Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* 1QNX_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 *

LOGs for ID: 240220091312161517

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 240220091312161517.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 240220091312161517.atom to be opened.

 Openam> File opened: 240220091312161517.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    209
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =    209
            Number of atoms found    =   1675
            Mean number per residue  =      8.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    -1.579958 +/-    10.465346 From:   -25.500000 To:    24.078000
 =    -0.918019 +/-     9.697039 From:   -27.812000 To:    21.672000
 =    -2.039567 +/-     9.597986 From:   -22.828000 To:    20.156000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   5.0226 % Filled.
 Pdbmat>       634244  non-zero elements.
 Pdbmat>        69411 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     82.88 +/-     25.18
         Maximum number =    135
         Minimum number =      7

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.388220E+06
 Pdbmat> Larger element =  479.811    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
209 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 240220091312161517.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          2
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 240220091312161517.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 240220091312161517.atom                                                                                                         

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1675 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     2 residue(s) per block.
 Blocpdb>   209 residues.
 Blocpdb>    14 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    14 atoms in block      2
 Block first atom:     15
 Blocpdb>    19 atoms in block      3
 Block first atom:     29
 Blocpdb>    20 atoms in block      4
 Block first atom:     48
 Blocpdb>    15 atoms in block      5
 Block first atom:     68
 Blocpdb>    17 atoms in block      6
 Block first atom:     83
 Blocpdb>    14 atoms in block      7
 Block first atom:    100
 Blocpdb>    13 atoms in block      8
 Block first atom:    114
 Blocpdb>    11 atoms in block      9
 Block first atom:    127
 Blocpdb>    17 atoms in block     10
 Block first atom:    138
 Blocpdb>    11 atoms in block     11
 Block first atom:    155
 Blocpdb>    21 atoms in block     12
 Block first atom:    166
 Blocpdb>    10 atoms in block     13
 Block first atom:    187
 Blocpdb>    17 atoms in block     14
 Block first atom:    197
 Blocpdb>    15 atoms in block     15
 Block first atom:    214
 Blocpdb>    10 atoms in block     16
 Block first atom:    229
 Blocpdb>    17 atoms in block     17
 Block first atom:    239
 Blocpdb>    14 atoms in block     18
 Block first atom:    256
 Blocpdb>    13 atoms in block     19
 Block first atom:    270
 Blocpdb>    16 atoms in block     20
 Block first atom:    283
 Blocpdb>    15 atoms in block     21
 Block first atom:    299
 Blocpdb>    18 atoms in block     22
 Block first atom:    314
 Blocpdb>    18 atoms in block     23
 Block first atom:    332
 Blocpdb>    17 atoms in block     24
 Block first atom:    350
 Blocpdb>    16 atoms in block     25
 Block first atom:    367
 Blocpdb>    18 atoms in block     26
 Block first atom:    383
 Blocpdb>    18 atoms in block     27
 Block first atom:    401
 Blocpdb>    19 atoms in block     28
 Block first atom:    419
 Blocpdb>    20 atoms in block     29
 Block first atom:    438
 Blocpdb>    17 atoms in block     30
 Block first atom:    458
 Blocpdb>    16 atoms in block     31
 Block first atom:    475
 Blocpdb>    12 atoms in block     32
 Block first atom:    491
 Blocpdb>    16 atoms in block     33
 Block first atom:    503
 Blocpdb>    15 atoms in block     34
 Block first atom:    519
 Blocpdb>    15 atoms in block     35
 Block first atom:    534
 Blocpdb>    11 atoms in block     36
 Block first atom:    549
 Blocpdb>    16 atoms in block     37
 Block first atom:    560
 Blocpdb>    12 atoms in block     38
 Block first atom:    576
