*** 2V7Y_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090749155238.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090749155238.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090749155238.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 504
First residue number = 1
Last residue number = 504
Number of atoms found = 3828
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.959346 +/- 15.971309 From: -32.594000 To: 48.844000
= -0.950034 +/- 12.528330 From: -32.219000 To: 28.703000
= 0.472654 +/- 14.243907 From: -31.484000 To: 47.094000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.1308 % Filled.
Pdbmat> 1405172 non-zero elements.
Pdbmat> 153776 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.34 +/- 21.90
Maximum number = 126
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 3.075520E+06
Pdbmat> Larger element = 494.300
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
504 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090749155238.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090749155238.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090749155238.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3828 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 504 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 44
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 68
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 86
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 106
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 125
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 146
Blocpdb> 24 atoms in block 9
Block first atom: 166
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 190
Blocpdb> 21 atoms in block 11
Block first atom: 212
Blocpdb> 25 atoms in block 12
Block first atom: 233
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 258
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 278
Blocpdb> 21 atoms in block 15
Block first atom: 301
Blocpdb> 28 atoms in block 16
Block first atom: 322
Blocpdb> 20 atoms in block 17
Block first atom: 350
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 370
Blocpdb> 25 atoms in block 19
Block first atom: 391
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 416
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 439
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 461
Blocpdb> 28 atoms in block 23
Block first atom: 483
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 511
Blocpdb> 27 atoms in block 25
Block first atom: 533
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 560
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 585
Blocpdb> 30 atoms in block 28
Block first atom: 606
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 636
Blocpdb> 23 atoms in block 30
Block first atom: 659
Blocpdb> 21 atoms in block 31
Block first atom: 682
Blocpdb> 29 atoms in block 32
Block first atom: 703
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 732
Blocpdb> 26 atoms in block 34
Block first atom: 755
Blocpdb> 28 atoms in block 35
Block first atom: 781
Blocpdb> 20 atoms in block 36
Block first atom: 809
Blocpdb> 25 atoms in block 37
Block first atom: 829
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 854
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 874
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 895
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 923
Blocpdb> 29 atoms in block 42
Block first atom: 944
Blocpdb> 21 atoms in block 43
Block first atom: 973
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 994
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 1011
Blocpdb> 21 atoms in block 46
Block first atom: 1035
Blocpdb> 27 atoms in block 47
Block first atom: 1056
Blocpdb> 24 atoms in block 48
Block first atom: 1083
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1107
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 1130
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1145
Blocpdb> 20 atoms in block 52
Block first atom: 1170
Blocpdb> 27 atoms in block 53
Block first atom: 1190
Blocpdb> 24 atoms in block 54
Block first atom: 1217
Blocpdb> 23 atoms in block 55
Block first atom: 1241
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1264
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 1292
Blocpdb> 26 atoms in block 58
Block first atom: 1304
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1330
Blocpdb> 25 atoms in block 60
Block first atom: 1351
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 1376
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1392
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 1419
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1440
Blocpdb> 26 atoms in block 65
Block first atom: 1456
Blocpdb> 16 atoms in block 66
Block first atom: 1482
Blocpdb> 27 atoms in block 67
Block first atom: 1498
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 1525
Blocpdb> 24 atoms in block 69
Block first atom: 1549
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 1573
Blocpdb> 28 atoms in block 71
Block first atom: 1600
Blocpdb> 27 atoms in block 72
Block first atom: 1628
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1655
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1677
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1699
Blocpdb> 21 atoms in block 76
Block first atom: 1725
