*** EXP_2VIU_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_2_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912441443086.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912441443086.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912441443086.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 175
First residue number = 1
Last residue number = 175
Number of atoms found = 1420
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -5.392238 +/- 26.644321 From: -45.875000 To: 36.688000
= 3.876635 +/- 7.552733 From: -11.227000 To: 30.344000
= 7.612438 +/- 44.775798 From: -62.188000 To: 84.062000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.5120 % Filled.
Pdbmat> 409504 non-zero elements.
Pdbmat> 44686 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 62.94 +/- 19.73
Maximum number = 121
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 893720.
Pdbmat> Larger element = 470.770
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
175 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912441443086.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912441443086.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912441443086.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1420 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 175 residues.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 8 atoms in block 2
Block first atom: 5
Blocpdb> 11 atoms in block 3
Block first atom: 13
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 24
Blocpdb> 5 atoms in block 5
Block first atom: 28
Blocpdb> 8 atoms in block 6
Block first atom: 33
Blocpdb> 5 atoms in block 7
Block first atom: 41
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 46
Blocpdb> 11 atoms in block 9
Block first atom: 50
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 61
Blocpdb> 9 atoms in block 11
Block first atom: 69
Blocpdb> 8 atoms in block 12
Block first atom: 78
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 86
Blocpdb> 14 atoms in block 14
Block first atom: 90
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 104
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 113
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 117
Blocpdb> 8 atoms in block 18
Block first atom: 125
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 133
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 141
Blocpdb> 14 atoms in block 21
Block first atom: 145
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 159
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 171
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 175
Blocpdb> 11 atoms in block 25
Block first atom: 186
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 197
Blocpdb> 9 atoms in block 27
Block first atom: 207
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 216
Blocpdb> 6 atoms in block 29
Block first atom: 224
Blocpdb> 9 atoms in block 30
Block first atom: 230
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 239
Blocpdb> 7 atoms in block 32
Block first atom: 243
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 250
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 254
Blocpdb> 5 atoms in block 35
Block first atom: 263
Blocpdb> 5 atoms in block 36
Block first atom: 268
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 273
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 281
Blocpdb> 9 atoms in block 39
Block first atom: 289
Blocpdb> 6 atoms in block 40
Block first atom: 298
Blocpdb> 7 atoms in block 41
Block first atom: 304
Blocpdb> 9 atoms in block 42
Block first atom: 311
Blocpdb> 5 atoms in block 43
