*** EXP_1Z7H_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_1_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912461545597.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912461545597.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912461545597.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 426
First residue number = 1
Last residue number = 426
Number of atoms found = 3453
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.917951 +/- 14.222429 From: -29.266000 To: 36.812000
= -0.088294 +/- 10.704709 From: -27.875000 To: 27.781000
= -2.572084 +/- 13.318551 From: -31.094000 To: 35.719000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.4537 % Filled.
Pdbmat> 1316660 non-zero elements.
Pdbmat> 144168 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.50 +/- 24.19
Maximum number = 130
Minimum number = 14
Pdbmat> Matrix trace = 2.883360E+06
Pdbmat> Larger element = 509.032
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
426 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912461545597.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912461545597.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912461545597.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3453 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 426 residues.
Blocpdb> 22 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 24 atoms in block 2
Block first atom: 23
Blocpdb> 34 atoms in block 3
Block first atom: 47
Blocpdb> 21 atoms in block 4
Block first atom: 81
Blocpdb> 23 atoms in block 5
Block first atom: 102
Blocpdb> 23 atoms in block 6
Block first atom: 125
Blocpdb> 24 atoms in block 7
Block first atom: 148
Blocpdb> 23 atoms in block 8
Block first atom: 172
Blocpdb> 27 atoms in block 9
Block first atom: 195
Blocpdb> 20 atoms in block 10
Block first atom: 222
Blocpdb> 32 atoms in block 11
Block first atom: 242
Blocpdb> 25 atoms in block 12
Block first atom: 274
Blocpdb> 24 atoms in block 13
Block first atom: 299
Blocpdb> 27 atoms in block 14
Block first atom: 323
Blocpdb> 29 atoms in block 15
Block first atom: 350
Blocpdb> 27 atoms in block 16
Block first atom: 379
Blocpdb> 32 atoms in block 17
Block first atom: 406
Blocpdb> 20 atoms in block 18
Block first atom: 438
Blocpdb> 24 atoms in block 19
Block first atom: 458
Blocpdb> 26 atoms in block 20
Block first atom: 482
Blocpdb> 19 atoms in block 21
Block first atom: 508
Blocpdb> 25 atoms in block 22
Block first atom: 527
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 552
Blocpdb> 33 atoms in block 24
Block first atom: 567
Blocpdb> 23 atoms in block 25
Block first atom: 600
Blocpdb> 31 atoms in block 26
Block first atom: 623
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 654
Blocpdb> 25 atoms in block 28
Block first atom: 675
Blocpdb> 30 atoms in block 29
Block first atom: 700
Blocpdb> 24 atoms in block 30
Block first atom: 730
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 754
Blocpdb> 30 atoms in block 32
Block first atom: 778
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 808
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 833
Blocpdb> 18 atoms in block 35
Block first atom: 853
Blocpdb> 24 atoms in block 36
Block first atom: 871
Blocpdb> 25 atoms in block 37
Block first atom: 895
Blocpdb> 21 atoms in block 38
Block first atom: 920
Blocpdb> 27 atoms in block 39
Block first atom: 941
Blocpdb> 18 atoms in block 40
Block first atom: 968
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 986
Blocpdb> 25 atoms in block 42
Block first atom: 1012
Blocpdb> 26 atoms in block 43
Block first atom: 1037
Blocpdb> 22 atoms in block 44
Block first atom: 1063
Blocpdb> 19 atoms in block 45
Block first atom: 1085
Blocpdb> 27 atoms in block 46
Block first atom: 1104
Blocpdb> 26 atoms in block 47
Block first atom: 1131
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1157
Blocpdb> 16 atoms in block 49
Block first atom: 1178
Blocpdb> 22 atoms in block 50
Block first atom: 1194
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 1216
Blocpdb> 23 atoms in block 52
Block first atom: 1237
Blocpdb> 27 atoms in block 53
Block first atom: 1260
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 1287
Blocpdb> 22 atoms in block 55
Block first atom: 1302
Blocpdb> 25 atoms in block 56
Block first atom: 1324
Blocpdb> 27 atoms in block 57
Block first atom: 1349
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 1376
Blocpdb> 26 atoms in block 59
Block first atom: 1395
Blocpdb> 25 atoms in block 60
Block first atom: 1421
Blocpdb> 31 atoms in block 61
Block first atom: 1446
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1477