Blocpdb> 28 atoms in block 77
Block first atom: 1746
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1774
Blocpdb> 23 atoms in block 79
Block first atom: 1796
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1819
Blocpdb> 23 atoms in block 81
Block first atom: 1842
Blocpdb> 18 atoms in block 82
Block first atom: 1865
Blocpdb> 25 atoms in block 83
Block first atom: 1883
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1908
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 1930
Blocpdb> 19 atoms in block 86
Block first atom: 1956
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 1975
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 1996
Blocpdb> 25 atoms in block 89
Block first atom: 2021
Blocpdb> 22 atoms in block 90
Block first atom: 2046
Blocpdb> 25 atoms in block 91
Block first atom: 2068
Blocpdb> 29 atoms in block 92
Block first atom: 2093
Blocpdb> 19 atoms in block 93
Block first atom: 2122
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2141
Blocpdb> 27 atoms in block 95
Block first atom: 2166
Blocpdb> 19 atoms in block 96
Block first atom: 2193
Blocpdb> 27 atoms in block 97
Block first atom: 2212
Blocpdb> 22 atoms in block 98
Block first atom: 2239
Blocpdb> 17 atoms in block 99
Block first atom: 2261
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 2278
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2300
Blocpdb> 24 atoms in block 102
Block first atom: 2321
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 2345
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 2368
Blocpdb> 26 atoms in block 105
Block first atom: 2382
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 2408
Blocpdb> 23 atoms in block 107
Block first atom: 2427
Blocpdb> 28 atoms in block 108
Block first atom: 2450
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2478
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2499
Blocpdb> 23 atoms in block 111
Block first atom: 2524
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2547
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2569
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 2593
Blocpdb> 14 atoms in block 115
Block first atom: 2613
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 2627
Blocpdb> 19 atoms in block 117
Block first atom: 2648
Blocpdb> 18 atoms in block 118
Block first atom: 2667
Blocpdb> 24 atoms in block 119
Block first atom: 2685
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2709
Blocpdb> 23 atoms in block 121
Block first atom: 2731
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 2754
Blocpdb> 18 atoms in block 123
Block first atom: 2776
Blocpdb> 24 atoms in block 124
Block first atom: 2794
Blocpdb> 16 atoms in block 125
Block first atom: 2818
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 2834
Blocpdb> 25 atoms in block 127
Block first atom: 2859
Blocpdb> 28 atoms in block 128
Block first atom: 2884
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 2912
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 2934
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 2954
Blocpdb> 25 atoms in block 132
Block first atom: 2978
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 3003
Blocpdb> 25 atoms in block 134
Block first atom: 3020
Blocpdb> 21 atoms in block 135
Block first atom: 3045
Blocpdb> 26 atoms in block 136
Block first atom: 3066
Blocpdb> 24 atoms in block 137
Block first atom: 3092
Blocpdb> 24 atoms in block 138
Block first atom: 3116
Blocpdb> 20 atoms in block 139
Block first atom: 3140
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 3160
Blocpdb> 23 atoms in block 141
Block first atom: 3181
Blocpdb> 26 atoms in block 142
Block first atom: 3204
Blocpdb> 24 atoms in block 143
Block first atom: 3230
Blocpdb> 19 atoms in block 144
Block first atom: 3254
Blocpdb> 19 atoms in block 145
Block first atom: 3273
Blocpdb> 22 atoms in block 146
Block first atom: 3292
Blocpdb> 24 atoms in block 147
Block first atom: 3314
Blocpdb> 23 atoms in block 148
Block first atom: 3338
Blocpdb> 27 atoms in block 149
Block first atom: 3361
Blocpdb> 21 atoms in block 150
Block first atom: 3388
Blocpdb> 19 atoms in block 151
Block first atom: 3409
Blocpdb> 28 atoms in block 152
Block first atom: 3428
Blocpdb> 22 atoms in block 153
Block first atom: 3456
Blocpdb> 19 atoms in block 154
Block first atom: 3478
Blocpdb> 26 atoms in block 155
Block first atom: 3497
Blocpdb> 23 atoms in block 156
Block first atom: 3523
Blocpdb> 24 atoms in block 157
Block first atom: 3546
Blocpdb> 18 atoms in block 158
Block first atom: 3570
Blocpdb> 18 atoms in block 159
Block first atom: 3588
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 3606
Blocpdb> 28 atoms in block 161
Block first atom: 3633
Blocpdb> 25 atoms in block 162
Block first atom: 3661
Blocpdb> 23 atoms in block 163
Block first atom: 3686
Blocpdb> 22 atoms in block 164
Block first atom: 3709
Blocpdb> 22 atoms in block 165
Block first atom: 3731
Blocpdb> 31 atoms in block 166
Block first atom: 3753
Blocpdb> 23 atoms in block 167
Block first atom: 3784
Blocpdb> 22 atoms in block 168
Block first atom: 3806
Blocpdb> 168 blocks.
Blocpdb> At most, 31 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1405340 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11484
Prepmat> Matrix trace = 3075520.0000
Prepmat> Last element read: 11484 11484 76.8097
Prepmat> 14197 lines saved.
