*** 6DNP_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220091727167243.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220091727167243.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220091727167243.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 712
First residue number = 1
Last residue number = 712
Number of atoms found = 5449
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.994792 +/- 17.355025 From: -40.656000 To: 42.719000
= -1.688823 +/- 12.225708 From: -33.094000 To: 30.172000
= -0.305180 +/- 15.503748 From: -37.812000 To: 40.812000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.6025 % Filled.
Pdbmat> 2141328 non-zero elements.
Pdbmat> 234621 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 86.12 +/- 22.86
Maximum number = 136
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 4.692420E+06
Pdbmat> Larger element = 508.894
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
712 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220091727167243.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220091727167243.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220091727167243.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5449 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 712 residues.
Blocpdb> 33 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 25 atoms in block 2
Block first atom: 34
Blocpdb> 32 atoms in block 3
Block first atom: 59
Blocpdb> 38 atoms in block 4
Block first atom: 91
Blocpdb> 34 atoms in block 5
Block first atom: 129
Blocpdb> 30 atoms in block 6
Block first atom: 163
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 193
Blocpdb> 31 atoms in block 8
Block first atom: 219
Blocpdb> 36 atoms in block 9
Block first atom: 250
Blocpdb> 28 atoms in block 10
Block first atom: 286
Blocpdb> 27 atoms in block 11
Block first atom: 314
Blocpdb> 31 atoms in block 12
Block first atom: 341
Blocpdb> 30 atoms in block 13
Block first atom: 372
Blocpdb> 32 atoms in block 14
Block first atom: 402
Blocpdb> 34 atoms in block 15
Block first atom: 434
Blocpdb> 30 atoms in block 16
Block first atom: 468
Blocpdb> 44 atoms in block 17
Block first atom: 498
Blocpdb> 37 atoms in block 18
Block first atom: 542
Blocpdb> 32 atoms in block 19
Block first atom: 579
Blocpdb> 33 atoms in block 20
Block first atom: 611
Blocpdb> 39 atoms in block 21
Block first atom: 644
Blocpdb> 28 atoms in block 22
Block first atom: 683
Blocpdb> 35 atoms in block 23
Block first atom: 711
Blocpdb> 32 atoms in block 24
Block first atom: 746
Blocpdb> 33 atoms in block 25
Block first atom: 778
Blocpdb> 24 atoms in block 26
Block first atom: 811
Blocpdb> 30 atoms in block 27
Block first atom: 835
Blocpdb> 26 atoms in block 28
Block first atom: 865
Blocpdb> 28 atoms in block 29
Block first atom: 891
Blocpdb> 28 atoms in block 30
Block first atom: 919
Blocpdb> 32 atoms in block 31
Block first atom: 947
Blocpdb> 32 atoms in block 32
Block first atom: 979
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 1011
Blocpdb> 35 atoms in block 34
Block first atom: 1034
Blocpdb> 33 atoms in block 35
Block first atom: 1069
Blocpdb> 31 atoms in block 36
Block first atom: 1102
Blocpdb> 30 atoms in block 37
Block first atom: 1133
Blocpdb> 28 atoms in block 38
Block first atom: 1163
Blocpdb> 27 atoms in block 39
Block first atom: 1191
Blocpdb> 34 atoms in block 40
Block first atom: 1218
Blocpdb> 31 atoms in block 41
Block first atom: 1252
Blocpdb> 32 atoms in block 42
Block first atom: 1283
Blocpdb> 33 atoms in block 43
Block first atom: 1315
Blocpdb> 36 atoms in block 44
Block first atom: 1348
Blocpdb> 28 atoms in block 45
Block first atom: 1384
Blocpdb> 24 atoms in block 46
Block first atom: 1412
Blocpdb> 29 atoms in block 47
