*** 2QLE ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240228055824920786.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240228055824920786.atom to be opened.
Openam> File opened: 240228055824920786.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 226
First residue number = 1
Last residue number = 226
Number of atoms found = 1797
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -27.682148 +/- 10.101396 From: -51.420000 To: -2.095000
= 0.083927 +/- 8.817219 From: -24.414000 To: 19.073000
= 8.017596 +/- 10.179381 From: -15.567000 To: 31.161000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.8069 % Filled.
Pdbmat> 698642 non-zero elements.
Pdbmat> 76440 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 85.08 +/- 23.34
Maximum number = 130
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.528800E+06
Pdbmat> Larger element = 496.139
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
226 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240228055824920786.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240228055824920786.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240228055824920786.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1797 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 226 residues.
Blocpdb> 12 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 13
Blocpdb> 18 atoms in block 3
Block first atom: 30
Blocpdb> 11 atoms in block 4
Block first atom: 48
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 59
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 73
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 89
Blocpdb> 16 atoms in block 8
Block first atom: 105
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 121
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 133
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 148
Blocpdb> 19 atoms in block 12
Block first atom: 162
Blocpdb> 16 atoms in block 13
Block first atom: 181
Blocpdb> 13 atoms in block 14
Block first atom: 197
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 210
Blocpdb> 13 atoms in block 16
Block first atom: 223
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 236
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 249
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 268
Blocpdb> 19 atoms in block 20
Block first atom: 281
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 300
Blocpdb> 19 atoms in block 22
Block first atom: 317
Blocpdb> 13 atoms in block 23
Block first atom: 336
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 349
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 360
Blocpdb> 14 atoms in block 26
Block first atom: 374
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 388
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 409
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 423
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 438
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 452
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 470
Blocpdb> 17 atoms in block 33
Block first atom: 485
Blocpdb> 23 atoms in block 34
Block first atom: 502
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 525
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 540
Blocpdb> 20 atoms in block 37
Block first atom: 558
Blocpdb> 18 atoms in block 38
Block first atom: 578
Blocpdb> 22 atoms in block 39
Block first atom: 596
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 618
Blocpdb> 13 atoms in block 41
Block first atom: 633
Blocpdb> 15 atoms in block 42
Block first atom: 646
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 661
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 677
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 693
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 713
Blocpdb> 22 atoms in block 47
Block first atom: 728
Blocpdb> 14 atoms in block 48
Block first atom: 750
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 764
Blocpdb> 20 atoms in block 50
Block first atom: 776
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 796
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 812
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 828
Blocpdb> 20 atoms in block 54
Block first atom: 844
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 864
Blocpdb> 15 atoms in block 56
Block first atom: 877
Blocpdb> 15 atoms in block 57
Block first atom: 892
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 907
Blocpdb> 17 atoms in block 59
Block first atom: 926
Blocpdb> 13 atoms in block 60
Block first atom: 943
Blocpdb> 12 atoms in block 61
Block first atom: 956
Blocpdb> 19 atoms in block 62
Block first atom: 968
Blocpdb> 13 atoms in block 63
Block first atom: 987
Blocpdb> 12 atoms in block 64
Block first atom: 1000
Blocpdb> 16 atoms in block 65
Block first atom: 1012
Blocpdb> 12 atoms in block 66
Block first atom: 1028
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1040
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1059
Blocpdb> 20 atoms in block 69
Block first atom: 1076
Blocpdb> 20 atoms in block 70
Block first atom: 1096
Blocpdb> 19 atoms in block 71
Block first atom: 1116
Blocpdb> 15 atoms in block 72
Block first atom: 1135
Blocpdb> 20 atoms in block 73
Block first atom: 1150
Blocpdb> 13 atoms in block 74
Block first atom: 1170
Blocpdb> 13 atoms in block 75
Block first atom: 1183
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 1196
Blocpdb> 12 atoms in block 77
Block first atom: 1204
Blocpdb> 15 atoms in block 78
Block first atom: 1216
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1231
Blocpdb> 20 atoms in block 80
Block first atom: 1246
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 1266
Blocpdb> 18 atoms in block 82
Block first atom: 1285
Blocpdb> 14 atoms in block 83
Block first atom: 1303
Blocpdb> 12 atoms in block 84
Block first atom: 1317
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1329
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 1342
Blocpdb> 13 atoms in block 87
Block first atom: 1359
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1372
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1394
Blocpdb> 19 atoms in block 90
Block first atom: 1412
Blocpdb> 15 atoms in block 91
Block first atom: 1431
Blocpdb> 12 atoms in block 92
Block first atom: 1446
Blocpdb> 11 atoms in block 93
Block first atom: 1458
Blocpdb> 15 atoms in block 94
Block first atom: 1469
Blocpdb> 15 atoms in block 95
Block first atom: 1484
Blocpdb> 16 atoms in block 96
Block first atom: 1499
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1515
Blocpdb> 20 atoms in block 98
Block first atom: 1537
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1557
Blocpdb> 12 atoms in block 100
Block first atom: 1573
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1585
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 1599
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1616
Blocpdb> 18 atoms in block 104
Block first atom: 1631
Blocpdb> 19 atoms in block 105
Block first atom: 1649
Blocpdb> 18 atoms in block 106
Block first atom: 1668
Blocpdb> 20 atoms in block 107
Block first atom: 1686
Blocpdb> 16 atoms in block 108
Block first atom: 1706
Blocpdb> 22 atoms in block 109
Block first atom: 1722
Blocpdb> 16 atoms in block 110
Block first atom: 1744
Blocpdb> 9 atoms in block 111
Block first atom: 1760
Blocpdb> 15 atoms in block 112
Block first atom: 1769
Blocpdb> 14 atoms in block 113
Block first atom: 1783
Blocpdb> 113 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 698755 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5391
Prepmat> Matrix trace = 1528800.0000
Prepmat> Last element read: 5391 5391 129.0100
Prepmat> 6442 lines saved.
