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***  4JBU_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000  ***

LOGs for ID: 240220091929168908

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 240220091929168908.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 240220091929168908.atom to be opened. Openam> File opened: 240220091929168908.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 276 First residue number = 1 Last residue number = 276 Number of atoms found = 2211 Mean number per residue = 8.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = 0.184155 +/- 14.479094 From: -35.781000 To: 30.781000 = -1.157348 +/- 9.577234 From: -24.453000 To: 24.875000 = -5.350697 +/- 14.807510 From: -34.281000 To: 29.375000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 3.4958 % Filled. Pdbmat> 769125 non-zero elements. Pdbmat> 84086 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 76.06 +/- 21.68 Maximum number = 127 Minimum number = 14 Pdbmat> Matrix trace = 1.681720E+06 Pdbmat> Larger element = 519.545 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 276 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 240220091929168908.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 240220091929168908.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 240220091929168908.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2211 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 276 residues. Blocpdb> 14 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 12 atoms in block 2 Block first atom: 15 Blocpdb> 12 atoms in block 3 Block first atom: 27 Blocpdb> 15 atoms in block 4 Block first atom: 39 Blocpdb> 18 atoms in block 5 Block first atom: 54 Blocpdb> 15 atoms in block 6 Block first atom: 72 Blocpdb> 17 atoms in block 7 Block first atom: 87 Blocpdb> 16 atoms in block 8 Block first atom: 104 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 120 Blocpdb> 16 atoms in block 10 Block first atom: 137 Blocpdb> 16 atoms in block 11 Block first atom: 153 Blocpdb> 14 atoms in block 12 Block first atom: 169 Blocpdb> 21 atoms in block 13 Block first atom: 183 Blocpdb> 15 atoms in block 14 Block first atom: 204 Blocpdb> 20 atoms in block 15 Block first atom: 219 Blocpdb> 14 atoms in block 16 Block first atom: 239 Blocpdb> 16 atoms in block 17 Block first atom: 253 Blocpdb> 16 atoms in block 18 Block first atom: 269 Blocpdb> 19 atoms in block 19 Block first atom: 285 Blocpdb> 15 atoms in block 20 Block first atom: 304 Blocpdb> 15 atoms in block 21 Block first atom: 319 Blocpdb> 16 atoms in block 22 Block first atom: 334 Blocpdb> 17 atoms in block 23 Block first atom: 350 Blocpdb> 17 atoms in block 24 Block first atom: 367 Blocpdb> 17 atoms in block 25 Block first atom: 384 Blocpdb> 13 atoms in block 26 Block first atom: 401 Blocpdb> 23 atoms in block 27 Block first atom: 414 Blocpdb> 15 atoms in block 28 Block first atom: 437 Blocpdb> 17 atoms in block 29 Block first atom: 452 Blocpdb> 13 atoms in block 30 Block first atom: 469 Blocpdb> 17 atoms in block 31 Block first atom: 482 Blocpdb> 8 atoms in block 32 Block first atom: 499 Blocpdb> 22 atoms in block 33 Block first atom: 507 Blocpdb> 16 atoms in block 34 Block first atom: 529 Blocpdb> 17 atoms in block 35 Block first atom: 545 Blocpdb> 17 atoms in block 36 Block first atom: 562 Blocpdb> 12 atoms in block 37 Block first atom: 579 Blocpdb> 20 atoms in block 38 Block first atom: 591 Blocpdb> 16 atoms in block 39 Block first atom: 611 Blocpdb> 20 atoms in block 40 Block first atom: 627 Blocpdb> 17 atoms in block 41 Block first atom: 647 Blocpdb> 12 atoms in block 42 Block first atom: 664 Blocpdb> 15 atoms in block 43 Block first atom: 676 Blocpdb> 16 atoms in block 44 Block first atom: 691 Blocpdb> 23 atoms in block 45 Block first atom: 707 Blocpdb> 19 atoms in block 46 Block first atom: 730 Blocpdb> 16 atoms in block 47 Block first atom: 749 Blocpdb> 13 atoms in block 48 Block first atom: 765 Blocpdb> 15 atoms in block 49 Block first atom: 778 Blocpdb> 21 atoms in block 50 Block first atom: 793 Blocpdb> 14 atoms in block 51 Block