*** A5SZQ ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401182157531717838.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401182157531717838.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401182157531717838.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 34
First residue number = 1
Last residue number = 34
Number of atoms found = 267
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 1.038760 +/- 6.748465 From: -13.617000 To: 13.539000
= -0.293378 +/- 3.673507 From: -9.688000 To: 10.102000
= -1.958000 +/- 11.552927 From: -23.484000 To: 20.938000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 18.2369 % Filled.
Pdbmat> 58577 non-zero elements.
Pdbmat> 6335 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 47.45 +/- 13.20
Maximum number = 74
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 126700.
Pdbmat> Larger element = 339.208
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
34 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401182157531717838.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401182157531717838.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401182157531717838.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 267 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 34 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 5 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 14
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 21
Blocpdb> 11 atoms in block 5
Block first atom: 28
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 39
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 46
Blocpdb> 7 atoms in block 8
Block first atom: 55
Blocpdb> 9 atoms in block 9
Block first atom: 62
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 71
Blocpdb> 10 atoms in block 11
Block first atom: 83
Blocpdb> 8 atoms in block 12
Block first atom: 93
Blocpdb> 6 atoms in block 13
Block first atom: 101
Blocpdb> 7 atoms in block 14
Block first atom: 107
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 114
Blocpdb> 9 atoms in block 16
Block first atom: 123
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 132
Blocpdb> 8 atoms in block 18
Block first atom: 140
Blocpdb> 7 atoms in block 19
Block first atom: 148
Blocpdb> 7 atoms in block 20
Block first atom: 155
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 162
Blocpdb> 7 atoms in block 22
Block first atom: 166
Blocpdb> 11 atoms in block 23
Block first atom: 173
Blocpdb> 8 atoms in block 24
Block first atom: 184
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 192
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 200
Blocpdb> 8 atoms in block 27
Block first atom: 207
Blocpdb> 9 atoms in block 28
Block first atom: 215
Blocpdb> 5 atoms in block 29
Block first atom: 224
Blocpdb> 7 atoms in block 30
Block first atom: 229
Blocpdb> 8 atoms in block 31
Block first atom: 236
Blocpdb> 7 atoms in block 32
Block first atom: 244
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 251
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 258
Blocpdb> 34 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 58611 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 801
Prepmat> Matrix trace = 126700.0000
Prepmat> Last element read: 801 801 50.8664
Prepmat> 596 lines saved.
Prepmat> 389 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 267
RTB> Total mass = 267.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 267
RTB> Number of blocks = 34
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 27091.1016
RTB> 6906 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 204
Diagstd> Nb of non-zero elements: 6906
Diagstd> Projected matrix trace = 27091.1016
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 204 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 27091.1016
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1956101 0.5091592 1.1565444 2.2338961
2.3572262 3.3136903 5.2017702 5.3885507 6.7924051
7.5051487 7.9503041 9.8148556 10.5602977 11.2106710
12.7570425 14.8930774 16.0815142 17.9614882 19.8775931
20.4694751 21.9303798 22.9215564 25.5591306 25.7423661
27.4700410 29.2379397 32.0356652 34.9205595 37.1009979
38.0707837 40.2793379 41.6444432 42.2936798 43.1243334
43.7411585 45.4701311 45.5647513 46.5426231 47.9242142
49.3142589 51.5857462 52.1274212 52.9867473 54.6152993
54.8682544 57.2669036 58.3944179 59.4067321 61.6675126
62.4911720 64.7719028 65.8530153 67.3883063 67.8959536
68.5050595 68.9422985 70.6420697 73.0857234 74.3796405
75.8189410 76.5669748 78.7932310 79.0307888 79.9224584
82.8700694 85.4530375 85.5246416 89.3449808 90.6222688
90.8164586 91.7519744 93.8705199 94.0751947 95.8566634
96.7532243 98.2292175 98.4845150 100.2539473 101.6923541
103.0898557 104.5253502 106.5087533 107.8563644 108.5551783
109.9364176 110.6232175 113.1553623 114.3005478 115.1828050
117.6001684 118.2038836 119.9639245 122.7152520 123.1040184
123.9860084 125.2447928 125.4443109 125.9647074 126.4172934
126.9818614
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034333 0.0034338 0.0034338 0.0034339
0.0034339 48.0276049 77.4857930 116.7821425 162.3030825
166.7231498 197.6747680 247.6685509 252.0758660 283.0134465
297.4917541 306.1872837 340.2022933 352.8851320 363.5892915
387.8557929 419.0708992 435.4705098 460.2210077 484.1469258
491.3021150 508.5320816 519.8970252 548.9949115 550.9592917
569.1476333 587.1764968 614.6277340 641.7056704 661.4363768
670.0252796 689.1859927 700.7672712 706.2086242 713.1099199
718.1917651 732.2483194 733.0098026 740.8336629 751.7488644
762.5731953 779.9381045 784.0222726 790.4582025 802.5136704
804.3699765 821.7640366 829.8143618 836.9762058 852.7534710
858.4294634 873.9540677 881.2174997 891.4306265 894.7819741
898.7866317 901.6503578 912.6977665 928.3496013 936.5313457
945.5492128 950.2021842 963.9172117 965.3691999 970.7998429
988.5397370 1003.8273697 1004.2478524 1026.4324186 1033.7433901
1034.8503753 1040.1668042 1052.1069558 1053.2533357 1063.1791086
1068.1395691 1076.2560913 1077.6537773 1087.2915697 1095.0638207
1102.5625729 1110.2124566 1120.6962811 1127.7638487 1131.4114061
