Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* EXP_5JHW_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 *

LOGs for ID: 24021912411639070

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 24021912411639070.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 24021912411639070.atom to be opened.

 Openam> File opened: 24021912411639070.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     40
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     40
            Number of atoms found    =    280
            Mean number per residue  =      7.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =     1.058675 +/-     5.997452 From:   -11.570000 To:    13.602000
 =     3.213371 +/-     5.162892 From:    -6.414000 To:    19.156000
 =     0.318961 +/-     5.010463 From:   -10.414000 To:    11.539000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  23.4477 % Filled.
 Pdbmat>        82822  non-zero elements.
 Pdbmat>         9023 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     64.45 +/-     23.26
         Maximum number =    121
         Minimum number =      8

 Pdbmat> Matrix trace   =  180460.    
 Pdbmat> Larger element =  457.556    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
40 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 24021912411639070.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 24021912411639070.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 24021912411639070.atom                                                                                                          

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   280 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    40 residues.
 Blocpdb>     9 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>     6 atoms in block      2
 Block first atom:     10
 Blocpdb>     8 atoms in block      3
 Block first atom:     16
 Blocpdb>     9 atoms in block      4
 Block first atom:     24
 Blocpdb>     7 atoms in block      5
 Block first atom:     33
 Blocpdb>     7 atoms in block      6
 Block first atom:     40
 Blocpdb>     6 atoms in block      7
 Block first atom:     47
 Blocpdb>     5 atoms in block      8
 Block first atom:     53
 Blocpdb>     6 atoms in block      9
 Block first atom:     58
 Blocpdb>     8 atoms in block     10
 Block first atom:     64
 Blocpdb>     8 atoms in block     11
 Block first atom:     72
 Blocpdb>     5 atoms in block     12
 Block first atom:     80
 Blocpdb>     7 atoms in block     13
 Block first atom:     85
 Blocpdb>    12 atoms in block     14
 Block first atom:     92
 Blocpdb>     5 atoms in block     15
 Block first atom:    104
 Blocpdb>     6 atoms in block     16
 Block first atom:    109
 Blocpdb>     9 atoms in block     17
 Block first atom:    115
 Blocpdb>     6 atoms in block     18
 Block first atom:    124
 Blocpdb>     5 atoms in block     19
 Block first atom:    130
 Blocpdb>     8 atoms in block     20
 Block first atom:    135
 Blocpdb>     9 atoms in block     21
 Block first atom:    143
 Blocpdb>     9 atoms in block     22
 Block first atom:    152
 Blocpdb>     5 atoms in block     23
 Block first atom:    161
 Blocpdb>     5 atoms in block     24
 Block first atom:    166
 Blocpdb>     6 atoms in block     25
 Block first atom:    171
 Blocpdb>     6 atoms in block     26
 Block first atom:    177
 Blocpdb>     6 atoms in block     27
 Block first atom:    183
 Blocpdb>     4 atoms in block     28
 Block first atom:    189
 Blocpdb>     7 atoms in block     29
 Block first atom:    193
 Blocpdb>     8 atoms in block     30
 Block first atom:    200
 Blocpdb>     8 atoms in block     31
 Block first atom:    208
 Blocpdb>     9 atoms in block     32
 Block first atom:    216
 Blocpdb>     7 atoms in block     33
 Block first atom:    225
 Blocpdb>     9 atoms in block     34
 Block first atom:    232
 Blocpdb>    10 atoms in block     35
 Block first atom:    241
 Blocpdb>     6 atoms in block     36
 Block first atom:    251
 Blocpdb>     4 atoms in block     37
 Block first atom:    257
 Blocpdb>     6 atoms in block     38
 Block first atom:    261
 Blocpdb>     6 atoms in block     39
 Block first atom:    267
 Blocpdb>     8 atoms in block     40
 Block first atom:    272

 Blocpdb>    40 blocks.