 Blocpdb>    17 atoms in block     39
 Block first atom:    588
 Blocpdb>    17 atoms in block     40
 Block first atom:    605
 Blocpdb>    16 atoms in block     41
 Block first atom:    622
 Blocpdb>    21 atoms in block     42
 Block first atom:    638
 Blocpdb>    16 atoms in block     43
 Block first atom:    659
 Blocpdb>    17 atoms in block     44
 Block first atom:    675
 Blocpdb>    17 atoms in block     45
 Block first atom:    692
 Blocpdb>    12 atoms in block     46
 Block first atom:    709
 Blocpdb>    16 atoms in block     47
 Block first atom:    721
 Blocpdb>    19 atoms in block     48
 Block first atom:    737
 Blocpdb>    17 atoms in block     49
 Block first atom:    756
 Blocpdb>    15 atoms in block     50
 Block first atom:    773
 Blocpdb>    16 atoms in block     51
 Block first atom:    788
 Blocpdb>    18 atoms in block     52
 Block first atom:    804
 Blocpdb>    13 atoms in block     53
 Block first atom:    822
 Blocpdb>    19 atoms in block     54
 Block first atom:    835
 Blocpdb>    12 atoms in block     55
 Block first atom:    854
 Blocpdb>    21 atoms in block     56
 Block first atom:    866
 Blocpdb>    16 atoms in block     57
 Block first atom:    887
 Blocpdb>    13 atoms in block     58
 Block first atom:    903
 Blocpdb>    15 atoms in block     59
 Block first atom:    916
 Blocpdb>    13 atoms in block     60
 Block first atom:    931
 Blocpdb>    11 atoms in block     61
 Block first atom:    944
 Blocpdb>    13 atoms in block     62
 Block first atom:    955
 Blocpdb>    10 atoms in block     63
 Block first atom:    968
 Blocpdb>    21 atoms in block     64
 Block first atom:    978
 Blocpdb>    16 atoms in block     65
 Block first atom:    999
 Blocpdb>    14 atoms in block     66
 Block first atom:   1015
 Blocpdb>    17 atoms in block     67
 Block first atom:   1029
 Blocpdb>    16 atoms in block     68
 Block first atom:   1046
 Blocpdb>    22 atoms in block     69
 Block first atom:   1062
 Blocpdb>    17 atoms in block     70
 Block first atom:   1084
 Blocpdb>    16 atoms in block     71
 Block first atom:   1101
 Blocpdb>    17 atoms in block     72
 Block first atom:   1117
 Blocpdb>    20 atoms in block     73
 Block first atom:   1134
 Blocpdb>    16 atoms in block     74
 Block first atom:   1154
 Blocpdb>    18 atoms in block     75
 Block first atom:   1170
 Blocpdb>    17 atoms in block     76
 Block first atom:   1188
 Blocpdb>    12 atoms in block     77
 Block first atom:   1205
 Blocpdb>    19 atoms in block     78
 Block first atom:   1217
 Blocpdb>    17 atoms in block     79
 Block first atom:   1236
 Blocpdb>    11 atoms in block     80
 Block first atom:   1253
 Blocpdb>    22 atoms in block     81
 Block first atom:   1264
 Blocpdb>    16 atoms in block     82
 Block first atom:   1286
 Blocpdb>    15 atoms in block     83
 Block first atom:   1302
 Blocpdb>    19 atoms in block     84
 Block first atom:   1317
 Blocpdb>    15 atoms in block     85
 Block first atom:   1336
 Blocpdb>    18 atoms in block     86
 Block first atom:   1351
 Blocpdb>    11 atoms in block     87
 Block first atom:   1369
 Blocpdb>    10 atoms in block     88
 Block first atom:   1380
 Blocpdb>    14 atoms in block     89
 Block first atom:   1390
 Blocpdb>    21 atoms in block     90
 Block first atom:   1404
 Blocpdb>    17 atoms in block     91
 Block first atom:   1425
 Blocpdb>    18 atoms in block     92
 Block first atom:   1442
 Blocpdb>    24 atoms in block     93
 Block first atom:   1460
 Blocpdb>    19 atoms in block     94
 Block first atom:   1484
 Blocpdb>    20 atoms in block     95
 Block first atom:   1503
 Blocpdb>    13 atoms in block     96
 Block first atom:   1523
 Blocpdb>    20 atoms in block     97
 Block first atom:   1536
 Blocpdb>    11 atoms in block     98
 Block first atom:   1556
 Blocpdb>    10 atoms in block     99
 Block first atom:   1567
 Blocpdb>    19 atoms in block    100
 Block first atom:   1577
 Blocpdb>    17 atoms in block    101
 Block first atom:   1596
 Blocpdb>    18 atoms in block    102
 Block first atom:   1613
 Blocpdb>    20 atoms in block    103
 Block first atom:   1631
 Blocpdb>    16 atoms in block    104
 Block first atom:   1651
 Blocpdb>     9 atoms in block    105
 Block first atom:   1666

