*** 6ACC_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220085530142691.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220085530142691.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220085530142691.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1065
First residue number = 1
Last residue number = 1065
Number of atoms found = 8302
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 3.106324 +/- 26.288971 From: -50.344000 To: 63.906000
= 0.580372 +/- 20.270604 From: -43.438000 To: 63.562000
= -4.663703 +/- 27.401676 From: -83.250000 To: 48.594000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.9428 % Filled.
Pdbmat> 2924307 non-zero elements.
Pdbmat> 320127 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.12 +/- 23.14
Maximum number = 130
Minimum number = 7
Pdbmat> Matrix trace = 6.402540E+06
Pdbmat> Larger element = 497.455
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1065 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220085530142691.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220085530142691.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220085530142691.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8302 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1065 residues.
Blocpdb> 50 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 44 atoms in block 2
Block first atom: 51
Blocpdb> 51 atoms in block 3
Block first atom: 95
Blocpdb> 48 atoms in block 4
Block first atom: 146
Blocpdb> 55 atoms in block 5
Block first atom: 194
Blocpdb> 52 atoms in block 6
Block first atom: 249
Blocpdb> 51 atoms in block 7
Block first atom: 301
Blocpdb> 52 atoms in block 8
Block first atom: 352
Blocpdb> 46 atoms in block 9
Block first atom: 404
Blocpdb> 48 atoms in block 10
Block first atom: 450
Blocpdb> 48 atoms in block 11
Block first atom: 498
Blocpdb> 52 atoms in block 12
Block first atom: 546
Blocpdb> 41 atoms in block 13
Block first atom: 598
Blocpdb> 51 atoms in block 14
Block first atom: 639
Blocpdb> 43 atoms in block 15
Block first atom: 690
Blocpdb> 46 atoms in block 16
Block first atom: 733
Blocpdb> 47 atoms in block 17
Block first atom: 779
Blocpdb> 43 atoms in block 18
Block first atom: 826
Blocpdb> 50 atoms in block 19
Block first atom: 869
Blocpdb> 48 atoms in block 20
Block first atom: 919
Blocpdb> 45 atoms in block 21
Block first atom: 967
Blocpdb> 45 atoms in block 22
Block first atom: 1012
Blocpdb> 50 atoms in block 23
Block first atom: 1057
Blocpdb> 48 atoms in block 24
Block first atom: 1107
Blocpdb> 48 atoms in block 25
Block first atom: 1155
Blocpdb> 46 atoms in block 26
Block first atom: 1203
Blocpdb> 47 atoms in block 27
Block first atom: 1249
Blocpdb> 58 atoms in block 28
Block first atom: 1296
Blocpdb> 52 atoms in block 29
Block first atom: 1354
Blocpdb> 54 atoms in block 30
Block first atom: 1406
Blocpdb> 49 atoms in block 31
Block first atom: 1460
Blocpdb> 49 atoms in block 32
Block first atom: 1509
Blocpdb> 43 atoms in block 33
Block first atom: 1558
Blocpdb> 52 atoms in block 34
Block first atom: 1601
Blocpdb> 43 atoms in block 35
Block first atom: 1653
Blocpdb> 50 atoms in block 36
Block first atom: 1696
Blocpdb> 45 atoms in block 37
Block first atom: 1746
Blocpdb> 44 atoms in block 38
Block first atom: 1791
Blocpdb> 44 atoms in block 39
Block first atom: 1835
Blocpdb> 50 atoms in block 40
Block first atom: 1879
Blocpdb> 56 atoms in block 41
Block first atom: 1929
Blocpdb> 43 atoms in block 42
Block first atom: 1985
Blocpdb> 40 atoms in block 43
Block first atom: 2028
Blocpdb> 46 atoms in block 44
Block first atom: 2068
Blocpdb> 45 atoms in block 45
Block first atom: 2114
Blocpdb> 51 atoms in block 46
Block first atom: 2159
Blocpdb> 46 atoms in block 47
