*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402071651261852152.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402071651261852152.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402071651261852152.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 29
First residue number = 1
Last residue number = 29
Number of atoms found = 503
Mean number per residue = 17.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.248479 +/- 8.476868 From: -20.296000 To: 16.623000
= 0.251352 +/- 5.283533 From: -12.496000 To: 11.634000
= 0.374429 +/- 3.323946 From: -7.177000 To: 9.523000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 20.9757 % Filled.
Pdbmat> 238975 non-zero elements.
Pdbmat> 26223 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 104.27 +/- 39.67
Maximum number = 197
Minimum number = 23
Pdbmat> Matrix trace = 524460.
Pdbmat> Larger element = 769.639
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
29 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402071651261852152.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402071651261852152.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402071651261852152.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 503 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 29 residues.
Blocpdb> 24 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 25
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 47
Blocpdb> 10 atoms in block 4
Block first atom: 67
Blocpdb> 10 atoms in block 5
Block first atom: 77
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 87
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 101
Blocpdb> 10 atoms in block 8
Block first atom: 116
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 126
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 140
Blocpdb> 24 atoms in block 11
Block first atom: 162
Blocpdb> 20 atoms in block 12
Block first atom: 186
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 206
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 223
Blocpdb> 11 atoms in block 15
Block first atom: 247
Blocpdb> 12 atoms in block 16
Block first atom: 258
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 270
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 287
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 306
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 317
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 339
Blocpdb> 19 atoms in block 22
Block first atom: 356
Blocpdb> 22 atoms in block 23
Block first atom: 375
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 397
Blocpdb> 17 atoms in block 25
Block first atom: 411
Blocpdb> 17 atoms in block 26
Block first atom: 428
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 445
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 459
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 480
Blocpdb> 29 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 239004 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1509
Prepmat> Matrix trace = 524460.0000
Prepmat> Last element read: 1509 1509 88.5945
Prepmat> 436 lines saved.
Prepmat> 188 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 503
RTB> Total mass = 503.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 503
RTB> Number of blocks = 29
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 53291.0581
RTB> 8457 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 174
Diagstd> Nb of non-zero elements: 8457
Diagstd> Projected matrix trace = 53291.0581
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 174 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 53291.0581
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.8599323 5.1765767 7.6129822 8.8273474
14.0465116 19.9246528 23.4262510 29.4408476 34.6490653
39.0791985 44.0276663 45.3647068 50.2700142 53.8119417
55.2514197 59.1703843 65.2460217 76.6323377 83.1803134
88.4514912 92.3088979 95.2892073 97.8770822 105.4013800
106.8491335 109.4526419 118.3210163 119.4924314 123.5979854
127.5391920 130.4198954 138.6100291 139.8918209 145.0958295
154.1615797 156.2546559 161.7533962 169.4675906 170.7548326
172.3368865 174.4309843 177.2631114 181.0934945 185.9961054
187.3510836 190.8229551 191.0222606 195.9349103 198.5439412
209.6657417 210.7112648 212.6295218 213.8485752 215.6675352
217.2525231 222.9399735 224.1674860 228.2949439 232.8271962
235.6773620 238.7367905 243.3048014 244.3131195 246.3169185
248.2474559 251.1150921 253.7879562 256.1095465 259.8975573
261.8015467 262.4789047 266.0464812 270.7597499 277.0591763
278.1109729 279.8985994 281.3469787 286.8265047 287.7969105
291.2857957 292.9847976 295.1824010 298.7737331 300.4033095
303.0426706 307.6826273 309.9621301 313.1057360 315.8768416
318.3799000 320.7970112 324.4441682 327.5876113 330.8353599
331.3496868 332.1361029 337.7007687 341.5544062 343.9309037
347.1966760
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034303 0.0034326 0.0034334 0.0034336 0.0034340
0.0034341 213.3463054 247.0680617 299.6213023 322.6341909
406.9860480 484.7196893 525.5894945 589.2104416 639.2062927
678.8410623 720.5400303 731.3989532 769.9274153 796.5895625
807.1736968 835.3096052 877.1468305 950.6076769 990.3884260
1021.2871316 1043.3188719 1060.0275123 1074.3252603 1114.8551101
1122.4856111 1136.0786667 1181.2075821 1187.0403432 1207.2604582
1226.3575548 1240.1299726 1278.4760822 1284.3738121 1308.0451807
1348.2901326 1357.4122486 1381.0900111 1413.6392914 1418.9979960
1425.5563912 1434.1913407 1445.7874955 1461.3246325 1480.9732204
1486.3578629 1500.0667639 1500.8499339 1520.0266119 1530.1133332
1572.3854543 1576.3010223 1583.4598705 1587.9925508 1594.7318490
1600.5811382 1621.3965808 1625.8541762 1640.7538307 1656.9604197
1667.0714521 1677.8570450 1693.8331178 1697.3393307 1704.2857066
1710.9514396 1720.8051122 1729.9389793 1737.8334962 1750.6381126
1757.0389308 1759.3104519 1771.2262497 1786.8468562 1807.5134998
1810.9411712 1816.7519831 1821.4464521 1839.0982051 1842.2066429
1853.3392948 1858.7364836 1865.6944119 1877.0095704 1882.1214173
1890.3715500 1904.7885330 1911.8314372 1921.5017847 1929.9860670
1937.6177366 1944.9589383 1955.9838580 1965.4364903 1975.1552651
1976.6899877 1979.0343078 1995.5439855 2006.8976593 2013.8674417
2023.4061219
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 503
Rtb_to_modes> Number of blocs = 29
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9785E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.860
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.177
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.613
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.827
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 161.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 172.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 187.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 195.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 198.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 209.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 210.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 212.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 215.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 217.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 222.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 228.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 232.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 235.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 238.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 243.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 244.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 246.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 248.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 251.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 253.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 256.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 259.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 261.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 262.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 266.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 270.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 277.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 278.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 279.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 281.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 286.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 287.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 291.