***  rnv66-del5-1  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240125110501333825.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240125110501333825.atom to be opened.
Openam> File opened: 240125110501333825.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 85
First residue number = 1
Last residue number = 85
Number of atoms found = 2726
Mean number per residue = 32.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -13.026669 +/- 19.277088 From: -53.900000 To: 22.030000
= 32.769006 +/- 7.666423 From: 13.840000 To: 53.450000
= 34.078808 +/- 19.442601 From: -3.340000 To: 74.410000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DT5 ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'LCG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 85 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.1089 % Filled.
Pdbmat> 1374187 non-zero elements.
Pdbmat> 151114 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 110.87 +/- 32.55
Maximum number = 202
Minimum number = 40
Pdbmat> Matrix trace = 3.022280E+06
Pdbmat> Larger element = 785.440
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
85 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240125110501333825.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240125110501333825.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240125110501333825.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2726 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 85 residues.
Blocpdb> 30 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 33 atoms in block 2
Block first atom: 31
Blocpdb> 32 atoms in block 3
Block first atom: 64
Blocpdb> 33 atoms in block 4
Block first atom: 96
Blocpdb> 35 atoms in block 5
Block first atom: 129
Blocpdb> 33 atoms in block 6
Block first atom: 164
Blocpdb> 33 atoms in block 7
Block first atom: 197
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 230
Blocpdb> 32 atoms in block 9
Block first atom: 263
Blocpdb> 33 atoms in block 10
Block first atom: 295
Blocpdb> 33 atoms in block 11
Block first atom: 328
Blocpdb> 32 atoms in block 12
Block first atom: 361
Blocpdb> 30 atoms in block 13
Block first atom: 393
Blocpdb> 33 atoms in block 14
Block first atom: 423
Blocpdb> 33 atoms in block 15
Block first atom: 456
Blocpdb> 33 atoms in block 16
Block first atom: 489
Blocpdb> 30 atoms in block 17
Block first atom: 522
Blocpdb> 30 atoms in block 18
Block first atom: 552
Blocpdb> 33 atoms in block 19
Block first atom: 582
Blocpdb> 33 atoms in block 20
Block first atom: 615
Blocpdb> 35 atoms in block 21
Block first atom: 648
Blocpdb> 32 atoms in block 22
Block first atom: 683
Blocpdb> 32 atoms in block 23
Block first atom: 715
Blocpdb> 35 atoms in block 24
Block first atom: 747
Blocpdb> 32 atoms in block 25
Block first atom: 782
Blocpdb> 32 atoms in block 26
Block first atom: 814
Blocpdb> 32 atoms in block 27
Block first atom: 846
Blocpdb> 32 atoms in block 28
Block first atom: 878
Blocpdb> 32 atoms in block 29
Block first atom: 910
Blocpdb> 32 atoms in block 30
Block first atom: 942
Blocpdb> 32 atoms in block 31
Block first atom: 974
Blocpdb> 32 atoms in block 32
Block first atom: 1006
Blocpdb> 32 atoms in block 33
Block first atom: 1038
Blocpdb> 32 atoms in block 34
Block first atom: 1070
Blocpdb> 32 atoms in block 35
Block first atom: 1102
Blocpdb> 32 atoms in block 36
Block first atom: 1134
Blocpdb> 32 atoms in block 37
Block first atom: 1166
Blocpdb> 32 atoms in block 38
Block first atom: 1198
Blocpdb> 30 atoms in block 39
Block first atom: 1230
Blocpdb> 30 atoms in block 40
Block first atom: 1260
Blocpdb> 32 atoms in block 41
Block first atom: 1290
Blocpdb> 33 atoms in block 42
Block first atom: 1322
Blocpdb> 32 atoms in block 43
Block first atom: 1355
Blocpdb> 30 atoms in block 44
Block first atom: 1387
Blocpdb> 32 atoms in block 45
Block first atom: 1417
Blocpdb> 32 atoms in block 46
Block first atom: 1449
Blocpdb> 32 atoms in block 47
Block first atom: 1481
Blocpdb> 32 atoms in block 48
Block first atom: 1513
Blocpdb> 30 atoms in block 49
Block first atom: 1545
Blocpdb> 32 atoms in block 50
Block first atom: 1575
Blocpdb> 32 atoms in block 51
Block first atom: 1607
Blocpdb> 32 atoms in block 52
Block first atom: 1639
Blocpdb> 32 atoms in block 53
Block first atom: 1671
Blocpdb> 33 atoms in block 54
Block first atom: 1703
Blocpdb> 33 atoms in block 55
Block first atom: 1736
Blocpdb> 33 atoms in block 56
Block first atom: 1769
Blocpdb> 30 atoms in block 57
Block first atom: 1802
Blocpdb> 30 atoms in block 58
Block first atom: 1832
Blocpdb> 30 atoms in block 59
Block first atom: 1862
Blocpdb> 33 atoms in block 60
Block first atom: 1892
Blocpdb> 32 atoms in block 61
Block first atom: 1925
Blocpdb> 30 atoms in block 62
Block first atom: 1957
Blocpdb> 30 atoms in block 63
Block first atom: 1987
Blocpdb> 33 atoms in block 64
Block first atom: 2017
Blocpdb> 32 atoms in block 65
Block first atom: 2050
Blocpdb> 32 atoms in block 66
Block first atom: 2082
Blocpdb> 32 atoms in block 67
Block first atom: 2114
Blocpdb> 33 atoms in block 68
Block first atom: 2146
Blocpdb> 33 atoms in block 69
Block first atom: 2179
Blocpdb> 32 atoms in block 70
Block first atom: 2212
Blocpdb> 33 atoms in block 71
Block first atom: 2244
Blocpdb> 33 atoms in block 72
Block first atom: 2277
Blocpdb> 33 atoms in block 73
Block first atom: 2310
Blocpdb> 32 atoms in block 74
Block first atom: 2343