Block first atom: 320
Blocpdb> 5 atoms in block 44
Block first atom: 325
Blocpdb> 8 atoms in block 45
Block first atom: 330
Blocpdb> 8 atoms in block 46
Block first atom: 338
Blocpdb> 9 atoms in block 47
Block first atom: 346
Blocpdb> 8 atoms in block 48
Block first atom: 355
Blocpdb> 8 atoms in block 49
Block first atom: 363
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 371
Blocpdb> 9 atoms in block 51
Block first atom: 375
Blocpdb> 8 atoms in block 52
Block first atom: 384
Blocpdb> 8 atoms in block 53
Block first atom: 392
Blocpdb> 11 atoms in block 54
Block first atom: 400
Blocpdb> 7 atoms in block 55
Block first atom: 411
Blocpdb> 8 atoms in block 56
Block first atom: 418
Blocpdb> 9 atoms in block 57
Block first atom: 426
Blocpdb> 9 atoms in block 58
Block first atom: 435
Blocpdb> 7 atoms in block 59
Block first atom: 444
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 451
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 459
Blocpdb> 9 atoms in block 62
Block first atom: 468
Blocpdb> 11 atoms in block 63
Block first atom: 477
Blocpdb> 10 atoms in block 64
Block first atom: 488
Blocpdb> 9 atoms in block 65
Block first atom: 498
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 507
Blocpdb> 9 atoms in block 67
Block first atom: 515
Blocpdb> 9 atoms in block 68
Block first atom: 524
Blocpdb> 9 atoms in block 69
Block first atom: 533
Blocpdb> 11 atoms in block 70
Block first atom: 542
Blocpdb> 6 atoms in block 71
Block first atom: 553
Blocpdb> 9 atoms in block 72
Block first atom: 559
Blocpdb> 7 atoms in block 73
Block first atom: 568
Blocpdb> 9 atoms in block 74
Block first atom: 575
Blocpdb> 4 atoms in block 75
Block first atom: 584
Blocpdb> 11 atoms in block 76
Block first atom: 588
Blocpdb> 8 atoms in block 77
Block first atom: 599
Blocpdb> 9 atoms in block 78
Block first atom: 607
Blocpdb> 8 atoms in block 79
Block first atom: 616
Blocpdb> 8 atoms in block 80
Block first atom: 624
Blocpdb> 9 atoms in block 81
Block first atom: 632
Blocpdb> 9 atoms in block 82
Block first atom: 641
Blocpdb> 12 atoms in block 83
Block first atom: 650
Blocpdb> 7 atoms in block 84
Block first atom: 662
Blocpdb> 9 atoms in block 85
Block first atom: 669
Blocpdb> 8 atoms in block 86
Block first atom: 678
Blocpdb> 7 atoms in block 87
Block first atom: 686
Blocpdb> 9 atoms in block 88
Block first atom: 693
Blocpdb> 8 atoms in block 89
Block first atom: 702
Blocpdb> 8 atoms in block 90
Block first atom: 710
Blocpdb> 8 atoms in block 91
Block first atom: 718
Blocpdb> 14 atoms in block 92
Block first atom: 726
Blocpdb> 6 atoms in block 93
Block first atom: 740
Blocpdb> 12 atoms in block 94
Block first atom: 746
Blocpdb> 8 atoms in block 95
Block first atom: 758
Blocpdb> 5 atoms in block 96
Block first atom: 766
Blocpdb> 9 atoms in block 97
Block first atom: 771
Blocpdb> 8 atoms in block 98
Block first atom: 780
Blocpdb> 8 atoms in block 99
Block first atom: 788
Blocpdb> 7 atoms in block 100
Block first atom: 796
Blocpdb> 5 atoms in block 101
Block first atom: 803
Blocpdb> 8 atoms in block 102
Block first atom: 808
Blocpdb> 9 atoms in block 103
Block first atom: 816
Blocpdb> 8 atoms in block 104
Block first atom: 825
Blocpdb> 9 atoms in block 105
Block first atom: 833
Blocpdb> 10 atoms in block 106
Block first atom: 842
Blocpdb> 7 atoms in block 107
Block first atom: 852
Blocpdb> 8 atoms in block 108
Block first atom: 859
Blocpdb> 8 atoms in block 109
Block first atom: 867
Blocpdb> 8 atoms in block 110
Block first atom: 875
Blocpdb> 7 atoms in block 111
Block first atom: 883
Blocpdb> 8 atoms in block 112
Block first atom: 890