Blocpdb> 23 atoms in block 63
Block first atom: 1501
Blocpdb> 18 atoms in block 64
Block first atom: 1524
Blocpdb> 25 atoms in block 65
Block first atom: 1542
Blocpdb> 22 atoms in block 66
Block first atom: 1567
Blocpdb> 28 atoms in block 67
Block first atom: 1589
Blocpdb> 21 atoms in block 68
Block first atom: 1617
Blocpdb> 27 atoms in block 69
Block first atom: 1638
Blocpdb> 24 atoms in block 70
Block first atom: 1665
Blocpdb> 23 atoms in block 71
Block first atom: 1689
Blocpdb> 21 atoms in block 72
Block first atom: 1712
Blocpdb> 21 atoms in block 73
Block first atom: 1733
Blocpdb> 27 atoms in block 74
Block first atom: 1754
Blocpdb> 28 atoms in block 75
Block first atom: 1781
Blocpdb> 20 atoms in block 76
Block first atom: 1809
Blocpdb> 24 atoms in block 77
Block first atom: 1829
Blocpdb> 27 atoms in block 78
Block first atom: 1853
Blocpdb> 25 atoms in block 79
Block first atom: 1880
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 1905
Blocpdb> 24 atoms in block 81
Block first atom: 1927
Blocpdb> 24 atoms in block 82
Block first atom: 1951
Blocpdb> 22 atoms in block 83
Block first atom: 1975
Blocpdb> 25 atoms in block 84
Block first atom: 1997
Blocpdb> 22 atoms in block 85
Block first atom: 2022
Blocpdb> 26 atoms in block 86
Block first atom: 2044
Blocpdb> 29 atoms in block 87
Block first atom: 2070
Blocpdb> 29 atoms in block 88
Block first atom: 2099
Blocpdb> 21 atoms in block 89
Block first atom: 2128
Blocpdb> 23 atoms in block 90
Block first atom: 2149
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2172
Blocpdb> 19 atoms in block 92
Block first atom: 2198
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2217
Blocpdb> 24 atoms in block 94
Block first atom: 2239
Blocpdb> 22 atoms in block 95
Block first atom: 2263
Blocpdb> 25 atoms in block 96
Block first atom: 2285
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 2310
Blocpdb> 25 atoms in block 98
Block first atom: 2338
Blocpdb> 24 atoms in block 99
Block first atom: 2363
Blocpdb> 26 atoms in block 100
Block first atom: 2387
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2413
Blocpdb> 23 atoms in block 102
Block first atom: 2434
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 2457
Blocpdb> 20 atoms in block 104
Block first atom: 2480
Blocpdb> 23 atoms in block 105
Block first atom: 2500
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2523
Blocpdb> 26 atoms in block 107
Block first atom: 2547
Blocpdb> 26 atoms in block 108
Block first atom: 2573
Blocpdb> 30 atoms in block 109
Block first atom: 2599
Blocpdb> 30 atoms in block 110
Block first atom: 2629
Blocpdb> 28 atoms in block 111
Block first atom: 2659
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2687
Blocpdb> 25 atoms in block 113
Block first atom: 2709
Blocpdb> 23 atoms in block 114
Block first atom: 2734
Blocpdb> 26 atoms in block 115
Block first atom: 2757
Blocpdb> 28 atoms in block 116
Block first atom: 2783
Blocpdb> 28 atoms in block 117
Block first atom: 2811
Blocpdb> 22 atoms in block 118
Block first atom: 2839
Blocpdb> 27 atoms in block 119
Block first atom: 2861
Blocpdb> 23 atoms in block 120
Block first atom: 2888
Blocpdb> 21 atoms in block 121
Block first atom: 2911
Blocpdb> 29 atoms in block 122
Block first atom: 2932
Blocpdb> 25 atoms in block 123
Block first atom: 2961
Blocpdb> 26 atoms in block 124
Block first atom: 2986
Blocpdb> 29 atoms in block 125
Block first atom: 3012
Blocpdb> 22 atoms in block 126
Block first atom: 3041
Blocpdb> 25 atoms in block 127
Block first atom: 3063
Blocpdb> 24 atoms in block 128
Block first atom: 3088
Blocpdb> 23 atoms in block 129
Block first atom: 3112
Blocpdb> 24 atoms in block 130
Block first atom: 3135
Blocpdb> 27 atoms in block 131
Block first atom: 3159
Blocpdb> 23 atoms in block 132
Block first atom: 3186
Blocpdb> 24 atoms in block 133
Block first atom: 3209
Blocpdb> 25 atoms in block 134
Block first atom: 3233
Blocpdb> 23 atoms in block 135
Block first atom: 3258
Blocpdb> 23 atoms in block 136
Block first atom: 3281
Blocpdb> 30 atoms in block 137
Block first atom: 3304
Blocpdb> 21 atoms in block 138
Block first atom: 3334
Blocpdb> 26 atoms in block 139
Block first atom: 3355
Blocpdb> 23 atoms in block 140
Block first atom: 3381
Blocpdb> 27 atoms in block 141
Block first atom: 3404
Blocpdb> 23 atoms in block 142
Block first atom: 3430
Blocpdb> 142 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1316802 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10359
Prepmat> Matrix trace = 2883360.0000
Prepmat> Last element read: 10359 10359 123.7878
Prepmat> 10154 lines saved.
