*** 2V7Y copy ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402070130191772543.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402070130191772543.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402070130191772543.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 504
First residue number = 1
Last residue number = 504
Number of atoms found = 3720
Mean number per residue = 7.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -16.104748 +/- 12.491029 From: -48.234000 To: 16.089000
= 16.975401 +/- 9.495874 From: -6.606000 To: 42.851000
= -40.462976 +/- 33.803121 From: -99.890000 To: 25.002000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.1011 % Filled.
Pdbmat> 1308543 non-zero elements.
Pdbmat> 142937 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 76.85 +/- 21.85
Maximum number = 124
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 2.858740E+06
Pdbmat> Larger element = 484.018
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
504 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402070130191772543.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402070130191772543.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402070130191772543.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3720 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 504 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 44
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 68
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 86
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 106
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 125
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 146
Blocpdb> 24 atoms in block 9
Block first atom: 166
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 190
Blocpdb> 21 atoms in block 11
Block first atom: 212
Blocpdb> 25 atoms in block 12
Block first atom: 233
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 258
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 278
Blocpdb> 21 atoms in block 15
Block first atom: 301
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 322
Blocpdb> 20 atoms in block 17
Block first atom: 346
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 366
Blocpdb> 25 atoms in block 19
Block first atom: 387
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 412
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 435
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 457
Blocpdb> 28 atoms in block 23
Block first atom: 479
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 507
Blocpdb> 27 atoms in block 25
Block first atom: 529
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 556
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 581
Blocpdb> 30 atoms in block 28
Block first atom: 602
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 632
Blocpdb> 23 atoms in block 30
Block first atom: 655
Blocpdb> 21 atoms in block 31
Block first atom: 678
Blocpdb> 29 atoms in block 32
Block first atom: 699
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 728
Blocpdb> 26 atoms in block 34
Block first atom: 751
Blocpdb> 28 atoms in block 35
Block first atom: 777
Blocpdb> 20 atoms in block 36
Block first atom: 805
Blocpdb> 25 atoms in block 37
Block first atom: 825
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 850
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 870
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 891
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 919
Blocpdb> 29 atoms in block 42
Block first atom: 940
Blocpdb> 21 atoms in block 43
Block first atom: 969
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 990
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 1007
Blocpdb> 21 atoms in block 46
Block first atom: 1031
Blocpdb> 27 atoms in block 47
Block first atom: 1052
Blocpdb> 24 atoms in block 48
Block first atom: 1079
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1103
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 1126
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1141
Blocpdb> 20 atoms in block 52
Block first atom: 1166
Blocpdb> 27 atoms in block 53
Block first atom: 1186
Blocpdb> 24 atoms in block 54
Block first atom: 1213
Blocpdb> 23 atoms in block 55
Block first atom: 1237
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1260
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 1288
Blocpdb> 26 atoms in block 58
Block first atom: 1300
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1326
Blocpdb> 25 atoms in block 60
Block first atom: 1347
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 1372
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1388
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 1415
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1436
Blocpdb> 26 atoms in block 65
Block first atom: 1452
Blocpdb> 16 atoms in block 66
Block first atom: 1478
Blocpdb> 27 atoms in block 67
Block first atom: 1494
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 1521
Blocpdb> 24 atoms in block 69
Block first atom: 1545
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 1569
Blocpdb> 28 atoms in block 71
Block first atom: 1596
Blocpdb> 23 atoms in block 72
Block first atom: 1624
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1647
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1669
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1691
Blocpdb> 21 atoms in block 76
