*** 4CDB_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090545153969.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090545153969.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090545153969.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 488
First residue number = 1
Last residue number = 488
Number of atoms found = 3826
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -1.937427 +/- 23.788266 From: -57.125000 To: 49.906000
= -0.594055 +/- 10.085341 From: -21.172000 To: 33.500000
= 1.116445 +/- 23.011478 From: -48.375000 To: 49.031000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.1116 % Filled.
Pdbmat> 1391100 non-zero elements.
Pdbmat> 152261 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.59 +/- 22.53
Maximum number = 124
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 3.045220E+06
Pdbmat> Larger element = 495.043
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
488 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090545153969.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090545153969.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090545153969.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3826 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 488 residues.
Blocpdb> 20 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 18 atoms in block 2
Block first atom: 21
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 39
Blocpdb> 22 atoms in block 4
Block first atom: 58
Blocpdb> 22 atoms in block 5
Block first atom: 80
Blocpdb> 27 atoms in block 6
Block first atom: 102
Blocpdb> 23 atoms in block 7
Block first atom: 129
Blocpdb> 25 atoms in block 8
Block first atom: 152
Blocpdb> 29 atoms in block 9
Block first atom: 177
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 206
Blocpdb> 28 atoms in block 11
Block first atom: 227
Blocpdb> 25 atoms in block 12
Block first atom: 255
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 280
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 302
Blocpdb> 20 atoms in block 15
Block first atom: 328
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 348
Blocpdb> 25 atoms in block 17
Block first atom: 370
Blocpdb> 25 atoms in block 18
Block first atom: 395
Blocpdb> 21 atoms in block 19
Block first atom: 420
Blocpdb> 29 atoms in block 20
Block first atom: 441
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 470
Blocpdb> 27 atoms in block 22
Block first atom: 492
Blocpdb> 24 atoms in block 23
Block first atom: 519
Blocpdb> 25 atoms in block 24
Block first atom: 543
Blocpdb> 21 atoms in block 25
Block first atom: 568
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 589
Blocpdb> 22 atoms in block 27
Block first atom: 614
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 636
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 655
Blocpdb> 23 atoms in block 30
Block first atom: 676
Blocpdb> 20 atoms in block 31
Block first atom: 699
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 719
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 741
Blocpdb> 24 atoms in block 34
Block first atom: 764
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 788
Blocpdb> 22 atoms in block 36
Block first atom: 812
Blocpdb> 27 atoms in block 37
Block first atom: 834
Blocpdb> 22 atoms in block 38
Block first atom: 861
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 883
Blocpdb> 24 atoms in block 40
Block first atom: 904
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 928
Blocpdb> 24 atoms in block 42
Block first atom: 947
Blocpdb> 25 atoms in block 43
Block first atom: 971
Blocpdb> 22 atoms in block 44
Block first atom: 996
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 1018
Blocpdb> 22 atoms in block 46
Block first atom: 1040
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 1062
Blocpdb> 20 atoms in block 48
Block first atom: 1085
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1105
Blocpdb> 27 atoms in block 50
Block first atom: 1128
Blocpdb> 31 atoms in block 51
Block first atom: 1155
Blocpdb> 26 atoms in block 52
Block first atom: 1186
Blocpdb> 26 atoms in block 53
Block first atom: 1212
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 1238
Blocpdb> 20 atoms in block 55
Block first atom: 1260
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1280
Blocpdb> 25 atoms in block 57
Block first atom: 1308
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1333
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1358
Blocpdb> 25 atoms in block 60
Block first atom: 1379
Blocpdb> 25 atoms in block 61
Block first atom: 1404
Blocpdb> 16 atoms in block 62
Block first atom: 1429
Blocpdb> 25 atoms in block 63
Block first atom: 1445
Blocpdb> 23 atoms in block 64
Block first atom: 1470
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1493
