*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402051705351576022.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402051705351576022.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402051705351576022.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 757
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 15.125556 +/- 8.565354 From: -2.019000 To: 33.396000
= 32.299838 +/- 6.667351 From: 15.205000 To: 47.085000
= 12.934543 +/- 8.197019 From: -10.673000 To: 29.748000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 9.0234 % Filled.
Pdbmat> 232792 non-zero elements.
Pdbmat> 25365 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 67.01 +/- 23.97
Maximum number = 113
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 507300.
Pdbmat> Larger element = 448.227
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
99 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402051705351576022.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402051705351576022.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402051705351576022.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 757 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 99 residues.
Blocpdb> 7 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 8
Blocpdb> 8 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 25
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 40
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 54
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 63
Blocpdb> 7 atoms in block 9
Block first atom: 74
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 81
Blocpdb> 7 atoms in block 11
Block first atom: 89
Blocpdb> 7 atoms in block 12
Block first atom: 96
Blocpdb> 8 atoms in block 13
Block first atom: 103
Blocpdb> 9 atoms in block 14
Block first atom: 111
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 120
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 128
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 132
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 136
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 145
Blocpdb> 9 atoms in block 20
Block first atom: 153
Blocpdb> 9 atoms in block 21
Block first atom: 162
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 171
Blocpdb> 8 atoms in block 23
Block first atom: 176
Blocpdb> 8 atoms in block 24
Block first atom: 184
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 192
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 200
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 207
Blocpdb> 5 atoms in block 28
Block first atom: 211
Blocpdb> 8 atoms in block 29
Block first atom: 216
Blocpdb> 8 atoms in block 30
Block first atom: 224
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 232
Blocpdb> 7 atoms in block 32
Block first atom: 239
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 246
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 254
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 263
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 272
Blocpdb> 6 atoms in block 37
Block first atom: 280
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 286
Blocpdb> 7 atoms in block 39
Block first atom: 294
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 301
Blocpdb> 11 atoms in block 41
Block first atom: 305
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 316
Blocpdb> 9 atoms in block 43
Block first atom: 330
Blocpdb> 7 atoms in block 44
Block first atom: 339
Blocpdb> 9 atoms in block 45
Block first atom: 346
Blocpdb> 8 atoms in block 46
Block first atom: 355
Blocpdb> 8 atoms in block 47
Block first atom: 363
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 371
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 375
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 379
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 387
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 391
Blocpdb> 11 atoms in block 53
Block first atom: 395
Blocpdb> 8 atoms in block 54
Block first atom: 406
Blocpdb> 9 atoms in block 55
Block first atom: 414
Blocpdb> 7 atoms in block 56
Block first atom: 423
Blocpdb> 11 atoms in block 57
Block first atom: 430
Blocpdb> 9 atoms in block 58
Block first atom: 441
Blocpdb> 12 atoms in block 59
Block first atom: 450
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 462
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 470
Blocpdb> 8 atoms in block 62
Block first atom: 479
Blocpdb> 8 atoms in block 63
Block first atom: 487
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 495
Blocpdb> 9 atoms in block 65
Block first atom: 503
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 512
Blocpdb> 6 atoms in block 67
Block first atom: 520
Blocpdb> 4 atoms in block 68
Block first atom: 526
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 530
Blocpdb> 9 atoms in block 70
Block first atom: 540
Blocpdb> 5 atoms in block 71
Block first atom: 549
Blocpdb> 8 atoms in block 72
Block first atom: 554
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 562
Blocpdb> 7 atoms in block 74
Block first atom: 566
Blocpdb> 7 atoms in block 75
Block first atom: 573
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 580
Blocpdb> 7 atoms in block 77
Block first atom: 588
Blocpdb> 4 atoms in block 78
Block first atom: 595
Blocpdb> 7 atoms in block 79
Block first atom: 599
Blocpdb> 7 atoms in block 80
Block first atom: 606
Blocpdb> 7 atoms in block 81
Block first atom: 613
Blocpdb> 7 atoms in block 82
Block first atom: 620
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 627
Blocpdb> 8 atoms in block 84
Block first atom: 635
Blocpdb> 8 atoms in block 85
Block first atom: 643
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 651
Blocpdb> 11 atoms in block 87
Block first atom: 655
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 666
Blocpdb> 8 atoms in block 89
Block first atom: 674
Blocpdb> 8 atoms in block 90
Block first atom: 682
Blocpdb> 7 atoms in block 91
Block first atom: 690
Blocpdb> 9 atoms in block 92
Block first atom: 697
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 706
Blocpdb> 4 atoms in block 94
Block first atom: 714
Blocpdb> 6 atoms in block 95
Block first atom: 718
Blocpdb> 7 atoms in block 96
Block first atom: 724
Blocpdb> 8 atoms in block 97
Block first atom: 731
Blocpdb> 8 atoms in block 98
Block first atom: 739
Blocpdb> 11 atoms in block 99
Block first atom: 746
Blocpdb> 99 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 232891 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 2271
Prepmat> Matrix trace = 507300.0000
Prepmat> Last element read: 2271 2271 89.8403
Prepmat> 4951 lines saved.
