*** 3JWO_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090117148501.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090117148501.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090117148501.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 353
First residue number = 1
Last residue number = 353
Number of atoms found = 2747
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.054378 +/- 15.463264 From: -46.562000 To: 26.406000
= -0.336942 +/- 8.108565 From: -23.656000 To: 19.266000
= -0.462619 +/- 13.028287 From: -31.000000 To: 30.641000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.8915 % Filled.
Pdbmat> 981988 non-zero elements.
Pdbmat> 107409 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.20 +/- 23.78
Maximum number = 126
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 2.148180E+06
Pdbmat> Larger element = 473.320
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
353 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090117148501.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090117148501.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090117148501.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2747 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 353 residues.
Blocpdb> 22 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 14 atoms in block 2
Block first atom: 23
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 56
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 72
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 86
Blocpdb> 18 atoms in block 7
Block first atom: 107
Blocpdb> 12 atoms in block 8
Block first atom: 125
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 137
Blocpdb> 19 atoms in block 10
Block first atom: 151
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 170
Blocpdb> 14 atoms in block 12
Block first atom: 181
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 195
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 209
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 226
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 241
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 257
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 275
Blocpdb> 12 atoms in block 19
Block first atom: 296
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 308
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 323
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 336
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 350
Blocpdb> 15 atoms in block 24
Block first atom: 365
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 380
Blocpdb> 14 atoms in block 26
Block first atom: 398
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 412
Blocpdb> 15 atoms in block 28
Block first atom: 427
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 442
Blocpdb> 19 atoms in block 30
Block first atom: 458
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 477
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 493
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 516
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 532
Blocpdb> 18 atoms in block 35
Block first atom: 547
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 565
Blocpdb> 17 atoms in block 37
Block first atom: 583
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 600
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 616
Blocpdb> 22 atoms in block 40
Block first atom: 630
Blocpdb> 15 atoms in block 41
Block first atom: 652
Blocpdb> 17 atoms in block 42
Block first atom: 667
Blocpdb> 13 atoms in block 43
Block first atom: 684
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 697
Blocpdb> 15 atoms in block 45
Block first atom: 713
Blocpdb> 8 atoms in block 46
Block first atom: 728
Blocpdb> 13 atoms in block 47
Block first atom: 736
Blocpdb> 15 atoms in block 48
Block first atom: 749
Blocpdb> 14 atoms in block 49
Block first atom: 764
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 778
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 791
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 807
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 824
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 840
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 855
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 873
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 891
Blocpdb> 9 atoms in block 58
Block first atom: 903
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 912
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 928
Blocpdb> 15 atoms in block 61
Block first atom: 944
Blocpdb> 16 atoms in block 62
Block first atom: 959
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 975
Blocpdb> 19 atoms in block 64
Block first atom: 991
Blocpdb> 11 atoms in block 65
Block first atom: 1010
Blocpdb> 11 atoms in block 66
Block first atom: 1021
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 1032
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1045
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 1060
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1073
Blocpdb> 13 atoms in block 71
Block first atom: 1089
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1102
Blocpdb> 19 atoms in block 73
Block first atom: 1116
Blocpdb> 14 atoms in block 74
Block first atom: 1135
Blocpdb> 13 atoms in block 75
Block first atom: 1149
Blocpdb> 15 atoms in block 76
Block first atom: 1162
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1177
Blocpdb> 16 atoms in block 78
Block first atom: 1193
Blocpdb> 10 atoms in block 79
Block first atom: 1209
Blocpdb> 13 atoms in block 80
