*** EXP_6DNP_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912332929451.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912332929451.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912332929451.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 344
First residue number = 1
Last residue number = 344
Number of atoms found = 2654
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.707011 +/- 14.243365 From: -31.500000 To: 35.188000
= 0.483122 +/- 9.684124 From: -21.156000 To: 25.656000
= -1.237249 +/- 12.414361 From: -30.047000 To: 33.094000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.0975 % Filled.
Pdbmat> 981931 non-zero elements.
Pdbmat> 107453 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.97 +/- 23.49
Maximum number = 136
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 2.149060E+06
Pdbmat> Larger element = 508.153
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
344 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912332929451.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912332929451.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912332929451.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2654 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 344 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 16 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 32
Blocpdb> 11 atoms in block 4
Block first atom: 49
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 60
Blocpdb> 20 atoms in block 6
Block first atom: 74
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 94
Blocpdb> 16 atoms in block 8
Block first atom: 110
Blocpdb> 18 atoms in block 9
Block first atom: 126
Blocpdb> 11 atoms in block 10
Block first atom: 144
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 155
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 169
Blocpdb> 18 atoms in block 13
Block first atom: 181
Blocpdb> 15 atoms in block 14
Block first atom: 199
Blocpdb> 19 atoms in block 15
Block first atom: 214
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 233
Blocpdb> 16 atoms in block 17
Block first atom: 250
Blocpdb> 15 atoms in block 18
Block first atom: 266
Blocpdb> 12 atoms in block 19
Block first atom: 281
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 293
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 308
Blocpdb> 15 atoms in block 22
Block first atom: 325
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 340
Blocpdb> 12 atoms in block 24
Block first atom: 357
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 369
Blocpdb> 18 atoms in block 26
Block first atom: 385
Blocpdb> 22 atoms in block 27
Block first atom: 403
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 425
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 439
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 454
Blocpdb> 11 atoms in block 31
Block first atom: 471
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 482
Blocpdb> 10 atoms in block 33
Block first atom: 499
Blocpdb> 13 atoms in block 34
Block first atom: 509
Blocpdb> 18 atoms in block 35
Block first atom: 522
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 540
Blocpdb> 16 atoms in block 37
Block first atom: 558
Blocpdb> 11 atoms in block 38
Block first atom: 574
Blocpdb> 19 atoms in block 39
Block first atom: 585
Blocpdb> 19 atoms in block 40
Block first atom: 604
Blocpdb> 11 atoms in block 41
Block first atom: 623
Blocpdb> 17 atoms in block 42
Block first atom: 634
Blocpdb> 18 atoms in block 43
Block first atom: 651
Blocpdb> 13 atoms in block 44
Block first atom: 669
Blocpdb> 17 atoms in block 45
