*** CYTOKINE 20-DEC-14 4XDX ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402020545381255676.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402020545381255676.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402020545381255676.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 70
First residue number = 3
Last residue number = 72
Number of atoms found = 1441
Mean number per residue = 20.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 15.701255 +/- 7.348508 From: -2.299000 To: 33.697000
= -6.291509 +/- 6.601103 From: -21.407000 To: 12.163000
= -11.119693 +/- 7.417519 From: -32.127000 To: 5.446000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 11.4732 % Filled.
Pdbmat> 1072327 non-zero elements.
Pdbmat> 118204 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 164.06 +/- 62.75
Maximum number = 326
Minimum number = 31
Pdbmat> Matrix trace = 2.364080E+06
Pdbmat> Larger element = 1234.24
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
70 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402020545381255676.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402020545381255676.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402020545381255676.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1441 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 70 residues.
Blocpdb> 5 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 26 atoms in block 2
Block first atom: 6
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 32
Blocpdb> 45 atoms in block 4
Block first atom: 51
Blocpdb> 10 atoms in block 5
Block first atom: 96
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 106
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 123
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 133
Blocpdb> 41 atoms in block 9
Block first atom: 152
Blocpdb> 14 atoms in block 10
Block first atom: 193
Blocpdb> 21 atoms in block 11
Block first atom: 207
Blocpdb> 19 atoms in block 12
Block first atom: 228
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 247
Blocpdb> 14 atoms in block 14
Block first atom: 269
Blocpdb> 20 atoms in block 15
Block first atom: 283
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 303
Blocpdb> 14 atoms in block 17
Block first atom: 320
Blocpdb> 22 atoms in block 18
Block first atom: 334
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 356
Blocpdb> 19 atoms in block 20
Block first atom: 376
Blocpdb> 41 atoms in block 21
Block first atom: 395
Blocpdb> 27 atoms in block 22
Block first atom: 436
Blocpdb> 35 atoms in block 23
Block first atom: 463
Blocpdb> 66 atoms in block 24
Block first atom: 498
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 564
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 580
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 599
Blocpdb> 11 atoms in block 28
Block first atom: 614
Blocpdb> 7 atoms in block 29
Block first atom: 625
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 632
Blocpdb> 17 atoms in block 31
Block first atom: 646
Blocpdb> 10 atoms in block 32
Block first atom: 663
Blocpdb> 10 atoms in block 33
Block first atom: 673
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 683
Blocpdb> 14 atoms in block 35
Block first atom: 697
Blocpdb> 15 atoms in block 36
Block first atom: 711
Blocpdb> 19 atoms in block 37
Block first atom: 726
Blocpdb> 19 atoms in block 38
Block first atom: 745
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 764
Blocpdb> 41 atoms in block 40
Block first atom: 780
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 821
Blocpdb> 11 atoms in block 42
Block first atom: 840
Blocpdb> 12 atoms in block 43
Block first atom: 851
Blocpdb> 7 atoms in block 44
Block first atom: 863
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 870
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 894
Blocpdb> 35 atoms in block 47
Block first atom: 909
Blocpdb> 10 atoms in block 48
Block first atom: 944
Blocpdb> 19 atoms in block 49
Block first atom: 954
Blocpdb> 12 atoms in block 50
Block first atom: 973
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 985
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 1010
Blocpdb> 15 atoms in block 53
Block first atom: 1032
Blocpdb> 25 atoms in block 54
Block first atom: 1047
Blocpdb> 24 atoms in block 55
Block first atom: 1072
Blocpdb> 16 atoms in block 56
Block first atom: 1096
Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 1112
Blocpdb> 24 atoms in block 58
Block first atom: 1129
Blocpdb> 29 atoms in block 59
Block first atom: 1153
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 1182
Blocpdb> 27 atoms in block 61
Block first atom: 1198
Blocpdb> 41 atoms in block 62
Block first atom: 1225
Blocpdb> 20 atoms in block 63
Block first atom: 1266
Blocpdb> 35 atoms in block 64
Block first atom: 1286
Blocpdb> 41 atoms in block 65
Block first atom: 1321
Blocpdb> 24 atoms in block 66
Block first atom: 1362
Blocpdb> 10 atoms in block 67
Block first atom: 1386
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1396
Blocpdb> 14 atoms in block 69
Block first atom: 1411
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1424
Blocpdb> 70 blocks.
Blocpdb> At most, 66 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1072397 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4323
Prepmat> Matrix trace = 2364080.0000
Prepmat> Last element read: 4323 4323 103.6477
Prepmat> 2486 lines saved.
