***  EXP_1RY2_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912244120825.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912244120825.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912244120825.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 14
First residue number = 1
Last residue number = 14
Number of atoms found = 109
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 4.844376 +/- 5.639246 From: -7.277000 To: 14.891000
= -2.204651 +/- 2.671195 From: -9.312000 To: 3.770000
= 0.514303 +/- 3.688628 From: -7.301000 To: 7.734000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 46.1177 % Filled.
Pdbmat> 24732 non-zero elements.
Pdbmat> 2677 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 49.12 +/- 14.16
Maximum number = 72
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 53540.0
Pdbmat> Larger element = 330.055
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
14 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912244120825.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912244120825.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912244120825.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 109 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 14 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 7 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 16
Blocpdb> 8 atoms in block 4
Block first atom: 20
Blocpdb> 7 atoms in block 5
Block first atom: 28
Blocpdb> 11 atoms in block 6
Block first atom: 35
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 46
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 56
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 64
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 72
Blocpdb> 6 atoms in block 11
Block first atom: 80
Blocpdb> 7 atoms in block 12
Block first atom: 86
Blocpdb> 9 atoms in block 13
Block first atom: 93
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 101
Blocpdb> 14 blocks.
Blocpdb> At most, 11 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
%Diagrtb-Wn> 84 eigenvectors, only, can be determined.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 24746 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 327
Prepmat> Matrix trace = 53540.0000
Prepmat> Last element read: 327 327 77.8199
Prepmat> 106 lines saved.
Prepmat> 22 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 109
RTB> Total mass = 109.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 109
RTB> Number of blocks = 14
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 11406.3225
RTB> 2778 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 84
Diagstd> Nb of non-zero elements: 2778
Diagstd> Projected matrix trace = 11406.3225
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 84 eigenvectors are computed.
Diagstd> 84 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 11406.3225
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 7.2769764 9.6197652 11.4021800 16.7123422
20.7766547 27.3862021 32.6491762 37.8520114 42.0211174
43.4874830 48.8380047 50.2438961 54.0104355 59.8560785
62.2323556 67.8440110 71.1526598 75.3809485 80.6303541
83.9963375 86.4620653 91.3776344 92.0807114 96.9378985
101.3454301 105.5582790 112.7562654 114.7617964 117.1910289
122.9224995 124.4191470 126.1359555 126.6055347 134.1602452
135.4370253 136.6469661 137.9288937 139.7705091 143.6956560
146.2855141 146.9375315 149.3632745 149.9261768 152.3275109
154.2683234 158.3749418 160.0241692 164.6510936 166.3077602
167.2935437 169.0588491 170.1083553 171.7736292 173.0437141
177.1766566 181.6064116 182.0126316 187.4472537 191.1855992
195.4209777 198.2852182 202.1897763 205.3969922 207.5153318
210.8434241 214.6842691 221.9952901 225.8274647 255.4318699
269.8163999 273.6168126 280.4756394 295.0220210 305.8699736
313.9106207 323.7454340 360.0083173 377.5312053
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034337 0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034340
0.0034341 292.9346628 336.8042136 366.6816916 443.9294327
494.9748024 568.2784465 620.4851527 668.0973693 703.9293588
716.1061710 758.8819728 769.7273789 798.0573831 840.1356436
856.6499625 894.4396403 915.9902480 942.8141225 975.0896883
995.2345752 1009.7365636 1038.0427410 1042.0285381 1069.1584692
1093.1943169 1115.6845803 1153.0964151 1163.3059492 1175.5536760
1203.9569875 1211.2642242 1219.5924607 1221.8605024 1257.7872904
1263.7581911 1269.3905977 1275.3309715 1283.8167977 1301.7185684
1313.3967626 1316.3205157 1327.1413882 1329.6398216 1340.2457943
1348.7568396 1366.5908683 1373.6878938 1393.4057236 1400.3981797
1404.5424535 1411.9334733 1416.3092876 1423.2248759 1428.4768094
1445.4348826 1463.3926481 1465.0284032 1486.7392987 1501.4914672
1518.0318062 1529.1160613 1544.0980559 1556.2964260 1564.3011868
1576.7952774 1591.0923650 1617.9576900 1631.8628654 1735.5327830
1783.7313770 1796.2495403 1818.6237303 1865.1875038 1899.1693950
1923.9699522 1953.8764854 2060.4000299 2109.9477833
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 109
Rtb_to_modes> Number of blocs = 14
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.277
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.620
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 164.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 182.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 187.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 195.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 198.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 202.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 205.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 207.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 210.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 214.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 222.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 225.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 255.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 269.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 273.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 280.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 295.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 305.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 313.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 323.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 360.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 377.5
Rtb_to_modes> 84 vectors, with 84 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00003 1.00000 1.00004 1.00003
1.00003 1.00005 1.00005 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99995 0.99999
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 0.99992
1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00003
1.00006 1.00001 0.99998 0.99994 0.99999
1.00002 0.99996 1.00002 0.99997 1.00002
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99996
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
1.00004 1.00000 0.99996 0.99997 0.99998
1.00003 0.99998 0.99997 0.99999 0.99998
1.00004 1.00001 1.00000 1.00004 0.99998
1.00000 0.99996 1.00004 1.00001 1.00003
1.00001 1.00005 0.99999 0.99998 0.99997
1.00001 1.00001 1.00004 1.00001 1.00000
1.00003 0.99998 0.99996 1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 1962 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00003 1.00000 1.00004 1.00003
1.00003 1.00005 1.00005 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99995 0.99999
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 0.99992
1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00003
1.00006 1.00001 0.99998 0.99994 0.99999
1.00002 0.99996 1.00002 0.99997 1.00002
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99996
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
1.00004 1.00000 0.99996 0.99997 0.99998
1.00003 0.99998 0.99997 0.99999 0.99998
1.00004 1.00001 1.00000 1.00004 0.99998
1.00000 0.99996 1.00004 1.00001 1.00003
1.00001 1.00005 0.99999 0.99998 0.99997
1.00001 1.00001 1.00004 1.00001 1.00000
1.00003 0.99998 0.99996 1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 84 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912244120825.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912244120825.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912244120825.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912244120825.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 14
First residue number = 1
Last residue number = 14
Number of atoms found = 109
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.277
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.620
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 164.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 195.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 198.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 205.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 207.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 214.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 255.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 269.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 273.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 280.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 295.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 305.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 313.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 323.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 360.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 377.5
Bfactors> 84 vectors, 327 coordinates in file.
%Bfactors-Wn> All vectors required were not found in vector file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 7.277000
Bfactors> 78 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.735 for 14 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.091 +/- 0.05
Bfactors> = 89.006 +/- 9.69
Bfactors> Shiftng-fct= 88.916
Bfactors> Scaling-fct= 207.154
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
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getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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24021912244120825.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 15
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912244120825 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912244120825.eigenfacs
24021912244120825.atom
24021912244120825.10.pdb
24021912244120825.11.pdb
24021912244120825.12.pdb
24021912244120825.13.pdb
24021912244120825.14.pdb
24021912244120825.15.pdb
24021912244120825.16.pdb
24021912244120825.7.pdb
24021912244120825.8.pdb
24021912244120825.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.068s
user 0m0.060s
sys 0m0.008s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912244120825.Chkmod.res: No such file or directory
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