 Blocpdb>   105 blocks.

 Blocpdb> At most,     24 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     9 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       634349 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       5025

 Prepmat> Matrix trace    =    1388220.0000
 Prepmat> Last element read:    5025   5025       190.6905
 Prepmat>         5566 lines saved.
 Prepmat>         4448 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1675
 RTB> Total mass =        1675.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1675
 RTB> Number of blocks =   105
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  146267.0036
 RTB>     38637 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      630
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    38637
 Diagstd> Projected matrix trace =  146267.0036

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    630 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 146267.0036
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      3.2295028      4.2520968      5.4819404      6.4044644
      8.5439396     10.7940459     12.4330426     13.7898533     15.5635869
     16.8713758     17.3662843     18.1851570     20.3635840     21.4899549
     21.7719660     21.9661147     23.0192951     24.4704099     25.0405788
     27.0352135     28.5665109     29.9842881     30.9248205     31.4052577
     32.6957880     35.5059128     35.8535257     36.8740720     38.0863451
     39.7831044     40.8669014     40.9231970     41.9733493     42.2902986
     43.4894731     44.1042412     45.6325562     46.8836608     47.6760896
     48.5739751     49.8137364     50.9739957     51.8877443     53.2583706
     54.3945309     54.7897871     55.4433488     57.4037937     58.8600998
     58.9728245     59.3331617     59.7962366     61.4140255     62.0889993
     62.7093508     63.6885337     64.6461239     65.5531982     67.1761227
     68.5161529     69.7747065     70.6524827     71.2855017     73.0396612
     74.2150866     74.6291459     74.9534576     75.6584505     77.2971946
     77.7473115     77.8631686     78.6628360     79.7179138     80.4577824
     81.4840987     82.8034642     83.1828716     85.0844164     85.8834556
     86.4684765     87.4064011     88.0273543     88.4776987     89.4144859
     89.9744715     91.4098299     92.1286871     92.4053445     93.1742155
     94.0851104     94.5565965     95.2820524     95.7034939     97.3240380
     97.6448904     98.3345932     99.9567719    100.6589324    101.3996118
    102.0175296

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034324      0.0034330      0.0034332      0.0034333      0.0034347
      0.0034357    195.1475532    223.9220444    254.2508619    274.8126306
    317.4127479    356.7692461    382.8987878    403.2506759    428.4006568
    446.0366343    452.5314148    463.0776361    490.0296835    503.3997928
    506.6920665    508.9462323    521.0042794    537.1751361    543.3972822
    564.6251019    580.3952906    594.6236133    603.8775351    608.5502724
    620.9279151    647.0615912    650.2213340    659.4104573    670.1622021
    684.9275183    694.1944466    694.6724211    703.5291438    706.1803946
    716.1225564    721.1663557    733.5549953    743.5429117    749.8002725
    756.8278469    766.4253119    775.2997060    782.2177665    792.4816557
    800.8900498    803.7946048    808.5744372    822.7456179    833.1165798
    833.9139607    836.4577819    839.7155701    850.9990253    855.6627195
    859.9266980    866.6144086    873.1051007    879.2091974    890.0261093
    898.8594013    907.0772806    912.7650319    916.8449249    928.0570094
    935.4948038    938.1008210    940.1369370    944.5479319    954.7224747
    957.4982088    958.2113634    963.1192873    969.5567686    974.0456463
    980.2384041    988.1423971    990.4036555   1001.6599107   1006.3522811
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   1073.0502037   1076.8332151   1085.6788847   1089.4854640   1093.4865021
   1096.8132332

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1675
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    105

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9907E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9945E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9956E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9960E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0010E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.230    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.252    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.482    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.404    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.544    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.56    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.87    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.37    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.77    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.97    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.02    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.41    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.09    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.78    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.88    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.68    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.57    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.81    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.26    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   85.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   86.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   87.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   89.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   95.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   97.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   97.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   98.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   100.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.0    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    630 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000 1.00004
 0.99999

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    30150 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
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 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999 1.00004
 1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
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 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 0.99998
 1.00001 0.99997 1.00001 0.99999 0.99999
 1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 0.99998
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 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
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 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000 1.00004
 0.99999

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3: 0.000-0.000
 Vector   4: 0.000 0.000-0.000
 Vector   5: 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector  10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 240220091312161517.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 240220091312161517.eigenfacs                                    
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 240220091312161517.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 240220091312161517.atom                                         
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    209
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =    209
            Number of atoms found    =   1675
            Mean number per residue  =      8.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9907E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9945E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9956E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9960E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0010E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.230    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.252    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.482    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.404    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.544    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   89.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   89.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   93.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   95.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   95.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   97.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   97.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   98.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   100.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   101.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.0    

 Bfactors>  106 vectors,   5025 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     3.230000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=     -0.589 for    209 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.024 +/-   0.02
 Bfactors> =     95.026 +/-   8.40
 Bfactors> Shiftng-fct=     95.002
 Bfactors> Scaling-fct=    393.628

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 12
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091312161517 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 16
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=20
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091312161517.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091312161517.eigenfacs
240220091312161517.atom
240220091312161517.10.pdb
240220091312161517.11.pdb
240220091312161517.12.pdb
240220091312161517.13.pdb
240220091312161517.14.pdb
240220091312161517.15.pdb
240220091312161517.16.pdb
240220091312161517.7.pdb
240220091312161517.8.pdb
240220091312161517.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m5.160s
user	0m5.124s
sys	0m0.036s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220091312161517.Chkmod.res: No such file or directory
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
Should you encounter any unexpected behaviour, please let us know.

*** 1QNX_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 ***

LOGs for ID: 240220091312161517

output from eigenvector calculation:

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* 1QNX_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 *