Blocpdb> 26 atoms in block 66
Block first atom: 1515
Blocpdb> 17 atoms in block 67
Block first atom: 1541
Blocpdb> 19 atoms in block 68
Block first atom: 1558
Blocpdb> 26 atoms in block 69
Block first atom: 1577
Blocpdb> 25 atoms in block 70
Block first atom: 1603
Blocpdb> 25 atoms in block 71
Block first atom: 1628
Blocpdb> 26 atoms in block 72
Block first atom: 1653
Blocpdb> 32 atoms in block 73
Block first atom: 1679
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1711
Blocpdb> 24 atoms in block 75
Block first atom: 1733
Blocpdb> 25 atoms in block 76
Block first atom: 1757
Blocpdb> 28 atoms in block 77
Block first atom: 1782
Blocpdb> 24 atoms in block 78
Block first atom: 1810
Blocpdb> 19 atoms in block 79
Block first atom: 1834
Blocpdb> 27 atoms in block 80
Block first atom: 1853
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1880
Blocpdb> 19 atoms in block 82
Block first atom: 1902
Blocpdb> 22 atoms in block 83
Block first atom: 1921
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1943
Blocpdb> 25 atoms in block 85
Block first atom: 1965
Blocpdb> 19 atoms in block 86
Block first atom: 1990
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 2009
Blocpdb> 27 atoms in block 88
Block first atom: 2030
Blocpdb> 29 atoms in block 89
Block first atom: 2057
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 2086
Blocpdb> 24 atoms in block 91
Block first atom: 2107
Blocpdb> 22 atoms in block 92
Block first atom: 2131
Blocpdb> 21 atoms in block 93
Block first atom: 2153
Blocpdb> 24 atoms in block 94
Block first atom: 2174
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 2198
Blocpdb> 19 atoms in block 96
Block first atom: 2215
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 2234
Blocpdb> 19 atoms in block 98
Block first atom: 2253
Blocpdb> 24 atoms in block 99
Block first atom: 2272
Blocpdb> 24 atoms in block 100
Block first atom: 2296
Blocpdb> 23 atoms in block 101
Block first atom: 2320
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 2343
Blocpdb> 20 atoms in block 103
Block first atom: 2369
Blocpdb> 20 atoms in block 104
Block first atom: 2389
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 2409
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2429
Blocpdb> 25 atoms in block 107
Block first atom: 2453
Blocpdb> 20 atoms in block 108
Block first atom: 2478
Blocpdb> 20 atoms in block 109
Block first atom: 2498
Blocpdb> 27 atoms in block 110
Block first atom: 2518
Blocpdb> 25 atoms in block 111
Block first atom: 2545
Blocpdb> 18 atoms in block 112
Block first atom: 2570
Blocpdb> 26 atoms in block 113
Block first atom: 2588
Blocpdb> 27 atoms in block 114
Block first atom: 2614
Blocpdb> 18 atoms in block 115
Block first atom: 2641
Blocpdb> 20 atoms in block 116
Block first atom: 2659
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 2679
Blocpdb> 27 atoms in block 118
Block first atom: 2705
Blocpdb> 25 atoms in block 119
Block first atom: 2732
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2757
Blocpdb> 24 atoms in block 121
Block first atom: 2779
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 2803
Blocpdb> 29 atoms in block 123
Block first atom: 2825
Blocpdb> 23 atoms in block 124
Block first atom: 2854
Blocpdb> 20 atoms in block 125
Block first atom: 2877
Blocpdb> 27 atoms in block 126
Block first atom: 2897
Blocpdb> 21 atoms in block 127
Block first atom: 2924
Blocpdb> 24 atoms in block 128
Block first atom: 2945
Blocpdb> 20 atoms in block 129
Block first atom: 2969
Blocpdb> 23 atoms in block 130
Block first atom: 2989
Blocpdb> 25 atoms in block 131
Block first atom: 3012
Blocpdb> 22 atoms in block 132
Block first atom: 3037
Blocpdb> 31 atoms in block 133
Block first atom: 3059
Blocpdb> 27 atoms in block 134
Block first atom: 3090
Blocpdb> 24 atoms in block 135
Block first atom: 3117
Blocpdb> 21 atoms in block 136
Block first atom: 3141
Blocpdb> 24 atoms in block 137
Block first atom: 3162
Blocpdb> 27 atoms in block 138
Block first atom: 3186
Blocpdb> 29 atoms in block 139
Block first atom: 3213
Blocpdb> 25 atoms in block 140
Block first atom: 3242
Blocpdb> 23 atoms in block 141
Block first atom: 3267
Blocpdb> 26 atoms in block 142
Block first atom: 3290
Blocpdb> 19 atoms in block 143
Block first atom: 3316
Blocpdb> 28 atoms in block 144
Block first atom: 3335
Blocpdb> 19 atoms in block 145
Block first atom: 3363
Blocpdb> 24 atoms in block 146
Block first atom: 3382
Blocpdb> 23 atoms in block 147
Block first atom: 3406
Blocpdb> 26 atoms in block 148
Block first atom: 3429
Blocpdb> 22 atoms in block 149
Block first atom: 3455
Blocpdb> 17 atoms in block 150
Block first atom: 3477
Blocpdb> 37 atoms in block 151
Block first atom: 3494
Blocpdb> 32 atoms in block 152
Block first atom: 3531
