Mean number per residue = 14.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9939E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.5715E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.6843E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.7567E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.0826E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0382E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3333E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0984E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4775E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.1522E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.1668E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1023
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1381
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1543
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2057
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4068
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5049
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5587
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6983
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8962
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.070
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.137
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.342
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.542
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.624
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.791
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.914
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.081
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.184
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.284
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.948
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.210
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.414
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.564
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.636
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.746
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.892
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.253
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.650
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.887
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.105
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.310
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.730
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.928
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.111
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.547
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.784
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.280
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.698
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.837
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.092
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.618
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.012
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.405
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.604
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.948
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.43
Bfactors> 106 vectors, 12522 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000757
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 9.492 +/- 30.72
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -9.492
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 240112144245863457.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240112144245863457.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 240112144245863457.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240112144245863457.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 240112144245863457.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
240112144245863457.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.988
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.456
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.469
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 160.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 164.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 293.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.2
Projmod> 106 vectors, 12522 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 283
First residue number = 1
Last residue number = 283
Number of atoms found = 4174
Mean number per residue = 14.7
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 283
First residue number = 1
Last residue number = 283
Number of atoms found = 4174
Mean number per residue = 14.7
%Projmod-Wn> Atom 1809 has name HD1 in a file and HD2 in the other.
%Projmod-Wn> Atom 1810 has name HD2 in a file and HE1 in the other.
%Projmod-Wn> Atom 1811 has name HE1 in a file and HE2 in the other.
%Projmod-Wn> Atom 2855 has name HD1 in a file and HD2 in the other.
%Projmod-Wn> ...
%Projmod-Wn> 6 atoms have different names in the two pdb files.
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 4174 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 96.24
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.441 Sum= 0.195 q= -2743.6625
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.444 Sum= 0.392 q= -2761.1190
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.378 Sum= 0.535 q= 2350.0906
