*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402062318011738460.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402062318011738460.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402062318011738460.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 43
First residue number = 1
Last residue number = 43
Number of atoms found = 337
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.159493 +/- 8.269372 From: -16.750000 To: 16.469000
= -0.145196 +/- 4.651157 From: -13.664000 To: 10.516000
= -2.389917 +/- 11.324371 From: -31.672000 To: 21.188000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 13.5951 % Filled.
Pdbmat> 69548 non-zero elements.
Pdbmat> 7509 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 44.56 +/- 14.75
Maximum number = 82
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 150180.
Pdbmat> Larger element = 321.421
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
43 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402062318011738460.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402062318011738460.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402062318011738460.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 337 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 43 residues.
Blocpdb> 11 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 5 atoms in block 2
Block first atom: 12
Blocpdb> 6 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 23
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 12 atoms in block 6
Block first atom: 41
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 53
Blocpdb> 7 atoms in block 8
Block first atom: 57
Blocpdb> 7 atoms in block 9
Block first atom: 64
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 71
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 79
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 83
Blocpdb> 6 atoms in block 13
Block first atom: 92
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 98
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 109
Blocpdb> 8 atoms in block 16
Block first atom: 117
Blocpdb> 12 atoms in block 17
Block first atom: 125
Blocpdb> 7 atoms in block 18
Block first atom: 137
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 144
Blocpdb> 8 atoms in block 20
Block first atom: 152
Blocpdb> 5 atoms in block 21
Block first atom: 160
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 165
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 170
Blocpdb> 7 atoms in block 24
Block first atom: 174
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 181
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 189
Blocpdb> 6 atoms in block 27
Block first atom: 196
Blocpdb> 7 atoms in block 28
Block first atom: 202
Blocpdb> 9 atoms in block 29
Block first atom: 209
Blocpdb> 8 atoms in block 30
Block first atom: 218
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 226
Blocpdb> 9 atoms in block 32
Block first atom: 233
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 242
Blocpdb> 12 atoms in block 34
Block first atom: 250
Blocpdb> 7 atoms in block 35
Block first atom: 262
Blocpdb> 7 atoms in block 36
Block first atom: 269
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 276
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 284
Blocpdb> 9 atoms in block 39
Block first atom: 292
Blocpdb> 6 atoms in block 40
Block first atom: 301
Blocpdb> 11 atoms in block 41
Block first atom: 307
Blocpdb> 8 atoms in block 42
Block first atom: 318
Blocpdb> 12 atoms in block 43
Block first atom: 325
Blocpdb> 43 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 69591 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1011
Prepmat> Matrix trace = 150180.0000
Prepmat> Last element read: 1011 1011 135.5164
Prepmat> 947 lines saved.
Prepmat> 675 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 337
RTB> Total mass = 337.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 337
RTB> Number of blocks = 43
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 32287.7744
RTB> 9111 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 258
Diagstd> Nb of non-zero elements: 9111
Diagstd> Projected matrix trace = 32287.7744
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 258 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 32287.7744
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1268966 0.2041192 0.2867073 0.2908929
0.5523233 0.6541218 0.9415486 1.3271040 2.0755317
2.6725118 2.9426492 3.4927416 4.5069664 5.2168700
5.9834587 6.7386830 7.3345522 7.7278048 8.6457349
8.7767654 9.7155354 11.5725623 11.8086671 11.9627494
12.8166784 13.9554855 14.8287820 16.4865921 18.0527257
18.5711504 20.0889609 21.3809758 22.2872654 22.7487449
24.4665963 27.1250192 27.5835239 28.9179359 30.4333427
32.0187754 33.6591183 34.6905512 35.4810375 35.8916055
36.5441224 39.3869833 40.1895500 40.6727546 42.5636481
43.7919833 44.7569507 45.1557425 45.9420314 46.7036451
47.1276545 48.5929994 49.3223782 50.6335375 51.5533792
53.0227232 54.0982213 55.2150617 56.4548072 57.6909266
59.1174377 59.3711044 60.6853258 61.5697408 62.9744683
63.6677029 65.2000963 65.9776067 66.4857631 66.9903779
67.4078522 67.8920072 71.0104212 72.3525839 73.2421464
73.7279805 74.6344090 75.8563222 76.9020109 78.4676099
80.5854205 81.7012484 82.4391862 83.2185217 83.6769503
84.5870234 85.8698048 86.3846541 87.0962269 88.9500852
90.0067071 91.1443370 93.2524348 93.8151041 94.1243823
94.4909592
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034336 0.0034337 0.0034339 0.0034340
0.0034341 38.6830174 49.0610947 58.1453028 58.5681919
80.7034237 87.8263027 105.3699201 125.0972502 156.4443784
177.5231905 186.2792687 202.9450703 230.5353020 248.0277580
265.6265179 281.8920283 294.0912349 301.8723604 319.2980295
321.7084917 338.4766005 369.4111878 373.1605462 375.5872002
388.7612976 405.6652022 418.1653278 440.9209422 461.3884006
467.9664131 486.7142003 502.1217588 512.6531999 517.9334978
537.1332766 565.5621116 570.3220385 583.9543877 599.0597050
614.4656914 630.0088470 639.5888446 646.8348870 650.5665401
656.4536219 681.5090695 688.4174207 692.5435256 708.4589681
718.6088927 726.4831157 729.7124801 736.0382384 742.1140754
745.4751880 756.9760404 762.6359693 772.7062326 779.6933841
790.7265020 798.7056809 806.9080744 815.9165543 824.8007317
834.9357970 836.7251908 845.9352537 852.0771970 861.7425448
866.4726735 876.8380728 882.0507207 885.4409620 888.7947776
891.5598963 894.7559694 915.0742289 923.6816224 929.3425288