Prepmat> 3898 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 757
RTB> Total mass = 757.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 757
RTB> Number of blocks = 99
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 120332.7448
RTB> 36387 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 594
Diagstd> Nb of non-zero elements: 36387
Diagstd> Projected matrix trace = 120332.7448
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 594 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 120332.7448
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.2299423 1.4828762 1.9958713 2.1079703
2.5979252 4.3617270 5.0689800 5.3417398 5.9877429
7.4503093 7.6480512 8.6597071 9.5333059 10.8776165
12.2773454 12.8833394 13.6262263 14.3816157 16.0665479
16.3662627 17.2640383 18.5194057 19.8356657 20.0685189
21.4946427 21.8586286 22.6422709 23.0747082 23.8244956
24.4891491 25.8179584 26.1238403 27.5932391 28.3382438
29.4137114 30.0360021 33.0178154 33.8955190 34.1443854
36.2958954 37.4517904 38.5169895 38.7413322 39.4437340
40.4092116 41.8462901 42.2675994 42.4404952 42.6580237
43.7253874 43.9473773 44.7866450 45.1504356 46.0843981
46.7428796 47.1471437 49.1072519 50.0266985 50.7066211
51.3719920 52.1118376 53.4001008 54.2760934 55.5125287
56.0329970 56.4559984 57.6589546 59.2040684 59.6640543
60.3191413 61.6592789 63.0716395 63.4037634 64.2997435
65.3239414 66.1018963 67.3315015 67.8004019 68.3013535
69.5181812 69.6765330 71.4666388 72.0835133 73.0786139
74.1341547 74.6193252 75.5959705 76.1967281 76.7410516
77.4267766 78.2636358 79.3080943 80.4605145 81.3770306
81.6904477 82.3635500 82.5333070 83.7705292 84.7939403
85.9469694
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034316 0.0034324 0.0034333 0.0034335 0.0034345
0.0034352 120.4308211 132.2353989 153.4127809 157.6621779
175.0284333 226.7903238 244.4868851 250.9785736 265.7215969
296.4028885 300.3106089 319.5559307 335.2872541 358.1476886
380.4937418 389.7709833 400.8510992 411.8121157 435.2678266
439.3089373 451.1972826 467.3140125 483.6360554 486.4665025
503.4546955 507.6994998 516.7199998 521.6309951 530.0381605
537.3807785 551.7676427 555.0265912 570.4224668 578.0717502
588.9388358 595.1361662 623.9782441 632.2173712 634.5340479
654.2203332 664.5559831 673.9403322 675.9001698 681.9998683
690.2961784 702.4634965 705.9908486 707.4333040 709.2439602
718.0622790 719.8827408 726.7240707 729.6695996 737.1777869
742.4257253 745.6293140 760.9709815 768.0618634 773.2636871
778.3205248 783.9050718 793.5354242 800.0176546 809.0787325
812.8627201 815.9251620 824.5721497 835.5473309 838.7869417
843.3791407 852.6965405 862.4071340 864.6747929 870.7628671
877.6704380 882.8811397 891.0548324 894.1521281 897.4493251
905.4083196 906.4389242 918.0090420 921.9624922 928.3044468
934.9845841 938.0390951 944.1578400 947.9020046 951.2817243
955.5223942 960.6723477 967.0613747 974.0621836 979.5941879
981.4787887 985.5140240 986.5291081 993.8959247 999.9486279
1006.7243290
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 757
Rtb_to_modes> Number of blocs = 99
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9862E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9908E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.230
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.483
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.996
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.108
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.598
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.362
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.069
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.342
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.988
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.450
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.648
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.660
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.533
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.95
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 594 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000
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1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 0.99998
1.00002 1.00002 1.00003 1.00003 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000
0.99998 0.99996 1.00001 1.00003 1.00000
1.00001 0.99996 0.99999 1.00002 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
1.00004 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000
0.99998 1.00001 1.00002 1.00003 1.00002
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1.00001 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998
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0.99996 0.99997 1.00003 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00004 1.00001 0.99998
0.99999 0.99996 1.00003 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99996 1.00001 0.99996
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 13626 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001
0.99998 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
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1.00002 0.99998 1.00003 1.00004 1.00003
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 0.99998
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0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000
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1.00001 0.99996 0.99999 1.00002 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
1.00004 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000
0.99998 1.00001 1.00002 1.00003 1.00002
0.99998 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
1.00001 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998
0.99996 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001
0.99996 0.99997 1.00003 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00004 1.00001 0.99998
0.99999 0.99996 1.00003 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99996 1.00001 0.99996
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402051705351576022.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402051705351576022.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402051705351576022.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402051705351576022.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 757
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9862E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9908E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.230
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.483
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.996
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.108
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.598
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.362
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.069
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.342
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.988
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.450
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.648
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.660
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.533
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.95
Bfactors> 106 vectors, 2271 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.230000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.077 for 99 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.104 +/- 0.23
Bfactors> = 21.638 +/- 9.38
Bfactors> Shiftng-fct= 21.534
Bfactors> Scaling-fct= 41.508
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402051705351576022 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
making animated gifs
11 models are in 2402051705351576022.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402051705351576022 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
making animated gifs
11 models are in 2402051705351576022.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402051705351576022 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
making animated gifs
11 models are in 2402051705351576022.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402051705351576022 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.eigenfacs
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2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
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2402051705351576022.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2402051705351576022.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
making animated gifs
11 models are in 2402051705351576022.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402051705351576022 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402051705351576022.eigenfacs
2402051705351576022.atom
making animated gifs
11 models are in 2402051705351576022.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402051705351576022.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402051705351576022.10.pdb
2402051705351576022.11.pdb
2402051705351576022.7.pdb
2402051705351576022.8.pdb
2402051705351576022.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m3.304s
user 0m3.300s
sys 0m0.004s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402051705351576022.Chkmod.res: No such file or directory
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