Block first atom: 682
Blocpdb> 9 atoms in block 46
Block first atom: 699
Blocpdb> 15 atoms in block 47
Block first atom: 708
Blocpdb> 18 atoms in block 48
Block first atom: 723
Blocpdb> 13 atoms in block 49
Block first atom: 741
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 754
Blocpdb> 15 atoms in block 51
Block first atom: 769
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 784
Blocpdb> 22 atoms in block 53
Block first atom: 800
Blocpdb> 13 atoms in block 54
Block first atom: 822
Blocpdb> 21 atoms in block 55
Block first atom: 835
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 856
Blocpdb> 15 atoms in block 57
Block first atom: 874
Blocpdb> 13 atoms in block 58
Block first atom: 889
Blocpdb> 12 atoms in block 59
Block first atom: 902
Blocpdb> 10 atoms in block 60
Block first atom: 914
Blocpdb> 15 atoms in block 61
Block first atom: 924
Blocpdb> 10 atoms in block 62
Block first atom: 939
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 949
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 965
Blocpdb> 13 atoms in block 65
Block first atom: 981
Blocpdb> 12 atoms in block 66
Block first atom: 994
Blocpdb> 21 atoms in block 67
Block first atom: 1006
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1027
Blocpdb> 17 atoms in block 69
Block first atom: 1042
Blocpdb> 13 atoms in block 70
Block first atom: 1059
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1072
Blocpdb> 16 atoms in block 72
Block first atom: 1088
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1104
Blocpdb> 13 atoms in block 74
Block first atom: 1120
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1133
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1149
Blocpdb> 9 atoms in block 77
Block first atom: 1165
Blocpdb> 13 atoms in block 78
Block first atom: 1174
Blocpdb> 19 atoms in block 79
Block first atom: 1187
Blocpdb> 14 atoms in block 80
Block first atom: 1206
Blocpdb> 13 atoms in block 81
Block first atom: 1220
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 1233
Blocpdb> 12 atoms in block 83
Block first atom: 1245
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 1257
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1275
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1288
Blocpdb> 19 atoms in block 87
Block first atom: 1310
Blocpdb> 15 atoms in block 88
Block first atom: 1329
Blocpdb> 12 atoms in block 89
Block first atom: 1344
Blocpdb> 12 atoms in block 90
Block first atom: 1356
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1368
Blocpdb> 12 atoms in block 92
Block first atom: 1386
Blocpdb> 9 atoms in block 93
Block first atom: 1398
Blocpdb> 20 atoms in block 94
Block first atom: 1407
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1427
Blocpdb> 15 atoms in block 96
Block first atom: 1443
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 1458
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1476
Blocpdb> 15 atoms in block 99
Block first atom: 1492
Blocpdb> 15 atoms in block 100
Block first atom: 1507
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1522
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 1536
Blocpdb> 19 atoms in block 103
Block first atom: 1553
Blocpdb> 12 atoms in block 104
Block first atom: 1572
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1584
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 1601
Blocpdb> 18 atoms in block 107
Block first atom: 1620
Blocpdb> 15 atoms in block 108
Block first atom: 1638
Blocpdb> 16 atoms in block 109
Block first atom: 1653
Blocpdb> 15 atoms in block 110
Block first atom: 1669
Blocpdb> 14 atoms in block 111