Block first atom: 1717
Blocpdb> 28 atoms in block 77
Block first atom: 1738
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1766
Blocpdb> 23 atoms in block 79
Block first atom: 1788
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1811
Blocpdb> 23 atoms in block 81
Block first atom: 1834
Blocpdb> 18 atoms in block 82
Block first atom: 1857
Blocpdb> 25 atoms in block 83
Block first atom: 1875
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1900
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 1922
Blocpdb> 19 atoms in block 86
Block first atom: 1948
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 1967
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 1988
Blocpdb> 25 atoms in block 89
Block first atom: 2013
Blocpdb> 22 atoms in block 90
Block first atom: 2038
Blocpdb> 25 atoms in block 91
Block first atom: 2060
Blocpdb> 29 atoms in block 92
Block first atom: 2085
Blocpdb> 19 atoms in block 93
Block first atom: 2114
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2133
Blocpdb> 27 atoms in block 95
Block first atom: 2158
Blocpdb> 19 atoms in block 96
Block first atom: 2185
Blocpdb> 27 atoms in block 97
Block first atom: 2204
Blocpdb> 22 atoms in block 98
Block first atom: 2231
Blocpdb> 17 atoms in block 99
Block first atom: 2253
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 2270
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2292
Blocpdb> 24 atoms in block 102
Block first atom: 2313
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 2337
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 2360
Blocpdb> 26 atoms in block 105
Block first atom: 2374
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 2400
Blocpdb> 23 atoms in block 107
Block first atom: 2419
Blocpdb> 28 atoms in block 108
Block first atom: 2442
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2470
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2491
Blocpdb> 23 atoms in block 111
Block first atom: 2516
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2539
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2561
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 2585
Blocpdb> 14 atoms in block 115
Block first atom: 2605
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 2619
Blocpdb> 19 atoms in block 117
Block first atom: 2640
Blocpdb> 18 atoms in block 118
Block first atom: 2659
Blocpdb> 24 atoms in block 119
Block first atom: 2677
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2701
Blocpdb> 23 atoms in block 121
Block first atom: 2723
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 2746
Blocpdb> 18 atoms in block 123
Block first atom: 2768
Blocpdb> 24 atoms in block 124
Block first atom: 2786
Blocpdb> 16 atoms in block 125
Block first atom: 2810
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 2826
Blocpdb> 25 atoms in block 127
Block first atom: 2851
Blocpdb> 28 atoms in block 128
Block first atom: 2876
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 2904
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 2926
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 2946
Blocpdb> 25 atoms in block 132
Block first atom: 2970
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 2995
Blocpdb> 25 atoms in block 134
Block first atom: 3012
Blocpdb> 21 atoms in block 135
Block first atom: 3037
Blocpdb> 26 atoms in block 136
Block first atom: 3058
Blocpdb> 24 atoms in block 137
Block first atom: 3084
Blocpdb> 24 atoms in block 138
Block first atom: 3108
Blocpdb> 20 atoms in block 139
Block first atom: 3132
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 3152
Blocpdb> 23 atoms in block 141
Block first atom: 3173
Blocpdb> 26 atoms in block 142
Block first atom: 3196
Blocpdb> 24 atoms in block 143
Block first atom: 3222
Blocpdb> 19 atoms in block 144
Block first atom: 3246
Blocpdb> 19 atoms in block 145
Block first atom: 3265
Blocpdb> 16 atoms in block 146
Block first atom: 3284
Blocpdb> 24 atoms in block 147
Block first atom: 3300
Blocpdb> 23 atoms in block 148
Block first atom: 3324
Blocpdb> 27 atoms in block 149
Block first atom: 3347
Blocpdb> 21 atoms in block 150
Block first atom: 3374
Blocpdb> 19 atoms in block 151
Block first atom: 3395
Blocpdb> 28 atoms in block 152
Block first atom: 3414
Blocpdb> 22 atoms in block 153
Block first atom: 3442
Blocpdb> 19 atoms in block 154
Block first atom: 3464
Blocpdb> 22 atoms in block 155
Block first atom: 3483
Blocpdb> 23 atoms in block 156
Block first atom: 3505
Blocpdb> 20 atoms in block 157
Block first atom: 3528
Blocpdb> 15 atoms in block 158
Block first atom: 3548
Blocpdb> 15 atoms in block 159
Block first atom: 3563
Blocpdb> 15 atoms in block 160
Block first atom: 3578
Blocpdb> 19 atoms in block 161
Block first atom: 3593
Blocpdb> 15 atoms in block 162
Block first atom: 3612
Blocpdb> 19 atoms in block 163
Block first atom: 3627
Blocpdb> 15 atoms in block 164
Block first atom: 3646
Blocpdb> 15 atoms in block 165
Block first atom: 3661
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 3676
Blocpdb> 15 atoms in block 167
Block first atom: 3691
Blocpdb> 15 atoms in block 168
Block first atom: 3705
Blocpdb> 168 blocks.
Blocpdb> At most, 30 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1308711 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11160
Prepmat> Matrix trace = 2858740.0000
Prepmat> Last element read: 11160 11160 31.0255
Prepmat> 14197 lines saved.