Blocpdb> 23 atoms in block 153
Block first atom: 3563
Blocpdb> 27 atoms in block 154
Block first atom: 3586
Blocpdb> 23 atoms in block 155
Block first atom: 3613
Blocpdb> 24 atoms in block 156
Block first atom: 3636
Blocpdb> 27 atoms in block 157
Block first atom: 3660
Blocpdb> 28 atoms in block 158
Block first atom: 3687
Blocpdb> 18 atoms in block 159
Block first atom: 3715
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 3733
Blocpdb> 27 atoms in block 161
Block first atom: 3760
Blocpdb> 24 atoms in block 162
Block first atom: 3787
Blocpdb> 16 atoms in block 163
Block first atom: 3810
Blocpdb> 163 blocks.
Blocpdb> At most, 37 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 16 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1391263 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11478
Prepmat> Matrix trace = 3045220.0000
Prepmat> Last element read: 11478 11478 163.8383
Prepmat> 13367 lines saved.
Prepmat> 11876 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3826
RTB> Total mass = 3826.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3826
RTB> Number of blocks = 163
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 200401.7861
RTB> 51195 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 978
Diagstd> Nb of non-zero elements: 51195
Diagstd> Projected matrix trace = 200401.7861
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 978 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 200401.7861
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0790304 0.1765674 0.3978003 0.7039933
0.8999182 1.3769985 1.6167040 2.4503392 2.6847679
3.4636284 3.6625178 3.8269601 4.4581749 5.2027995
5.4678317 6.0346040 6.3633010 6.6476228 7.8045772
8.1129529 8.5769454 8.9256610 9.9936165 10.0579005
10.6517928 11.2532943 11.9996089 12.3036308 13.4408199
13.6672028 13.7173094 14.4333618 16.1153038 16.4904711
16.5611690 16.8096578 17.1901962 18.2204033 18.8574720
20.0226512 20.1513319 20.8482356 21.5317844 21.7862581
22.9433082 23.2400113 24.1250002 24.8274982 25.4562286
25.9896284 26.1264852 26.7469968 27.2456802 28.3679681
28.6405590 29.0133659 29.7538134 30.2467995 31.1212465
31.9800491 32.2796544 32.4558251 33.4521608 34.4756357
34.7821607 35.4315387 36.0762609 36.1615424 36.7453680
37.1419232 37.9216082 38.1420472 38.6438795 39.0826650
39.6885838 40.0721745 40.1509514 41.6664279 41.9137088
42.2256848 42.3350893 43.3191057 43.7415773 44.0714819
44.6821675 45.6312495 46.1371287 46.5834549 46.8202525
47.1708503 48.2222703 48.5195958 50.0530309 50.2754221
50.7642983 51.6036872 51.9739106 52.3682566 52.8392976
53.1002299
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034311 0.0034330 0.0034340 0.0034341 0.0034342
0.0034351 30.5275864 45.6300074 68.4901070 91.1128298
103.0141277 127.4271629 138.0735633 169.9841320 177.9297851
202.0974928 207.8189535 212.4331291 229.2840440 247.6930533
253.9234720 266.7593600 273.9280541 279.9809376 303.3681419
309.3034453 318.0252507 324.4258680 343.2864167 344.3887429
354.4105451 364.2798253 376.1653829 380.9008358 398.1146510
401.4533623 402.1885910 412.5523158 435.9277632 440.9728094
441.9170670 445.2200526 450.2313135 463.5261849 471.5600614
485.9102625 487.4691749 495.8267276 503.8894805 506.8583462
520.1436483 523.4960962 533.3704402 541.0803472 547.8886594
553.5990236 555.0546868 561.6073629 566.8186195 578.3748434
581.1470341 584.9171262 592.3339124 597.2208952 605.7923320
614.0939851 616.9638504 618.6451429 628.0690147 637.6045711
640.4327894 646.3835373 652.2379133 653.0083778 658.2586590
661.8010837 668.7112873 670.6520864 675.0495308 678.8711691
684.1133754 687.4114076 688.0867591 700.9522196 703.0291393
705.6407141 706.5542618 714.7184959 718.1952028 720.8984758
725.8759317 733.5444929 737.5994116 741.1585584 743.0399356
745.8167496 754.0829248 756.4040879 768.2639781 769.9688279
773.7033441 780.0737202 782.8669838 785.8313281 789.3576065
791.3042187
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3826
Rtb_to_modes> Number of blocs = 163
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9831E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1766
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3978
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7040
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8999
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.377
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.617
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.685
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.663
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.827
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.458
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.203
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.468