Block first atom: 1219
Blocpdb> 18 atoms in block 81
Block first atom: 1232
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1250
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1266
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1281
Blocpdb> 15 atoms in block 85
Block first atom: 1298
Blocpdb> 18 atoms in block 86
Block first atom: 1313
Blocpdb> 16 atoms in block 87
Block first atom: 1331
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1347
Blocpdb> 15 atoms in block 89
Block first atom: 1361
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1376
Blocpdb> 17 atoms in block 91
Block first atom: 1391
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1408
Blocpdb> 13 atoms in block 93
Block first atom: 1423
Blocpdb> 17 atoms in block 94
Block first atom: 1436
Blocpdb> 14 atoms in block 95
Block first atom: 1453
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 1467
Blocpdb> 9 atoms in block 97
Block first atom: 1478
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1487
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1503
Blocpdb> 16 atoms in block 100
Block first atom: 1519
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1535
Blocpdb> 22 atoms in block 102
Block first atom: 1549
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1571
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 1586
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1603
Blocpdb> 11 atoms in block 106
Block first atom: 1620
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1631
Blocpdb> 20 atoms in block 108
Block first atom: 1648
Blocpdb> 20 atoms in block 109
Block first atom: 1668
Blocpdb> 12 atoms in block 110
Block first atom: 1688
Blocpdb> 17 atoms in block 111
Block first atom: 1700
Blocpdb> 15 atoms in block 112
Block first atom: 1717
Blocpdb> 19 atoms in block 113
Block first atom: 1732
Blocpdb> 18 atoms in block 114
Block first atom: 1751
Blocpdb> 12 atoms in block 115
Block first atom: 1769
Blocpdb> 8 atoms in block 116
Block first atom: 1781
Blocpdb> 15 atoms in block 117
Block first atom: 1789
Blocpdb> 17 atoms in block 118
Block first atom: 1804
Blocpdb> 14 atoms in block 119
Block first atom: 1821
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 1835
Blocpdb> 19 atoms in block 121
Block first atom: 1859
Blocpdb> 10 atoms in block 122
Block first atom: 1878
Blocpdb> 13 atoms in block 123
Block first atom: 1888
Blocpdb> 22 atoms in block 124
Block first atom: 1901
Blocpdb> 18 atoms in block 125
Block first atom: 1923
Blocpdb> 14 atoms in block 126
Block first atom: 1941
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 1955
Blocpdb> 19 atoms in block 128
Block first atom: 1971
Blocpdb> 14 atoms in block 129
Block first atom: 1990
Blocpdb> 21 atoms in block 130
Block first atom: 2004
Blocpdb> 19 atoms in block 131
Block first atom: 2025
Blocpdb> 13 atoms in block 132
Block first atom: 2044
Blocpdb> 13 atoms in block 133
Block first atom: 2057
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2070
Blocpdb> 15 atoms in block 135
Block first atom: 2084
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2099
Blocpdb> 13 atoms in block 137
Block first atom: 2114
Blocpdb> 19 atoms in block 138
Block first atom: 2127
Blocpdb> 18 atoms in block 139
Block first atom: 2146
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 2164
Blocpdb> 16 atoms in block 141
Block first atom: 2180
Blocpdb> 23 atoms in block 142
Block first atom: 2196
Blocpdb> 16 atoms in block 143
Block first atom: 2219
Blocpdb> 13 atoms in block 144
Block first atom: 2235
Blocpdb> 13 atoms in block 145
Block first atom: 2248
Blocpdb> 17 atoms in block 146
Block first atom: 2261
Blocpdb> 14 atoms in block 147
Block first atom: 2278
Blocpdb> 14 atoms in block 148
Block first atom: 2292
Blocpdb> 13 atoms in block 149
Block first atom: 2306
Blocpdb> 19 atoms in block 150
Block first atom: 2319
Blocpdb> 12 atoms in block 151
Block first atom: 2338
Blocpdb> 14 atoms in block 152
Block first atom: 2350
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2364
Blocpdb> 12 atoms in block 154
Block first atom: 2379
Blocpdb> 16 atoms in block 155
Block first atom: 2391
Blocpdb> 18 atoms in block 156
Block first atom: 2407
Blocpdb> 12 atoms in block 157
Block first atom: 2425
Blocpdb> 12 atoms in block 158
Block first atom: 2437
Blocpdb> 14 atoms in block 159
Block first atom: 2449
Blocpdb> 17 atoms in block 160
Block first atom: 2463
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2480
Blocpdb> 19 atoms in block 162
Block first atom: 2495
Blocpdb> 18 atoms in block 163
Block first atom: 2514
Blocpdb> 8 atoms in block 164
Block first atom: 2532
Blocpdb> 12 atoms in block 165
Block first atom: 2540
Blocpdb> 19 atoms in block 166
Block first atom: 2552
Blocpdb> 16 atoms in block 167
Block first atom: 2571
Blocpdb> 25 atoms in block 168
Block first atom: 2587
Blocpdb> 15 atoms in block 169
Block first atom: 2612
Blocpdb> 20 atoms in block 170
Block first atom: 2627
Blocpdb> 21 atoms in block 171
Block first atom: 2647
Blocpdb> 16 atoms in block 172
Block first atom: 2668
Blocpdb> 16 atoms in block 173
Block first atom: 2684
Blocpdb> 17 atoms in block 174
Block first atom: 2700
Blocpdb> 15 atoms in block 175
Block first atom: 2717
Blocpdb> 11 atoms in block 176
Block first atom: 2732
Blocpdb> 5 atoms in block 177
Block first atom: 2742
Blocpdb> 177 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 982165 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8241
Prepmat> Matrix trace = 2148180.0000
Prepmat> Last element read: 8241 8241 172.2746
Prepmat> 15754 lines saved.