first atom: 814 Blocpdb> 12 atoms in block 52 Block first atom: 828 Blocpdb> 19 atoms in block 53 Block first atom: 840 Blocpdb> 16 atoms in block 54 Block first atom: 859 Blocpdb> 16 atoms in block 55 Block first atom: 875 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 891 Blocpdb> 16 atoms in block 57 Block first atom: 907 Blocpdb> 15 atoms in block 58 Block first atom: 923 Blocpdb> 14 atoms in block 59 Block first atom: 938 Blocpdb> 16 atoms in block 60 Block first atom: 952 Blocpdb> 20 atoms in block 61 Block first atom: 968 Blocpdb> 12 atoms in block 62 Block first atom: 988 Blocpdb> 16 atoms in block 63 Block first atom: 1000 Blocpdb> 15 atoms in block 64 Block first atom: 1016 Blocpdb> 19 atoms in block 65 Block first atom: 1031 Blocpdb> 18 atoms in block 66 Block first atom: 1050 Blocpdb> 13 atoms in block 67 Block first atom: 1068 Blocpdb> 17 atoms in block 68 Block first atom: 1081 Blocpdb> 12 atoms in block 69 Block first atom: 1098 Blocpdb> 17 atoms in block 70 Block first atom: 1110 Blocpdb> 17 atoms in block 71 Block first atom: 1127 Blocpdb> 18 atoms in block 72 Block first atom: 1144 Blocpdb> 15 atoms in block 73 Block first atom: 1162 Blocpdb> 14 atoms in block 74 Block first atom: 1177 Blocpdb> 17 atoms in block 75 Block first atom: 1191 Blocpdb> 17 atoms in block 76 Block first atom: 1208 Blocpdb> 18 atoms in block 77 Block first atom: 1225 Blocpdb> 12 atoms in block 78 Block first atom: 1243 Blocpdb> 10 atoms in block 79 Block first atom: 1255 Blocpdb> 15 atoms in block 80 Block first atom: 1265 Blocpdb> 16 atoms in block 81 Block first atom: 1280 Blocpdb> 18 atoms in block 82 Block first atom: 1296 Blocpdb> 15 atoms in block 83 Block first atom: 1314 Blocpdb> 16 atoms in block 84 Block first atom: 1329 Blocpdb> 16 atoms in block 85 Block first atom: 1345 Blocpdb> 17 atoms in block 86 Block first atom: 1361 Blocpdb> 16 atoms in block 87 Block first atom: 1378 Blocpdb> 16 atoms in block 88 Block first atom: 1394 Blocpdb> 19 atoms in block 89 Block first atom: 1410 Blocpdb> 17 atoms in block 90 Block first atom: 1429 Blocpdb> 17 atoms in block 91 Block first atom: 1446 Blocpdb> 20 atoms in block 92 Block first atom: 1463 Blocpdb> 11 atoms in block 93 Block first atom: 1483 Blocpdb> 14 atoms in block 94 Block first atom: 1494 Blocpdb> 21 atoms in block 95 Block first atom: 1508 Blocpdb> 16 atoms in block 96 Block first atom: 1529 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 1545 Blocpdb> 15 atoms in block 98 Block first atom: 1563 Blocpdb> 16 atoms in block 99 Block first atom: 1578 Blocpdb> 15 atoms in block 100 Block first atom: 1594 Blocpdb> 16 atoms in block 101 Block first atom: 1609 Blocpdb> 12 atoms in block 102 Block first atom: 1625 Blocpdb> 15 atoms in block 103 Block first atom: 1637 Blocpdb> 18 atoms in block 104 Block first atom: 1652 Blocpdb> 15 atoms in block 105 Block first atom: 1670 Blocpdb> 14 atoms in block 106 Block first atom: 1685 Blocpdb> 17 atoms in block 107 Block first atom: 1699 Blocpdb> 19 atoms in block 108 Block first atom: 1716 Blocpdb> 10 atoms in block 109 Block first atom: 1735 Blocpdb> 17 atoms in block 110 Block first atom: 1745 Blocpdb> 20 atoms in block 111 Block first atom: 1762 Blocpdb> 11 atoms in block 112 Block first atom: 1782 Blocpdb> 13 atoms in block 113 Block first atom: 1793 Blocpdb> 12 atoms in block 114 Block first atom: 1806 Blocpdb> 17 atoms in block 115 Block first atom: 1818 Blocpdb> 14 atoms in block 116 Block first atom: 1835 Blocpdb> 18 atoms in block 117 Block first atom: 1849 Blocpdb> 20 atoms in block 118 Block first atom: 1867 Blocpdb> 16 atoms in block 119 Block first atom: 1887 Blocpdb> 16 atoms in block 120 Block first atom: 1903 Blocpdb> 13 atoms in block 121 Block first atom: 1919 Blocpdb> 18 atoms in block 122 Block first atom: 1932 Blocpdb> 14 atoms in block 123 Block first atom: 1950 Blocpdb> 17 atoms in block 124 Block first atom: 1964 Blocpdb> 14 atoms in block 125 Block first atom: 1981 Blocpdb> 15 atoms in block 126 Block first atom: 1995 Blocpdb> 17 atoms in block 127 Block first atom: 2010 Blocpdb> 19 atoms in block 128 Block first atom: 2027 Blocpdb> 11 atoms in block 129 Block first atom: 2046 Blocpdb> 17 atoms in block 130 Block first atom: 2057 Blocpdb> 13 atoms in block 131 Block first atom: 2074 Blocpdb> 19 atoms in block 132 Block first atom: 2087 Blocpdb> 19 atoms in block 133 Block first atom: 2106 Blocpdb> 18 atoms in block 134 Block first atom: 2125 Blocpdb> 20 atoms in block 135 Block first atom: 2143 Blocpdb> 13 atoms in block 136 Block first atom: 2163 Blocpdb> 17 atoms in block 137 Block first atom: 2176 Blocpdb> 19 atoms in block 138 Block first atom: 2192 Blocpdb> 138 blocks. Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 769263 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 6633 Prepmat> Matrix trace = 1681720.0000 Prepmat> Last element read: 6633 6633 352.0181 Prepmat> 9592 lines saved. Prepmat> 8222 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2211 RTB> Total mass = 2211.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2211 RTB> Number of blocks = 138 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 173653.1871 RTB> 47214 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 828 Diagstd> Nb of non-zero elements: 47214 Diagstd> Projected matrix trace = 173653.1871 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 828 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 173653.1871 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.5754405 0.6980568 0.9441470 2.5075892 3.0631510 3.8761753 4.1326589 4.4501600 5.3593183 6.1023432 6.6888847 7.3930407 7.5783418 8.2842745 9.3813464 10.4300870 10.9049810 12.0991002 12.5531246 14.6280723 15.9948490 16.7103437 17.0607709 17.3052967 18.1604423 18.8677641 19.7921125 20.1917069 21.3784471 22.2720027 22.6258810 23.2282864 24.5117840 25.1864834 25.9965563 26.3368826 27.1781666 27.4259813 27.7387928 28.5030366 29.2235042 29.8527908 30.3536241 31.3414348 31.6594668 33.2215899 33.9471987 34.1143373 35.4693178 35.6179355 36.8760353 37.7318480 37.8556422 38.9210310 39.7139915 40.0947774 40.9282284 41.2096048 41.6004245 41.8160264 42.4759518 43.1206593 43.3989320 43.7890538 44.2798940 44.7511335 45.5111236 46.5524932 47.2562388 47.5660282 48.2527663 48.7222061 49.2845095 49.8109136 50.1411772 50.9792591 51.5504610 51.7612507 52.9206327 54.1148660 54.1804400 54.3365468 55.1560956 56.3359239 56.7231170 57.1527856 58.0071557 58.5660691 58.7400770 59.7522456 59.9618803 60.4454883 61.1099712 61.8349855 62.7498073 63.1457871 63.5310486 64.7348744 65.7191697 66.2638898 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034329 0.0034331 0.0034338 0.0034340 0.0034346 0.0034356 82.3750115 90.7278599 105.5152174 171.9584325 190.0550809 213.7947248 220.7547530 229.0778477 251.3911907 268.2523870 280.8485177 295.2615051 298.9388604 312.5521724 332.6043057 350.7028099 358.5978953 377.7215969 384.7434195 415.3257226 434.2955236 443.9028893 448.5332113 451.7361068 462.7628537 471.6887293 483.1048029 487.9572749 502.0920657 512.4776336 516.5329485 523.3640240 537.6290665 544.9780959 553.6728035 557.2851413 566.1159076 568.6910163 571.9249710 579.7501178 587.0315272 593.3183068 598.2745875 607.9315986 611.0082558 625.9007714 632.6991503 634.2547814 646.7280506 648.0815412 659.4280110 667.0360688 668.1294105 677.4659131 684.3323171 687.6052491 694.7151237 697.0990730 700.3968136 702.2094359 707.7287525 713.0795411 715.3767175 718.5848567 722.6010135 726.4359030 732.5783154 740.9122120 746.4914824 748.9343061 754.3213301 757.9817560 762.3431451 766.4035966 768.9401591 775.3397321 779.6713163 781.2637271 789.9648982 798.8285421 799.3123883 800.4630651 806.4770960 815.0570174 817.8531379 820.9448476 827.0581883 831.0330922 832.2667339 839.4066316 840.8778287 844.2619672 848.8898086 853.9106144 860.2040411 862.9139121 865.5422896 873.7042237 880.3215113 883.9623004 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2211 Rtb_to_modes> Number of blocs = 138 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9948E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0010E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5754 