*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401141629061066981.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401141629061066981.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401141629061066981.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 107
First residue number = 170
Last residue number = 276
Number of atoms found = 1693
Mean number per residue = 15.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 21.871365 +/- 6.755834 From: 6.438000 To: 40.138000
= 8.520501 +/- 8.632926 From: -11.309000 To: 28.756000
= -8.499911 +/- 7.980613 From: -29.924000 To: 7.924000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 8.4757 % Filled.
Pdbmat> 1093423 non-zero elements.
Pdbmat> 120380 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 142.21 +/- 52.56
Maximum number = 261
Minimum number = 28
Pdbmat> Matrix trace = 2.407600E+06
Pdbmat> Larger element = 928.953
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
107 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401141629061066981.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401141629061066981.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401141629061066981.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1693 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 107 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 17 atoms in block 4
Block first atom: 56
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 73
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 93
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 110
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 131
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 145
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 159
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 183
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 197
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 209
Blocpdb> 7 atoms in block 14
Block first atom: 229
Blocpdb> 16 atoms in block 15
Block first atom: 236
Blocpdb> 14 atoms in block 16
Block first atom: 252
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 266
Blocpdb> 11 atoms in block 18
Block first atom: 281
Blocpdb> 14 atoms in block 19
Block first atom: 292
Blocpdb> 10 atoms in block 20
Block first atom: 306
Blocpdb> 18 atoms in block 21
Block first atom: 316
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 334
Blocpdb> 19 atoms in block 23
Block first atom: 354
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 373
Blocpdb> 20 atoms in block 25
Block first atom: 387
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 407
Blocpdb> 20 atoms in block 27
Block first atom: 426
Blocpdb> 10 atoms in block 28
Block first atom: 446
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 456
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 472
Blocpdb> 15 atoms in block 31
Block first atom: 486
Blocpdb> 11 atoms in block 32
Block first atom: 501
Blocpdb> 7 atoms in block 33
Block first atom: 512
Blocpdb> 11 atoms in block 34
Block first atom: 519
Blocpdb> 19 atoms in block 35
Block first atom: 530
Blocpdb> 11 atoms in block 36
Block first atom: 549
Blocpdb> 14 atoms in block 37
Block first atom: 560
Blocpdb> 15 atoms in block 38
Block first atom: 574
Blocpdb> 17 atoms in block 39
Block first atom: 589
Blocpdb> 7 atoms in block 40
Block first atom: 606
Blocpdb> 14 atoms in block 41
Block first atom: 613
Blocpdb> 16 atoms in block 42
Block first atom: 627
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 643
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 659
Blocpdb> 17 atoms in block 45
Block first atom: 675
Blocpdb> 11 atoms in block 46
Block first atom: 692
Blocpdb> 11 atoms in block 47
Block first atom: 703
Blocpdb> 10 atoms in block 48
Block first atom: 714
Blocpdb> 7 atoms in block 49
Block first atom: 724
Blocpdb> 19 atoms in block 50
Block first atom: 731
Blocpdb> 7 atoms in block 51
Block first atom: 750
Blocpdb> 24 atoms in block 52
Block first atom: 757
Blocpdb> 11 atoms in block 53
Block first atom: 781
Blocpdb> 7 atoms in block 54
Block first atom: 792
Blocpdb> 14 atoms in block 55
Block first atom: 799
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 813
Blocpdb> 18 atoms in block 57
Block first atom: 834
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 852
Blocpdb> 10 atoms in block 59
Block first atom: 871
Blocpdb> 12 atoms in block 60
Block first atom: 881
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 893
Blocpdb> 11 atoms in block 62
Block first atom: 907
Blocpdb> 19 atoms in block 63
Block first atom: 918
Blocpdb> 19 atoms in block 64
Block first atom: 937
Blocpdb> 19 atoms in block 65
Block first atom: 956
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 975
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 992
Blocpdb> 22 atoms in block 68
Block first atom: 1004
Blocpdb> 24 atoms in block 69
Block first atom: 1026
Blocpdb> 10 atoms in block 70
Block first atom: 1050
Blocpdb> 12 atoms in block 71
Block first atom: 1060
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1072
Blocpdb> 11 atoms in block 73
Block first atom: 1086
