*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240221131642297357.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240221131642297357.atom to be opened.
Openam> File opened: 240221131642297357.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 2157
Mean number per residue = 9.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 31.608456 +/- 14.513397 From: -5.480000 To: 59.180000
= 28.464242 +/- 9.197242 From: 7.940000 To: 54.490000
= 55.486847 +/- 13.416491 From: 16.900000 To: 84.170000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.0145 % Filled.
Pdbmat> 840637 non-zero elements.
Pdbmat> 92120 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 85.41 +/- 28.62
Maximum number = 150
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 1.842400E+06
Pdbmat> Larger element = 601.331
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
219 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240221131642297357.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240221131642297357.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240221131642297357.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2157 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 219 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 40
Blocpdb> 13 atoms in block 4
Block first atom: 59
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 72
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 91
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 108
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 134
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 148
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 169
Blocpdb> 16 atoms in block 11
Block first atom: 181
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 197
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 218
Blocpdb> 12 atoms in block 14
Block first atom: 244
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 256
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 286
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 303
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 322
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 340
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 351
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 366
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 377
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 389
Blocpdb> 19 atoms in block 24
Block first atom: 404
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 423
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 437
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 456
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 472
Blocpdb> 34 atoms in block 29
Block first atom: 506
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 540
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 554
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 573
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 588
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 611
Blocpdb> 27 atoms in block 35
Block first atom: 625
Blocpdb> 23 atoms in block 36
Block first atom: 652
Blocpdb> 18 atoms in block 37
Block first atom: 675
Blocpdb> 32 atoms in block 38
Block first atom: 693
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 725
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 746
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 763
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 785
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 805
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 822
Blocpdb> 28 atoms in block 45
Block first atom: 836
Blocpdb> 17 atoms in block 46
Block first atom: 864
Blocpdb> 17 atoms in block 47
Block first atom: 881
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 898
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 915
Blocpdb> 25 atoms in block 50
Block first atom: 933
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 958
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 979
Blocpdb> 18 atoms in block 53
Block first atom: 1001
Blocpdb> 16 atoms in block 54
Block first atom: 1019
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1035
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 1061
Blocpdb> 27 atoms in block 57
Block first atom: 1079
Blocpdb> 29 atoms in block 58
Block first atom: 1106
Blocpdb> 22 atoms in block 59
Block first atom: 1135
Blocpdb> 15 atoms in block 60
Block first atom: 1157
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 1172
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 1192
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 1207
Blocpdb> 34 atoms in block 64
Block first atom: 1233
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1267
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1289
Blocpdb> 18 atoms in block 67
Block first atom: 1310
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1328
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1344
Blocpdb> 18 atoms in block 70
Block first atom: 1369
Blocpdb> 31 atoms in block 71
Block first atom: 1387
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1418
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1436
Blocpdb> 19 atoms in block 74
Block first atom: 1451
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1470
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1486
Blocpdb> 13 atoms in block 77
Block first atom: 1503
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1516
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1538
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1553
Blocpdb> 16 atoms in block 81
Block first atom: 1569
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1585
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 1601
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 1627
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1645
Blocpdb> 30 atoms in block 86
Block first atom: 1663
Blocpdb> 14 atoms in block 87
Block first atom: 1693
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1707
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 1729
Blocpdb> 34 atoms in block 90
Block first atom: 1752
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1786
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1802
Blocpdb> 18 atoms in block 93
Block first atom: 1815
Blocpdb> 18 atoms in block 94
Block first atom: 1833
Blocpdb> 19 atoms in block 95
Block first atom: 1851
Blocpdb> 22 atoms in block 96
Block first atom: 1870
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 1892
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 1909
Blocpdb> 19 atoms in block 99
Block first atom: 1926
Blocpdb> 13 atoms in block 100
Block first atom: 1945
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 1958
Blocpdb> 13 atoms in block 102
Block first atom: 1984
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 1997
Blocpdb> 20 atoms in block 104
Block first atom: 2028
Blocpdb> 14 atoms in block 105
Block first atom: 2048
Blocpdb> 27 atoms in block 106
Block first atom: 2062
Blocpdb> 25 atoms in block 107
Block first atom: 2089
Blocpdb> 20 atoms in block 108
Block first atom: 2114
Blocpdb> 10 atoms in block 109
Block first atom: 2134
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 2143
Blocpdb> 110 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 840747 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6471
Prepmat> Matrix trace = 1842400.0000
Prepmat> Last element read: 6471 6471 204.6098
Prepmat> 6106 lines saved.
