*** 1xmm_test ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402071547251848064.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402071547251848064.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402071547251848064.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 575
First residue number = 40
Last residue number = 336
Number of atoms found = 4761
Mean number per residue = 8.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 40.685040 +/- 11.560722 From: 12.919000 To: 70.840000
= 27.678971 +/- 14.622570 From: -10.172000 To: 57.652000
= 24.306783 +/- 16.560549 From: -12.207000 To: 58.844000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.7652 % Filled.
Pdbmat> 1800710 non-zero elements.
Pdbmat> 196936 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 82.73 +/- 20.99
Maximum number = 128
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 3.938720E+06
Pdbmat> Larger element = 492.055
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
575 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402071547251848064.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402071547251848064.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402071547251848064.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4761 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 575 residues.
Blocpdb> 26 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 24 atoms in block 2
Block first atom: 27
Blocpdb> 26 atoms in block 3
Block first atom: 51
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 77
Blocpdb> 26 atoms in block 5
Block first atom: 103
Blocpdb> 20 atoms in block 6
Block first atom: 129
Blocpdb> 28 atoms in block 7
Block first atom: 149
Blocpdb> 27 atoms in block 8
Block first atom: 177
Blocpdb> 22 atoms in block 9
Block first atom: 204
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 226
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 250
Blocpdb> 23 atoms in block 12
Block first atom: 270
Blocpdb> 25 atoms in block 13
Block first atom: 293
Blocpdb> 27 atoms in block 14
Block first atom: 318
Blocpdb> 25 atoms in block 15
Block first atom: 345
Blocpdb> 21 atoms in block 16
Block first atom: 370
Blocpdb> 23 atoms in block 17
Block first atom: 391
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 414
Blocpdb> 26 atoms in block 19
Block first atom: 431
Blocpdb> 28 atoms in block 20
Block first atom: 457
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 485
Blocpdb> 26 atoms in block 22
Block first atom: 507
Blocpdb> 29 atoms in block 23
Block first atom: 533
Blocpdb> 26 atoms in block 24
Block first atom: 562
Blocpdb> 27 atoms in block 25
Block first atom: 588
Blocpdb> 24 atoms in block 26
Block first atom: 615
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 639
Blocpdb> 21 atoms in block 28
Block first atom: 662
Blocpdb> 24 atoms in block 29
Block first atom: 683
Blocpdb> 25 atoms in block 30
Block first atom: 707
Blocpdb> 27 atoms in block 31
Block first atom: 732
Blocpdb> 29 atoms in block 32
Block first atom: 759
Blocpdb> 28 atoms in block 33
Block first atom: 788
Blocpdb> 27 atoms in block 34
Block first atom: 816
Blocpdb> 28 atoms in block 35
Block first atom: 843
Blocpdb> 19 atoms in block 36
Block first atom: 871
Blocpdb> 31 atoms in block 37
Block first atom: 890
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 921
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 944
Blocpdb> 23 atoms in block 40
Block first atom: 969
Blocpdb> 23 atoms in block 41
Block first atom: 992
Blocpdb> 23 atoms in block 42
Block first atom: 1015
Blocpdb> 33 atoms in block 43
Block first atom: 1038
Blocpdb> 24 atoms in block 44
Block first atom: 1071
Blocpdb> 26 atoms in block 45
Block first atom: 1095
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 1121
Blocpdb> 27 atoms in block 47
Block first atom: 1140
Blocpdb> 27 atoms in block 48
Block first atom: 1167
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1194
Blocpdb> 21 atoms in block 50
