***  2V7Y  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240228055913921343.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240228055913921343.atom to be opened.
Openam> File opened: 240228055913921343.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 428
First residue number = 1
Last residue number = 428
Number of atoms found = 3237
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -17.493254 +/- 11.881537 From: -48.234000 To: 13.809000
= 17.061312 +/- 9.248150 From: -6.606000 To: 42.851000
= -48.081220 +/- 29.360217 From: -99.890000 To: 25.002000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.4044 % Filled.
Pdbmat> 1133816 non-zero elements.
Pdbmat> 123843 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 76.52 +/- 22.22
Maximum number = 124
Minimum number = 0
Pdbmat> Matrix trace = 2.476860E+06
Pdbmat> Larger element = 484.018
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
428 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240228055913921343.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240228055913921343.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240228055913921343.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3237 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 428 residues.
Blocpdb> 23 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 24
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 44
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 68
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 86
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 106
Blocpdb> 21 atoms in block 7
Block first atom: 125
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 146
Blocpdb> 24 atoms in block 9
Block first atom: 166
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 190
Blocpdb> 21 atoms in block 11
Block first atom: 212
Blocpdb> 25 atoms in block 12
Block first atom: 233
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 258
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 278
Blocpdb> 21 atoms in block 15
Block first atom: 301
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 322
Blocpdb> 20 atoms in block 17
Block first atom: 346
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 366
Blocpdb> 25 atoms in block 19
Block first atom: 387
Blocpdb> 23 atoms in block 20
Block first atom: 412
Blocpdb> 22 atoms in block 21
Block first atom: 435
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 457
Blocpdb> 28 atoms in block 23
Block first atom: 479
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 507
Blocpdb> 27 atoms in block 25
Block first atom: 529
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 556
Blocpdb> 21 atoms in block 27
Block first atom: 581
Blocpdb> 30 atoms in block 28
Block first atom: 602
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 632
Blocpdb> 23 atoms in block 30
Block first atom: 655
Blocpdb> 21 atoms in block 31
Block first atom: 678
Blocpdb> 29 atoms in block 32
Block first atom: 699
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 728
Blocpdb> 26 atoms in block 34
Block first atom: 751
Blocpdb> 28 atoms in block 35
Block first atom: 777
Blocpdb> 20 atoms in block 36
Block first atom: 805
Blocpdb> 25 atoms in block 37
Block first atom: 825
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 850
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 870
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 891
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 919
Blocpdb> 29 atoms in block 42
Block first atom: 940
Blocpdb> 21 atoms in block 43
Block first atom: 969
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 990
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 1007
Blocpdb> 21 atoms in block 46
Block first atom: 1031
Blocpdb> 27 atoms in block 47
Block first atom: 1052
Blocpdb> 24 atoms in block 48
Block first atom: 1079
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1103
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 1126
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1141
Blocpdb> 20 atoms in block 52
Block first atom: 1166
Blocpdb> 27 atoms in block 53
Block first atom: 1186
Blocpdb> 24 atoms in block 54
Block first atom: 1213
Blocpdb> 23 atoms in block 55
Block first atom: 1237
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1260
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 1288
Blocpdb> 26 atoms in block 58
Block first atom: 1300
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 1326
Blocpdb> 25 atoms in block 60
Block first atom: 1347
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 1372
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1388
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 1415
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1436
Blocpdb> 26 atoms in block 65
Block first atom: 1452
Blocpdb> 16 atoms in block 66
Block first atom: 1478
Blocpdb> 27 atoms in block 67
Block first atom: 1494
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 1521
Blocpdb> 24 atoms in block 69
Block first atom: 1545
Blocpdb> 27 atoms in block 70
Block first atom: 1569
Blocpdb> 28 atoms in block 71
Block first atom: 1596
Blocpdb> 23 atoms in block 72
Block first atom: 1624
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1647
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1669
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1691
Blocpdb> 21 atoms in block 76
Block first atom: 1717
Blocpdb> 28 atoms in block 77
Block first atom: 1738
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1766
Blocpdb> 23 atoms in block 79
Block first atom: 1788
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1811