 Blocpdb> At most,     12 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     4 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>        82862 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =        840

 Prepmat> Matrix trace    =     180460.0000
 Prepmat> Last element read:     840    840        80.1293
 Prepmat>          821 lines saved.
 Prepmat>          439 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   280
 RTB> Total mass =         280.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   280
 RTB> Number of blocks =    40
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   47011.5445
 RTB>     13116 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      240
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    13116
 Diagstd> Projected matrix trace =   47011.5445

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    240 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  47011.5445
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.7831163      2.9220318      7.3791524      9.1673659
     10.6008986     12.6435758     16.6657614     17.3001467     19.3484484
     20.3332282     22.4443566     25.8349519     27.3517815     29.4459063
     31.1017838     33.4248666     36.0529270     39.2967021     45.1200547
     47.4806679     49.3443022     50.6531283     52.7312278     56.1462191
     57.5073174     58.2575161     59.2713172     62.1112932     64.7448090
     68.1471034     70.4832849     72.6360768     74.7937019     76.9953534
     79.4738458     82.6178833     82.9024587     86.5926036     88.5587353
     90.9552199     91.3916153     93.9279918     94.6718960     96.8242713
     98.1423838     99.2136727    100.3522127    102.0648035    106.7619474
    107.7828658    109.7484839    110.8735253    112.3831719    113.0998541
    115.8214304    117.4544604    121.0904207    122.3588487    124.1195381
    125.0143583    129.3021888    130.4044894    130.7154895    132.0817317
    133.2607974    135.7276895    137.9558688    139.0295566    139.6023201
    140.8397714    142.3901455    144.0146692    144.7315081    146.3210885
    146.8207183    147.9328518    149.3700053    150.1968785    151.1985050
    152.8313682    154.0622990    155.0941863    156.3854629    159.5919656
    159.9995601    160.7328689    162.4106589    163.8156491    165.3506118
    166.3730448    167.1623438    167.8842556    169.0012324    169.5226013
    170.2014196    171.2142993    173.8304813    174.8261420    175.6395170
    176.3863616

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034328      0.0034330      0.0034334      0.0034335      0.0034338
      0.0034341     96.0966849    185.6255480    294.9840398    328.7892156
    353.5628458    386.1270597    443.3103396    451.6688849    477.6594256
    489.6643065    514.4567394    551.9492011    567.9212110    589.2610609
    605.6028761    627.8127360    652.0269478    680.7275580    729.4240676
    748.2619990    762.8054484    772.8557037    788.5499745    813.6835544
    823.4871654    828.8410688    836.0217373    855.8163240    873.7712632
    896.4353638    911.6714372    925.4894445    939.1344993    952.8565828
    968.0714113    987.0344533    988.7329004   1010.4985139   1021.9060802
   1035.6406638   1038.1221488   1052.4289810   1056.5883497   1068.5316703
   1075.7802860   1081.6357761   1087.8243018   1097.0673297   1122.0275580
   1127.3795264   1137.6129965   1143.4290154   1151.1871228   1154.8519250
   1168.6642052   1176.8741869   1194.9512127   1201.1934939   1209.8049460
   1214.1580630   1234.8045429   1240.0567246   1241.5345419   1248.0059543
   1253.5639209   1265.1135532   1275.4556753   1280.4093861   1283.0441423
   1288.7181231   1295.7918590   1303.1627154   1306.4019619   1313.5564519
   1315.7971837   1320.7712140   1327.1712905   1330.8396571   1335.2698066
   1342.4605458   1347.8559106   1352.3622510   1357.9803015   1371.8315671
   1373.5822644   1376.7263619   1383.8931015   1389.8661370   1396.3625199
   1400.6730180   1403.9915896   1407.0199814   1411.6928532   1413.8687131
   1416.6966578   1420.9058316   1431.7205104   1435.8149375   1439.1511112
   1442.2076046

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    280
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     40