Prepmat> 8749 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3453
RTB> Total mass = 3453.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3453
RTB> Number of blocks = 142
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 184641.4771
RTB> 48414 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 852
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48414
Diagstd> Projected matrix trace = 184641.4771
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 852 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 184641.4771
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 2.1430838 2.3466185 3.2012030 3.9979161
4.4768820 4.8641660 4.9987163 5.4193770 6.1716205
7.7567095 8.1892442 8.5724803 9.0728399 10.4649076
10.6383359 11.1570539 12.0185859 12.1257448 13.1092838
13.2284227 14.2332534 15.3003034 15.8651202 16.7941426
17.1360065 17.8221298 18.5330836 18.9237709 19.2917452
19.6929266 20.3829663 20.9795134 21.7157198 22.0325832
22.7623382 23.1200811 23.9795652 24.3758544 25.4633761
25.9674289 26.2751471 27.6211430 27.9799217 28.1118754
29.7342225 30.7757131 31.5726473 31.9871893 32.6496623
33.4304048 33.7977628 34.1639384 34.7371875 35.2133543
35.8292648 36.5761386 37.1814588 37.9523741 38.2841771
38.8310736 39.8781018 40.5455849 41.9364034 42.0856138
43.5626527 44.0634053 44.5632494 44.9364214 46.1009945
46.3927165 47.0927745 48.1346869 48.4651963 48.8752435
49.7641681 50.4487410 50.6675572 51.6337971 51.9960757
52.2669716 52.8718686 53.1070907 53.7669731 54.6581025
55.5220282 56.1733330 57.1747130 57.4985551 58.0184346
58.1965462 59.2149903 59.5102171 60.8479957 61.3892658
61.7160606 62.0810108 62.5707851 63.3787415 64.8770039
65.3150882
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034320 0.0034327 0.0034328 0.0034341 0.0034344
0.0034352 158.9698841 166.3475957 194.2906428 217.1261425
229.7645931 239.4966678 242.7864942 252.7958636 269.7707671
302.4363886 310.7543311 317.9424589 327.0897261 351.2877288
354.1866031 362.7187839 376.4627111 378.1372766 393.1739742
394.9565423 409.6824599 424.7616530 432.5307250 445.0145374
449.5211078 458.4321650 467.4865522 472.3882871 476.9589894
481.8927716 490.2628362 497.3853457 506.0371423 509.7156747
518.0882183 522.1435975 531.7603262 536.1362893 547.9655713
553.3625396 556.6316005 570.7108157 574.4054180 575.7582766
592.1388738 602.4199457 610.1698997 614.1625358 620.4897716
627.8647450 631.3050410 634.7157069 640.0186167 644.3902763
650.0013050 656.7411177 662.1532161 668.9824960 671.9004602
676.6825529 685.7447934 691.4600050 703.2194450 704.4693670
716.7248116 720.8324163 724.9093571 727.9382197 737.3105149
739.6396453 745.1992671 753.3978144 755.9799340 759.1712399
766.0438925 771.2948768 772.9657727 780.3012670 783.0338993
785.0710252 789.6008549 791.3553373 796.2566532 802.8280830
809.1479560 813.8800008 821.1023158 823.4244262 827.1385908
828.4072403 835.6243977 837.7048843 847.0682799 850.8274638
853.0890719 855.6076716 858.9761044 864.5041566 874.6628337
877.6109614
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3453
Rtb_to_modes> Number of blocs = 142
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9884E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9929E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9930E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.32
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 852 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00003 0.99999 1.00003 0.99998 1.00001
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 62154 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99997 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
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1.00002 1.00002 1.00000 0.99997 1.00000
1.00002 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999
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1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000
0.99997 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912461545597.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912461545597.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912461545597.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912461545597.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 426
First residue number = 1
Last residue number = 426
Number of atoms found = 3453
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.347
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.201
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.998
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.477
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.864
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.999
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.073
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.23
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.53
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.32
Bfactors> 106 vectors, 10359 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.143000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.534 for 426 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.025 +/- 0.04
Bfactors> = 91.651 +/- 9.07
Bfactors> Shiftng-fct= 91.626
Bfactors> Scaling-fct= 229.577
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912461545597 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912461545597.eigenfacs
24021912461545597.atom
24021912461545597.10.pdb
24021912461545597.11.pdb
24021912461545597.12.pdb
24021912461545597.13.pdb
24021912461545597.14.pdb
24021912461545597.15.pdb
24021912461545597.16.pdb
24021912461545597.7.pdb
24021912461545597.8.pdb
24021912461545597.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m12.977s
user 0m12.905s
sys 0m0.072s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912461545597.Chkmod.res: No such file or directory
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