Block first atom: 1436
Blocpdb> 27 atoms in block 48
Block first atom: 1465
Blocpdb> 31 atoms in block 49
Block first atom: 1492
Blocpdb> 28 atoms in block 50
Block first atom: 1523
Blocpdb> 27 atoms in block 51
Block first atom: 1551
Blocpdb> 30 atoms in block 52
Block first atom: 1578
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1608
Blocpdb> 31 atoms in block 54
Block first atom: 1633
Blocpdb> 28 atoms in block 55
Block first atom: 1664
Blocpdb> 23 atoms in block 56
Block first atom: 1692
Blocpdb> 26 atoms in block 57
Block first atom: 1715
Blocpdb> 31 atoms in block 58
Block first atom: 1741
Blocpdb> 30 atoms in block 59
Block first atom: 1772
Blocpdb> 35 atoms in block 60
Block first atom: 1802
Blocpdb> 31 atoms in block 61
Block first atom: 1837
Blocpdb> 31 atoms in block 62
Block first atom: 1868
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 1899
Blocpdb> 27 atoms in block 64
Block first atom: 1925
Blocpdb> 32 atoms in block 65
Block first atom: 1952
Blocpdb> 28 atoms in block 66
Block first atom: 1984
Blocpdb> 30 atoms in block 67
Block first atom: 2012
Blocpdb> 36 atoms in block 68
Block first atom: 2042
Blocpdb> 26 atoms in block 69
Block first atom: 2078
Blocpdb> 25 atoms in block 70
Block first atom: 2104
Blocpdb> 29 atoms in block 71
Block first atom: 2129
Blocpdb> 35 atoms in block 72
Block first atom: 2158
Blocpdb> 34 atoms in block 73
Block first atom: 2193
Blocpdb> 29 atoms in block 74
Block first atom: 2227
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 2256
Blocpdb> 34 atoms in block 76
Block first atom: 2282
Blocpdb> 38 atoms in block 77
Block first atom: 2316
Blocpdb> 31 atoms in block 78
Block first atom: 2354
Blocpdb> 21 atoms in block 79
Block first atom: 2385
Blocpdb> 33 atoms in block 80
Block first atom: 2406
Blocpdb> 29 atoms in block 81
Block first atom: 2439
Blocpdb> 37 atoms in block 82
Block first atom: 2468
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 2505
Blocpdb> 31 atoms in block 84
Block first atom: 2534
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2565
Blocpdb> 27 atoms in block 86
Block first atom: 2593
Blocpdb> 33 atoms in block 87
Block first atom: 2620
Blocpdb> 29 atoms in block 88
Block first atom: 2653
Blocpdb> 32 atoms in block 89
Block first atom: 2682
Blocpdb> 27 atoms in block 90
Block first atom: 2714
Blocpdb> 27 atoms in block 91
Block first atom: 2741
Blocpdb> 28 atoms in block 92
Block first atom: 2768
Blocpdb> 31 atoms in block 93
Block first atom: 2796
Blocpdb> 28 atoms in block 94
Block first atom: 2827
Blocpdb> 34 atoms in block 95
Block first atom: 2855
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 2889
Blocpdb> 29 atoms in block 97
Block first atom: 2921
Blocpdb> 26 atoms in block 98
Block first atom: 2950
Blocpdb> 33 atoms in block 99
Block first atom: 2976
Blocpdb> 36 atoms in block 100
Block first atom: 3009
Blocpdb> 31 atoms in block 101
Block first atom: 3045
Blocpdb> 27 atoms in block 102
Block first atom: 3076
Blocpdb> 32 atoms in block 103
Block first atom: 3103
Blocpdb> 29 atoms in block 104
Block first atom: 3135
Blocpdb> 34 atoms in block 105
Block first atom: 3164
Blocpdb> 36 atoms in block 106
Block first atom: 3198
Blocpdb> 32 atoms in block 107
Block first atom: 3234
Blocpdb> 28 atoms in block 108
Block first atom: 3266
Blocpdb> 23 atoms in block 109
Block first atom: 3294
Blocpdb> 36 atoms in block 110
Block first atom: 3317
Blocpdb> 27 atoms in block 111
Block first atom: 3353
Blocpdb> 38 atoms in block 112
Block first atom: 3380
Blocpdb> 28 atoms in block 113
Block first atom: 3418
Blocpdb> 31 atoms in block 114
Block first atom: 3446
Blocpdb> 26 atoms in block 115
Block first atom: 3477
Blocpdb> 33 atoms in block 116
