Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* EXP_1RY2_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 *

LOGs for ID: 24021912181314425

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 24021912181314425.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 24021912181314425.atom to be opened.

 Openam> File opened: 24021912181314425.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     14
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     14
            Number of atoms found    =    109
            Mean number per residue  =      7.8

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =     4.844376 +/-     5.639246 From:    -7.277000 To:    14.891000
 =    -2.204651 +/-     2.671195 From:    -9.312000 To:     3.770000
 =     0.514303 +/-     3.688628 From:    -7.301000 To:     7.734000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  46.1177 % Filled.
 Pdbmat>        24732  non-zero elements.
 Pdbmat>         2677 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     49.12 +/-     14.16
         Maximum number =     72
         Minimum number =     19

 Pdbmat> Matrix trace   =  53540.0    
 Pdbmat> Larger element =  330.055    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
14 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 24021912181314425.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 24021912181314425.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 24021912181314425.atom                                                                                                          

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   109 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    14 residues.
 Blocpdb>     8 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>     7 atoms in block      2
 Block first atom:      9
 Blocpdb>     4 atoms in block      3
 Block first atom:     16
 Blocpdb>     8 atoms in block      4
 Block first atom:     20
 Blocpdb>     7 atoms in block      5
 Block first atom:     28
 Blocpdb>    11 atoms in block      6
 Block first atom:     35
 Blocpdb>    10 atoms in block      7
 Block first atom:     46
 Blocpdb>     8 atoms in block      8
 Block first atom:     56
 Blocpdb>     8 atoms in block      9
 Block first atom:     64
 Blocpdb>     8 atoms in block     10
 Block first atom:     72
 Blocpdb>     6 atoms in block     11
 Block first atom:     80
 Blocpdb>     7 atoms in block     12
 Block first atom:     86
 Blocpdb>     9 atoms in block     13
 Block first atom:     93
 Blocpdb>     8 atoms in block     14
 Block first atom:    101

 Blocpdb>    14 blocks.

 Blocpdb> At most,     11 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     4 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.

%Diagrtb-Wn>        84 eigenvectors, only, can be determined.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>        24746 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =        327

 Prepmat> Matrix trace    =      53540.0000
 Prepmat> Last element read:     327    327        77.8199
 Prepmat>          106 lines saved.
 Prepmat>           22 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   109
 RTB> Total mass =         109.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   109
 RTB> Number of blocks =    14
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   11406.3225
 RTB>      2778 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =       84
 Diagstd> Nb of non-zero elements:     2778
 Diagstd> Projected matrix trace =   11406.3225

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>     84 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>     84 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  11406.3225
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      7.2769764      9.6197652     11.4021800     16.7123422
     20.7766547     27.3862021     32.6491762     37.8520114     42.0211174
     43.4874830     48.8380047     50.2438961     54.0104355     59.8560785
     62.2323556     67.8440110     71.1526598     75.3809485     80.6303541
     83.9963375     86.4620653     91.3776344     92.0807114     96.9378985
    101.3454301    105.5582790    112.7562654    114.7617964    117.1910289
    122.9224995    124.4191470    126.1359555    126.6055347    134.1602452
    135.4370253    136.6469661    137.9288937    139.7705091    143.6956560
    146.2855141    146.9375315    149.3632745    149.9261768    152.3275109
    154.2683234    158.3749418    160.0241692    164.6510936    166.3077602
    167.2935437    169.0588491    170.1083553    171.7736292    173.0437141
    177.1766566    181.6064116    182.0126316    187.4472537    191.1855992
    195.4209777    198.2852182    202.1897763    205.3969922    207.5153318
    210.8434241    214.6842691    221.9952901    225.8274647    255.4318699
    269.8163999    273.6168126    280.4756394    295.0220210    305.8699736
    313.9106207    323.7454340    360.0083173    377.5312053

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034337      0.0034339      0.0034339      0.0034340      0.0034340
      0.0034341    292.9346628    336.8042136    366.6816916    443.9294327
    494.9748024    568.2784465    620.4851527    668.0973693    703.9293588
    716.1061710    758.8819728    769.7273789    798.0573831    840.1356436
    856.6499625    894.4396403    915.9902480    942.8141225    975.0896883
    995.2345752   1009.7365636   1038.0427410   1042.0285381   1069.1584692
   1093.1943169   1115.6845803   1153.0964151   1163.3059492   1175.5536760
   1203.9569875   1211.2642242   1219.5924607   1221.8605024   1257.7872904
   1263.7581911   1269.3905977   1275.3309715   1283.8167977   1301.7185684
   1313.3967626   1316.3205157   1327.1413882   1329.6398216   1340.2457943
   1348.7568396   1366.5908683   1373.6878938   1393.4057236   1400.3981797
   1404.5424535   1411.9334733   1416.3092876   1423.2248759   1428.4768094
   1445.4348826   1463.3926481   1465.0284032   1486.7392987   1501.4914672
   1518.0318062   1529.1160613   1544.0980559   1556.2964260   1564.3011868
   1576.7952774   1591.0923650   1617.9576900   1631.8628654   1735.5327830
   1783.7313770   1796.2495403   1818.6237303   1865.1875038   1899.1693950
   1923.9699522   1953.8764854   2060.4000299   2109.9477833