932.4197190 938.1338994 945.7822769 952.2788272 961.9234064
974.8179523 981.5436701 985.9664296 990.6158639 993.3406360
998.7278293 1006.2723002 1009.2844438 1013.4327878 1024.1615440
1030.2265005 1036.7167740 1048.6374659 1051.7963581 1053.5286485
1055.5781916
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 337
Rtb_to_modes> Number of blocs = 43
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1269
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2041
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2867
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2909
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5523
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6541
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9415
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.327
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.076
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.673
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.943
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.493
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.507
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.217
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.983
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.739
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.335
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.728
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.646
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.777
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.716
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.49
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 258 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00006 0.99997 1.00001 1.00004 0.99998
1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
0.99998 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002
1.00002 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00003 0.99997 0.99996 1.00000
0.99996 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
0.99998 1.00003 0.99998 1.00003 0.99999
0.99998 1.00004 1.00003 1.00000 0.99999
0.99997 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 1.00005
0.99997 1.00000 1.00002 0.99996 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00006
0.99999 1.00002 1.00003 0.99998 1.00002
1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 1.00000
0.99998 0.99997 1.00000 0.99999 1.00004
0.99998 1.00003 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00003 1.00002 0.99997
1.00004
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 6066 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00006 0.99997 1.00001 1.00004 0.99998
1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
0.99998 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002
1.00002 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00003 0.99997 0.99996 1.00000
0.99996 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
0.99998 1.00003 0.99998 1.00003 0.99999
0.99998 1.00004 1.00003 1.00000 0.99999
0.99997 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 1.00005
0.99997 1.00000 1.00002 0.99996 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00006
0.99999 1.00002 1.00003 0.99998 1.00002
1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 1.00000
0.99998 0.99997 1.00000 0.99999 1.00004
0.99998 1.00003 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00003 1.00002 0.99997
1.00004
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402062318011738460.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402062318011738460.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402062318011738460.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402062318011738460.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 43
First residue number = 1
Last residue number = 43
Number of atoms found = 337
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1269
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2041
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2867
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2909
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5523
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6541
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9415
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.327
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.076
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.673
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.943
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.493
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.507
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.983
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.739
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.335
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.728
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.646
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.716
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.49
Bfactors> 106 vectors, 1011 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.126900
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.661 for 43 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.924 +/- 1.24
Bfactors> = 88.752 +/- 5.58
Bfactors> Shiftng-fct= 87.828
Bfactors> Scaling-fct= 4.502
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062318011738460 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062318011738460.eigenfacs
2402062318011738460.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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2402062318011738460.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402062318011738460.10.pdb, 1 models will be skipped
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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generate a series of perturbations for mode 11
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11 models are in 2402062318011738460.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402062318011738460.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402062318011738460.10.pdb
2402062318011738460.11.pdb
2402062318011738460.7.pdb
2402062318011738460.8.pdb
2402062318011738460.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.449s
user 0m0.433s
sys 0m0.016s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402062318011738460.Chkmod.res: No such file or directory
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