Block first atom: 1217
Blocpdb> 22 atoms in block 51
Block first atom: 1238
Blocpdb> 23 atoms in block 52
Block first atom: 1260
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1283
Blocpdb> 31 atoms in block 54
Block first atom: 1308
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1339
Blocpdb> 24 atoms in block 56
Block first atom: 1365
Blocpdb> 28 atoms in block 57
Block first atom: 1389
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 1417
Blocpdb> 32 atoms in block 59
Block first atom: 1436
Blocpdb> 23 atoms in block 60
Block first atom: 1468
Blocpdb> 25 atoms in block 61
Block first atom: 1491
Blocpdb> 23 atoms in block 62
Block first atom: 1516
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 1539
Blocpdb> 23 atoms in block 64
Block first atom: 1565
Blocpdb> 27 atoms in block 65
Block first atom: 1588
Blocpdb> 26 atoms in block 66
Block first atom: 1615
Blocpdb> 22 atoms in block 67
Block first atom: 1641
Blocpdb> 22 atoms in block 68
Block first atom: 1663
Blocpdb> 28 atoms in block 69
Block first atom: 1685
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 1713
Blocpdb> 21 atoms in block 71
Block first atom: 1744
Blocpdb> 29 atoms in block 72
Block first atom: 1765
Blocpdb> 27 atoms in block 73
Block first atom: 1794
Blocpdb> 30 atoms in block 74
Block first atom: 1821
Blocpdb> 25 atoms in block 75
Block first atom: 1851
Blocpdb> 30 atoms in block 76
Block first atom: 1876
Blocpdb> 27 atoms in block 77
Block first atom: 1906
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1933
Blocpdb> 23 atoms in block 79
Block first atom: 1956
Blocpdb> 21 atoms in block 80
Block first atom: 1979
Blocpdb> 14 atoms in block 81
Block first atom: 2000
Blocpdb> 27 atoms in block 82
Block first atom: 2014
Blocpdb> 23 atoms in block 83
Block first atom: 2041
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 2064
Blocpdb> 24 atoms in block 85
Block first atom: 2086
Blocpdb> 25 atoms in block 86
Block first atom: 2110
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 2135
Blocpdb> 33 atoms in block 88
Block first atom: 2156
Blocpdb> 29 atoms in block 89
Block first atom: 2189
Blocpdb> 22 atoms in block 90
Block first atom: 2218
Blocpdb> 24 atoms in block 91
Block first atom: 2240
Blocpdb> 24 atoms in block 92
Block first atom: 2264
Blocpdb> 23 atoms in block 93
Block first atom: 2288
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2311
Blocpdb> 26 atoms in block 95
Block first atom: 2336
Blocpdb> 23 atoms in block 96
Block first atom: 2362
Blocpdb> 26 atoms in block 97
Block first atom: 2385
Blocpdb> 24 atoms in block 98
Block first atom: 2411
Blocpdb> 26 atoms in block 99
Block first atom: 2435
Blocpdb> 26 atoms in block 100
Block first atom: 2461
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 2487
Blocpdb> 20 atoms in block 102
Block first atom: 2513
Blocpdb> 28 atoms in block 103
Block first atom: 2533
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 2561
Blocpdb> 22 atoms in block 105
Block first atom: 2588
Blocpdb> 16 atoms in block 106
Block first atom: 2610
Blocpdb> 22 atoms in block 107
Block first atom: 2626
Blocpdb> 22 atoms in block 108
Block first atom: 2648
Blocpdb> 26 atoms in block 109
Block first atom: 2670
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2696
Blocpdb> 25 atoms in block 111
Block first atom: 2721
Blocpdb> 21 atoms in block 112
Block first atom: 2746
Blocpdb> 25 atoms in block 113
Block first atom: 2767
Blocpdb> 17 atoms in block 114
Block first atom: 2792
Blocpdb> 24 atoms in block 115
Block first atom: 2809
Blocpdb> 26 atoms in block 116
Block first atom: 2833
Blocpdb> 25 atoms in block 117
Block first atom: 2859
Blocpdb> 26 atoms in block 118
Block first atom: 2884
Blocpdb> 29 atoms in block 119
Block first atom: 2910
Blocpdb> 26 atoms in block 120
Block first atom: 2939
Blocpdb> 27 atoms in block 121
Block first atom: 2965
Blocpdb> 24 atoms in block 122
Block first atom: 2992
Blocpdb> 23 atoms in block 123
Block first atom: 3016