Block first atom: 2210
Blocpdb> 51 atoms in block 48
Block first atom: 2256
Blocpdb> 43 atoms in block 49
Block first atom: 2307
Blocpdb> 49 atoms in block 50
Block first atom: 2350
Blocpdb> 45 atoms in block 51
Block first atom: 2399
Blocpdb> 47 atoms in block 52
Block first atom: 2444
Blocpdb> 48 atoms in block 53
Block first atom: 2491
Blocpdb> 60 atoms in block 54
Block first atom: 2539
Blocpdb> 40 atoms in block 55
Block first atom: 2599
Blocpdb> 53 atoms in block 56
Block first atom: 2639
Blocpdb> 48 atoms in block 57
Block first atom: 2692
Blocpdb> 49 atoms in block 58
Block first atom: 2740
Blocpdb> 43 atoms in block 59
Block first atom: 2789
Blocpdb> 47 atoms in block 60
Block first atom: 2832
Blocpdb> 49 atoms in block 61
Block first atom: 2879
Blocpdb> 43 atoms in block 62
Block first atom: 2928
Blocpdb> 47 atoms in block 63
Block first atom: 2971
Blocpdb> 39 atoms in block 64
Block first atom: 3018
Blocpdb> 54 atoms in block 65
Block first atom: 3057
Blocpdb> 50 atoms in block 66
Block first atom: 3111
Blocpdb> 44 atoms in block 67
Block first atom: 3161
Blocpdb> 50 atoms in block 68
Block first atom: 3205
Blocpdb> 37 atoms in block 69
Block first atom: 3255
Blocpdb> 64 atoms in block 70
Block first atom: 3292
Blocpdb> 54 atoms in block 71
Block first atom: 3356
Blocpdb> 57 atoms in block 72
Block first atom: 3410
Blocpdb> 44 atoms in block 73
Block first atom: 3467
Blocpdb> 45 atoms in block 74
Block first atom: 3511
Blocpdb> 39 atoms in block 75
Block first atom: 3556
Blocpdb> 55 atoms in block 76
Block first atom: 3595
Blocpdb> 51 atoms in block 77
Block first atom: 3650
Blocpdb> 45 atoms in block 78
Block first atom: 3701
Blocpdb> 55 atoms in block 79
Block first atom: 3746
Blocpdb> 46 atoms in block 80
Block first atom: 3801
Blocpdb> 45 atoms in block 81
Block first atom: 3847
Blocpdb> 36 atoms in block 82
Block first atom: 3892
Blocpdb> 46 atoms in block 83
Block first atom: 3928
Blocpdb> 47 atoms in block 84
Block first atom: 3974
Blocpdb> 50 atoms in block 85
Block first atom: 4021
Blocpdb> 37 atoms in block 86
Block first atom: 4071
Blocpdb> 43 atoms in block 87
Block first atom: 4108
Blocpdb> 58 atoms in block 88
Block first atom: 4151
Blocpdb> 50 atoms in block 89
Block first atom: 4209
Blocpdb> 46 atoms in block 90
Block first atom: 4259
Blocpdb> 49 atoms in block 91
Block first atom: 4305
Blocpdb> 47 atoms in block 92
Block first atom: 4354
Blocpdb> 40 atoms in block 93
Block first atom: 4401
Blocpdb> 39 atoms in block 94
Block first atom: 4441
Blocpdb> 37 atoms in block 95
Block first atom: 4480
Blocpdb> 42 atoms in block 96
Block first atom: 4517
Blocpdb> 50 atoms in block 97
Block first atom: 4559
Blocpdb> 40 atoms in block 98
Block first atom: 4609
Blocpdb> 48 atoms in block 99
Block first atom: 4649
Blocpdb> 52 atoms in block 100
Block first atom: 4697
Blocpdb> 45 atoms in block 101
Block first atom: 4749
Blocpdb> 48 atoms in block 102
Block first atom: 4794
Blocpdb> 35 atoms in block 103
Block first atom: 4842
Blocpdb> 47 atoms in block 104
Block first atom: 4877
Blocpdb> 50 atoms in block 105
Block first atom: 4924
Blocpdb> 35 atoms in block 106
Block first atom: 4974
Blocpdb> 43 atoms in block 107
Block first atom: 5009
Blocpdb> 45 atoms in block 108
Block first atom: 5052
Blocpdb> 38 atoms in block 109
Block first atom: 5097
Blocpdb> 49 atoms in block 110
Block first atom: 5135
Blocpdb> 46 atoms in block 111
Block first atom: 5184
Blocpdb> 42 atoms in block 112
Block first atom: 5230
Blocpdb> 44 atoms in block 113
Block first atom: 5272
Blocpdb> 42 atoms in block 114
Block first atom: 5316
Blocpdb> 50 atoms in block 115
Block first atom: 5358
Blocpdb> 40 atoms in block 116