Block first atom: 1684
Blocpdb> 12 atoms in block 112
Block first atom: 1698
Blocpdb> 19 atoms in block 113
Block first atom: 1710
Blocpdb> 18 atoms in block 114
Block first atom: 1729
Blocpdb> 21 atoms in block 115
Block first atom: 1747
Blocpdb> 17 atoms in block 116
Block first atom: 1768
Blocpdb> 11 atoms in block 117
Block first atom: 1785
Blocpdb> 10 atoms in block 118
Block first atom: 1796
Blocpdb> 15 atoms in block 119
Block first atom: 1806
Blocpdb> 14 atoms in block 120
Block first atom: 1821
Blocpdb> 16 atoms in block 121
Block first atom: 1835
Blocpdb> 18 atoms in block 122
Block first atom: 1851
Blocpdb> 12 atoms in block 123
Block first atom: 1869
Blocpdb> 16 atoms in block 124
Block first atom: 1881
Blocpdb> 17 atoms in block 125
Block first atom: 1897
Blocpdb> 16 atoms in block 126
Block first atom: 1914
Blocpdb> 15 atoms in block 127
Block first atom: 1930
Blocpdb> 19 atoms in block 128
Block first atom: 1945
Blocpdb> 12 atoms in block 129
Block first atom: 1964
Blocpdb> 17 atoms in block 130
Block first atom: 1976
Blocpdb> 13 atoms in block 131
Block first atom: 1993
Blocpdb> 22 atoms in block 132
Block first atom: 2006
Blocpdb> 19 atoms in block 133
Block first atom: 2028
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2047
Blocpdb> 15 atoms in block 135
Block first atom: 2061
Blocpdb> 13 atoms in block 136
Block first atom: 2076
Blocpdb> 13 atoms in block 137
Block first atom: 2089
Blocpdb> 18 atoms in block 138
Block first atom: 2102
Blocpdb> 11 atoms in block 139
Block first atom: 2120
Blocpdb> 17 atoms in block 140
Block first atom: 2131
Blocpdb> 19 atoms in block 141
Block first atom: 2148
Blocpdb> 12 atoms in block 142
Block first atom: 2167
Blocpdb> 15 atoms in block 143
Block first atom: 2179
Blocpdb> 19 atoms in block 144
Block first atom: 2194
Blocpdb> 17 atoms in block 145
Block first atom: 2213
Blocpdb> 9 atoms in block 146
Block first atom: 2230
Blocpdb> 15 atoms in block 147
Block first atom: 2239
Blocpdb> 17 atoms in block 148
Block first atom: 2254
Blocpdb> 18 atoms in block 149
Block first atom: 2271
Blocpdb> 13 atoms in block 150
Block first atom: 2289
Blocpdb> 15 atoms in block 151
Block first atom: 2302
Blocpdb> 19 atoms in block 152
Block first atom: 2317
Blocpdb> 14 atoms in block 153
Block first atom: 2336
Blocpdb> 13 atoms in block 154
Block first atom: 2350
Blocpdb> 19 atoms in block 155
Block first atom: 2363
Blocpdb> 10 atoms in block 156
Block first atom: 2382
Blocpdb> 18 atoms in block 157
Block first atom: 2392
Blocpdb> 16 atoms in block 158
Block first atom: 2410
Blocpdb> 14 atoms in block 159
Block first atom: 2426
Blocpdb> 9 atoms in block 160
Block first atom: 2440
Blocpdb> 18 atoms in block 161
Block first atom: 2449
Blocpdb> 15 atoms in block 162
Block first atom: 2467
Blocpdb> 16 atoms in block 163
Block first atom: 2482
Blocpdb> 16 atoms in block 164
Block first atom: 2498
Blocpdb> 15 atoms in block 165
Block first atom: 2514
Blocpdb> 18 atoms in block 166
Block first atom: 2529
Blocpdb> 22 atoms in block 167
Block first atom: 2547
Blocpdb> 22 atoms in block 168
Block first atom: 2569
Blocpdb> 20 atoms in block 169
Block first atom: 2591
Blocpdb> 14 atoms in block 170
Block first atom: 2611
Blocpdb> 16 atoms in block 171
Block first atom: 2625
Blocpdb> 14 atoms in block 172
Block first atom: 2640
Blocpdb> 172 blocks.
Blocpdb> At most, 22 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 982103 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 7962
Prepmat> Matrix trace = 2149060.0000
Prepmat> Last element read: 7962 7962 77.1008
Prepmat> 14879 lines saved.