Blocpdb> 11 atoms in block 74
Block first atom: 1097
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1108
Blocpdb> 12 atoms in block 76
Block first atom: 1124
Blocpdb> 19 atoms in block 77
Block first atom: 1136
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1155
Blocpdb> 10 atoms in block 79
Block first atom: 1177
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1187
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 1203
Blocpdb> 19 atoms in block 82
Block first atom: 1222
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1241
Blocpdb> 34 atoms in block 84
Block first atom: 1256
Blocpdb> 24 atoms in block 85
Block first atom: 1290
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1314
Blocpdb> 20 atoms in block 87
Block first atom: 1336
Blocpdb> 24 atoms in block 88
Block first atom: 1356
Blocpdb> 17 atoms in block 89
Block first atom: 1380
Blocpdb> 7 atoms in block 90
Block first atom: 1397
Blocpdb> 19 atoms in block 91
Block first atom: 1404
Blocpdb> 19 atoms in block 92
Block first atom: 1423
Blocpdb> 17 atoms in block 93
Block first atom: 1442
Blocpdb> 14 atoms in block 94
Block first atom: 1459
Blocpdb> 10 atoms in block 95
Block first atom: 1473
Blocpdb> 12 atoms in block 96
Block first atom: 1483
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 1495
Blocpdb> 19 atoms in block 98
Block first atom: 1512
Blocpdb> 24 atoms in block 99
Block first atom: 1531
Blocpdb> 20 atoms in block 100
Block first atom: 1555
Blocpdb> 18 atoms in block 101
Block first atom: 1575
Blocpdb> 21 atoms in block 102
Block first atom: 1593
Blocpdb> 19 atoms in block 103
Block first atom: 1614
Blocpdb> 10 atoms in block 104
Block first atom: 1633
Blocpdb> 16 atoms in block 105
Block first atom: 1643
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 1659
Blocpdb> 16 atoms in block 107
Block first atom: 1677
Blocpdb> 107 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1093530 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5079
Prepmat> Matrix trace = 2407600.0000
Prepmat> Last element read: 5079 5079 337.6187
Prepmat> 5779 lines saved.
Prepmat> 4399 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1693
RTB> Total mass = 1693.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1693
RTB> Number of blocks = 107
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 270119.5872
RTB> 48039 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 642
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48039
Diagstd> Projected matrix trace = 270119.5872
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 642 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 270119.5872
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.9574447 6.4479995 7.1140893 12.5029531
14.0961866 15.1825295 16.7631272 21.2940683 21.7756052
25.8439479 29.0014311 31.9437016 34.0662053 36.2979579
38.6067971 39.0071661 43.6540602 44.0930776 45.5286102
50.8916625 51.8284667 54.7076488 55.6240414 58.3829945
61.0835575 63.7661698 64.6737923 65.2572580 67.6995968
71.0567854 72.0585354 74.1071250 76.8766729 80.1331674
83.4463719 85.7289256 87.4697165 87.8728522 89.9094775
90.8909482 91.3470760 93.1245254 94.9731186 98.9464961
101.0065231 103.7757473 104.6470263 105.7622157 108.8084601
110.6116845 110.8350391 112.7559332 114.5893406 117.6321291
119.7171963 120.0696467 121.2994407 124.2028287 125.0430681
125.5254220 127.8255325 128.5807720 129.4085208 131.3524406
133.0520163 134.5511793 137.1216961 138.1226511 140.4569113
141.5956032 143.6575568 144.5439202 147.1389142 148.2584500
149.1441612 151.3232587 151.8818326 152.6173732 154.5590047
154.7584393 158.2136216 159.8235625 162.4763358 165.2028521
166.2996274 167.1870651 168.1075445 170.0839267 171.8682004
172.4020114 173.4405343 173.9372785 175.7016821 177.5623827
178.3144306 179.2327702 182.2796644 183.5611305 185.5991985
186.6184705
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034303 0.0034319 0.0034329 0.0034339 0.0034346
0.0034353 241.7821403 275.7450828 289.6375978 383.9737900
407.7050593 423.1236961 444.6034221 501.1002294 506.7344115
552.0452895 584.7968095 613.7449062 633.8071873 654.2389201
674.7255670 678.2151395 717.4763695 721.0750799 732.7190397
774.6733206 781.7708281 803.1918730 809.8909577 829.7331915
848.7063299 867.1424476 873.2919245 877.2223557 893.4871714
915.3729161 921.8027420 934.8141181 952.1219337 972.0787177
991.9710774 1005.4465095 1015.6033853 1017.9410817 1029.6698994
1035.2746917 1037.8691556 1047.9180390 1058.2679164 1080.1784034
1091.3649229 1106.2243528 1110.8584581 1116.7618014 1132.7305462
1142.0780462 1143.2305456 1153.0947161 1162.4315544 1177.7639561
1188.1562282 1189.9039239 1195.9820992 1210.2107985 1214.2974720
1216.6372954 1227.7334417 1231.3550468 1235.3121608 1244.5557442
1252.5815500 1259.6185120 1271.5937030 1276.2264259 1286.9652997
1292.1715183 1301.5459893 1305.5550675 1317.2222370 1322.2239149
1326.1675847 1335.8205579 1338.2837191 1341.5203573 1350.0269447
1350.8976645 1365.8946888 1372.8265945 1384.1728879 1395.7384758
1400.3639382 1404.0954022 1407.9553506 1416.2075886 1423.6166055
1425.8257199 1430.1137479 1432.1602499 1439.4057722 1447.0074341