Block first atom: 5408
Blocpdb> 43 atoms in block 117
Block first atom: 5448
Blocpdb> 48 atoms in block 118
Block first atom: 5491
Blocpdb> 48 atoms in block 119
Block first atom: 5539
Blocpdb> 36 atoms in block 120
Block first atom: 5587
Blocpdb> 52 atoms in block 121
Block first atom: 5623
Blocpdb> 52 atoms in block 122
Block first atom: 5675
Blocpdb> 54 atoms in block 123
Block first atom: 5727
Blocpdb> 50 atoms in block 124
Block first atom: 5781
Blocpdb> 49 atoms in block 125
Block first atom: 5831
Blocpdb> 46 atoms in block 126
Block first atom: 5880
Blocpdb> 47 atoms in block 127
Block first atom: 5926
Blocpdb> 53 atoms in block 128
Block first atom: 5973
Blocpdb> 51 atoms in block 129
Block first atom: 6026
Blocpdb> 39 atoms in block 130
Block first atom: 6077
Blocpdb> 49 atoms in block 131
Block first atom: 6116
Blocpdb> 44 atoms in block 132
Block first atom: 6165
Blocpdb> 47 atoms in block 133
Block first atom: 6209
Blocpdb> 39 atoms in block 134
Block first atom: 6256
Blocpdb> 37 atoms in block 135
Block first atom: 6295
Blocpdb> 48 atoms in block 136
Block first atom: 6332
Blocpdb> 31 atoms in block 137
Block first atom: 6380
Blocpdb> 48 atoms in block 138
Block first atom: 6411
Blocpdb> 56 atoms in block 139
Block first atom: 6459
Blocpdb> 38 atoms in block 140
Block first atom: 6515
Blocpdb> 53 atoms in block 141
Block first atom: 6553
Blocpdb> 48 atoms in block 142
Block first atom: 6606
Blocpdb> 50 atoms in block 143
Block first atom: 6654
Blocpdb> 49 atoms in block 144
Block first atom: 6704
Blocpdb> 41 atoms in block 145
Block first atom: 6753
Blocpdb> 41 atoms in block 146
Block first atom: 6794
Blocpdb> 48 atoms in block 147
Block first atom: 6835
Blocpdb> 43 atoms in block 148
Block first atom: 6883
Blocpdb> 48 atoms in block 149
Block first atom: 6926
Blocpdb> 40 atoms in block 150
Block first atom: 6974
Blocpdb> 43 atoms in block 151
Block first atom: 7014
Blocpdb> 49 atoms in block 152
Block first atom: 7057
Blocpdb> 47 atoms in block 153
Block first atom: 7106
Blocpdb> 51 atoms in block 154
Block first atom: 7153
Blocpdb> 47 atoms in block 155
Block first atom: 7204
Blocpdb> 49 atoms in block 156
Block first atom: 7251
Blocpdb> 52 atoms in block 157
Block first atom: 7300
Blocpdb> 43 atoms in block 158
Block first atom: 7352
Blocpdb> 37 atoms in block 159
Block first atom: 7395
Blocpdb> 45 atoms in block 160
Block first atom: 7432
Blocpdb> 43 atoms in block 161
Block first atom: 7477
Blocpdb> 47 atoms in block 162
Block first atom: 7520
Blocpdb> 51 atoms in block 163
Block first atom: 7567
Blocpdb> 43 atoms in block 164
Block first atom: 7618
Blocpdb> 46 atoms in block 165
Block first atom: 7661
Blocpdb> 51 atoms in block 166
Block first atom: 7707
Blocpdb> 50 atoms in block 167
Block first atom: 7758
Blocpdb> 42 atoms in block 168
Block first atom: 7808
Blocpdb> 46 atoms in block 169
Block first atom: 7850
Blocpdb> 55 atoms in block 170
Block first atom: 7896
Blocpdb> 48 atoms in block 171
Block first atom: 7951
Blocpdb> 50 atoms in block 172
Block first atom: 7999
Blocpdb> 57 atoms in block 173
Block first atom: 8049
Blocpdb> 45 atoms in block 174
Block first atom: 8106
Blocpdb> 48 atoms in block 175
Block first atom: 8151
Blocpdb> 39 atoms in block 176
Block first atom: 8199
Blocpdb> 43 atoms in block 177
Block first atom: 8238
Blocpdb> 22 atoms in block 178
Block first atom: 8280
Blocpdb> 178 blocks.
Blocpdb> At most, 64 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 22 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2924485 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 24906
Prepmat> Matrix trace = 6402540.0000
Prepmat> Last element read: 24906 24906 123.9035
Prepmat> 15932 lines saved.