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    109
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     14

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9984E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9994E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.277    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.620    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   86.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   96.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   101.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   105.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   114.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   122.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   124.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   134.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   135.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   136.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   137.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   139.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   143.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   146.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   146.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   149.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   149.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   152.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   154.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   158.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   160.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   164.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   166.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   167.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   169.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   170.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   171.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   173.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   177.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   181.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   182.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   187.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   191.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   195.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   198.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   202.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   205.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   207.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   210.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   214.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   222.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   225.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   255.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   269.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   273.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   280.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   295.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   305.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   313.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   323.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   360.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   377.5    

 Rtb_to_modes>   84 vectors, with     84 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99999 1.00003 1.00000 1.00004 1.00003
 1.00003 1.00005 1.00005 0.99997 1.00000
 1.00001 1.00000 1.00001 0.99995 0.99999
 1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 0.99992
 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 0.99997
 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00003
 1.00006 1.00001 0.99998 0.99994 0.99999
 1.00002 0.99996 1.00002 0.99997 1.00002
 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99996
 1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
 1.00004 1.00000 0.99996 0.99997 0.99998
 1.00003 0.99998 0.99997 0.99999 0.99998
 1.00004 1.00001 1.00000 1.00004 0.99998
 1.00000 0.99996 1.00004 1.00001 1.00003
 1.00001 1.00005 0.99999 0.99998 0.99997
 1.00001 1.00001 1.00004 1.00001 1.00000
 1.00003 0.99998 0.99996 1.00001

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>     1962 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 1.00003 1.00000 1.00004 1.00003
 1.00003 1.00005 1.00005 0.99997 1.00000
 1.00001 1.00000 1.00001 0.99995 0.99999
 1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 0.99992
 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 0.99997
 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00003
 1.00006 1.00001 0.99998 0.99994 0.99999
 1.00002 0.99996 1.00002 0.99997 1.00002
 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99996
 1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
 1.00004 1.00000 0.99996 0.99997 0.99998
 1.00003 0.99998 0.99997 0.99999 0.99998
 1.00004 1.00001 1.00000 1.00004 0.99998
 1.00000 0.99996 1.00004 1.00001 1.00003
 1.00001 1.00005 0.99999 0.99998 0.99997
 1.00001 1.00001 1.00004 1.00001 1.00000
 1.00003 0.99998 0.99996 1.00001

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4:-0.000-0.000-0.000
 Vector   5:-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector  10: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000

 Rtb_to_modes>    84 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 24021912181314425.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 24021912181314425.eigenfacs                                     
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 24021912181314425.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 24021912181314425.atom                                          
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     14
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     14
            Number of atoms found    =    109
            Mean number per residue  =      7.8

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9984E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9994E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.277    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.620    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   96.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   101.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   105.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   114.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   122.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   124.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   134.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   135.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   136.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   137.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   139.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   143.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   146.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   146.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   149.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   149.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   152.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   154.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   158.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   160.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   164.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   166.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   167.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   169.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   170.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   171.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   173.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   177.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   181.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   182.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   187.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   191.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   195.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   198.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   202.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   205.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   207.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   210.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   214.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   222.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   225.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   255.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   269.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   273.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   280.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   295.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   305.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   313.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   323.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   360.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   377.5    

 Bfactors>   84 vectors,    327 coordinates in file.
%Bfactors-Wn> All vectors required were not found in vector file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     7.277000
 Bfactors>    78 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=     -0.735 for     14 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.091 +/-   0.05
 Bfactors> =     89.006 +/-   9.69
 Bfactors> Shiftng-fct=     88.916
 Bfactors> Scaling-fct=    207.154

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912181314425 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912181314425.eigenfacs
24021912181314425.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912181314425.eigenfacs
24021912181314425.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=20
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generate a series of perturbations for mode 16
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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24021912181314425.11.pdb
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24021912181314425.8.pdb
24021912181314425.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m0.068s
user	0m0.060s
sys	0m0.008s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912181314425.Chkmod.res: No such file or directory
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
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*** EXP_1RY2_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***

LOGs for ID: 24021912181314425

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Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* EXP_1RY2_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 *