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.058 Sum= 0.538 q= -360.7011
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.100 Sum= 0.548 q= -620.2387
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.570 Sum= 0.873 q= -3542.6247
Vector: 7 F= 2.99 Cos= -0.083 Sum= 0.880 q= -516.8288
Vector: 8 F= 4.46 Cos= -0.039 Sum= 0.881 q= -244.3392
Vector: 9 F= 6.66 Cos= -0.060 Sum= 0.885 q= -374.0911
Vector: 10 F= 8.47 Cos= -0.003 Sum= 0.885 q= -19.9360
Vector: 11 F= 11.06 Cos= 0.049 Sum= 0.887 q= 306.7105
Vector: 12 F= 12.54 Cos= 0.090 Sum= 0.895 q= 559.7404
Vector: 13 F= 15.73 Cos= -0.020 Sum= 0.896 q= -125.4140
Vector: 14 F= 17.09 Cos= 0.022 Sum= 0.896 q= 139.3856
Vector: 15 F= 26.93 Cos= -0.002 Sum= 0.896 q= -11.5435
Vector: 16 F= 29.07 Cos= 0.042 Sum= 0.898 q= 261.6929
Vector: 17 F= 34.73 Cos= -0.069 Sum= 0.903 q= -429.9226
Vector: 18 F= 40.35 Cos= 0.009 Sum= 0.903 q= 53.5577
Vector: 19 F= 42.65 Cos= -0.040 Sum= 0.904 q= -250.1693
Vector: 20 F= 49.25 Cos= 0.037 Sum= 0.906 q= 229.7381
Vector: 21 F= 53.36 Cos= -0.052 Sum= 0.908 q= -321.5915
Vector: 22 F= 61.46 Cos= -0.069 Sum= 0.913 q= -430.6411
Vector: 23 F= 66.42 Cos= -0.014 Sum= 0.913 q= -84.3686
Vector: 24 F= 68.52 Cos= -0.089 Sum= 0.921 q= -555.6272
Vector: 25 F= 69.26 Cos= 0.061 Sum= 0.925 q= 379.8285
Vector: 26 F= 77.16 Cos= -0.087 Sum= 0.933 q= -540.5090
Vector: 27 F= 81.16 Cos= 0.014 Sum= 0.933 q= 89.0292
Vector: 28 F= 90.74 Cos= 0.027 Sum= 0.934 q= 170.6926
Vector: 29 F= 102.80 Cos= -0.018 Sum= 0.934 q= -113.8870
Vector: 30 F= 112.32 Cos= -0.045 Sum= 0.936 q= -280.3739
Vector: 31 F= 115.79 Cos= -0.062 Sum= 0.940 q= -383.1055
Vector: 32 F= 125.79 Cos= -0.020 Sum= 0.940 q= -123.6666
Vector: 33 F= 134.84 Cos= -0.043 Sum= 0.942 q= -270.3664
Vector: 34 F= 138.38 Cos= 0.032 Sum= 0.943 q= 198.4024
Vector: 35 F= 145.32 Cos= -0.051 Sum= 0.946 q= -319.7813
Vector: 36 F= 150.23 Cos= 0.028 Sum= 0.947 q= 177.0685
Vector: 37 F= 156.64 Cos= 0.026 Sum= 0.947 q= 159.1486
Vector: 38 F= 160.47 Cos= 0.008 Sum= 0.947 q= 50.7116
Vector: 39 F= 164.11 Cos= -0.010 Sum= 0.947 q= -62.8276
Vector: 40 F= 182.02 Cos= -0.007 Sum= 0.947 q= -42.2383
Vector: 41 F= 186.44 Cos= -0.000 Sum= 0.947 q= -1.2063
Vector: 42 F= 194.55 Cos= 0.007 Sum= 0.948 q= 40.6295
Vector: 43 F= 200.64 Cos= -0.039 Sum= 0.949 q= -239.4397
Vector: 44 F= 205.00 Cos= 0.049 Sum= 0.951 q= 303.0755
Vector: 45 F= 207.06 Cos= -0.002 Sum= 0.951 q= -11.6637
Vector: 46 F= 210.17 Cos= -0.019 Sum= 0.952 q= -119.1890
Vector: 47 F= 214.22 Cos= 0.022 Sum= 0.952 q= 136.3232
Vector: 48 F= 223.94 Cos= -0.013 Sum= 0.952 q= -78.9081
Vector: 49 F= 234.15 Cos= 0.070 Sum= 0.957 q= 434.7631
Vector: 50 F= 240.05 Cos= -0.002 Sum= 0.957 q= -13.4886
Vector: 51 F= 245.34 Cos= -0.030 Sum= 0.958 q= -187.0510
Vector: 52 F= 250.22 Cos= -0.071 Sum= 0.963 q= -441.8098
Vector: 53 F= 259.93 Cos= -0.003 Sum= 0.963 q= -15.6657
Vector: 54 F= 264.38 Cos= 0.067 Sum= 0.968 q= 415.2918
Vector: 55 F= 268.43 Cos= 0.044 Sum= 0.970 q= 272.5161
Vector: 56 F= 277.84 Cos= -0.021 Sum= 0.970 q= -131.9884
Vector: 57 F= 282.83 Cos= 0.016 Sum= 0.970 q= 101.8190
Vector: 58 F= 292.98 Cos= 0.036 Sum= 0.972 q= 222.3896
Vector: 59 F= 301.28 Cos= 0.024 Sum= 0.972 q= 147.8678
Vector: 60 F= 303.98 Cos= -0.045 Sum= 0.974 q= -277.9943
%Projmod-Wn> Eigenvector 61 Norm= 0.9999
Vector: 61 F= 308.89 Cos= 0.007 Sum= 0.974 q= 44.9403
Vector: 62 F= 318.77 Cos= 0.050 Sum= 0.977 q= 313.6460
Vector: 63 F= 325.98 Cos= 0.008 Sum= 0.977 q= 48.4063
Vector: 64 F= 333.01 Cos= 0.025 Sum= 0.977 q= 157.7313
Vector: 65 F= 336.51 Cos= -0.016 Sum= 0.978 q= -97.9405
Vector: 66 F= 342.49 Cos= 0.043 Sum= 0.980 q= 267.3059
Vector: 67 F= 346.29 Cos= -0.010 Sum= 0.980 q= -59.7167
Vector: 68 F= 362.43 Cos= -0.007 Sum= 0.980 q= -42.2488
Vector: 69 F= 365.02 Cos= 0.005 Sum= 0.980 q= 29.6624
Vector: 70 F= 370.31 Cos= -0.028 Sum= 0.980 q= -171.5483
Vector: 71 F= 370.31 Cos= 0.021 Sum= 0.981 q= 131.4336
Vector: 72 F= 379.90 Cos= 0.003 Sum= 0.981 q= 19.8431
Vector: 73 F= 396.30 Cos= 0.061 Sum= 0.985 q= 382.3127
Vector: 74 F= 400.45 Cos= 0.028 Sum= 0.985 q= 171.9929
Vector: 75 F= 402.65 Cos= -0.005 Sum= 0.986 q= -28.1535
Vector: 76 F= 408.47 Cos= -0.017 Sum= 0.986 q= -103.0244
Vector: 77 F= 418.16 Cos= -0.009 Sum= 0.986 q= -54.1473
Vector: 78 F= 429.57 Cos= 0.013 Sum= 0.986 q= 80.4875
Vector: 79 F= 432.03 Cos= -0.013 Sum= 0.986 q= -81.5559
Vector: 80 F= 438.67 Cos= -0.011 Sum= 0.986 q= -70.8008
Vector: 81 F= 443.21 Cos= -0.009 Sum= 0.986 q= -57.4665
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Vector: 83 F= 459.54 Cos= 0.017 Sum= 0.987 q= 104.6639
Vector: 84 F= 466.80 Cos= -0.005 Sum= 0.987 q= -32.3470
Vector: 85 F= 476.05 Cos= -0.009 Sum= 0.987 q= -53.1545
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Vector: 87 F= 484.40 Cos= -0.013 Sum= 0.987 q= -81.8207
Vector: 88 F= 495.83 Cos= -0.008 Sum= 0.987 q= -50.7508
Vector: 89 F= 502.79 Cos= 0.018 Sum= 0.987 q= 112.7268
Vector: 90 F= 507.35 Cos= 0.001 Sum= 0.987 q= 6.1483
Vector: 91 F= 526.17 Cos= 0.023 Sum= 0.988 q= 143.8908
Vector: 92 F= 531.96 Cos= 0.002 Sum= 0.988 q= 10.7780
Vector: 93 F= 545.43 Cos= -0.001 Sum= 0.988 q= -8.3825
Vector: 94 F= 550.91 Cos= 0.002 Sum= 0.988 q= 11.1569
Vector: 95 F= 557.40 Cos= -0.001 Sum= 0.988 q= -3.4773
Vector: 96 F= 560.46 Cos= 0.004 Sum= 0.988 q= 23.7580
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Vector: 99 F= 581.42 Cos= -0.007 Sum= 0.988 q= -46.1019
Vector: 100 F= 586.17 Cos= -0.013 Sum= 0.988 q= -80.0412
Vector: 101 F= 591.57 Cos= -0.005 Sum= 0.988 q= -31.5551
Vector: 102 F= 594.85 Cos= 0.006 Sum= 0.988 q= 39.9562