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9932E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9946E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9968E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9973E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9994E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.7831    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.922    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.379    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.167    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.11    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   86.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   90.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   93.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   94.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   96.82    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   98.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   100.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   106.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   107.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   109.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   110.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   113.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   115.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   122.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   124.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   125.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   129.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   130.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   130.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   132.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   133.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   135.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   138.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   139.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   139.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   140.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   142.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   144.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   144.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   146.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   146.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   147.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   149.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   150.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   151.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   152.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   154.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   155.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   156.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   159.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   160.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   160.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   162.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   163.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   165.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   166.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   167.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   167.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   169.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   169.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   170.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   171.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   173.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   174.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   175.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   176.4    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    240 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00000 1.00000 0.99993 1.00000 1.00000
 1.00004 0.99997 0.99998 0.99997 1.00004
 0.99996 1.00001 0.99996 0.99999 0.99999
 0.99996 1.00000 1.00006 1.00001 1.00004
 0.99998 1.00003 1.00001 0.99999 0.99996
 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998
 1.00001 0.99997 1.00007 1.00000 0.99998
 0.99999 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001
 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99995 0.99996
 0.99996 1.00003 0.99997 1.00001 1.00000
 0.99997 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999
 1.00002 0.99999 1.00002 0.99995 0.99998
 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00004
 0.99999 0.99995 0.99998 0.99997 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002
 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
 1.00005 0.99997 1.00000 0.99998 0.99998
 1.00004 1.00000 0.99998 1.00003 1.00002
 0.99997

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>     5040 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00000 1.00000 0.99993 1.00000 1.00000
 1.00004 0.99997 0.99998 0.99997 1.00004
 0.99996 1.00001 0.99996 0.99999 0.99999
 0.99996 1.00000 1.00006 1.00001 1.00004
 0.99998 1.00003 1.00001 0.99999 0.99996
 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998
 1.00001 0.99997 1.00007 1.00000 0.99998
 0.99999 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001
 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99995 0.99996
 0.99996 1.00003 0.99997 1.00001 1.00000
 0.99997 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999
 1.00002 0.99999 1.00002 0.99995 0.99998
 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00004
 0.99999 0.99995 0.99998 0.99997 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002
 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
 1.00005 0.99997 1.00000 0.99998 0.99998
 1.00004 1.00000 0.99998 1.00003 1.00002
 0.99997

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3:-0.000-0.000
 Vector   4:-0.000-0.000-0.000
 Vector   5:-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   6:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector  10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 24021912411639070.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 24021912411639070.eigenfacs                                     
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 24021912411639070.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 24021912411639070.atom                                          
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     40
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     40
            Number of atoms found    =    280
            Mean number per residue  =      7.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9932E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9946E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9968E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9973E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9994E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.7831    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.922    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.379    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.167    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   90.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   93.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   96.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   98.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   100.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   106.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   107.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   109.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   110.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   113.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   115.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   122.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   124.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   125.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   129.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   130.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   130.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   132.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   133.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   135.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   138.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   139.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   139.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   140.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   142.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   144.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   144.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   146.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   146.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   147.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   149.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   150.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   151.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   152.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   154.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   155.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   156.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   159.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   160.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   160.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   162.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   163.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   165.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   166.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   167.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   167.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   169.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   169.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   170.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   171.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   173.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   174.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   175.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   176.4    

 Bfactors>  106 vectors,    840 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.783100
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=     -0.874 for     40 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.098 +/-   0.17
 Bfactors> =     90.737 +/-   8.76
 Bfactors> Shiftng-fct=     90.639
 Bfactors> Scaling-fct=     51.737

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912411639070 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912411639070.eigenfacs
24021912411639070.atom
24021912411639070.10.pdb
24021912411639070.11.pdb
24021912411639070.12.pdb
24021912411639070.13.pdb
24021912411639070.14.pdb
24021912411639070.15.pdb
24021912411639070.16.pdb
24021912411639070.7.pdb
24021912411639070.8.pdb
24021912411639070.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m0.408s
user	0m0.387s
sys	0m0.008s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912411639070.Chkmod.res: No such file or directory
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
Should you encounter any unexpected behaviour, please let us know.

*** EXP_5JHW_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***

LOGs for ID: 24021912411639070

output from eigenvector calculation:

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* EXP_5JHW_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 *