Prepmat> 13915 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2747
RTB> Total mass = 2747.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2747
RTB> Number of blocks = 177
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 228746.9694
RTB> 63513 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1062
Diagstd> Nb of non-zero elements: 63513
Diagstd> Projected matrix trace = 228746.9694
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1062 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 228746.9694
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2359595 0.3994623 0.8511674 1.3831968
1.7772640 2.0059492 2.5505051 2.9984769 3.7482584
4.5919302 4.9641289 5.1909158 5.4348094 6.0125064
6.4297591 7.0809195 7.6487477 9.0035462 9.1627993
9.9544195 10.6822172 11.3274503 11.8802732 12.5150689
13.1979016 13.8338464 13.8936394 14.6123961 15.1116281
15.1940624 16.1573917 16.5363775 16.8402246 17.5869037
18.1993983 19.1718629 20.0261364 20.2896592 20.5725176
21.0015437 21.7382035 22.6005262 23.0290861 23.5883069
24.1059847 25.1927073 25.4032493 26.0030732 26.3368679
27.0176242 27.2109561 27.5526609 28.4683360 28.8790740
29.7234995 30.2523302 30.8288582 31.2998739 31.4434251
32.1867260 33.1112345 33.6432663 34.0867536 34.1984703
34.6063484 35.1494661 35.6721258 35.8747484 37.0100924
37.1499318 37.3441722 37.9861050 38.2099989 38.8206884
39.8544073 40.1292727 41.0516963 41.2642909 41.7301436
42.5178244 42.8800219 43.2654442 43.6535073 44.7132974
45.5536272 45.8762642 46.3677737 46.6378136 47.2709590
47.4108801 47.7636905 48.3018804 48.5870192 48.8845169
49.3391951 49.7910941 50.0498405 50.9769424 51.7297744
52.1073427
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034324 0.0034331 0.0034337 0.0034342
0.0034348 52.7489711 68.6330336 100.1850138 127.7136349
144.7675589 153.7996145 173.4236713 188.0380035 210.2374323
232.6981436 241.9450856 247.4100121 253.1555410 266.2705011
275.3547874 288.9615830 300.3242831 325.8382610 328.7073143
342.6125365 354.9163308 365.4781034 374.2902328 384.1597873
394.5006495 403.8933993 404.7653169 415.1031203 422.1345590
423.2843706 436.4966418 441.5861766 445.6246644 455.3967982
463.2589253 475.4747274 485.9525494 489.1394107 492.5371592
497.6464265 506.2990418 516.2434510 521.1150698 527.4042981
533.1601955 545.0454278 547.3182319 553.7421968 557.2849861
564.4413978 566.4573039 570.0028852 579.3971061 583.5618760
592.0320939 597.2754941 602.9398666 607.5283850 608.9199515
616.0751367 624.8603486 629.8604755 633.9983111 635.0364013
638.8121505 643.8054468 648.5743601 650.4137473 660.6255476
661.8724289 663.6004913 669.2797153 671.2492184 676.5920591
685.5410377 687.9009742 695.7622056 697.5614526 701.4879572
708.0775046 711.0870665 714.2756804 717.4718255 726.1287451
732.9203188 735.5112211 739.4407876 741.5908648 746.6077382
747.7118937 750.4888045 754.7051251 756.9294600 759.2432580
762.7659720 766.2511072 768.2394927 775.3221145 781.0261451
783.8712633
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2747
Rtb_to_modes> Number of blocs = 177
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.777
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.592
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.68
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.33
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.88
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.52
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.20
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.11
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.84
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.19
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.88
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.72
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.15
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.11
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1062 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001
0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00004 0.99999 0.99999 0.99996 1.00000
1.00000 1.00003 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00002 0.99996 1.00001 0.99999
1.00001 0.99999 0.99997 1.00001 0.99999
0.99999 0.99996 1.00001 1.00003 0.99999
1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999
0.99998 1.00001 0.99998 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 1.00002
1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00003 1.00000 1.00000
1.00002 0.99997 1.00001 1.00003 0.99998
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 49446 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99997 0.99999 0.99997 1.00005 0.99999
1.00002 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001
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1.00004 0.99999 0.99999 0.99996 1.00000
1.00000 1.00003 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00002 0.99996 1.00001 0.99999
1.00001 0.99999 0.99997 1.00001 0.99999
0.99999 0.99996 1.00001 1.00003 0.99999
1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999
0.99998 1.00001 0.99998 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 1.00002
1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00003 1.00000 1.00000
1.00002 0.99997 1.00001 1.00003 0.99998
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090117148501.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090117148501.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090117148501.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090117148501.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 353
First residue number = 1
Last residue number = 353
Number of atoms found = 2747
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9952E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2360
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3995
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8512
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.383
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.006
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.551
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.998
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.748
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.592
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.964
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.191
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.435
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.013
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.163
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.68
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.88
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.89
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.61
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.11
Bfactors> 106 vectors, 8241 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.236000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.498 for 353 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.070 +/- 0.28
Bfactors> = 89.943 +/- 9.37
Bfactors> Shiftng-fct= 89.872
Bfactors> Scaling-fct= 33.126
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090117148501 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090117148501.eigenfacs
240220090117148501.atom
240220090117148501.10.pdb
240220090117148501.11.pdb
240220090117148501.12.pdb
240220090117148501.13.pdb
240220090117148501.14.pdb
240220090117148501.15.pdb
240220090117148501.16.pdb
240220090117148501.7.pdb
240220090117148501.8.pdb
240220090117148501.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m18.757s
user 0m18.692s
sys 0m0.044s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090117148501.Chkmod.res: No such file or directory
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