*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402120205212442970.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402120205212442970.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402120205212442970.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 154
First residue number = 1
Last residue number = 159
Number of atoms found = 154
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 6.845351 +/- 8.174129 From: -10.568000 To: 25.076000
= 29.990175 +/- 9.493660 From: 12.891000 To: 55.455000
= 20.868734 +/- 8.740305 From: 4.660000 To: 38.187000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 11.1928 % Filled.
Pdbmat> 11971 non-zero elements.
Pdbmat> 1228 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 15.95 +/- 5.02
Maximum number = 31
Minimum number = 6
Pdbmat> Matrix trace = 24560.0
Pdbmat> Larger element = 125.344
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 154 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 462
Diagstd> Number of non-zero elements 11971
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 24560.0000005
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 462
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 462 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 24560.0000005
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3755820 0.4919188 0.6664641 0.8928885
1.0671210 1.4486913 1.5868969 1.7852427 1.9956315
2.1624601 2.2954849 2.4325179 2.5931982 2.9107811
3.3707156 3.7754197 3.9275168 4.1405817 4.1531401
4.5669565 4.8814315 5.0036261 5.1759088 5.4443188
5.5162145 5.7477615 5.8454302 6.1391576 6.4794483
6.8027546 6.8640720 6.9815540 7.2110525 7.3559258
7.9003096 8.0700838 8.3596758 8.6158886 8.7457096
8.8446381 9.0393257 9.1506161 9.5049559 9.6873564
9.7794950 9.9921043 10.1779502 10.3935375 10.5152148
10.6651263 10.7557857 11.1337927 11.3777357 11.6835333
11.7745654 12.0300705 12.0859273 12.4831475 12.7249808
12.9431163 13.3403616 13.4764981 13.7470185 14.0764988
14.3318913 14.4885921 14.9212957 15.0327108 15.1196311
15.3221335 15.5472296 15.7486625 15.9091909 16.0450912
16.4643569 16.7207031 16.9126300 17.2032152 17.3043169
17.4927972 17.7454856 18.0055444 18.0859741 18.5424923
19.0679239 19.0954628 19.4561915 19.7602487 20.2308450
20.4373252 20.6560422 21.0628381 21.2554611 21.5263624
21.6460406 21.9268223 22.1287221 22.4278155 22.9924844
23.1469949 23.3750081 23.6986684 23.7575067 24.0580145
24.2733891 24.5385550 24.6350271 24.9502859 25.2438135
25.4355378 25.8785311 25.9699734 26.0953373 26.2992958
26.4768928 26.9235458 26.9441213 27.2265226 27.4671235
27.7273970 27.9102660 27.9687711 28.2166121 28.4030457
28.4757264 28.7576195 29.0269415 29.1844463 29.2348636
29.4121732 29.7348079 29.8529547 30.0104513 30.0583626
30.2363521 30.5764319 30.7920896 30.8912213 31.2934511
31.4604342 31.7741555 31.8267303 32.0786870 32.4484531
32.5377349 32.7214039 32.9832000 33.3307804 33.4715875
33.7138668 33.9611149 34.4061161 34.4280921 34.5715223
34.8220213 34.8855490 34.9560449 35.1911877 35.4735173
35.7816547 36.0849122 36.1349992 36.4196308 36.5454650
36.7856386 37.0481213 37.1432340 37.3647167 37.6129918
37.6708815 37.7094583 38.1927970 38.3552095 38.5343901
38.6834148 39.0221474 39.1153899 39.3057245 39.7477362
39.9455112 40.2682678 40.4163785 40.5396205 40.8088093
40.8776177 41.0911350 41.2547468 41.5340792 41.6888637
41.8259496 42.0809035 42.1553473 42.5599242 42.6911778
42.8463515 42.9085648 43.2149927 43.5132545 43.5998303
43.8999714 44.0685560 44.1855601 44.5192641 44.6281437
44.8712923 45.1723709 45.2211196 45.6344486 45.8446275
46.0378185 46.2683454 46.5701896 46.6152875 46.8446817
47.0647667 47.2506742 47.8257158 48.1277967 48.2431830
48.3548896 48.4931308 48.5435692 48.6747183 48.8644055
49.2998682 49.3451219 49.4522928 49.7776922 50.1905255
50.5665647 50.6292273 50.7900902 50.9685364 50.9831100
51.1583688 51.5525395 51.7491376 51.9258505 52.0978491
52.5982800 52.6330208 52.7774687 52.9721934 53.1036890
53.6070592 53.8598894 53.9151656 54.3216968 54.5430172