Prepmat> 14526 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8302
RTB> Total mass = 8302.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8302
RTB> Number of blocks = 178
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 179297.7478
RTB> 47910 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1068
Diagstd> Nb of non-zero elements: 47910
Diagstd> Projected matrix trace = 179297.7478
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1068 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 179297.7478
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0712690 0.0953891 0.1255450 0.1926886
0.2528116 0.2826381 0.3326386 0.4292313 0.5430477
0.6811825 0.8725864 1.0023145 1.1656017 1.4426265
1.5812740 1.6588931 2.0007910 2.3249772 2.5690361
2.6981990 2.9253747 3.3643898 3.4195436 3.6458356
3.8781845 4.3721908 4.6289072 4.8408490 5.0970586
5.4931327 5.6294047 5.9086081 5.9940740 6.5959074
6.8192783 6.9429267 7.3398855 7.4843662 7.8316320
8.1418656 8.4503327 9.0436807 9.2902389 9.3601869
9.7988323 9.8681476 10.3522492 10.5627305 10.5993693
11.3264680 11.5386678 11.7915450 11.9598040 12.4614772
13.0151695 13.2064627 13.4533285 13.8956358 14.4206121
14.5901713 14.8823511 14.9632496 15.3340694 16.0312331
16.1178686 16.6467159 16.6991482 16.8831303 17.6994086
18.2091731 18.6471068 18.6832758 18.9893781 19.2520960
19.7289034 19.8934307 20.3262302 20.7015575 20.9929750
21.0866868 21.3662480 21.7943597 22.2736474 22.5870610
22.7919930 23.1189737 23.2784175 23.4224648 23.6341069
23.9502130 24.0641991 24.4036629 24.5283709 25.2235150
25.9799345 26.1507707 26.2234334 26.6072727 26.9291576
27.0092681
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034330 0.0034337 0.0034339 0.0034342
0.0034343 28.9898332 33.5385863 38.4764425 47.6675967
54.6001467 57.7312086 62.6298789 71.1444397 80.0228987
89.6245540 101.4377257 108.7169558 117.2385307 130.4284186
136.5522436 139.8635297 153.6017425 165.5787627 174.0525469
178.3742944 185.7316986 199.1812406 200.8072340 207.3451201
213.8501279 227.0621948 233.6331786 238.9219496 245.1630950
254.5102781 257.6478451 263.9598495 265.8620375 278.8897509
283.5727446 286.1320924 294.1981410 297.0795758 303.8935041
309.8540992 315.6691808 326.5636870 330.9853120 332.2290004
339.9244806 341.1246471 349.3917443 352.9257777 353.5373415
365.4622569 368.8698130 372.8899141 375.5409597 383.3363862
391.7600927 394.6285794 398.2998595 404.7943968 412.3700620
414.7873237 418.9199596 420.0570142 425.2300935 434.7891964
435.9624515 443.0569613 443.7541624 446.1919869 456.8510819
463.3833153 468.9224324 469.3769874 473.2064449 476.4686050
482.3327527 484.3397610 489.5800364 494.0794503 497.5448945
498.6541687 501.9487917 506.9525802 512.4965554 516.0896419
518.4255914 522.1310919 523.9284798 525.5470199 527.9160652
531.4347763 532.6979015 536.4420201 537.8109402 545.3785883
553.4957703 555.3125987 556.0835605 560.1385477 563.5165352
564.3541045
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8302
Rtb_to_modes> Number of blocs = 178
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.450
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.45
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.01
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1068 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99996
1.00000 1.00002 1.00000 1.00004 1.00001
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1.00000 1.00002 0.99998 0.99998 1.00003
1.00000 1.00004 0.99998 0.99998 1.00001
1.00001 1.00000 1.00003 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 0.99998 0.99999 1.00006 0.99998
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00003 0.99999 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00003
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1.00002 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 149436 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 0.99996
1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99996
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1.00000 1.00002 0.99998 0.99998 1.00003
1.00000 1.00004 0.99998 0.99998 1.00001
1.00001 1.00000 1.00003 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 0.99998 0.99999 1.00006 0.99998
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00003 0.99999 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00003
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220085530142691.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220085530142691.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220085530142691.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220085530142691.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1065
First residue number = 1
Last residue number = 1065
Number of atoms found = 8302
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.1269E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.5389E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1255
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1927
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2528
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3326
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4292
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.002
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.166
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.925
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.364
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.420
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.646
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.878
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.372
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.629
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.841
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.097
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.493
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.629
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.909
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.994
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.596
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.819
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.943
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.340
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.484
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.832
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.142
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.450
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.044
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.290
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.360
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.799
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.868
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.01
Bfactors> 106 vectors, 24906 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.071269
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.250 for 1065 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.122 +/- 0.16
Bfactors> = 72.249 +/- 18.10
Bfactors> Shiftng-fct= 72.127
Bfactors> Scaling-fct= 109.854
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085530142691 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085530142691.eigenfacs
240220085530142691.atom
240220085530142691.10.pdb
240220085530142691.11.pdb
240220085530142691.12.pdb
240220085530142691.13.pdb
240220085530142691.14.pdb
240220085530142691.15.pdb
240220085530142691.16.pdb
240220085530142691.7.pdb
240220085530142691.8.pdb
240220085530142691.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m40.488s
user 0m40.348s
sys 0m0.116s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220085530142691.Chkmod.res: No such file or directory
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