*** ZNP_ZNC_only ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24012300063776725.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24012300063776725.atom to be opened.
Openam> File opened: 24012300063776725.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 228
First residue number = 749
Last residue number = 976
Number of atoms found = 1739
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 40.031327 +/- 7.344744 From: 20.867000 To: 57.081000
= 29.624551 +/- 20.308841 From: -9.582000 To: 69.936000
= 66.763547 +/- 7.642156 From: 47.976000 To: 86.630000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.3298 % Filled.
Pdbmat> 589335 non-zero elements.
Pdbmat> 64334 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 73.99 +/- 21.61
Maximum number = 126
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 1.286680E+06
Pdbmat> Larger element = 460.990
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
228 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24012300063776725.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24012300063776725.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24012300063776725.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1739 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 228 residues.
Blocpdb> 13 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 13 atoms in block 2
Block first atom: 14
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 27
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 44
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 60
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 74
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 91
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 107
Blocpdb> 16 atoms in block 9
Block first atom: 118
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 134
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 147
Blocpdb> 15 atoms in block 12
Block first atom: 162
Blocpdb> 18 atoms in block 13
Block first atom: 177
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 195
Blocpdb> 12 atoms in block 15
Block first atom: 212
Blocpdb> 18 atoms in block 16
Block first atom: 224
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 242
Blocpdb> 15 atoms in block 18
Block first atom: 257
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 272
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 283
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 298
Blocpdb> 15 atoms in block 22
Block first atom: 323
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 338
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 350
Blocpdb> 17 atoms in block 25
Block first atom: 364
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 381
Blocpdb> 17 atoms in block 27
Block first atom: 396
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 413
Blocpdb> 19 atoms in block 29
Block first atom: 431
Blocpdb> 11 atoms in block 30
Block first atom: 450
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 461
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 479
Blocpdb> 12 atoms in block 33
Block first atom: 491
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 503
Blocpdb> 11 atoms in block 35
Block first atom: 519
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 530
Blocpdb> 14 atoms in block 37
Block first atom: 544
Blocpdb> 17 atoms in block 38
Block first atom: 558
Blocpdb> 12 atoms in block 39
Block first atom: 575
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 587
Blocpdb> 16 atoms in block 41
Block first atom: 602
Blocpdb> 12 atoms in block 42
Block first atom: 618
Blocpdb> 12 atoms in block 43
Block first atom: 630
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 642
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 658
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 678
Blocpdb> 16 atoms in block 47
Block first atom: 694
Blocpdb> 16 atoms in block 48
Block first atom: 710
Blocpdb> 16 atoms in block 49
Block first atom: 726
Blocpdb> 14 atoms in block 50
Block first atom: 742
Blocpdb> 17 atoms in block 51
Block first atom: 756
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 773
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 790
Blocpdb> 20 atoms in block 54
Block first atom: 802
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 822
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 835
Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 856
Blocpdb> 11 atoms in block 58
Block first atom: 873
Blocpdb> 15 atoms in block 59
Block first atom: 884
Blocpdb> 17 atoms in block 60
Block first atom: 899
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 916
Blocpdb> 18 atoms in block 62
Block first atom: 927
Blocpdb> 17 atoms in block 63
Block first atom: 945
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 962
Blocpdb> 18 atoms in block 65
Block first atom: 978
Blocpdb> 13 atoms in block 66
Block first atom: 996
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 1009
Blocpdb> 13 atoms in block 68
Block first atom: 1022
Blocpdb> 20 atoms in block 69
Block first atom: 1035
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1055
Blocpdb> 17 atoms in block 71
Block first atom: 1071
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1088
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1102