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.035
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.363
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.648
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.805
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.113
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.577
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.926
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.994
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.06
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.65
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.37
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.10
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 978 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99998 0.99995 0.99999
1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99997
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997
1.00003 1.00001 1.00002 1.00003 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999 0.99997 1.00003 0.99998 1.00001
0.99997 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 0.99999 1.00003 1.00002
1.00000 1.00000 1.00000 1.00004 0.99999
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999 1.00001 0.99995 0.99999 1.00001
0.99997 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 68868 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99998 0.99995 0.99999
1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99997
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997
1.00003 1.00001 1.00002 1.00003 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999 0.99997 1.00003 0.99998 1.00001
0.99997 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 0.99999 1.00003 1.00002
1.00000 1.00000 1.00000 1.00004 0.99999
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00001
0.99999 1.00001 0.99995 0.99999 1.00001
0.99997 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001
0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090545153969.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090545153969.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090545153969.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090545153969.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 488
First residue number = 1
Last residue number = 488
Number of atoms found = 3826
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9831E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.9030E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1766
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3978
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7040
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8999
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.377
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.617
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.450
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.685
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.464
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.663
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.827
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.458
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.203
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.468
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.035
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.363
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.648
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.805
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.113
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.577
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.926
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.994
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.10
Bfactors> 106 vectors, 11478 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.079030
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.372 for 488 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.119 +/- 0.14
Bfactors> = 91.319 +/- 10.10
Bfactors> Shiftng-fct= 91.200
Bfactors> Scaling-fct= 70.460
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090545153969 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090545153969.eigenfacs
240220090545153969.atom
240220090545153969.10.pdb
240220090545153969.11.pdb
240220090545153969.12.pdb
240220090545153969.13.pdb
240220090545153969.14.pdb
240220090545153969.15.pdb
240220090545153969.16.pdb
240220090545153969.7.pdb
240220090545153969.8.pdb
240220090545153969.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m17.906s
user 0m17.850s
sys 0m0.056s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090545153969.Chkmod.res: No such file or directory
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