Blocpdb> 6 atoms in block 113
Block first atom: 898
Blocpdb> 9 atoms in block 114
Block first atom: 904
Blocpdb> 8 atoms in block 115
Block first atom: 913
Blocpdb> 8 atoms in block 116
Block first atom: 921
Blocpdb> 9 atoms in block 117
Block first atom: 929
Blocpdb> 8 atoms in block 118
Block first atom: 938
Blocpdb> 11 atoms in block 119
Block first atom: 946
Blocpdb> 9 atoms in block 120
Block first atom: 957
Blocpdb> 9 atoms in block 121
Block first atom: 966
Blocpdb> 7 atoms in block 122
Block first atom: 975
Blocpdb> 11 atoms in block 123
Block first atom: 982
Blocpdb> 11 atoms in block 124
Block first atom: 993
Blocpdb> 9 atoms in block 125
Block first atom: 1004
Blocpdb> 8 atoms in block 126
Block first atom: 1013
Blocpdb> 11 atoms in block 127
Block first atom: 1021
Blocpdb> 9 atoms in block 128
Block first atom: 1032
Blocpdb> 8 atoms in block 129
Block first atom: 1041
Blocpdb> 5 atoms in block 130
Block first atom: 1049
Blocpdb> 9 atoms in block 131
Block first atom: 1054
Blocpdb> 9 atoms in block 132
Block first atom: 1063
Blocpdb> 8 atoms in block 133
Block first atom: 1072
Blocpdb> 4 atoms in block 134
Block first atom: 1080
Blocpdb> 8 atoms in block 135
Block first atom: 1084
Blocpdb> 4 atoms in block 136
Block first atom: 1092
Blocpdb> 6 atoms in block 137
Block first atom: 1096
Blocpdb> 11 atoms in block 138
Block first atom: 1102
Blocpdb> 9 atoms in block 139
Block first atom: 1113
Blocpdb> 8 atoms in block 140
Block first atom: 1122
Blocpdb> 12 atoms in block 141
Block first atom: 1130
Blocpdb> 10 atoms in block 142
Block first atom: 1142
Blocpdb> 9 atoms in block 143
Block first atom: 1152
Blocpdb> 6 atoms in block 144
Block first atom: 1161
Blocpdb> 8 atoms in block 145
Block first atom: 1167
Blocpdb> 8 atoms in block 146
Block first atom: 1175
Blocpdb> 5 atoms in block 147
Block first atom: 1183
Blocpdb> 6 atoms in block 148
Block first atom: 1188
Blocpdb> 8 atoms in block 149
Block first atom: 1194
Blocpdb> 9 atoms in block 150
Block first atom: 1202
Blocpdb> 6 atoms in block 151
Block first atom: 1211
Blocpdb> 8 atoms in block 152
Block first atom: 1217
Blocpdb> 11 atoms in block 153
Block first atom: 1225
Blocpdb> 8 atoms in block 154
Block first atom: 1236
Blocpdb> 4 atoms in block 155
Block first atom: 1244
Blocpdb> 7 atoms in block 156
Block first atom: 1248
Blocpdb> 12 atoms in block 157
Block first atom: 1255
Blocpdb> 8 atoms in block 158
Block first atom: 1267
Blocpdb> 10 atoms in block 159
Block first atom: 1275
Blocpdb> 8 atoms in block 160
Block first atom: 1285
Blocpdb> 7 atoms in block 161
Block first atom: 1293
Blocpdb> 12 atoms in block 162
Block first atom: 1300
Blocpdb> 11 atoms in block 163
Block first atom: 1312
Blocpdb> 8 atoms in block 164
Block first atom: 1323
Blocpdb> 9 atoms in block 165
Block first atom: 1331
Blocpdb> 5 atoms in block 166
Block first atom: 1340
Blocpdb> 8 atoms in block 167
Block first atom: 1345
Blocpdb> 8 atoms in block 168
Block first atom: 1353
Blocpdb> 8 atoms in block 169
Block first atom: 1361
Blocpdb> 11 atoms in block 170
Block first atom: 1369
Blocpdb> 11 atoms in block 171
Block first atom: 1380
Blocpdb> 9 atoms in block 172
Block first atom: 1391
Blocpdb> 8 atoms in block 173
Block first atom: 1400
Blocpdb> 9 atoms in block 174
Block first atom: 1408
Blocpdb> 4 atoms in block 175
Block first atom: 1416
Blocpdb> 175 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 409679 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4260
Prepmat> Matrix trace = 893720.0000
Prepmat> Last element read: 4260 4260 111.6393
Prepmat> 15401 lines saved.
