*** tes ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401141615481063816.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401141615481063816.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401141615481063816.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 65
First residue number = 1
Last residue number = 65
Number of atoms found = 604
Mean number per residue = 9.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 31.341876 +/- 8.874990 From: 14.043000 To: 53.262000
= -25.756278 +/- 9.062102 From: -45.154000 To: -10.142000
= -4.813283 +/- 4.381067 From: -16.663000 To: 6.681000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 12.9729 % Filled.
Pdbmat> 213090 non-zero elements.
Pdbmat> 23279 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.08 +/- 21.62
Maximum number = 134
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 465580.
Pdbmat> Larger element = 498.374
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
65 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401141615481063816.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401141615481063816.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401141615481063816.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 604 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 65 residues.
Blocpdb> 5 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 7 atoms in block 2
Block first atom: 6
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 13
Blocpdb> 10 atoms in block 4
Block first atom: 20
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 30
Blocpdb> 10 atoms in block 6
Block first atom: 38
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 48
Blocpdb> 6 atoms in block 8
Block first atom: 57
Blocpdb> 9 atoms in block 9
Block first atom: 63
Blocpdb> 9 atoms in block 10
Block first atom: 72
Blocpdb> 8 atoms in block 11
Block first atom: 81
Blocpdb> 10 atoms in block 12
Block first atom: 89
Blocpdb> 10 atoms in block 13
Block first atom: 99
Blocpdb> 9 atoms in block 14
Block first atom: 109
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 118
Blocpdb> 9 atoms in block 16
Block first atom: 127
Blocpdb> 9 atoms in block 17
Block first atom: 136
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 145
Blocpdb> 10 atoms in block 19
Block first atom: 154
Blocpdb> 11 atoms in block 20
Block first atom: 164
Blocpdb> 9 atoms in block 21
Block first atom: 175
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 184
Blocpdb> 8 atoms in block 23
Block first atom: 196
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 204
Blocpdb> 10 atoms in block 25
Block first atom: 215
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 225
Blocpdb> 9 atoms in block 27
Block first atom: 235
Blocpdb> 11 atoms in block 28
Block first atom: 244
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 255
Blocpdb> 7 atoms in block 30
Block first atom: 266
Blocpdb> 12 atoms in block 31
Block first atom: 273
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 285
Blocpdb> 5 atoms in block 33
Block first atom: 297
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 302
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 311
Blocpdb> 10 atoms in block 36
Block first atom: 320
Blocpdb> 9 atoms in block 37
Block first atom: 330
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 339
Blocpdb> 5 atoms in block 39
Block first atom: 347
Blocpdb> 10 atoms in block 40
Block first atom: 352
Blocpdb> 12 atoms in block 41
Block first atom: 362
Blocpdb> 12 atoms in block 42
Block first atom: 374
Blocpdb> 12 atoms in block 43
Block first atom: 386
Blocpdb> 9 atoms in block 44
Block first atom: 398
Blocpdb> 9 atoms in block 45
Block first atom: 407
Blocpdb> 6 atoms in block 46
Block first atom: 416
Blocpdb> 13 atoms in block 47
Block first atom: 422
Blocpdb> 9 atoms in block 48
Block first atom: 435
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 444
Blocpdb> 9 atoms in block 50
Block first atom: 456
Blocpdb> 10 atoms in block 51
Block first atom: 465
Blocpdb> 9 atoms in block 52
Block first atom: 475
Blocpdb> 8 atoms in block 53
Block first atom: 484
Blocpdb> 6 atoms in block 54
Block first atom: 492
Blocpdb> 12 atoms in block 55
Block first atom: 498
Blocpdb> 13 atoms in block 56
Block first atom: 510
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 523
Blocpdb> 10 atoms in block 58
Block first atom: 535
Blocpdb> 9 atoms in block 59
Block first atom: 545
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 554
Blocpdb> 10 atoms in block 61
Block first atom: 562
Blocpdb> 10 atoms in block 62
Block first atom: 572
Blocpdb> 9 atoms in block 63
Block first atom: 582
Blocpdb> 5 atoms in block 64
Block first atom: 591
Blocpdb> 9 atoms in block 65
Block first atom: 595
Blocpdb> 65 blocks.
Blocpdb> At most, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 213155 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1812
Prepmat> Matrix trace = 465580.0000
Prepmat> Last element read: 1812 1812 129.3667
Prepmat> 2146 lines saved.
