*** 1QNX ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240228055348916337.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240228055348916337.atom to be opened.
Openam> File opened: 240228055348916337.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 209
First residue number = -4
Last residue number = 204
Number of atoms found = 1676
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 13.418124 +/- 11.285284 From: -11.057000 To: 35.902000
= 31.546535 +/- 8.043065 From: 13.017000 To: 51.809000
= 25.145926 +/- 10.019069 From: 0.682000 To: 47.754000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.0267 % Filled.
Pdbmat> 635521 non-zero elements.
Pdbmat> 69505 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 82.94 +/- 25.50
Maximum number = 136
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 1.390100E+06
Pdbmat> Larger element = 521.729
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
209 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240228055348916337.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240228055348916337.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240228055348916337.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1676 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 209 residues.
Blocpdb> 14 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 14 atoms in block 2
Block first atom: 15
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 29
Blocpdb> 20 atoms in block 4
Block first atom: 48
Blocpdb> 15 atoms in block 5
Block first atom: 68
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 83
Blocpdb> 14 atoms in block 7
Block first atom: 100
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 114
Blocpdb> 11 atoms in block 9
Block first atom: 127
Blocpdb> 17 atoms in block 10
Block first atom: 138
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 155
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 166
Blocpdb> 10 atoms in block 13
Block first atom: 187
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 197
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 214
Blocpdb> 10 atoms in block 16
Block first atom: 229
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 239
Blocpdb> 14 atoms in block 18
Block first atom: 256
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 270
Blocpdb> 16 atoms in block 20
Block first atom: 283
Blocpdb> 15 atoms in block 21
Block first atom: 299
Blocpdb> 18 atoms in block 22
Block first atom: 314
Blocpdb> 18 atoms in block 23
Block first atom: 332
Blocpdb> 17 atoms in block 24
Block first atom: 350
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 367
Blocpdb> 18 atoms in block 26
Block first atom: 383
Blocpdb> 18 atoms in block 27
Block first atom: 401
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 419
Blocpdb> 20 atoms in block 29
Block first atom: 438
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 458
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 475
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 491
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 503
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 519
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 534
Blocpdb> 11 atoms in block 36
Block first atom: 549
Blocpdb> 16 atoms in block 37
Block first atom: 560
Blocpdb> 12 atoms in block 38
Block first atom: 576
Blocpdb> 17 atoms in block 39
Block first atom: 588
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 605
Blocpdb> 16 atoms in block 41
Block first atom: 622
Blocpdb> 21 atoms in block 42
Block first atom: 638
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 659
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 675
Blocpdb> 17 atoms in block 45
Block first atom: 692
Blocpdb> 12 atoms in block 46
Block first atom: 709
Blocpdb> 16 atoms in block 47
Block first atom: 721
Blocpdb> 19 atoms in block 48
Block first atom: 737
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 756
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 773
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 788
Blocpdb> 18 atoms in block 52
Block first atom: 804
Blocpdb> 13 atoms in block 53
Block first atom: 822
Blocpdb> 19 atoms in block 54
Block first atom: 835
Blocpdb> 12 atoms in block 55
Block first atom: 854
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 866
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 887
Blocpdb> 13 atoms in block 58
Block first atom: 903
Blocpdb> 15 atoms in block 59
Block first atom: 916
Blocpdb> 13 atoms in block 60
Block first atom: 931
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 944
Blocpdb> 13 atoms in block 62
Block first atom: 955
Blocpdb> 10 atoms in block 63
Block first atom: 968
Blocpdb> 21 atoms in block 64
Block first atom: 978
Blocpdb> 16 atoms in block 65
Block first atom: 999
Blocpdb> 14 atoms in block 66
Block first atom: 1015
Blocpdb> 17 atoms in block 67
Block first atom: 1029
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1046
Blocpdb> 22 atoms in block 69
Block first atom: 1062
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1084
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1101
Blocpdb> 17 atoms in block 72
Block first atom: 1117
Blocpdb> 20 atoms in block 73
Block first atom: 1134
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1154
Blocpdb> 18 atoms in block 75
Block first atom: 1170
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1188
Blocpdb> 12 atoms in block 77
Block first atom: 1205
Blocpdb> 19 atoms in block 78
Block first atom: 1217
Blocpdb> 17 atoms in block 79
Block first atom: 1236
Blocpdb> 11 atoms in block 80
Block first atom: 1253
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1264
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1286
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1302
Blocpdb> 19 atoms in block 84
Block first atom: 1317
Blocpdb> 15 atoms in block 85
Block first atom: 1336
Blocpdb> 18 atoms in block 86
Block first atom: 1351
Blocpdb> 11 atoms in block 87
Block first atom: 1369
Blocpdb> 10 atoms in block 88
Block first atom: 1380
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1390
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 1404
Blocpdb> 17 atoms in block 91
Block first atom: 1425
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 1442
Blocpdb> 24 atoms in block 93
Block first atom: 1460
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1484
Blocpdb> 20 atoms in block 95
Block first atom: 1503
Blocpdb> 13 atoms in block 96
Block first atom: 1523
Blocpdb> 20 atoms in block 97
Block first atom: 1536
Blocpdb> 11 atoms in block 98
Block first atom: 1556
Blocpdb> 10 atoms in block 99
Block first atom: 1567
Blocpdb> 19 atoms in block 100
Block first atom: 1577
Blocpdb> 17 atoms in block 101
Block first atom: 1596
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 1613
Blocpdb> 20 atoms in block 103
Block first atom: 1631
Blocpdb> 16 atoms in block 104
Block first atom: 1651
Blocpdb> 10 atoms in block 105
Block first atom: 1666
Blocpdb> 105 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 635626 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5028
Prepmat> Matrix trace = 1390100.0000
Prepmat> Last element read: 5028 5028 128.1367
Prepmat> 5566 lines saved.