Blocpdb> 33 atoms in block 75
Block first atom: 2375
Blocpdb> 32 atoms in block 76
Block first atom: 2408
Blocpdb> 33 atoms in block 77
Block first atom: 2440
Blocpdb> 30 atoms in block 78
Block first atom: 2473
Blocpdb> 32 atoms in block 79
Block first atom: 2503
Blocpdb> 33 atoms in block 80
Block first atom: 2535
Blocpdb> 33 atoms in block 81
Block first atom: 2568
Blocpdb> 30 atoms in block 82
Block first atom: 2601
Blocpdb> 30 atoms in block 83
Block first atom: 2631
Blocpdb> 32 atoms in block 84
Block first atom: 2661
Blocpdb> 34 atoms in block 85
Block first atom: 2692
Blocpdb> 85 blocks.
Blocpdb> At most, 35 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 30 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1374272 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8178
Prepmat> Matrix trace = 3022280.0000
Prepmat> Last element read: 8178 8178 528.6926
Prepmat> 3656 lines saved.
Prepmat> 3021 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2726
RTB> Total mass = 2726.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2726
RTB> Number of blocks = 85
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 145393.7963
RTB> 21549 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 510
Diagstd> Nb of non-zero elements: 21549
Diagstd> Projected matrix trace = 145393.7963
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 510 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 145393.7963
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0829640 0.1239763 0.2521975 0.3932511
0.6676987 1.2977178 1.6091664 2.0726068 3.6933610
3.9881002 4.4940410 6.1394730 7.8781827 8.2172497
8.7612443 9.9964180 12.1761332 12.3970686 15.9648866
16.3323955 18.2218695 20.5415145 20.8505600 23.5362884
24.4512651 24.7767986 27.1172573 28.3419465 29.4947782
29.9791374 31.3846933 34.3424912 35.2235213 38.9565216
39.3085565 40.2107579 40.7728019 42.0736022 43.7339668
44.4044378 46.1169405 47.4164235 48.0926784 48.9155437
51.5784063 52.4239874 53.6118247 55.6482491 57.2765564
57.6670329 58.4115715 59.4694912 60.9161985 61.4393984
62.4470645 64.8800087 66.8887203 68.0060823 68.5580944
69.9199743 72.1649260 73.0559111 74.2395367 75.4607955
76.0543660 76.4037716 77.7930768 78.5528673 79.0603001
80.9059510 81.8482062 83.1988531 84.1300708 84.8746636
86.3346389 88.1663304 89.3931071 91.0856089 91.2698490
92.9188354 94.0331349 96.1750081 98.2121404 99.1762579
99.8903532 101.6387397 104.0221917 105.1912647 105.8428631
106.4219378 107.3222318 108.2429224 109.2314361 110.2465083
110.6400829 113.3699561 114.5645462 115.1786517 117.0575674
117.5074111
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034320 0.0034323 0.0034329 0.0034338 0.0034349
0.0034357 31.2780902 38.2353099 54.5337842 68.0973595
88.7330754 123.7044750 137.7513157 156.3341066 208.6921733
216.8594301 230.2044919 269.0672418 304.7953271 311.2852350
321.4239067 343.3345298 378.9221341 382.3444431 433.8885600
438.8541648 463.5448352 492.1658893 495.8543670 526.8224442
536.9649609 540.5276016 565.4811875 578.1095145 589.7498614
594.5725384 608.3509981 636.3721688 644.4832957 677.7747202
680.8302261 688.5990345 693.3947654 704.3688292 718.1327219
723.6165117 737.4380189 747.7556046 753.0689865 759.4841644
779.8826158 786.2493608 795.1069959 810.0671718 821.8332910
824.6299113 829.9362340 837.4181931 847.5428744 851.1748004
858.1264618 874.6830886 888.1201506 895.5073579 899.1344735
908.0210369 922.4829877 928.1602411 935.6488899 943.3133263
947.0160847 949.1889615 957.7799793 962.4458436 965.5494250
976.7547092 982.4260351 990.4987918 996.0265323 1000.4244870
1008.9922229 1019.6395272 1026.7088290 1036.3827197 1037.4303433
1046.7600980 1053.0178612 1064.9430802 1076.1625341 1081.4318075
1085.3181218 1094.7751121 1107.5370930 1113.7433364 1117.1875052
1120.2394474 1124.9678938 1129.7829982 1134.9300680 1140.1912454
1142.2246452 1156.2300956 1162.3057863 1165.4168029 1174.8841032
1177.1394355
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2726
Rtb_to_modes> Number of blocs = 85
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9886E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9903E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9938E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.2964E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1240
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2522
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3933
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6677
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.298
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.609
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.073
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.693
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.988
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.494
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.139
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.878
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.217
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.761
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.996
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.07
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 510 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00002 1.00000 0.99997 1.00002
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1.00001 1.00003 1.00000 1.00000 0.99997