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1118
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1134
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1146
Blocpdb> 8 atoms in block 77
Block first atom: 1162
Blocpdb> 14 atoms in block 78
Block first atom: 1170
Blocpdb> 17 atoms in block 79
Block first atom: 1184
Blocpdb> 17 atoms in block 80
Block first atom: 1201
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1218
Blocpdb> 10 atoms in block 82
Block first atom: 1233
Blocpdb> 13 atoms in block 83
Block first atom: 1243
Blocpdb> 14 atoms in block 84
Block first atom: 1256
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1270
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 1283
Blocpdb> 13 atoms in block 87
Block first atom: 1299
Blocpdb> 13 atoms in block 88
Block first atom: 1312
Blocpdb> 13 atoms in block 89
Block first atom: 1325
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1338
Blocpdb> 22 atoms in block 91
Block first atom: 1353
Blocpdb> 17 atoms in block 92
Block first atom: 1375
Blocpdb> 16 atoms in block 93
Block first atom: 1392
Blocpdb> 21 atoms in block 94
Block first atom: 1408
Blocpdb> 19 atoms in block 95
Block first atom: 1429
Blocpdb> 14 atoms in block 96
Block first atom: 1448
Blocpdb> 15 atoms in block 97
Block first atom: 1462
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1477
Blocpdb> 11 atoms in block 99
Block first atom: 1493
Blocpdb> 14 atoms in block 100
Block first atom: 1504
Blocpdb> 13 atoms in block 101
Block first atom: 1518
Blocpdb> 12 atoms in block 102
Block first atom: 1531
Blocpdb> 19 atoms in block 103
Block first atom: 1543
Blocpdb> 16 atoms in block 104
Block first atom: 1562
Blocpdb> 11 atoms in block 105
Block first atom: 1578
Blocpdb> 15 atoms in block 106
Block first atom: 1589
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1604
Blocpdb> 16 atoms in block 108
Block first atom: 1621
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 1637
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 1658
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 1672
Blocpdb> 19 atoms in block 112
Block first atom: 1691
Blocpdb> 16 atoms in block 113
Block first atom: 1710
Blocpdb> 14 atoms in block 114
Block first atom: 1725
Blocpdb> 114 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 589449 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5217
Prepmat> Matrix trace = 1286680.0000
Prepmat> Last element read: 5217 5217 96.7748
Prepmat> 6556 lines saved.
Prepmat> 5481 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1739
RTB> Total mass = 1739.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1739
RTB> Number of blocks = 114
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 140141.8271
RTB> 36954 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 684
Diagstd> Nb of non-zero elements: 36954
Diagstd> Projected matrix trace = 140141.8271
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 684 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 140141.8271
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5260913 0.6924437 1.1610295 2.5178905
3.4043611 5.3488933 5.6612564 6.0453534 7.1198954
8.3796346 10.1357864 10.5849745 12.0205116 12.3937701
13.9191098 15.2213910 15.5998105 16.6251670 17.9240170
18.8833878 19.4297363 20.0115089 21.3539040 23.0014741
24.0977489 24.9071028 25.1747978 25.4762806 26.5317816
27.4182309 28.0905114 29.6659380 29.8840943 30.0681100
31.3927219 32.3817026 33.0985254 33.9380143 34.3458033
34.5819110 35.2415764 35.7949379 36.4681767 37.2079274
39.0806184 39.7955678 40.1987850 41.6747202 41.9859283
42.5559718 43.5027659 44.4756103 45.5034767 46.1958785
46.5460262 47.4181138 48.6353080 48.9783765 49.0709343
50.7503879 51.3664793 51.7863394 52.7990835 53.4860491
54.1600353 54.6991772 55.0028092 56.1701519 56.8319814
57.6964442 58.2216425 59.0145468 59.8133481 60.0488581
60.6854796 61.3902910 62.3140080 62.7027005 63.2593806
64.4161979 65.1917496 65.5400821 66.1103940 67.0247921
67.5784846 69.3530951 69.5414512 69.9981916 71.0188006
71.1155170 71.6867171 72.9122647 73.3342111 74.5871665
75.0296931 75.3150646 76.2048421 76.7699545 77.1938360
78.5797545
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034325 0.0034336 0.0034338 0.0034338 0.0034349
0.0034355 78.7636496 90.3623517 117.0083655 172.3112773
200.3609536 251.1465681 258.3757151 266.9968445 289.7557666
314.3459145 345.7196020 353.2971939 376.4928702 382.2935739
405.1361637 423.6648677 428.8989093 442.7701034 459.7407015
471.8839825 478.6617606 485.7750420 501.8037745 520.8025657
533.0691103 541.9470873 544.8516569 548.1044042 559.3433602
568.6106572 575.5394577 591.4585615 593.6293008 595.4541765
608.4288043 617.9383089 624.7404173 632.6135570 636.4028552
638.5865615 644.6484512 649.6898578 655.7711485 662.3888597
678.8533945 685.0347977 688.4965106 701.0219659 703.6345563
708.3950802 716.2319914 724.1961942 732.5167678 738.0688826
740.8607466 747.7689324 757.3055080 759.9717920 760.6895388
773.5973319 778.2787633 781.4530437 789.0571729 794.1737712
799.1618611 803.1296821 805.3556611 813.8569554 818.6375835
824.8401729 828.5858396 834.2088988 839.8357097 841.4874765
845.9363253 850.8345684 857.2117656 859.8810995 863.6897151
871.5510368 876.7819462 879.1212358 882.9378874 889.0230436
892.6876052 904.3326360 905.5598418 908.5287825 915.1282179