Prepmat> 5206 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1797
RTB> Total mass = 1797.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1797
RTB> Number of blocks = 113
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 161925.8064
RTB> 42765 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 678
Diagstd> Nb of non-zero elements: 42765
Diagstd> Projected matrix trace = 161925.8064
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 678 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 161925.8064
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 6.4996157 7.7797330 8.4559754 9.9968064
13.1497326 14.6365475 16.9592450 17.1158184 17.2557653
17.9556614 18.9209164 20.2228133 22.3452219 22.8892044
24.3417418 26.0432775 26.1840717 27.0056546 27.7740543
29.2171526 30.3056814 31.2774007 33.2882917 34.4303833
34.7929363 35.7731663 36.8222909 37.4848951 38.1100740
39.9931315 41.1125719 42.3179290 43.8116624 44.7945041
45.4418917 46.5269654 47.8584410 48.2135989 49.1378900
50.9777851 52.1730003 52.5046787 54.0080245 54.7168785
56.0712316 57.1726020 57.7304914 59.3735893 60.3647707
60.7757432 62.3636006 62.7112867 63.7072583 64.9397948
65.3726478 65.9227621 66.7767450 69.1774386 70.0895084
70.2919613 71.1923746 71.9391754 73.9583672 74.5972411
74.8547349 75.1828885 76.7171500 77.4694725 78.2021053
79.1650881 79.8795666 81.2309330 81.3826520 83.3461211
84.1821469 84.5377449 85.3225128 86.3322498 87.3069383
87.3328232 89.3422777 90.2197673 91.0677331 91.1829485
91.4564778 92.4281599 93.6861812 94.1600691 94.9949101
95.4968157 95.9340898 96.6673496 97.3652072 97.8619177
99.1255271 99.7847105 100.1459999 101.2558935 102.1827664
102.4903285
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034317 0.0034325 0.0034332 0.0034335 0.0034343
0.0034346 276.8465527 302.8849036 315.7745571 343.3411994
393.7800781 415.4460209 447.1966451 449.2562368 451.0891617
460.1463520 472.3526575 488.3329927 513.3193274 519.5299984
535.7610116 554.1701124 555.6660599 564.3163516 572.2883701
586.9677289 597.8019220 607.3102448 626.5287929 637.1859763
640.5319856 649.4922463 658.9472996 664.8496283 670.3709348
686.7331085 696.2778883 706.4110481 718.7703379 726.7878302
732.0209008 740.7090384 751.2328211 754.0151214 761.2083303
775.3285235 784.3649638 786.8542280 798.0395708 803.2596229
813.1400051 821.0871572 825.0835101 836.7427002 843.6980746
846.5652149 857.5528037 859.9399713 866.7417924 875.0860007
877.9975787 881.6840374 887.3764586 903.1866695 909.1212042
910.4332514 916.2458482 921.0389742 933.8754044 937.9002752
939.5175967 941.5747068 951.1335707 955.7858126 960.2946357
966.1890914 970.5393097 978.7144511 979.6280215 991.3750311
996.3347526 998.4368685 1003.0604316 1008.9782618 1014.6579434
1014.8083458 1026.4168911 1031.4451343 1036.2810184 1036.9363429
1038.4904713 1043.9926323 1051.0734082 1053.7283499 1058.3893190
1061.1816352 1063.6084033 1067.6654423 1071.5123390 1074.2420326
1081.1551843 1084.7440610 1086.7060471 1092.7113029 1097.7011228
1099.3518787
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1797
Rtb_to_modes> Number of blocs = 113
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9870E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9914E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.500
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.780
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.456
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.997
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 678 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00002
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1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99997
0.99996 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998
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0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000
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1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 32346 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00002
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998
1.00000 1.00004 0.99998 1.00000 0.99998
1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 0.99995
0.99997 1.00002 1.00003 1.00003 1.00001
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1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99997
0.99996 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00003 1.00002 1.00001
1.00003 1.00000 1.00004 1.00001 0.99999
0.99997 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00004 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 1.00001
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999
1.00001 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002
1.00000 1.00006 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240228055824920786.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240228055824920786.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240228055824920786.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240228055824920786.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 226
First residue number = 1
Last residue number = 226
Number of atoms found = 1797
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9870E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9914E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.500
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.780
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.456
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.997
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.5
Bfactors> 106 vectors, 5391 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.500000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.476 for 236 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.020 +/- 0.02
Bfactors> = 25.749 +/- 12.87
Bfactors> Shiftng-fct= 25.729
Bfactors> Scaling-fct= 538.228
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055824920786 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055824920786.eigenfacs
240228055824920786.atom
240228055824920786.10.pdb
240228055824920786.11.pdb
240228055824920786.12.pdb
240228055824920786.13.pdb
240228055824920786.14.pdb
240228055824920786.15.pdb
240228055824920786.16.pdb
240228055824920786.7.pdb
240228055824920786.8.pdb
240228055824920786.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.983s
user 0m5.941s
sys 0m0.024s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240228055824920786.Chkmod.res: No such file or directory
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