54.7182751 54.8375460 55.1844437 55.4300538 55.5632215
55.8432096 56.0742358 56.3170961 56.4157395 56.6178376
56.8834979 57.1341787 57.2896845 57.4330196 57.7095044
57.9329082 58.0167882 58.3420626 58.5322187 58.7792230
59.1293952 59.3596759 59.4920676 59.8498635 60.0686440
60.0979767 60.1826516 60.6889634 60.8541011 60.9978667
61.0351514 61.3383287 61.4662941 61.5947188 61.9118950
62.0797833 62.4917406 62.6391630 62.8604377 63.1530390
63.4118393 63.6904281 63.9312436 64.1865895 64.4795186
64.6281290 64.9260990 65.1172247 65.2617793 65.4502550
65.9110198 66.2889527 66.3620264 66.4989062 67.0021572
67.1309493 67.5760447 67.7866137 68.1266575 68.1608516
68.4149528 68.6267867 69.2379888 69.5704463 69.7863207
70.0546423 70.0964840 70.3637815 70.9533944 70.9869838
71.3118267 71.6978595 72.0878124 72.2362373 72.4811592
72.8196645 72.9556879 73.3031131 73.8546628 74.3912315
74.4599702 74.8156918 75.0911915 75.4244975 75.5567096
75.7655580 75.8311254 76.1764539 76.3973473 76.7906362
76.9005411 77.2215620 77.3518154 77.7900245 77.9998255
78.4196800 78.5662188 78.9155117 79.2759077 79.6060155
79.7968234 79.9555714 80.4167904 80.6404730 80.9586281
81.2926366 81.8663465 82.0323049 82.0849999 82.5313727
82.6138966 82.8727033 82.9956723 83.6965016 83.9044947
84.3193647 84.8661439 85.0084874 85.4897160 85.5468411
86.0328033 86.2050451 86.3686651 86.9249365 87.3178203
87.8501283 88.1377614 88.2928925 88.8459309 89.0206794
89.2723312 89.5403054 90.0507690 90.5754034 90.9709484
91.1300384 91.2454521 92.2815265 92.7504419 92.9620943
93.2384858 93.6691472 94.3276992 95.0071890 95.1344633
95.6678820 95.9565407 96.2308410 96.7411330 96.8411821
97.5080770 97.9833446 98.4457051 99.0717610 99.8061807
99.9086487 100.8337877 101.2693837 101.6779968 102.1165737
102.6352654 102.9192172 103.3437776 103.6899455 104.2440956
104.7205347 104.8880849 105.8431868 106.4554184 106.6116599
107.0069682 108.9483080 109.3333483 109.5512046 110.4884634
111.2413064 112.0410678 112.3515163 112.6553512 113.5585887
114.8830966 115.1368063 115.3804934 116.0827188 118.0394060
118.7413729 119.0416244 120.6399479 121.6430352 121.9882957
123.0626352 124.2892512 126.6572243 126.7637478 127.5981534
128.6247475 131.0244400 132.6431361 133.6539556 134.5877432
137.6409288 138.5472510 139.9876163 140.7661747 145.0404619
148.0482989 154.2968937
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
0.0034272 0.0034335 0.0034393 0.0034402 0.0034430
0.0034497 66.5499380 76.1626398 88.6510017 102.6109965
112.1765570 130.7022940 136.7948155 145.0921490 153.4035666
159.6869152 164.5252260 169.3648564 174.8691257 185.2678468
199.3684042 210.9977871 215.2059667 220.9662560 221.3010990
232.0645048 239.9213410 242.9056990 247.0521211 253.3769221
255.0444348 260.3422468 262.5448595 269.0603315 276.4167112
283.2289760 284.5025714 286.9269429 291.6047599 294.5194292
305.2230550 308.4851778 313.9713329 318.7464208 321.1388196
322.9500187 326.4850480 328.4887094 334.7883464 337.9853833
339.5889063 343.2604440 346.4379354 350.0877977 352.1310769
354.6322942 356.1363884 362.3404722 366.2884303 371.1781312
372.6213403 376.6425365 377.5159191 383.6695493 387.3680947
390.6741780 396.6240825 398.6426919 402.6238884 407.4202436
411.0995796 413.3408924 419.4677232 421.0308621 422.2463246
425.0645640 428.1754738 430.9403085 433.1310590 434.9770823
440.6235111 444.0404648 446.5816302 450.4017724 451.7233187
454.1767631 457.4453580 460.7850809 461.8130828 467.6052014
474.1840981 474.5263949 478.9875181 482.7157653 488.4299558
490.9161367 493.5359999 498.3721041 500.6457638 503.8260328
505.2246305 508.4908335 510.8265341 514.2671311 520.7007830
522.4474189 525.0143391 528.6366294 529.2924642 532.6294446
535.0082624 537.9225780 538.9789476 542.4166888 545.5979897
547.6659523 552.4145268 553.3896505 554.7237207 556.8873333
558.7644776 563.4578166 563.6730780 566.6193068 569.1174085
571.8074775 573.6899844 574.2909503 576.8298336 578.7323197
579.4723074 582.3334626 585.0539542 586.6391051 587.1456074
588.9234368 592.1447031 593.3199356 594.8829799 595.3576520