Blocpdb> 21 atoms in block 124
Block first atom: 3039
Blocpdb> 24 atoms in block 125
Block first atom: 3060
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 3084
Blocpdb> 27 atoms in block 127
Block first atom: 3109
Blocpdb> 29 atoms in block 128
Block first atom: 3136
Blocpdb> 28 atoms in block 129
Block first atom: 3165
Blocpdb> 27 atoms in block 130
Block first atom: 3193
Blocpdb> 28 atoms in block 131
Block first atom: 3220
Blocpdb> 19 atoms in block 132
Block first atom: 3248
Blocpdb> 31 atoms in block 133
Block first atom: 3267
Blocpdb> 23 atoms in block 134
Block first atom: 3298
Blocpdb> 25 atoms in block 135
Block first atom: 3321
Blocpdb> 23 atoms in block 136
Block first atom: 3346
Blocpdb> 23 atoms in block 137
Block first atom: 3369
Blocpdb> 23 atoms in block 138
Block first atom: 3392
Blocpdb> 33 atoms in block 139
Block first atom: 3415
Blocpdb> 24 atoms in block 140
Block first atom: 3448
Blocpdb> 26 atoms in block 141
Block first atom: 3472
Blocpdb> 19 atoms in block 142
Block first atom: 3498
Blocpdb> 27 atoms in block 143
Block first atom: 3517
Blocpdb> 27 atoms in block 144
Block first atom: 3544
Blocpdb> 23 atoms in block 145
Block first atom: 3571
Blocpdb> 21 atoms in block 146
Block first atom: 3594
Blocpdb> 22 atoms in block 147
Block first atom: 3615
Blocpdb> 23 atoms in block 148
Block first atom: 3637
Blocpdb> 25 atoms in block 149
Block first atom: 3660
Blocpdb> 31 atoms in block 150
Block first atom: 3685
Blocpdb> 26 atoms in block 151
Block first atom: 3716
Blocpdb> 24 atoms in block 152
Block first atom: 3742
Blocpdb> 28 atoms in block 153
Block first atom: 3766
Blocpdb> 19 atoms in block 154
Block first atom: 3794
Blocpdb> 32 atoms in block 155
Block first atom: 3813
Blocpdb> 23 atoms in block 156
Block first atom: 3845
Blocpdb> 25 atoms in block 157
Block first atom: 3868
Blocpdb> 23 atoms in block 158
Block first atom: 3893
Blocpdb> 26 atoms in block 159
Block first atom: 3916
Blocpdb> 23 atoms in block 160
Block first atom: 3942
Blocpdb> 27 atoms in block 161
Block first atom: 3965
Blocpdb> 26 atoms in block 162
Block first atom: 3992
Blocpdb> 22 atoms in block 163
Block first atom: 4018
Blocpdb> 22 atoms in block 164
Block first atom: 4040
Blocpdb> 28 atoms in block 165
Block first atom: 4062
Blocpdb> 31 atoms in block 166
Block first atom: 4090
Blocpdb> 21 atoms in block 167
Block first atom: 4121
Blocpdb> 29 atoms in block 168
Block first atom: 4142
Blocpdb> 27 atoms in block 169
Block first atom: 4171
Blocpdb> 30 atoms in block 170
Block first atom: 4198
Blocpdb> 25 atoms in block 171
Block first atom: 4228
Blocpdb> 30 atoms in block 172
Block first atom: 4253
Blocpdb> 27 atoms in block 173
Block first atom: 4283
Blocpdb> 23 atoms in block 174
Block first atom: 4310
Blocpdb> 23 atoms in block 175
Block first atom: 4333
Blocpdb> 21 atoms in block 176
Block first atom: 4356
Blocpdb> 14 atoms in block 177
Block first atom: 4377
Blocpdb> 27 atoms in block 178
Block first atom: 4391
Blocpdb> 23 atoms in block 179
Block first atom: 4418
Blocpdb> 22 atoms in block 180
Block first atom: 4441
Blocpdb> 24 atoms in block 181
Block first atom: 4463
Blocpdb> 25 atoms in block 182
Block first atom: 4487
Blocpdb> 21 atoms in block 183
Block first atom: 4512
Blocpdb> 33 atoms in block 184
Block first atom: 4533
Blocpdb> 29 atoms in block 185
Block first atom: 4566
Blocpdb> 22 atoms in block 186
Block first atom: 4595
Blocpdb> 24 atoms in block 187
Block first atom: 4617
Blocpdb> 24 atoms in block 188
Block first atom: 4641
Blocpdb> 23 atoms in block 189
Block first atom: 4665
Blocpdb> 25 atoms in block 190
Block first atom: 4688
Blocpdb> 26 atoms in block 191
Block first atom: 4713
Blocpdb> 23 atoms in block 192
Block first atom: 4738
Blocpdb> 192 blocks.
Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1800902 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14283
Prepmat> Matrix trace = 3938720.0000
Prepmat> Last element read: 14283 14283 150.2294
Prepmat> 18529 lines saved.