Vector: 103 F= 608.28 Cos= 0.006 Sum= 0.988 q= 35.2747
Vector: 104 F= 613.20 Cos= 0.008 Sum= 0.988 q= 48.9908
Vector: 105 F= 635.58 Cos= 0.008 Sum= 0.989 q= 48.5721
Vector: 106 F= 637.16 Cos= -0.008 Sum= 0.989 q= -47.8203
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003435
Projmod> Lowest non-zero frequency : 2.987911
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.57 for mode 6 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.325 0.716 0.877 0.900 0.915 0.989
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240112144245863457 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 283 16.329
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 283 16.321
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 283 16.317
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 283 16.320
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 283 16.327
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 283 16.340
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 283 16.358
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 283 16.382
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 283 16.411
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 283 16.445
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 283 16.484
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240112144245863457 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 283 16.771
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 283 16.676
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 283 16.585
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 283 16.499
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 283 16.417
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 283 16.340
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 283 16.268
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 283 16.200
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 283 16.137
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 283 16.079
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 283 16.026
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240112144245863457 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240112144245863457.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
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240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
making animated gifs
11 models are in 240112144245863457.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 283 15.597
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 283 15.737
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 283 15.881
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 283 16.030
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 283 16.183
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 283 16.340
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 283 16.501
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 283 16.667
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 283 16.836
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 283 17.009
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 283 17.186
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240112144245863457 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
making animated gifs
11 models are in 240112144245863457.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 283 16.471
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 283 16.434
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 283 16.402
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 283 16.376
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 283 16.355
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 283 16.340
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 283 16.330
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 283 16.326
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 283 16.327
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 283 16.334
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 283 16.346
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240112144245863457 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240112144245863457.eigenfacs
240112144245863457.atom
making animated gifs
11 models are in 240112144245863457.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240112144245863457.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 283 16.200
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 283 16.217
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 283 16.240
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 283 16.268
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 283 16.301
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 283 16.340
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 283 16.384
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 283 16.434
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 283 16.489
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 283 16.549
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 283 16.614
240112144245863457.10.pdb
240112144245863457.11.pdb
240112144245863457.7.pdb
240112144245863457.8.pdb
240112144245863457.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m15.089s
user 0m14.962s
sys 0m0.096s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240112144245863457.Chkmod.res: No such file or directory
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If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
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