Prepmat> 1677 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1441
RTB> Total mass = 1441.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1441
RTB> Number of blocks = 70
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 198704.2055
RTB> 28038 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 420
Diagstd> Nb of non-zero elements: 28038
Diagstd> Projected matrix trace = 198704.2055
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 420 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 198704.2055
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 9.4768728 11.1613256 14.5335380 19.1842327
20.5924354 24.5676479 25.7771441 33.5238446 34.6636994
35.4226865 39.3591125 42.2623283 43.3302640 47.1751195
49.8108795 51.6929730 56.6215561 59.5149216 62.7345491
64.0933308 67.9608403 69.8288343 71.6726779 76.1401525
79.2248917 81.3453672 82.9834863 87.2937391 90.1922949
90.4163594 95.9608171 99.2691478 102.2993690 105.7953783
108.4994753 112.1354033 118.6898552 121.5538849 123.4743257
127.9659679 128.9855146 131.9930085 134.3648528 136.3188211
137.0607978 138.7412090 142.2977052 144.4889088 146.5308780
150.1490576 152.5982725 155.6812869 159.8248704 163.2110241
163.4843801 167.1424936 168.3798085 171.9489350 174.6634915
175.0218575 178.1284119 180.7643644 183.9339630 188.3114229
189.8802671 192.1341367 194.6618052 196.7165309 199.3569014
201.8087010 204.2789765 207.5811558 210.6960920 215.1409012
216.8013146 219.1211682 219.9731465 221.7913123 225.3167678
227.7350851 231.4192239 231.7234834 234.1541201 234.9077662
236.5208723 237.9418793 240.0507251 241.9681416 246.1429607
249.1145818 252.6489939 256.0129020 256.5743816 257.7108786
259.2036496 260.4569845 263.6976664 264.1153921 269.4868510
270.4122521
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034315 0.0034321 0.0034328 0.0034340 0.0034343
0.0034345 334.2934025 362.7882137 413.9815206 475.6280916
492.7755335 538.2413636 551.3313394 628.7415914 639.3412637
646.3027863 681.2679042 705.9468259 714.8105400 745.8504994
766.4033336 780.7482785 817.1206396 837.7379954 860.0994513
869.3640976 895.2094339 907.4290454 919.3314047 947.5500339
966.5539665 979.4035917 989.2159690 1014.5812417 1031.2880822
1032.5683007 1063.7565540 1081.9381311 1098.3272473 1116.9368725
1131.1210881 1149.9174247 1183.0472225 1197.2358202 1206.6563754
1228.4076808 1233.2915351 1247.5867226 1258.7460496 1267.8655198
1271.3113023 1279.0809110 1295.3711742 1305.3066058 1314.4977776
1330.6277784 1341.4364062 1354.9194797 1372.8322115 1387.2988464
1388.4601280 1403.9082261 1409.0950392 1423.9509359 1435.1468727
1436.6184004 1449.3119672 1459.9960794 1472.7405489 1490.1624403
1496.3569229 1505.2115665 1515.0803080 1523.0554282 1533.2427426
1542.6422573 1552.0550345 1564.5492658 1576.2442686 1592.7835876
1598.9181629 1607.4499058 1610.5718859 1617.2141981 1630.0166348
1638.7407455 1651.9427666 1653.0283598 1661.6753684 1664.3473459
1670.0520862 1675.0613732 1682.4679167 1689.1739481 1703.6837863
1713.9370026 1726.0527610 1737.5055741 1739.4098523 1743.2579564
1748.2995118 1752.5212165 1763.3902026 1764.7863505 1782.6417354
1785.6998528
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1441
Rtb_to_modes> Number of blocs = 70
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9857E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9891E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.477
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 159.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 180.8
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 188.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 194.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 257.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 259.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 260.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 263.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 264.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 269.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 270.4
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 420 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00004 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00003 0.99996 1.00002 0.99997 1.00004
0.99997 1.00000 1.00002 1.00004 1.00003
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00001 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002
1.00000 0.99997 1.00003 1.00000 0.99995
1.00003 1.00004 0.99999 1.00000 1.00001
1.00003 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99996 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99995 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
0.99998 1.00004 0.99998 1.00002 0.99998
0.99999 1.00001 0.99999 0.99996 1.00001
0.99997 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 0.99996 1.00002
1.00000 0.99995 1.00003 0.99999 0.99999
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 25938 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00004 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00003 0.99996 1.00002 0.99997 1.00004
0.99997 1.00000 1.00002 1.00004 1.00003
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00001 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002
1.00000 0.99997 1.00003 1.00000 0.99995
1.00003 1.00004 0.99999 1.00000 1.00001
1.00003 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99996 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99995 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
0.99998 1.00004 0.99998 1.00002 0.99998
0.99999 1.00001 0.99999 0.99996 1.00001
0.99997 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 0.99996 1.00002
1.00000 0.99995 1.00003 0.99999 0.99999
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402020545381255676.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402020545381255676.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402020545381255676.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402020545381255676.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 70
First residue number = 3
Last residue number = 72
Number of atoms found = 1441
Mean number per residue = 20.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9857E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9891E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.477
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 188.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 192.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 194.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 196.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 201.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 207.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 219.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 220.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 221.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 227.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 231.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 231.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 234.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 234.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 236.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 237.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 240.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 242.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 249.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 252.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 256.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 256.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 257.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 259.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 260.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 263.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 264.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 269.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 270.4
Bfactors> 106 vectors, 4323 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 9.477000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.838 for 89 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.012 +/- 0.02
Bfactors> = 10.117 +/- 4.17
Bfactors> Shiftng-fct= 10.105
Bfactors> Scaling-fct= 182.647
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402020545381255676 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
making animated gifs
11 models are in 2402020545381255676.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402020545381255676 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402020545381255676.atom
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2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402020545381255676.eigenfacs
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2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
making animated gifs
11 models are in 2402020545381255676.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402020545381255676 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402020545381255676.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
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making animated gifs
11 models are in 2402020545381255676.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402020545381255676 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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calculating perturbed structure for DQ=60
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making animated gifs
11 models are in 2402020545381255676.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402020545381255676 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402020545381255676.eigenfacs
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2402020545381255676.eigenfacs
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2402020545381255676.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402020545381255676.eigenfacs
2402020545381255676.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402020545381255676.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2402020545381255676.eigenfacs
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2402020545381255676.atom
making animated gifs
11 models are in 2402020545381255676.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402020545381255676.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402020545381255676.10.pdb
2402020545381255676.11.pdb
2402020545381255676.7.pdb
2402020545381255676.8.pdb
2402020545381255676.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.670s
user 0m2.638s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402020545381255676.Chkmod.res: No such file or directory
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