1138.5866063 1142.1375845 1155.1352849 1160.9658261 1165.4378147
1177.6039454 1180.6227650 1189.3799486 1202.9416225 1204.8455976
1209.1540074 1215.2765546 1216.2441526 1218.7642916 1220.9518134
1223.6751053
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 267
Rtb_to_modes> Number of blocs = 34
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9926E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1956
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5092
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.157
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.234
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.357
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.314
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.202
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.389
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.792
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.505
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.950
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.815
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.0
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 204 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00006 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
1.00002 0.99996 1.00001 1.00003 0.99998
1.00001 1.00003 0.99998 0.99998 0.99994
1.00002 0.99999 0.99997 0.99995 1.00001
0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 1.00004 0.99997
1.00002 0.99999 1.00004 0.99997 1.00000
0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 1.00001
1.00004 0.99995 0.99999 1.00003 1.00000
1.00001 1.00002 0.99998 0.99997 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 0.99998 0.99999 0.99995 1.00000
1.00002 1.00004 0.99997 1.00001 0.99997
1.00001 1.00000 0.99998 0.99996 0.99996
1.00002 1.00000 1.00004 1.00006 1.00002
1.00000 0.99995 1.00003 1.00002 0.99997
0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00004 0.99998 0.99998 0.99999 0.99999
1.00003 1.00001 1.00002 1.00003 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99995
1.00002 0.99999 0.99997 1.00005 1.00000
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 4806 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00006 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
1.00002 0.99996 1.00001 1.00003 0.99998
1.00001 1.00003 0.99998 0.99998 0.99994
1.00002 0.99999 0.99997 0.99995 1.00001
0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 1.00004 0.99997
1.00002 0.99999 1.00004 0.99997 1.00000
0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 1.00001
1.00004 0.99995 0.99999 1.00003 1.00000
1.00001 1.00002 0.99998 0.99997 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 0.99998 0.99999 0.99995 1.00000
1.00002 1.00004 0.99997 1.00001 0.99997
1.00001 1.00000 0.99998 0.99996 0.99996
1.00002 1.00000 1.00004 1.00006 1.00002
1.00000 0.99995 1.00003 1.00002 0.99997
0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00004 0.99998 0.99998 0.99999 0.99999
1.00003 1.00001 1.00002 1.00003 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99995
1.00002 0.99999 0.99997 1.00005 1.00000
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401182157531717838.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401182157531717838.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401182157531717838.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401182157531717838.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 34
First residue number = 1
Last residue number = 34
Number of atoms found = 267
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9926E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1956
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5092
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.157
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.234
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.357
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.314
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.202
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.389
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.792
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.505
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.950
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.815
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.0
Bfactors> 106 vectors, 801 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.195600
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.085 for 34 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.559 +/- 0.38
Bfactors> = 90.257 +/- 7.41
Bfactors> Shiftng-fct= 89.697
Bfactors> Scaling-fct= 19.625
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401182157531717838 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401182157531717838.eigenfacs
2401182157531717838.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401182157531717838.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2401182157531717838.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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11 models are in 2401182157531717838.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 9
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making animated gif 300x300
11 models are in 2401182157531717838.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401182157531717838.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2401182157531717838 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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11 models are in 2401182157531717838.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401182157531717838.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2401182157531717838.10.pdb
2401182157531717838.11.pdb
2401182157531717838.7.pdb
2401182157531717838.8.pdb
2401182157531717838.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.289s
user 0m0.285s
sys 0m0.004s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401182157531717838.Chkmod.res: No such file or directory
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