Prepmat> 13028 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2654
RTB> Total mass = 2654.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2654
RTB> Number of blocks = 172
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 235009.0007
RTB> 64020 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1032
Diagstd> Nb of non-zero elements: 64020
Diagstd> Projected matrix trace = 235009.0007
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1032 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 235009.0007
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.7444991 0.8137106 1.4243154 1.6529247
2.3557990 3.4537805 4.1704034 4.5985673 5.5531219
5.9340104 6.6609928 6.8681114 8.9116203 9.3362094
9.5963750 9.7122934 10.1776865 11.3675463 11.8516085
12.6102447 13.5559586 13.9712567 14.8239421 14.9952683
16.4784328 16.5396991 17.5767947 18.1237299 18.5227419
19.8772297 20.1151028 20.7441712 21.3117913 22.2053918
22.9550261 23.6671834 24.3436668 24.6656406 25.3540345
26.3170932 26.7659955 27.8934828 29.5673530 29.7450288
30.4035079 30.7179592 31.6562656 32.2231534 32.8230095
33.2499156 33.9542037 34.6080589 35.3787165 36.0933599
37.0835186 38.3721594 38.5373443 38.7382621 39.7350767
40.3311968 40.6294022 41.3498659 41.9305401 42.1639034
43.0427662 44.1458667 44.6493160 45.6898349 46.1054742
46.8625667 47.4940069 48.2633731 48.9026788 49.2904025
49.6931620 50.3756649 50.7187843 51.3834081 51.6585721
52.1972875 53.3989435 53.9814675 54.2814163 55.4204690
55.7167443 56.3768688 56.8137474 57.5581203 58.1268178
58.9509303 59.5720818 60.2526881 60.8687406 61.1190032
61.6052442 62.4360902 63.1085207 63.5171341 64.4027757
65.2705913
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034325 0.0034334 0.0034345 0.0034346
0.0034348 93.6973644 97.9558250 129.5980183 139.6116995
166.6726725 201.8099822 221.7605612 232.8662511 255.8962276
264.5266502 280.2623527 284.5862714 324.1705945 331.8032022
336.3944988 338.4201209 346.4334471 366.1243778 373.8384168
385.6177684 399.8162092 405.8943592 418.0970805 420.5061978
440.8118210 441.6305241 455.2658974 462.2948671 467.3561026
484.1425002 487.0307796 494.5877138 501.3087184 511.7107023
520.2764591 528.2853517 535.7821954 539.3137339 546.7878038
557.0757319 561.8067853 573.5174712 590.4749848 592.2464645
598.7659947 601.8544276 610.9773641 616.4236597 622.1347783
626.1675446 632.7644257 638.8279374 645.9015355 652.3924646
661.2805477 672.6720769 674.1183852 675.8733879 684.5139579
689.6295063 692.1743420 698.2843891 703.1702826 705.1243058
712.4351977 721.5065931 725.6090410 734.0152359 737.3463365
743.3756242 748.3670983 754.4042316 759.3842846 762.3887209
765.4971821 770.7360557 773.3564249 778.4070013 780.4884476
784.5475088 793.5268246 797.8433390 800.0568827 808.4075833
810.5655580 815.3531547 818.5062467 823.8508261 827.9108121
833.7591477 838.1401950 842.9144398 847.2126630 848.9525393
852.3228309 858.0510554 862.6592437 865.4474995 871.4602315
877.3119680
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2654
Rtb_to_modes> Number of blocs = 172
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.67
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.16
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.72
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.27
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1032 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99998 1.00001 0.99999 1.00002 0.99999
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0.99999 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001
0.99996 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998
1.00001 0.99997 1.00003 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
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1.00002 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000
0.99998 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000
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0.99997 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 47772 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
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0.99999 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001
0.99996 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998
1.00001 0.99997 1.00003 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
0.99998 0.99996 0.99999 1.00000 1.00001
1.00002 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000
0.99998 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
0.99997 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912332929451.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912332929451.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912332929451.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912332929451.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 344
First residue number = 1
Last residue number = 344
Number of atoms found = 2654
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9913E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7445
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8137
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.424
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.653
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.356
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.454
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.170
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.599
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.553
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.934
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.661
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.868
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.912
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.336
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.596
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.712
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.18
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.56
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.27
Bfactors> 106 vectors, 7962 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.744500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.702 for 344 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.047 +/- 0.11
Bfactors> = 95.431 +/- 5.72
Bfactors> Shiftng-fct= 95.385
Bfactors> Scaling-fct= 52.174
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912332929451 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912332929451.eigenfacs
24021912332929451.atom
24021912332929451.10.pdb
24021912332929451.11.pdb
24021912332929451.12.pdb
24021912332929451.13.pdb
24021912332929451.14.pdb
24021912332929451.15.pdb
24021912332929451.16.pdb
24021912332929451.7.pdb
24021912332929451.8.pdb
24021912332929451.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m17.105s
user 0m17.053s
sys 0m0.052s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912332929451.Chkmod.res: No such file or directory
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