Prepmat> 12522 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3828
RTB> Total mass = 3828.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3828
RTB> Number of blocks = 168
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 212866.3499
RTB> 57744 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1008
Diagstd> Nb of non-zero elements: 57744
Diagstd> Projected matrix trace = 212866.3499
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1008 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 212866.3499
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5436663 1.2340507 1.5115603 1.8335964
2.0752897 2.3788822 2.9974097 3.2196632 4.8098038
5.3967305 5.4573606 5.8337530 6.0882107 6.3340982
7.0476718 8.3430795 8.7284325 9.0888763 9.8963235
10.5634809 11.3233132 12.0608631 12.1030103 12.5185424
13.1145183 13.5659522 14.2556246 15.3066295 15.6882048
16.8858362 17.6353798 18.5004539 19.1108292 19.4825058
20.2079978 20.5508730 22.0896503 22.2994805 22.8708739
23.6368909 24.5718608 24.9036934 25.6164778 26.9425171
27.6231389 28.2247714 29.1021388 29.2157995 29.8876634
30.6591022 31.0941389 31.5815707 32.2599944 33.1788195
33.6603208 34.2350140 34.5238815 34.9706759 35.1947496
36.2847403 37.5773857 38.0184964 38.4882401 39.4528110
39.8327491 40.0248218 40.8585283 40.9499320 42.2684628
42.7348116 43.0588941 43.6696853 44.0296835 44.3878431
44.8127781 45.5547439 46.2244110 46.4409306 46.7868717
47.1031548 47.4905206 48.1800204 49.1250010 49.6788260
50.1978391 50.2924506 51.0584106 51.4453210 52.2652570
52.4439144 53.5784384 54.0691159 54.7919200 55.3339021
55.6230963 56.0506738 56.4291086 56.9287410 57.3985056
58.2598616
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034317 0.0034321 0.0034328 0.0034332 0.0034333
0.0034339 80.0684614 120.6317949 133.5082232 147.0439494
156.4352593 167.4872487 188.0045405 194.8500417 238.1545919
252.2671188 253.6802200 262.2824913 267.9415831 273.2987694
288.2823921 313.6595192 320.8214589 327.3786672 341.6112954
352.9383129 365.4113556 377.1242631 377.7826272 384.2130948
393.2524640 399.9635571 410.0042939 424.8494553 430.1123420
446.2277415 456.0239891 467.0748381 474.7172853 479.3113212
488.1540803 492.2779898 510.3753617 512.7936668 519.3219273
527.9471575 538.2875111 541.9099948 549.6104581 563.6562979
570.7314353 576.9132281 585.8112853 586.9541368 593.6647488
601.2775613 605.5284426 610.2561196 616.7759400 625.4977403
630.0201004 635.3756036 638.0505523 642.1659790 644.2200245
654.1197917 665.6693507 669.5650074 673.6887682 682.0783370
685.3547396 687.0051357 694.1233278 694.8992977 705.9980591
709.8820213 712.5686574 717.6047612 720.5565367 723.4812851
726.9360625 732.9293022 738.2967786 740.0238845 742.7750108
745.2813922 748.3396310 753.7525078 761.1084898 765.3867549
769.3745059 770.0992125 775.9414032 778.8758195 785.0581476
786.3987783 794.8593841 798.4907959 803.8102495 807.7759689
809.8840769 812.9909272 815.7308278 819.3341752 822.7077206
828.8577539
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3828
Rtb_to_modes> Number of blocs = 168
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9867E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.220
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.397
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.834
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.048
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.728
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.089
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.896
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.56
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.06
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.52
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.94
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.18
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.73
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.67
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.39
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.26
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1008 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99994 0.99998 0.99999 0.99998 1.00001
0.99999 0.99997 1.00001 1.00000 0.99998
0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 0.99997 0.99997 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
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1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00006
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0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 68904 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00002
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0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 0.99997 0.99997 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 1.00004 0.99998 1.00002 1.00002
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00006
1.00000 0.99999 1.00000 0.99996 1.00002
0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090749155238.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090749155238.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090749155238.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090749155238.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 504
First residue number = 1
Last residue number = 504
Number of atoms found = 3828
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9867E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9892E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9931E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9960E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5437
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.234
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.512
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.834
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.075
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.379
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.997
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.220
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.397
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.457
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.834
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.088
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.26
Bfactors> 106 vectors, 11484 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.543700
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.370 for 504 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.037 +/- 0.05
Bfactors> = 92.818 +/- 6.60
Bfactors> Shiftng-fct= 92.781
Bfactors> Scaling-fct= 121.919
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090749155238 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090749155238.eigenfacs
240220090749155238.atom
240220090749155238.10.pdb
240220090749155238.11.pdb
240220090749155238.12.pdb
240220090749155238.13.pdb
240220090749155238.14.pdb
240220090749155238.15.pdb
240220090749155238.16.pdb
240220090749155238.7.pdb
240220090749155238.8.pdb
240220090749155238.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m19.163s
user 0m19.093s
sys 0m0.040s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090749155238.Chkmod.res: No such file or directory
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