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 293.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 295.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 298.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 300.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 303.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 307.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 310.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 313.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 315.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 318.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 320.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 324.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 327.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 330.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 331.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 332.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 337.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 341.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 343.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 347.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 174 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00004 1.00001 1.00001 1.00002 0.99996
1.00003 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998
1.00001 0.99998 0.99996 1.00002 0.99997
0.99996 1.00003 1.00001 0.99997 1.00002
1.00006 0.99999 1.00003 0.99999 0.99998
0.99996 0.99997 1.00000 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 0.99998
1.00006 1.00005 1.00001 0.99997 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
1.00005 0.99999 0.99998 0.99999 0.99998
0.99999 0.99998 1.00002 0.99998 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
0.99996 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998
1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999
0.99997 0.99997 0.99997 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99993 0.99999 0.99998
1.00001 0.99997 1.00002 1.00003 1.00002
0.99999 0.99997 0.99998 1.00000 1.00000
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002
1.00001 1.00002 1.00006 0.99999 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00003 0.99999
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 9054 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00004 1.00001 1.00001 1.00002 0.99996
1.00003 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998
1.00001 0.99998 0.99996 1.00002 0.99997
0.99996 1.00003 1.00001 0.99997 1.00002
1.00006 0.99999 1.00003 0.99999 0.99998
0.99996 0.99997 1.00000 1.00002 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 0.99998
1.00006 1.00005 1.00001 0.99997 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
1.00005 0.99999 0.99998 0.99999 0.99998
0.99999 0.99998 1.00002 0.99998 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
0.99996 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998
1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999
0.99997 0.99997 0.99997 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99993 0.99999 0.99998
1.00001 0.99997 1.00002 1.00003 1.00002
0.99999 0.99997 0.99998 1.00000 1.00000
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002
1.00001 1.00002 1.00006 0.99999 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00003 0.99999
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402071651261852152.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402071651261852152.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402071651261852152.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402071651261852152.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 29
First residue number = 1
Last residue number = 29
Number of atoms found = 503
Mean number per residue = 17.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9785E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.860
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.177
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.613
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.827
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 195.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 198.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 209.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 212.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 217.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 228.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 232.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 235.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 238.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 243.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 244.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 248.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 251.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 253.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 256.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 259.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 261.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 262.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 266.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 270.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 277.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 278.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 279.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 281.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 286.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 287.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 291.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 293.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 295.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 298.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 300.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 303.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 307.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 310.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 313.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 315.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 318.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 320.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 324.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 327.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 330.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 331.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 332.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 337.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 341.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 343.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 347.2
Bfactors> 106 vectors, 1509 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.860000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.927 for 29 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.025 +/- 0.02
Bfactors> = 1.453 +/- 1.10
Bfactors> Shiftng-fct= 1.428
Bfactors> Scaling-fct= 47.529
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071651261852152 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
making animated gifs
11 models are in 2402071651261852152.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071651261852152 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
making animated gifs
11 models are in 2402071651261852152.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071651261852152 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
making animated gifs
11 models are in 2402071651261852152.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071651261852152 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
making animated gifs
11 models are in 2402071651261852152.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402071651261852152 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402071651261852152.eigenfacs
2402071651261852152.atom
making animated gifs
11 models are in 2402071651261852152.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402071651261852152.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402071651261852152.10.pdb
2402071651261852152.11.pdb
2402071651261852152.7.pdb
2402071651261852152.8.pdb
2402071651261852152.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.506s
user 0m0.490s
sys 0m0.016s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402071651261852152.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|