Prepmat> 13861 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1420
RTB> Total mass = 1420.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1420
RTB> Number of blocks = 175
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 192713.4187
RTB> 52779 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1050
Diagstd> Nb of non-zero elements: 52779
Diagstd> Projected matrix trace = 192713.4187
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1050 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 192713.4187
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0038086 0.0055890 0.0173633 0.0271482
0.0519454 0.1189610 0.1518616 0.2908768 0.3379254
0.3883607 0.4575095 0.5986766 0.8198604 0.8676002
1.0627331 1.2128562 1.4149777 1.5424205 1.7966625
2.0480660 2.3934711 2.6110302 2.9624938 3.2230834
3.4191272 3.6584623 3.7769282 4.0832924 4.7297448
5.0868404 5.3212825 5.4171197 5.8117723 6.1679371
6.4937451 7.0464923 7.2709417 7.7698104 8.3031466
8.9847731 9.0607303 9.4784697 9.7405465 10.1282837
11.0830104 11.3491991 11.5161315 12.0188268 12.6919165
12.8166991 13.3787520 13.8108044 14.2463407 14.6581366
15.1512267 15.7060881 15.8466233 16.3602146 16.8285226
17.7535379 17.9154398 18.3274696 18.3958324 18.7013141
19.0907401 19.6028949 20.5007842 21.0523315 21.4747355
22.2499545 22.4969246 23.2447211 23.2861610 24.5209009
24.6656212 25.1182964 25.6804541 26.2259565 26.5145003
26.8179582 26.8862156 27.8092455 28.4535755 29.1501510
29.8191537 30.2691728 31.0853078 31.4921602 31.8076078
33.0355438 33.4183425 33.5792753 34.7752726 35.0568621
35.5591461 36.1807719 36.6612863 37.0793117 37.2011353
37.3080161
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034321 0.0034325 0.0034332 0.0034337 0.0034339
0.0034348 6.7016194 8.1182656 14.3090783 17.8922833
24.7496386 37.4539385 42.3174311 58.5665779 63.1256233
67.6726045 73.4506012 84.0216936 98.3252921 101.1474885
111.9456900 119.5913962 129.1725047 134.8641984 145.5554713
155.4058096 168.0000351 175.4693356 186.9063278 194.9535059
200.7950069 207.7038622 211.0399360 219.4322830 236.1642387
244.9172285 250.4975252 252.7432086 261.7879047 269.6902505
276.7214974 288.2582677 292.8131728 302.6916847 312.9079758
325.4983848 326.8713689 334.3215675 338.9119969 345.5916242
361.5131920 365.8287958 368.5094155 376.4664839 386.8645044
388.7616129 397.1943676 403.5568913 409.8707653 415.7523017
422.6872797 430.3574201 432.2785115 439.2277572 445.4698092
457.5491325 459.6306881 464.8860709 465.7522943 469.6035194
474.4677117 480.7899558 491.6777072 498.2477892 503.2215050
512.2239067 515.0588536 523.5491394 524.0156143 537.7290404
539.3135216 544.2398905 550.2963465 556.1103127 559.1611684
562.3518591 563.0670563 572.6508154 579.2468812 586.2943170
592.9839475 597.4417337 605.4424478 609.3916603 612.4361026
624.1457392 627.7514624 629.2611791 640.3693714 642.9568100
647.5464722 653.1819788 657.5051061 661.2430375 662.3283992
663.2791692
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1420
Rtb_to_modes> Number of blocs = 175
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9890E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.321
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.168
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.494
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.046
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.271
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.770
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.303
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.985
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.061
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.478
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.741
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.52
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.38
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.31
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1050 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998
1.00002 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00005 0.99998 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 25560 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998
1.00002 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00005 0.99998 1.00000 1.00000
1.00001 1.00003 1.00002 0.99998 1.00000
1.00001 1.00002 0.99999 1.00004 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912441443086.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912441443086.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912441443086.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912441443086.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 175
First residue number = 1
Last residue number = 175
Number of atoms found = 1420
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9890E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8086E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.5890E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7363E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.7148E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.1945E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1519
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2909
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3379
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3884
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4575
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5987
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8199
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8676
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.393
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.611
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.962
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.223
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.419
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.658
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.083
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.087
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.321
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.417
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.812
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.168
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.494
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.046
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.271
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.770
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.303
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.985
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.061
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.478
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.741
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.31
Bfactors> 106 vectors, 4260 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.003809
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.431 for 175 C-alpha atoms.
Bfactors> = 6.258 +/- 3.98
Bfactors> = 83.917 +/- 15.82
Bfactors> Shiftng-fct= 77.659
Bfactors> Scaling-fct= 3.974
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912441443086 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912441443086.eigenfacs
24021912441443086.atom
24021912441443086.10.pdb
24021912441443086.11.pdb
24021912441443086.12.pdb
24021912441443086.13.pdb
24021912441443086.14.pdb
24021912441443086.15.pdb
24021912441443086.16.pdb
24021912441443086.7.pdb
24021912441443086.8.pdb
24021912441443086.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m15.652s
user 0m15.618s
sys 0m0.020s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912441443086.Chkmod.res: No such file or directory
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