Prepmat> 16586 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4761
RTB> Total mass = 4761.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4761
RTB> Number of blocks = 192
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 248444.9304
RTB> 67032 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1152
Diagstd> Nb of non-zero elements: 67032
Diagstd> Projected matrix trace = 248444.9304
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1152 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 248444.9304
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.7552558 1.3956648 2.2478341 3.1703833
3.6095808 4.1169211 5.8880436 6.6629909 7.5754399
7.8640369 8.1541542 8.4791174 9.0483486 9.7647827
10.7926567 11.7261791 11.9846107 12.3156983 13.3296040
14.3678588 14.7364879 15.0890565 16.4328551 16.6143867
17.7361776 17.8652760 18.5459020 19.3124982 19.7117146
20.2992489 20.7162889 22.1837983 22.8664612 23.8944952
24.7525911 24.8961140 25.6094164 26.8575890 26.9977039
27.4638773 27.9093360 28.3654406 29.0610294 29.5245280
30.2471109 30.5774350 30.9805479 32.0624019 32.2623858
32.4590782 33.2799390 34.4448207 34.7374513 35.1772318
35.7491845 36.3202294 36.8225854 36.9632040 37.5367771
38.5504813 38.9750929 39.6083984 40.0078949 40.6048638
40.9181613 41.6748611 42.3871158 42.6722220 42.8947820
43.1069104 44.1214364 44.5303072 45.0427005 45.2135191
45.7963106 46.2624973 46.7370835 46.9556993 47.2548864
48.1148099 48.8252732 49.0897591 49.2994040 50.1290272
50.6927783 51.0513058 51.6335452 51.8125853 52.6743396
52.9036146 53.4171778 53.8070312 54.1327593 54.3259830
54.7366102 55.0578196 55.4533648 55.6852086 56.1042714
56.5530410
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034284 0.0034337 0.0034339 0.0034341 0.0034353
0.0034356 94.3718150 128.2879411 162.8086231 193.3531127
206.3116071 220.3340181 263.5001023 280.3043841 298.8816198
304.5215640 310.0878436 316.2063633 326.6479540 339.3333712
356.7462868 371.8549279 375.9302260 381.0875851 396.4641324
411.6151069 416.8619690 421.8191798 440.2017795 442.6265266
457.3253704 458.9867471 467.6481928 477.2154642 482.1225910
489.2549911 494.2552146 511.4618367 519.2718254 530.8162507
540.2634824 541.8275232 549.5347003 562.7672191 564.2332754
569.0837768 573.6804260 578.3490779 585.3973839 590.0472108
597.2239691 600.4762101 604.4213926 614.8841623 616.7988008
618.6761459 626.4501843 637.3195558 640.0210468 644.0596783
649.2745050 654.4396022 658.9499348 660.2069392 665.3095704
674.2332753 677.9362545 683.4219465 686.8598499 691.9652882
694.6296794 701.0231516 706.9882785 709.3619827 711.2094403
712.9658507 721.3069248 724.6413724 728.7985343 730.1791635
734.8700133 738.6008730 742.3796938 744.1139333 746.4808006
753.2422419 758.7830509 760.8354345 762.4583322 768.8469900
773.1581309 775.8874154 780.2993636 781.6510431 788.1245031
789.8378706 793.6622976 796.5532164 798.9605994 800.3852509
803.4044438 805.7582942 808.6474700 810.3361352 813.3795398
816.6261108
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4761
Rtb_to_modes> Number of blocs = 192
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.98
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.25
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.13
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.45
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.55
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1152 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000
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1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 0.99998
0.99998 0.99998 0.99999 0.99999 1.00003
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
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1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 85698 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
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1.00002 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
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1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 0.99998
0.99998 0.99998 0.99999 0.99999 1.00003
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402071547251848064.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402071547251848064.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402071547251848064.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402071547251848064.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 575
First residue number = 40
Last residue number = 336
Number of atoms found = 4761
Mean number per residue = 8.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9676E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.396
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.117
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.55
Bfactors> 106 vectors, 14283 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.755300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.595 for 575 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.02
Bfactors> = 19.117 +/- 10.06
Bfactors> Shiftng-fct= 19.095
Bfactors> Scaling-fct= 522.511
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071547251848064 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071547251848064 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071547251848064 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071547251848064 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071547251848064 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071547251848064.eigenfacs
2402071547251848064.atom
2402071547251848064.10.pdb
2402071547251848064.11.pdb
2402071547251848064.7.pdb
2402071547251848064.8.pdb
2402071547251848064.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m29.554s
user 0m29.493s
sys 0m0.060s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402071547251848064.Chkmod.res: No such file or directory
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