Prepmat> 5098 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2157
RTB> Total mass = 2157.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2157
RTB> Number of blocks = 110
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 154467.4324
RTB> 34602 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 660
Diagstd> Nb of non-zero elements: 34602
Diagstd> Projected matrix trace = 154467.4324
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 660 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 154467.4324
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2583451 0.3463885 0.5439628 0.7633062
1.2319718 1.5010648 2.7171547 3.1782923 4.1949634
4.7853315 5.7729806 6.1076760 6.3394250 7.7043108
9.4435694 10.6953189 11.0019763 11.5360384 13.3612236
13.7653719 14.3047983 15.5945413 16.0581841 18.0632854
18.7823907 18.8664541 19.4664641 20.6444933 22.8813120
23.7401509 24.2997239 25.3323795 26.2904893 26.7806163
26.9485620 27.3473148 28.4315349 30.8003181 31.2714889
32.7061255 34.2316843 35.7553767 36.6384753 37.4770972
38.5958674 38.8463471 40.3974436 41.2556772 42.0047745
42.8788893 44.2739715 44.7832140 45.6456382 47.3358104
47.7552465 48.7731881 48.9945757 50.8012020 51.6272729
51.7943123 52.9050677 53.7585930 54.8876452 56.0320564
56.2804844 56.7350239 57.7773889 59.0331912 59.6420556
60.1632680 61.0223299 61.4386381 62.4668043 63.1001037
63.8153228 65.1686401 65.8622809 67.7355022 68.2304880
69.0173829 70.3394475 71.3291615 71.9831445 72.6475313
74.0611908 74.6875235 75.4972162 76.5553979 78.0955466
78.6130430 79.1167766 80.4379119 81.2784803 81.7349282
82.5249832 83.9487230 85.2911871 85.5486481 86.1106443
86.4134334
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034321 0.0034324 0.0034337 0.0034347 0.0034351
0.0034352 55.1944517 63.9112049 80.0902939 94.8734479
120.5301392 133.0439088 178.9997656 193.5941351 222.4125914
237.5479550 260.9127659 268.3695739 273.4136640 301.4131375
333.7055026 355.1339156 360.1891558 368.8277812 396.9340870
402.8925674 410.7108256 428.8264679 435.1545181 461.5233220
470.6203636 471.6723541 479.1139506 493.3980110 519.4404213
529.0990942 535.2984054 546.5542468 556.7940869 561.9602071
563.7195265 567.8748374 579.0224907 602.6607128 607.2528471
621.0260672 635.3447046 649.3307339 657.3005213 664.7804711
674.6300516 676.8156202 690.1956564 697.4886425 703.7924589
711.0776755 722.5526881 726.6962339 733.6601363 747.1197012
750.4224632 758.3782211 760.0974594 773.9845196 780.2519680
781.5131962 789.8487177 796.1945985 804.5120992 812.8558974
814.6558748 817.9389720 825.4185708 834.3406642 838.6322932
842.2887296 848.2808700 851.1695341 858.2620798 862.6017137
867.4765934 876.6265292 881.2794915 893.7240765 896.9836339
902.1412137 910.7407239 917.1256496 921.3204000 925.5624154
934.5243581 938.4676574 943.5409410 950.1303463 959.6401608
962.8144155 965.8942323 973.9253596 979.0008473 981.7459604
986.4793590 994.9524534 1002.8762805 1004.3887874 1007.6824609
1009.4525530
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2157
Rtb_to_modes> Number of blocs = 110
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9892E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2583
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5440
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7633
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.232
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.501
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.717
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.178
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.195
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.785
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.773
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.108
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.339
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.704
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.444
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.41
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 660 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
1.00000 1.00002 0.99997 1.00002 0.99998
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0.99999 0.99997 0.99997 1.00000 1.00001
1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
1.00003 1.00001 1.00000 1.00003 1.00003
0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00003
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0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999
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1.00001 1.00005 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 0.99998 1.00001 1.00003 0.99996
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001
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1.00003 1.00002 1.00000 1.00002 0.99998
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 38826 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
0.99998 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
1.00000 1.00002 0.99997 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 1.00000
0.99999 0.99997 0.99997 1.00000 1.00001
1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
1.00003 1.00001 1.00000 1.00003 1.00003
0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00003
1.00000 1.00001 1.00003 1.00002 1.00005
0.99998 0.99996 0.99997 1.00003 1.00002
1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002
0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999
1.00002 1.00004 1.00000 1.00004 1.00000
1.00001 1.00005 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 0.99998 1.00001 1.00003 0.99996
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001
1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002
0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 0.99999
1.00003 1.00002 1.00000 1.00002 0.99998
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240221131642297357.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240221131642297357.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240221131642297357.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240221131642297357.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 2157
Mean number per residue = 9.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9892E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2583
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3464
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5440
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7633
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.232
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.501
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.717
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.178
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.195
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.785
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.773
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.108
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.339
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.704
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.444
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.28
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.29
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.41
Bfactors> 106 vectors, 6471 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.258300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.090 +/- 0.11
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.090
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240221131642297357 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
making animated gifs
11 models are in 240221131642297357.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240221131642297357 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
making animated gifs
11 models are in 240221131642297357.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240221131642297357 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240221131642297357.atom
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calculating perturbed structure for DQ=0
240221131642297357.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240221131642297357 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240221131642297357.eigenfacs
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240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
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240221131642297357.atom
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240221131642297357.eigenfacs
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240221131642297357.eigenfacs
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240221131642297357.atom
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240221131642297357.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
making animated gifs
11 models are in 240221131642297357.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240221131642297357 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
240221131642297357.eigenfacs
240221131642297357.atom
making animated gifs
11 models are in 240221131642297357.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 240221131642297357.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
240221131642297357.10.pdb
240221131642297357.11.pdb
240221131642297357.7.pdb
240221131642297357.8.pdb
240221131642297357.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.178s
user 0m6.073s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240221131642297357.Chkmod.res: No such file or directory
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