Prepmat> 4441 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1676
RTB> Total mass = 1676.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1676
RTB> Number of blocks = 105
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 146694.3339
RTB> 38889 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 630
Diagstd> Nb of non-zero elements: 38889
Diagstd> Projected matrix trace = 146694.3339
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 630 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 146694.3339
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.1480498 4.3185165 5.7608686 5.8642255
10.1926269 10.6872530 12.4969000 13.6475131 14.9326733
16.0506317 17.2593089 18.2326801 18.8262602 20.5924359
21.9748347 22.6514301 22.9733788 24.0356839 25.3854471
26.9082075 28.0006021 29.1466436 29.7369807 31.1626279
32.1428152 34.5328748 35.8766907 36.9564537 37.2052112
37.6691616 38.2032671 38.9900848 40.2379645 40.9769818
42.7037463 43.9976932 45.7286796 46.3184685 47.9527908
48.1858064 49.4801856 50.6917779 51.1114669 51.4460165
53.1450295 54.4380604 56.1814542 56.8290078 57.0920688
57.8664921 58.5832534 59.4047112 60.1834536 61.0083858
62.1829479 63.2741456 64.1272643 65.1223968 66.1014692
67.2012830 67.5720414 68.9778505 69.4498539 70.3513755
70.8206364 72.2672601 73.8778865 74.9285330 76.8710469
77.5097095 78.4837892 79.1859720 80.3481318 81.5826592
82.4397985 83.6794912 83.9628402 84.9902592 85.5882656
86.7228248 88.0561041 88.8732741 89.1305313 89.7236480
89.9840699 91.2388958 91.8207401 92.0017044 93.6073127
93.8955136 94.8332105 94.9907130 96.8114908 97.4109066
97.8408388 98.9407627 99.4955099 100.0073276 100.2749042
101.7747926
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034330 0.0034338 0.0034342 0.0034349
0.0034354 192.6708773 225.6641503 260.6389185 262.9666120
346.6876290 354.9999772 383.8808328 401.1640806 419.6276170
435.0521762 451.1354775 463.6823199 471.1696511 492.7755388
509.0472421 516.8245005 520.4843993 532.3821948 547.1264224
563.2972928 574.6176550 586.2590445 592.1663374 606.1949547
615.6547517 638.1336509 650.4313548 660.1466523 662.3646823
666.4817434 671.1900856 678.0666275 688.8319488 695.1287703
709.6239561 720.2947244 734.3271930 739.0475405 751.9729602
753.7977661 763.8550258 773.1505019 776.3444507 778.8810842
791.6379521 801.2104442 813.9388315 818.6161664 820.5086625
826.0547980 831.1550030 836.9619694 842.4300177 848.1839446
856.3098382 863.7905035 869.5942050 876.3154497 882.8782876
890.1927700 892.6450479 901.8828084 904.9632612 910.8179417
913.8505822 923.1368235 933.3671499 939.9806100 952.0870941
956.0339942 962.0225710 966.3165245 973.3816886 980.8310571
985.9700911 993.3557172 995.0361080 1001.1055227 1004.6213264
1011.2580412 1019.0019470 1023.7192510 1025.1998356 1028.6052620
1030.0969382 1037.2544118 1040.5565200 1041.5814022 1050.6308988
1052.2470118 1057.4881442 1058.3659372 1068.4611468 1071.7637720
1074.1263333 1080.1471079 1083.1709934 1085.9534048 1087.4052067
1095.5075960
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1676
Rtb_to_modes> Number of blocs = 105
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9929E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.148
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.319
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.761
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.864
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.8
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 630 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
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0.99997 0.99997 1.00002 0.99998 1.00003
1.00002 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003
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0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 0.99996 0.99999 1.00002 0.99998
0.99996 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
0.99998 0.99999 1.00001 1.00004 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99997 0.99999 0.99998 0.99999 1.00003
1.00000 1.00003 1.00000 0.99997 1.00000
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1.00003 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 30168 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
0.99998 1.00003 1.00002 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
0.99998 0.99995 1.00001 1.00001 0.99997
0.99997 0.99997 1.00002 0.99998 1.00003
1.00002 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003
0.99998 0.99996 1.00000 1.00000 0.99999
0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 0.99996 0.99999 1.00002 0.99998
0.99996 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
0.99998 0.99999 1.00001 1.00004 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99997 0.99999 0.99998 0.99999 1.00003
1.00000 1.00003 1.00000 0.99997 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 0.99997 1.00003
1.00003 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240228055348916337.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240228055348916337.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240228055348916337.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240228055348916337.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 209
First residue number = -4
Last residue number = 204
Number of atoms found = 1676
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9929E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.148
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.319
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.761
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.864
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.8
Bfactors> 106 vectors, 5028 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.148000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.532 for 209 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.024 +/- 0.02
Bfactors> = 14.975 +/- 5.22
Bfactors> Shiftng-fct= 14.951
Bfactors> Scaling-fct= 250.157
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055348916337 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055348916337.eigenfacs
240228055348916337.atom
240228055348916337.10.pdb
240228055348916337.11.pdb
240228055348916337.12.pdb
240228055348916337.13.pdb
240228055348916337.14.pdb
240228055348916337.15.pdb
240228055348916337.16.pdb
240228055348916337.7.pdb
240228055348916337.8.pdb
240228055348916337.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.279s
user 0m5.109s
sys 0m0.036s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240228055348916337.Chkmod.res: No such file or directory
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