*** 2QLE_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090021146876.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090021146876.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090021146876.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 226
First residue number = 1
Last residue number = 226
Number of atoms found = 1799
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.440570 +/- 11.816911 From: -27.922000 To: 28.797000
= 0.035622 +/- 7.742508 From: -19.516000 To: 15.062000
= -0.093272 +/- 9.436481 From: -22.484000 To: 23.125000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.6866 % Filled.
Pdbmat> 682673 non-zero elements.
Pdbmat> 74721 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.07 +/- 23.40
Maximum number = 123
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 1.494420E+06
Pdbmat> Larger element = 462.300
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
226 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090021146876.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090021146876.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090021146876.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1799 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 226 residues.
Blocpdb> 13 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 14
Blocpdb> 18 atoms in block 3
Block first atom: 31
Blocpdb> 11 atoms in block 4
Block first atom: 49
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 60
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 74
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 90
Blocpdb> 16 atoms in block 8
Block first atom: 106
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 122
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 134
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 149
Blocpdb> 20 atoms in block 12
Block first atom: 163
Blocpdb> 13 atoms in block 13
Block first atom: 183
Blocpdb> 10 atoms in block 14
Block first atom: 196
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 206
Blocpdb> 13 atoms in block 16
Block first atom: 219
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 232
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 245
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 264
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 277
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 292
Blocpdb> 19 atoms in block 22
Block first atom: 309
Blocpdb> 13 atoms in block 23
Block first atom: 328
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 341
Blocpdb> 17 atoms in block 25
Block first atom: 352
Blocpdb> 14 atoms in block 26
Block first atom: 369
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 383
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 404
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 418
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 433
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 447
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 465
Blocpdb> 17 atoms in block 33
Block first atom: 480
Blocpdb> 23 atoms in block 34
Block first atom: 497
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 520
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 535
Blocpdb> 20 atoms in block 37
Block first atom: 553
Blocpdb> 18 atoms in block 38
Block first atom: 573
Blocpdb> 22 atoms in block 39
Block first atom: 591
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 613
Blocpdb> 13 atoms in block 41
Block first atom: 628
Blocpdb> 16 atoms in block 42
Block first atom: 641
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 657
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 673
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 689
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 709
Blocpdb> 22 atoms in block 47
Block first atom: 724
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 746
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 763
Blocpdb> 20 atoms in block 50
Block first atom: 775
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 795
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 811
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 827
Blocpdb> 20 atoms in block 54
Block first atom: 843
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 863
Blocpdb> 15 atoms in block 56
Block first atom: 876
Blocpdb> 15 atoms in block 57
Block first atom: 891
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 906
Blocpdb> 17 atoms in block 59
Block first atom: 925
Blocpdb> 17 atoms in block 60
Block first atom: 942
Blocpdb> 12 atoms in block 61
Block first atom: 959
Blocpdb> 19 atoms in block 62
Block first atom: 971
Blocpdb> 18 atoms in block 63
Block first atom: 990
Blocpdb> 12 atoms in block 64
Block first atom: 1008
Blocpdb> 16 atoms in block 65
Block first atom: 1020
Blocpdb> 12 atoms in block 66
Block first atom: 1036
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1048
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1067
Blocpdb> 20 atoms in block 69
Block first atom: 1084
Blocpdb> 20 atoms in block 70
Block first atom: 1104
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1124
Blocpdb> 15 atoms in block 72
Block first atom: 1140
Blocpdb> 20 atoms in block 73
Block first atom: 1155
Blocpdb> 13 atoms in block 74
Block first atom: 1175
Blocpdb> 17 atoms in block 75
Block first atom: 1188
Blocpdb> 18 atoms in block 76
Block first atom: 1205
Blocpdb> 12 atoms in block 77
Block first atom: 1223
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1235
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1252
Blocpdb> 20 atoms in block 80
Block first atom: 1267
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 1287
Blocpdb> 18 atoms in block 82
Block first atom: 1306
Blocpdb> 17 atoms in block 83
Block first atom: 1324
Blocpdb> 12 atoms in block 84
Block first atom: 1341
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1353
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 1366
Blocpdb> 13 atoms in block 87
Block first atom: 1383
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1396
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1418
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1436
Blocpdb> 15 atoms in block 91
Block first atom: 1451
Blocpdb> 12 atoms in block 92
Block first atom: 1466
Blocpdb> 11 atoms in block 93
Block first atom: 1478
Blocpdb> 15 atoms in block 94
Block first atom: 1489
Blocpdb> 15 atoms in block 95
Block first atom: 1504
Blocpdb> 16 atoms in block 96
Block first atom: 1519
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1535
Blocpdb> 14 atoms in block 98
Block first atom: 1557
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1571
Blocpdb> 12 atoms in block 100
Block first atom: 1587
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1599
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 1613
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1630
Blocpdb> 18 atoms in block 104
Block first atom: 1645
Blocpdb> 19 atoms in block 105
Block first atom: 1663
Blocpdb> 18 atoms in block 106
Block first atom: 1682
Blocpdb> 15 atoms in block 107
Block first atom: 1700
Blocpdb> 17 atoms in block 108
Block first atom: 1715
Blocpdb> 18 atoms in block 109
Block first atom: 1732
Blocpdb> 12 atoms in block 110
Block first atom: 1750
Blocpdb> 9 atoms in block 111
Block first atom: 1762
Blocpdb> 15 atoms in block 112
Block first atom: 1771
Blocpdb> 14 atoms in block 113
Block first atom: 1785
Blocpdb> 113 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 682786 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5397
Prepmat> Matrix trace = 1494420.0000
Prepmat> Last element read: 5397 5397 51.1571
Prepmat> 6442 lines saved.