Blocpdb> 23 atoms in block 81
Block first atom: 1834
Blocpdb> 18 atoms in block 82
Block first atom: 1857
Blocpdb> 25 atoms in block 83
Block first atom: 1875
Blocpdb> 22 atoms in block 84
Block first atom: 1900
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 1922
Blocpdb> 19 atoms in block 86
Block first atom: 1948
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 1967
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 1988
Blocpdb> 25 atoms in block 89
Block first atom: 2013
Blocpdb> 22 atoms in block 90
Block first atom: 2038
Blocpdb> 25 atoms in block 91
Block first atom: 2060
Blocpdb> 29 atoms in block 92
Block first atom: 2085
Blocpdb> 19 atoms in block 93
Block first atom: 2114
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2133
Blocpdb> 27 atoms in block 95
Block first atom: 2158
Blocpdb> 19 atoms in block 96
Block first atom: 2185
Blocpdb> 27 atoms in block 97
Block first atom: 2204
Blocpdb> 22 atoms in block 98
Block first atom: 2231
Blocpdb> 17 atoms in block 99
Block first atom: 2253
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 2270
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2292
Blocpdb> 24 atoms in block 102
Block first atom: 2313
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 2337
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 2360
Blocpdb> 26 atoms in block 105
Block first atom: 2374
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 2400
Blocpdb> 23 atoms in block 107
Block first atom: 2419
Blocpdb> 28 atoms in block 108
Block first atom: 2442
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2470
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2491
Blocpdb> 23 atoms in block 111
Block first atom: 2516
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2539
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2561
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 2585
Blocpdb> 14 atoms in block 115
Block first atom: 2605
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 2619
Blocpdb> 19 atoms in block 117
Block first atom: 2640
Blocpdb> 18 atoms in block 118
Block first atom: 2659
Blocpdb> 24 atoms in block 119
Block first atom: 2677
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2701
Blocpdb> 23 atoms in block 121
Block first atom: 2723
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 2746
Blocpdb> 18 atoms in block 123
Block first atom: 2768
Blocpdb> 24 atoms in block 124
Block first atom: 2786
Blocpdb> 16 atoms in block 125
Block first atom: 2810
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 2826
Blocpdb> 25 atoms in block 127
Block first atom: 2851
Blocpdb> 28 atoms in block 128
Block first atom: 2876
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 2904
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 2926
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 2946
Blocpdb> 25 atoms in block 132
Block first atom: 2970
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 2995
Blocpdb> 25 atoms in block 134
Block first atom: 3012
Blocpdb> 21 atoms in block 135
Block first atom: 3037
Blocpdb> 26 atoms in block 136
Block first atom: 3058
Blocpdb> 24 atoms in block 137
Block first atom: 3084
Blocpdb> 24 atoms in block 138
Block first atom: 3108
Blocpdb> 20 atoms in block 139
Block first atom: 3132
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 3152
Blocpdb> 23 atoms in block 141
Block first atom: 3173
Blocpdb> 26 atoms in block 142
Block first atom: 3196
Blocpdb> 16 atoms in block 143
Block first atom: 3221
Blocpdb> 143 blocks.
Blocpdb> At most, 30 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1133959 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9711
Prepmat> Matrix trace = 2476860.0000
Prepmat> Last element read: 9711 9711 0.0000
Prepmat> 10297 lines saved.
Prepmat> 9024 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3237
RTB> Total mass = 3237.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3237
RTB> Number of blocks = 143
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 169305.8616
RTB> 43647 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 858
Diagstd> Nb of non-zero elements: 43647
Diagstd> Projected matrix trace = 169305.8616
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 858 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 169305.8616
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0008992 0.0012060 0.0061848 0.0350485
0.0652664 0.2848606 1.0708849 1.3923734 1.9640981
2.4217620 2.8688694 3.2209957 3.3526884 4.3172126
4.4828691 4.8099835 5.3446313 5.8103380 5.9532545
6.2853159 6.8340187 7.0052348 7.1918231 8.1017169
8.7939543 9.3006329 10.2927330 10.7821749 10.9812755
11.2455079 11.6499876 12.6001992 13.1564238 13.6170691
13.8044198 13.9477225 14.4388021 15.4470038 15.7984638
17.0005562 17.5677423 18.0714728 19.1268699 20.2801744
20.6211962 21.3269238 21.9505520 22.6163029 23.0037663
23.1543962 24.1803921 24.7602349 25.1423261 25.3493529
25.7199557 26.2644818 26.5219308 27.2900729 27.5350772
28.8954828 29.8621613 30.0053278 30.7023090 31.0295740
31.6458073 32.7134892 33.6280979 33.6640444 34.3623827
35.1348286 35.2592962 36.0013688 36.3138365 36.9059043
37.2142070 37.7908397 38.7243086 38.7804111 39.8348297
40.1828206 40.5934587 41.6190970 42.0033187 42.2517732
42.9559289 43.0319429 43.6422108 44.5866771 44.8862316
45.2988537 45.6839689 46.4606922 46.6395541 47.5038544
47.9105653 48.2107059 49.0394600 49.4023549 49.9924593
50.8300756
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034332 0.0034339 0.0034340 0.0034341 0.0034344
0.0034345 3.2563212 3.7710986 8.5400198 20.3296518
27.7421588 57.9577403 112.3742164 128.1365826 152.1867608
168.9900016 183.9291946 194.8903563 198.8345625 225.6300814