1.00004 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99995 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002
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1.00002 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001
1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 0.99997 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
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0.99997 0.99999 0.99996 1.00001 1.00004
0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 49068 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00002 1.00000 0.99997 1.00002
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 1.00002
1.00001 1.00001 1.00003 1.00000 0.99998
1.00001 1.00003 1.00000 1.00000 0.99997
1.00004 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
0.99995 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002
1.00001 1.00002 1.00002 0.99996 1.00002
1.00002 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001
1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 0.99997 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002
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1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000
0.99997 0.99999 0.99996 1.00001 1.00004
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240125110501333825.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240125110501333825.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240125110501333825.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240125110501333825.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 85
First residue number = 1
Last residue number = 85
Number of atoms found = 2726
Mean number per residue = 32.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9886E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9903E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9938E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.2964E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1240
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3933
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6677
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.298
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.609
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.073
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.693
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.988
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.494
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.139
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.878
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.761
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.996
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.5
Bfactors> 106 vectors, 8178 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.082964
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240125110501333825 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
making animated gifs
11 models are in 240125110501333825.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240125110501333825 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240125110501333825.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
240125110501333825.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
240125110501333825.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
making animated gifs
11 models are in 240125110501333825.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240125110501333825 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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240125110501333825.atom
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240125110501333825.atom
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calculating perturbed structure for DQ=-20
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240125110501333825 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
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240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
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240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
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240125110501333825.atom
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240125110501333825.eigenfacs
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240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240125110501333825.eigenfacs
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240125110501333825.atom
making animated gifs
11 models are in 240125110501333825.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240125110501333825 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240125110501333825.eigenfacs
240125110501333825.atom
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240125110501333825.atom
making animated gifs
11 models are in 240125110501333825.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240125110501333825.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
240125110501333825.10.pdb
240125110501333825.11.pdb
240125110501333825.7.pdb
240125110501333825.8.pdb
240125110501333825.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.627s
user 0m5.504s
sys 0m0.040s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240125110501333825.Chkmod.res: No such file or directory
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