Prepmat> 5211 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1799
RTB> Total mass = 1799.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1799
RTB> Number of blocks = 113
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 158621.4274
RTB> 42585 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 678
Diagstd> Nb of non-zero elements: 42585
Diagstd> Projected matrix trace = 158621.4274
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 678 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 158621.4274
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 5.3970788 6.2233242 7.7677398 8.8240415
9.8041050 12.1588964 14.5446660 16.0564746 16.5892207
16.9340062 17.8289678 18.1745260 19.7218755 20.5497255
21.9220625 23.2425909 24.2628931 25.6178830 27.1456762
27.6551478 28.5533098 29.3065860 29.9437007 30.7135047
31.9013705 32.4588380 33.4602929 34.3090481 36.4367961
37.5860644 38.1601873 38.9439112 40.1446316 41.1087219
41.8293522 43.4631678 44.0845761 44.4600408 45.1253727
45.8514038 47.6345836 47.8323841 48.9759904 50.6857891
51.2841681 52.1735036 53.6534503 54.6715209 55.0308513
56.1209372 57.3042311 58.0600645 59.1097597 60.2993770
61.4700025 61.9338668 62.3413711 63.2293275 64.6163099
65.0832988 66.0567707 67.3320121 67.9632937 68.7041185
69.7610895 70.8029934 72.3199366 72.7750946 72.9534918
74.6822000 74.9486667 75.9154051 76.6321331 77.2957854
77.8065453 78.9979372 79.2960879 79.5400080 80.7215022
81.8665286 82.5616298 83.4592527 84.3116433 85.4279222
85.6032650 86.0030040 87.6688853 88.5267911 89.2641437
89.9057367 90.4073714 91.0879672 92.0546871 92.5329923
92.8800769 93.3395280 94.1947763 95.5523164 97.1379404
97.4694125
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034313 0.0034331 0.0034336 0.0034342 0.0034345
0.0034348 252.2752591 270.8984339 302.6513487 322.5737707
340.0159251 378.6538346 414.1399778 435.1313539 442.2911740
446.8637624 458.5201026 462.9422598 482.2468361 492.2642451
508.4356407 523.5251490 534.8925791 549.6255320 565.7774222
571.0620135 580.2611696 587.8653933 594.2210283 601.8107873
613.3381106 618.6738572 628.1453508 636.0622404 655.4889446
665.7462165 670.8115458 677.6650115 688.0326035 696.2452852
702.3213160 715.9059443 721.0055621 724.0694240 729.4670531
735.3119069 749.4738197 751.0282862 759.9532798 773.1048296
777.6549447 784.3687472 795.4156069 802.9266224 805.5609321
813.5003381 822.0318125 827.4352857 834.8815756 843.2409575
851.3867671 854.5930927 857.3999527 863.4845308 872.9037445
876.0523497 882.5797314 891.0582111 895.2255925 900.0915120
906.9887653 913.7367446 923.4732050 926.3746659 927.5094047
938.4342112 940.1068907 946.1505306 950.6064083 954.7137718
957.8628871 965.1685363 966.9881701 968.4742884 975.6406748
982.5359913 986.6983660 992.0476349 997.1007829 1003.6798426
1004.7093528 1007.0524507 1016.7589933 1021.7217565 1025.9679683
1029.6484792 1032.5169772 1036.3961366 1041.8812763 1044.5845150
1046.5417619 1049.1270398 1053.9225330 1061.4899585 1070.2610633
1072.0855794
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1799
Rtb_to_modes> Number of blocs = 113
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9846E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.397
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.223
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.768
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.824
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.47
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 678 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002
1.00003 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998
0.99996 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001
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0.99998 1.00002 0.99997 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 0.99995 1.00001
1.00001 1.00001 1.00003 1.00003 1.00001
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1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 1.00001
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1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 32382 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
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1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00002
1.00003 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998
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0.99999 0.99995 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00002 0.99997 1.00000 1.00001
1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997
1.00000 1.00003 0.99996 1.00001 0.99998
1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 0.99995 1.00001
1.00001 1.00001 1.00003 1.00003 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00004 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 1.00001
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1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090021146876.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090021146876.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090021146876.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090021146876.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 226
First residue number = 1
Last residue number = 226
Number of atoms found = 1799
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9846E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.397
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.223
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.768
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.824
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.804
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.47
Bfactors> 106 vectors, 5397 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 5.397000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.785 for 226 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.04
Bfactors> = 97.389 +/- 4.04
Bfactors> Shiftng-fct= 97.368
Bfactors> Scaling-fct= 107.944
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090021146876 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090021146876.eigenfacs
240220090021146876.atom
240220090021146876.10.pdb
240220090021146876.11.pdb
240220090021146876.12.pdb
240220090021146876.13.pdb
240220090021146876.14.pdb
240220090021146876.15.pdb
240220090021146876.16.pdb
240220090021146876.7.pdb
240220090021146876.8.pdb
240220090021146876.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.845s
user 0m5.816s
sys 0m0.028s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090021146876.Chkmod.res: No such file or directory
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