915.7511360 919.4214392 927.2472933 929.9264325 937.8369395
940.6149245 942.4020166 947.9524732 951.4608473 954.0839537
962.6105434
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1739
Rtb_to_modes> Number of blocs = 114
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5261
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6924
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.161
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.518
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.404
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.349
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.661
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.045
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.120
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.380
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.58
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 684 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 1.00001 0.99997 1.00001 0.99996
1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998
0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999
0.99998 0.99998 1.00006 1.00000 0.99998
1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 0.99997 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 0.99997 1.00000 1.00003 1.00001
0.99999 1.00002 1.00002 1.00004 1.00002
1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000
0.99999 0.99998 1.00003 1.00001 0.99998
0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00003 0.99999 1.00000 1.00001 1.00004
0.99998 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00003 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
0.99999 1.00000 0.99998 0.99996 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 31302 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00001 0.99997 1.00001 0.99996
1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998
0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999
0.99998 0.99998 1.00006 1.00000 0.99998
1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 0.99997 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 0.99997 1.00000 1.00003 1.00001
0.99999 1.00002 1.00002 1.00004 1.00002
1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000
0.99999 0.99998 1.00003 1.00001 0.99998
0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00003 0.99999 1.00000 1.00001 1.00004
0.99998 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00003 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
0.99999 1.00000 0.99998 0.99996 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24012300063776725.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24012300063776725.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24012300063776725.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24012300063776725.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 228
First residue number = 749
Last residue number = 976
Number of atoms found = 1739
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5261
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6924
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.161
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.518
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.404
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.349
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.661
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.045
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.120
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.380
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.58
Bfactors> 106 vectors, 5217 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.526100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.245 for 228 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.066 +/- 0.05
Bfactors> = 92.061 +/- 21.02
Bfactors> Shiftng-fct= 91.995
Bfactors> Scaling-fct= 411.279
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24012300063776725 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
making animated gifs
11 models are in 24012300063776725.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24012300063776725 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
making animated gifs
11 models are in 24012300063776725.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24012300063776725 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
making animated gifs
11 models are in 24012300063776725.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24012300063776725 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
making animated gifs
11 models are in 24012300063776725.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24012300063776725 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24012300063776725.eigenfacs
24012300063776725.atom
making animated gifs
11 models are in 24012300063776725.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 24012300063776725.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
24012300063776725.10.pdb
24012300063776725.11.pdb
24012300063776725.7.pdb
24012300063776725.8.pdb
24012300063776725.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.039s
user 0m5.970s
sys 0m0.068s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24012300063776725.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|