229.9181775 238.1590411 251.0464902 261.7555991 264.9552352
272.2443238 283.8790621 287.4131462 291.2156950 309.0891866
322.0233636 331.1704146 348.3859506 356.5730102 359.8501388
364.1537755 370.6448849 385.4641433 393.8802525 400.7163851
403.4635997 405.5523564 412.6300585 426.7931176 431.6211425
447.7409796 455.1486472 461.6279061 474.9164707 489.0250686
493.1195350 501.4866649 508.7659093 516.4236061 520.8285152
522.5309391 533.9824086 540.3468955 544.5001551 546.7373192
550.7194163 556.5186189 559.2395129 567.2802033 569.8209727
583.7276403 593.4114186 594.8321968 601.7010920 604.8994463
610.8764318 621.0959746 629.7184703 630.0549470 636.5564388
643.6713807 644.8104984 651.5605582 654.3820041 659.6950200
662.4447532 667.5573028 675.7516529 676.2409792 685.3726391
688.3597839 691.8681020 700.5539839 703.7802624 705.8586651
711.7161776 712.3456191 717.3789875 725.0998806 727.5315866
730.8678973 733.9681153 740.1813161 741.6047030 748.4446786
751.6418070 753.9924991 760.4455450 763.2540300 767.7989805
774.2044408
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3237
Rtb_to_modes> Number of blocs = 143
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.83
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 858 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 0.99998 0.99999
1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 0.99995
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1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001
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1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99995
0.99999 1.00001 1.00003 0.99999 1.00000
0.99998 0.99999 1.00002 1.00002 1.00000
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
1.00002 1.00001 0.99998 1.00002 0.99998
0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00005
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0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 1.00000 1.00004 0.99998
1.00001 0.99998 0.99997 0.99997 1.00001
0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
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1.00000 0.99999 1.00003 1.00002 1.00001
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 58266 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 1.00002 1.00002 0.99998 0.99999
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0.99998 0.99999 1.00002 1.00002 1.00000
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
1.00002 1.00001 0.99998 1.00002 0.99998
0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00005
1.00000 1.00004 1.00000 0.99998 0.99998
0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 1.00000 1.00004 0.99998
1.00001 0.99998 0.99997 0.99997 1.00001
0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 0.99999
1.00000 1.00003 0.99999 0.99997 0.99998
1.00000 0.99999 1.00003 1.00002 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240228055913921343.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240228055913921343.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240228055913921343.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240228055913921343.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 428
First residue number = 1
Last residue number = 428
Number of atoms found = 3237
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.9922E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2060E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.1848E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.5048E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.5266E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2849
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.071
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.392
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.964
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.422
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.869
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.221
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.353
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.317
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.483
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.345
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.953
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.285
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.834
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.005
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.192
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.102
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.301
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.83
Bfactors> 106 vectors, 9711 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000899
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.449 for 428 C-alpha atoms.
Bfactors> = 10.235 +/- 13.96
Bfactors> = 36.904 +/- 12.27
Bfactors> Shiftng-fct= 26.670
Bfactors> Scaling-fct= 0.879
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240228055913921343 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228055913921343.eigenfacs
240228055913921343.atom
240228055913921343.10.pdb
240228055913921343.11.pdb
240228055913921343.12.pdb
240228055913921343.13.pdb
240228055913921343.14.pdb
240228055913921343.15.pdb
240228055913921343.16.pdb
240228055913921343.7.pdb
240228055913921343.8.pdb
240228055913921343.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m12.490s
user 0m12.446s
sys 0m0.044s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240228055913921343.Chkmod.res: No such file or directory
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