Block first atom: 3503
Blocpdb> 28 atoms in block 117
Block first atom: 3536
Blocpdb> 31 atoms in block 118
Block first atom: 3564
Blocpdb> 35 atoms in block 119
Block first atom: 3595
Blocpdb> 39 atoms in block 120
Block first atom: 3630
Blocpdb> 28 atoms in block 121
Block first atom: 3669
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 3697
Blocpdb> 25 atoms in block 123
Block first atom: 3719
Blocpdb> 32 atoms in block 124
Block first atom: 3744
Blocpdb> 25 atoms in block 125
Block first atom: 3776
Blocpdb> 36 atoms in block 126
Block first atom: 3801
Blocpdb> 30 atoms in block 127
Block first atom: 3837
Blocpdb> 32 atoms in block 128
Block first atom: 3867
Blocpdb> 29 atoms in block 129
Block first atom: 3899
Blocpdb> 32 atoms in block 130
Block first atom: 3928
Blocpdb> 22 atoms in block 131
Block first atom: 3960
Blocpdb> 33 atoms in block 132
Block first atom: 3982
Blocpdb> 25 atoms in block 133
Block first atom: 4015
Blocpdb> 30 atoms in block 134
Block first atom: 4040
Blocpdb> 35 atoms in block 135
Block first atom: 4070
Blocpdb> 34 atoms in block 136
Block first atom: 4105
Blocpdb> 24 atoms in block 137
Block first atom: 4139
Blocpdb> 30 atoms in block 138
Block first atom: 4163
Blocpdb> 29 atoms in block 139
Block first atom: 4193
Blocpdb> 31 atoms in block 140
Block first atom: 4222
Blocpdb> 34 atoms in block 141
Block first atom: 4253
Blocpdb> 30 atoms in block 142
Block first atom: 4287
Blocpdb> 31 atoms in block 143
Block first atom: 4317
Blocpdb> 31 atoms in block 144
Block first atom: 4348
Blocpdb> 36 atoms in block 145
Block first atom: 4379
Blocpdb> 33 atoms in block 146
Block first atom: 4415
Blocpdb> 31 atoms in block 147
Block first atom: 4448
Blocpdb> 26 atoms in block 148
Block first atom: 4479
Blocpdb> 37 atoms in block 149
Block first atom: 4505
Blocpdb> 38 atoms in block 150
Block first atom: 4542
Blocpdb> 21 atoms in block 151
Block first atom: 4580
Blocpdb> 29 atoms in block 152
Block first atom: 4601
Blocpdb> 34 atoms in block 153
Block first atom: 4630
Blocpdb> 28 atoms in block 154
Block first atom: 4664
Blocpdb> 33 atoms in block 155
Block first atom: 4692
Blocpdb> 34 atoms in block 156
Block first atom: 4725
Blocpdb> 29 atoms in block 157
Block first atom: 4759
Blocpdb> 35 atoms in block 158
Block first atom: 4788
Blocpdb> 33 atoms in block 159
Block first atom: 4823
Blocpdb> 28 atoms in block 160
Block first atom: 4856
Blocpdb> 31 atoms in block 161
Block first atom: 4884
Blocpdb> 28 atoms in block 162
Block first atom: 4915
Blocpdb> 31 atoms in block 163
Block first atom: 4943
Blocpdb> 34 atoms in block 164
Block first atom: 4974
Blocpdb> 26 atoms in block 165
Block first atom: 5008
Blocpdb> 32 atoms in block 166
Block first atom: 5034
Blocpdb> 31 atoms in block 167
Block first atom: 5066
Blocpdb> 34 atoms in block 168
Block first atom: 5097
Blocpdb> 27 atoms in block 169
Block first atom: 5131
Blocpdb> 29 atoms in block 170
Block first atom: 5158
Blocpdb> 34 atoms in block 171
Block first atom: 5187
Blocpdb> 23 atoms in block 172
Block first atom: 5221
Blocpdb> 33 atoms in block 173
Block first atom: 5244
Blocpdb> 32 atoms in block 174
Block first atom: 5277
Blocpdb> 33 atoms in block 175
Block first atom: 5309
Blocpdb> 44 atoms in block 176
Block first atom: 5342
Blocpdb> 34 atoms in block 177
Block first atom: 5386
Blocpdb> 30 atoms in block 178
Block first atom: 5419
Blocpdb> 178 blocks.
Blocpdb> At most, 44 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 21 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2141506 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 16347
Prepmat> Matrix trace = 4692420.0000
Prepmat> Last element read: 16347 16347 99.8990
Prepmat> 15932 lines saved.