Prepmat> 12695 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3720
RTB> Total mass = 3720.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3720
RTB> Number of blocks = 168
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 199057.2249
RTB> 51516 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1008
Diagstd> Nb of non-zero elements: 51516
Diagstd> Projected matrix trace = 199057.2249
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1008 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 199057.2249
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0006206 0.0007400 0.0023126 0.0247901
0.0360876 0.2213996 0.6737988 1.1223123 1.5158169
2.4141268 2.8415416 3.0486639 3.2833322 3.5964842
4.2356494 4.7427032 4.8437136 5.3171360 5.4520745
5.6344317 6.0559070 6.5532221 6.8052471 7.1671116
7.5270337 8.0640629 8.5007766 8.9584544 10.2023772
10.7074095 10.7977051 11.5424971 12.1322395 12.3531878
13.0921706 13.4221643 13.8514222 14.3867043 14.5036118
15.3392091 15.7944006 16.9104480 17.2379845 17.7013224
18.3616254 19.1303305 19.1448227 19.8577456 20.3787034
20.7066338 21.5667579 21.8424759 22.2239225 23.1222339
23.3768643 24.2256205 24.7843571 25.1302100 25.3415631
25.6129753 26.0448196 26.3394778 27.1582590 27.4479577
27.7998133 28.9472902 29.8613105 30.0014713 30.3774777
30.6931675 30.8748813 31.6731477 31.9908251 32.9633347
33.4783890 33.8294644 34.3107896 35.2678185 35.6085319
35.9626695 36.9222129 36.9920108 37.7531519 37.8566776
38.2200016 38.7161628 39.5548751 39.7472217 40.1737044
40.5841902 41.0682354 41.6163019 42.0125612 42.1096303
42.5896635 43.1643507 43.5895442 44.4979666 44.5859261
44.6961210
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034329 0.0034333 0.0034340 0.0034351
0.0034353 2.7052357 2.9540427 5.2220491 17.0975848
20.6288261 51.0956280 89.1374861 115.0408639 133.6960714
168.7233986 183.0510763 189.6051165 196.7671953 205.9369884
223.4885524 236.4875354 238.9926290 250.3999079 253.5573304
257.7628585 267.2297952 277.9858727 283.2808582 290.7149492
297.9251806 308.3700804 316.6099668 325.0213015 346.8534099
355.3345900 356.8297128 368.9310157 378.2385311 381.6671671
392.9172606 397.8382677 404.1498890 411.8849654 413.5550839
425.3013521 431.5656346 446.5528207 450.8566950 456.8757805
465.3190602 474.9594317 475.1393009 483.9051583 490.2115673
494.1400243 504.2985414 507.5118804 511.9241727 522.1679064
525.0351852 534.4815705 540.6100430 544.3689420 546.6533076
549.5728830 554.1865186 557.3125987 565.9085336 568.9188164
572.5536930 584.2506955 593.4029653 594.7939701 598.5096202
601.6115082 603.3897500 611.1402584 614.1974384 623.4632375
628.3151855 631.6010466 636.0783832 644.8884202 647.9959844
651.2102704 659.8407628 660.4641513 667.2243511 668.1385473
671.3370731 675.6805752 682.9600323 684.6185600 688.2816958
691.7891120 695.9023480 700.5304584 703.8576892 704.6703439
708.6754444 713.4407085 716.9459967 724.3781857 725.0937740
725.9892625
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3720
Rtb_to_modes> Number of blocs = 168
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.122
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.516
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.596
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.236
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.743
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.844
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.553
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.805
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.167
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.527
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.064
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.501
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.958
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.20
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.80
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.38
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.70
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1008 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00003 1.00000 1.00000 1.00002
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1.00002 1.00003 0.99999 0.99997 1.00002
1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998
1.00003 1.00002 1.00002 1.00003 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998
0.99998 1.00001 0.99998 0.99997 1.00002
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 1.00003 0.99997 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99995
1.00002 1.00002 0.99997 1.00000 1.00001
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0.99998 0.99997 1.00003 1.00002 0.99997
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 1.00002
1.00003 1.00000 1.00002 0.99995 1.00000
1.00002 0.99998 1.00002 0.99997 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 66960 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00003 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
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1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998
1.00003 1.00002 1.00002 1.00003 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998
0.99998 1.00001 0.99998 0.99997 1.00002
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 1.00003 0.99997 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99995
1.00002 1.00002 0.99997 1.00000 1.00001
0.99997 0.99997 0.99999 0.99999 0.99998
0.99998 0.99997 1.00003 1.00002 0.99997
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 1.00002
1.00003 1.00000 1.00002 0.99995 1.00000
1.00002 0.99998 1.00002 0.99997 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402070130191772543.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402070130191772543.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402070130191772543.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402070130191772543.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 504
First residue number = 1
Last residue number = 504
Number of atoms found = 3720
Mean number per residue = 7.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2061E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.4002E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.3126E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4790E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6088E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2214
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6738
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.122
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.516
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.414
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.842
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.049
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.283
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.596
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.743
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.844
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.317
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.452
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.634
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.056
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.553
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.805
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.167
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.527
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.064
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.501
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.958
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.70
Bfactors> 106 vectors, 11160 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000621
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.659 for 504 C-alpha atoms.
Bfactors> = 15.002 +/- 14.65
Bfactors> = 42.352 +/- 21.44
Bfactors> Shiftng-fct= 27.350
Bfactors> Scaling-fct= 1.463
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2402070130191772543 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402070130191772543.eigenfacs
2402070130191772543.atom
2402070130191772543.10.pdb
2402070130191772543.11.pdb
2402070130191772543.12.pdb
2402070130191772543.13.pdb
2402070130191772543.14.pdb
2402070130191772543.15.pdb
2402070130191772543.16.pdb
2402070130191772543.7.pdb
2402070130191772543.8.pdb
2402070130191772543.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m18.590s
user 0m18.558s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402070130191772543.Chkmod.res: No such file or directory
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