1450.0685246 1453.7977383 1466.1026895 1471.2471758 1479.3922133
1483.4489077
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1693
Rtb_to_modes> Number of blocs = 107
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9785E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9880E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9938E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.957
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.448
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.114
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 642 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002
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1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 30474 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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0.99999 0.99997 1.00001 0.99995 0.99997
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002
1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002
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0.99995 0.99999 0.99999 1.00002 0.99997
0.99998 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000
1.00003 1.00001 1.00002 0.99999 1.00003
1.00000 1.00004 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002
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1.00000 1.00001 0.99998 1.00002 0.99999
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401141629061066981.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401141629061066981.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401141629061066981.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401141629061066981.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 107
First residue number = 170
Last residue number = 276
Number of atoms found = 1693
Mean number per residue = 15.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9785E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9880E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9938E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.957
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.448
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.114
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.4
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.9
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.3
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.6
Bfactors> 106 vectors, 5079 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.957000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.333 for 111 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.014 +/- 0.02
Bfactors> = 20.811 +/- 9.53
Bfactors> Shiftng-fct= 20.797
Bfactors> Scaling-fct= 477.926
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401141629061066981 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
making animated gifs
11 models are in 2401141629061066981.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2401141629061066981 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
making animated gifs
11 models are in 2401141629061066981.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2401141629061066981 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401141629061066981.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
making animated gifs
11 models are in 2401141629061066981.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2401141629061066981 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2401141629061066981.eigenfacs
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2401141629061066981.eigenfacs
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2401141629061066981.eigenfacs
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
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2401141629061066981.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2401141629061066981.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
making animated gifs
11 models are in 2401141629061066981.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2401141629061066981 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401141629061066981.eigenfacs
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2401141629061066981.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401141629061066981.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401141629061066981.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2401141629061066981.eigenfacs
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2401141629061066981.eigenfacs
2401141629061066981.atom
making animated gifs
11 models are in 2401141629061066981.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401141629061066981.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2401141629061066981.10.pdb
2401141629061066981.11.pdb
2401141629061066981.7.pdb
2401141629061066981.8.pdb
2401141629061066981.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.302s
user 0m5.241s
sys 0m0.036s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401141629061066981.Chkmod.res: No such file or directory
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