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6981 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9441 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.508 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.063 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.876 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.133 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.450 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.359 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.102 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.689 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.393 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.578 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.284 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.381 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 0.99992 0.99997 1.00002 1.00003 0.99997 1.00000 0.99996 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00005 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 0.99998 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00002 0.99995 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4:-0.000 0.000 0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 240220091929168908.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 240220091929168908.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 240220091929168908.atom Openam> file on opening on unit 11: 240220091929168908.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 276 First residue number = 1 Last residue number = 276 Number of atoms found = 2211 Mean number per residue = 8.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9948E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5754 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6981 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9441 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.62 Rdmodfacs> Numero du 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Valeur propre du vecteur en lecture: 41.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.26 Bfactors> 106 vectors, 6633 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.575400 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.183 for 276 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.061 +/- 0.07 Bfactors> = 78.329 +/- 13.18 Bfactors> Shiftng-fct= 78.268 Bfactors> Scaling-fct= 183.889 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 7 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 8 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 9 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 10 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 11 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 12 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 12 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 12 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 13 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 13 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 13 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 14 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 15 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 15 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 15 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom getting mode 16 running: ../../bin/get_modes.sh 240220091929168908 16 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 16 calculating perturbed structure for DQ=-100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240220091929168908.eigenfacs 240220091929168908.atom 240220091929168908.10.pdb 240220091929168908.11.pdb 240220091929168908.12.pdb 240220091929168908.13.pdb 240220091929168908.14.pdb 240220091929168908.15.pdb 240220091929168908.16.pdb 240220091929168908.7.pdb 240220091929168908.8.pdb 240220091929168908.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m9.940s user 0m9.916s sys 0m0.024s ../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory cat: 240220091929168908.Chkmod.res: No such file or directory




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