Prepmat> 1491 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 604
RTB> Total mass = 604.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 604
RTB> Number of blocks = 65
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 86557.2155
RTB> 22569 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 390
Diagstd> Nb of non-zero elements: 22569
Diagstd> Projected matrix trace = 86557.2155
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 390 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 86557.2155
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.5759228 1.8839622 5.9340309 9.4284765
10.8214988 13.5512525 14.2778441 16.2983956 17.3909553
17.9605046 19.8523327 23.0468231 25.2026574 25.8983780
28.5956827 29.7060185 33.1808585 35.4593250 36.6252291
38.3146538 39.2409868 39.6086173 40.7677705 44.1484126
44.6064145 46.1215962 46.4004152 49.1760168 50.8459816
52.3782069 54.6324671 56.2341700 58.5522377 59.8555146
60.9258997 62.4796399 64.5292296 65.3746024 66.8961508
68.0001265 69.2909272 72.5869736 73.0965202 76.8036111
77.5146059 78.0340597 78.6611386 82.6504917 83.6967011
86.3781692 87.6648226 88.3002818 91.1475018 91.9025712
94.4128335 97.2854035 97.5894531 98.1061793 99.9869722
102.8256470 104.5898345 105.8097616 107.7224792 109.3031545
110.4028425 112.1579387 112.5400047 113.2164514 114.0169733
116.1976904 116.7869960 118.0405198 119.3867315 121.5205185
122.5044303 123.7943429 124.4519284 125.3578423 127.1146128
127.8118360 128.4753083 131.4392897 132.2192152 132.9033895
134.3144606 135.1799918 135.9693699 136.6924143 137.1510594
138.4771097 140.3768205 141.1457907 141.4093115 143.2074761
144.2461030 146.4798460 148.1087124 148.3960365 149.5924143
149.6128227
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034338 0.0034339 0.0034344 0.0034346
0.0034350 136.3209956 149.0497928 264.5271071 333.4387294
357.2226504 399.7468035 410.3236956 438.3971359 452.8527395
460.2084058 483.8392008 521.3157123 545.1530523 552.6263174
580.6915611 591.8579745 625.5169600 646.6369428 657.1816910
672.1678451 680.2448154 683.4238354 693.3519814 721.5273972
725.2603547 737.4752414 739.7010136 761.5035892 774.3255653
785.9059803 802.6397919 814.3206066 830.9349550 840.1316859
847.6103592 858.3502521 872.3153611 878.0107040 888.1694790
895.4681443 903.9272246 925.1765686 928.4181702 951.6693890
956.0641903 959.2623096 963.1088961 987.2292200 993.4578608
1009.2465600 1016.7354341 1020.4138041 1036.7347726 1041.0200914
1055.1417222 1071.0731259 1072.7455519 1075.5818416 1085.8428822
1101.1487896 1110.5548631 1117.0127957 1127.0636686 1135.3025888
1140.9993783 1150.0329659 1151.9900945 1155.4470537 1159.5247797
1170.5609398 1173.5254816 1179.8066424 1186.5152147 1197.0714892
1201.9078670 1208.2190520 1211.4237825 1215.8249026 1224.3145755
1227.6676641 1230.8499563 1244.9671210 1248.6553083 1251.8817515
1258.5099876 1262.5584365 1266.2393997 1269.6016771 1271.7298453
1277.8629408 1286.5983230 1290.1174391 1291.3212092 1299.5055112
1304.2093959 1314.2688588 1321.5560386 1322.8372966 1328.1589890
1328.2495843
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 604
Rtb_to_modes> Number of blocs = 65
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.576
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.884
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.934
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.428
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 390 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99995 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
0.99998 0.99999 0.99998 0.99997 0.99998
1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 1.00001
1.00004 0.99997 0.99997 1.00003 0.99996
0.99998 1.00001 1.00001 0.99996 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99996
1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 0.99999
0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002
1.00001 1.00002 1.00001 0.99996 1.00001
1.00003 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00003
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002
1.00001 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002
1.00000 1.00003 1.00001 1.00002 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999
0.99999 0.99997 1.00000 0.99999 0.99998
0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
1.00003 0.99999 0.99999 0.99998 1.00003
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 0.99995
0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 10872 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99995 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
0.99998 0.99999 0.99998 0.99997 0.99998
1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 1.00001
1.00004 0.99997 0.99997 1.00003 0.99996
0.99998 1.00001 1.00001 0.99996 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99996
1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 0.99999
0.99998 1.00000 1.00004 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002
1.00001 1.00002 1.00001 0.99996 1.00001
1.00003 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00003
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002
1.00001 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002
1.00000 1.00003 1.00001 1.00002 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999
0.99999 0.99997 1.00000 0.99999 0.99998
0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
1.00003 0.99999 0.99999 0.99998 1.00003
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 0.99995
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401141615481063816.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401141615481063816.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401141615481063816.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401141615481063816.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 65
First residue number = 1
Last residue number = 65
Number of atoms found = 604
Mean number per residue = 9.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.576
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.884
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.934
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.428
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.6
Bfactors> 106 vectors, 1812 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.576000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.055 +/- 0.04
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.055
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401141615481063816 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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normal mode computation
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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2401141615481063816.11.pdb
2401141615481063816.7.pdb
2401141615481063816.8.pdb
2401141615481063816.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m1.287s
user 0m1.263s
sys 0m0.024s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401141615481063816.Chkmod.res: No such file or directory
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