597.1177443 600.4663604 602.5802051 603.5493964 607.4660497
609.0846244 612.1139662 612.6201713 615.0402985 618.5748798
619.4252980 621.1711035 623.6510740 626.9285116 628.2513577
630.5210114 632.8288206 636.9613860 637.1647753 638.4906352
640.7996543 641.3839103 642.0316303 644.1874250 646.7663348
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658.6192651 660.9648665 661.8127616 663.7830026 665.9846504
666.4969581 666.8381338 671.0981048 672.5234931 674.0925468
675.3947533 678.3453664 679.1553277 680.8056997 684.6229911
686.3241355 689.0912799 690.3573903 691.4091451 693.7008742
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1062.1316734 1063.7328514 1065.2521539 1068.0728239 1068.6249781
1072.2981979 1074.9082848 1077.4414205 1080.8619327 1084.8607546
1085.4175087 1090.4313294 1092.7840907 1094.9865158 1097.3455266
1100.1289294 1101.6496920 1103.9196058 1105.7669454 1108.7177825
1111.2485463 1112.1371758 1117.1892134 1120.4156485 1121.2375479
1123.3143579 1133.4582431 1135.4593855 1136.5900737 1141.4417331
1145.3238922 1149.4336311 1151.0249808 1152.5803021 1157.1916027
1163.9205791 1165.2050808 1166.4375074 1169.9816920 1179.8010759
1183.3039472 1184.7990641 1192.7264513 1197.6747792 1199.3732606
1204.6430670 1210.6317683 1222.1099031 1222.6237153 1226.6409951
1231.5655949 1243.0008809 1250.6554242 1255.4117486 1259.7896489
1273.9989722 1278.1865310 1284.8134950 1288.3813655 1307.7955864
1321.2864797 1348.8817278
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402120205212442970.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402120205212442970.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402120205212442970.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402120205212442970.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 154
First residue number = 1
Last residue number = 159
Number of atoms found = 154
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.15
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 462 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.375600
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.338 for 154 C-alpha atoms.
Bfactors> = 2.156 +/- 2.13
Bfactors> = 26.752 +/- 12.38
Bfactors> Shiftng-fct= 24.596
Bfactors> Scaling-fct= 5.809
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402120205212442970 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
making animated gifs
11 models are in 2402120205212442970.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402120205212442970.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402120205212442970.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402120205212442970 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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2402120205212442970.eigenfacs
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2402120205212442970.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
2402120205212442970.eigenfacs
2402120205212442970.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402120205212442970.eigenfacs
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402120205212442970.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2402120205212442970.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402120205212442970 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402120205212442970 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402120205212442970 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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2402120205212442970.eigenfacs
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MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402120205212442970.10.pdb
2402120205212442970.11.pdb
2402120205212442970.7.pdb
2402120205212442970.8.pdb
2402120205212442970.9.pdb
STDERR:
real 0m1.480s
user 0m1.472s
sys 0m0.008s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402120205212442970.Chkmod.res: No such file or directory
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