Prepmat> 14096 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5449
RTB> Total mass = 5449.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5449
RTB> Number of blocks = 178
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 231655.6701
RTB> 63390 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1068
Diagstd> Nb of non-zero elements: 63390
Diagstd> Projected matrix trace = 231655.6701
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1068 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 231655.6701
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.2968293 1.3558304 1.7497570 3.6935959
4.0936025 4.7061561 5.1119961 5.6647898 6.9768347
7.5218126 7.6202189 9.0499449 9.2123072 10.0800820
10.4465887 10.8065512 11.5998179 12.8596546 13.0441981
13.9397262 14.8710802 15.5146422 16.0589350 16.7126367
17.1148700 17.5478245 18.3257055 19.2390972 19.6284286
20.5028732 20.5961091 21.2518964 21.5972877 22.4997428
22.9178632 23.6349325 24.5453676 24.7049377 25.4483402
26.4543524 27.4756189 27.7185289 28.2847554 28.7882136
29.1990343 30.1685990 30.7158764 31.0920403 31.1821139
31.8478385 32.0308213 33.4009371 33.7372852 34.2632353
34.2864618 35.6166626 35.8321668 36.7870743 36.8656228
37.7198148 37.9505976 38.5843187 38.9231193 39.4052487
39.9272475 40.0298783 40.1892429 40.9362334 41.6634304
42.0981207 42.3619672 42.8155097 43.4139280 43.9177657
44.7108015 45.0520291 45.3868941 46.2688156 46.3764950
46.7287436 47.9051477 48.1153127 49.0239051 49.2122583
49.3353637 49.5932907 49.8594222 50.6010659 50.9578452
51.8400953 52.6535364 52.7556486 53.1638204 53.5476262
54.0650300 55.2168622 55.5930025 55.8411740 56.3220763
56.6415611
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034313 0.0034325 0.0034331 0.0034337 0.0034350
0.0034354 123.6621221 126.4439239 143.6428956 208.6988079
219.7091366 235.5745893 245.5220706 258.4563338 286.8299508
297.8218344 299.7636738 326.6767664 329.5941431 344.7682878
350.9801282 356.9758519 369.8459486 389.4125393 392.1967337
405.4360876 418.7612995 427.7265038 435.1646917 443.9333444
449.2437904 454.8905573 464.8636972 476.3077240 481.1029801
491.7027562 492.8194866 500.6037813 504.6553565 515.0911137
519.8551396 527.9252856 537.9972435 539.7431774 547.8037630
558.5265822 569.2054142 571.7160297 577.5259375 582.6431413
586.7857038 596.4483634 601.8340238 605.5080083 606.3844518
612.8232892 614.5812656 627.5879638 630.7399607 635.6374324
635.8528402 648.0699604 650.0276279 658.6321177 659.3349052
666.9296974 668.9668382 674.5291121 677.4840872 681.6670736
686.1672189 687.0485308 688.4147911 694.7830586 700.9270054
704.5740356 706.7785168 710.5519566 715.5003015 719.6401723
726.1084783 728.8739998 731.5777906 738.6513081 739.5103247
742.3134544 751.5993087 753.2461774 760.3249315 761.7841418
762.7363553 764.7275623 766.7766881 772.4584224 775.1768737
781.8585254 787.9688569 788.7325497 791.7778922 794.6307955
798.4606252 806.9212302 809.6649612 811.4701528 814.9568386
817.2649761
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5449
Rtb_to_modes> Number of blocs = 178
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9843E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.60
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.50
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.79
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.71
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.64
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1068 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
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1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
0.99997 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999
0.99998 0.99997 0.99998 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998
1.00001 1.00000 1.00001 1.00004 1.00000
0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 1.00000
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0.99998 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 98082 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
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0.99998 0.99997 0.99998 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998
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0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 1.00000
1.00005 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220091727167243.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220091727167243.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220091727167243.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220091727167243.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 712
First residue number = 1
Last residue number = 712
Number of atoms found = 5449
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9843E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9915E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9951E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.297
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.356
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.750
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.694
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.094
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.706
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.112
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.665
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.977
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.620
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.050
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.81
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.04
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.87
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.64
Bfactors> 106 vectors, 16347 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.297000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.434 for 712 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.019 +/- 0.02
Bfactors> = 96.230 +/- 4.45
Bfactors> Shiftng-fct= 96.211
Bfactors> Scaling-fct= 211.331
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091727167243 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091727167243.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091727167243.eigenfacs
240220091727167243.atom
240220091727167243.10.pdb
240220091727167243.11.pdb
240220091727167243.12.pdb
240220091727167243.13.pdb
240220091727167243.14.pdb
240220091727167243.15.pdb
240220091727167243.16.pdb
240220091727167243.7.pdb
240220091727167243.8.pdb
240220091727167243.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m26.568s
user 0m26.455s
sys 0m0.092s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220091727167243.Chkmod.res: No such file or directory
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