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***  6ACC  ***

LOGs for ID: 240228060327926732

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 240228060327926732.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 240228060327926732.atom to be opened. Openam> File opened: 240228060327926732.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 406 First residue number = 1 Last residue number = 406 Number of atoms found = 3237 Mean number per residue = 8.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = 174.778760 +/- 10.470211 From: 0.000000 To: 200.217000 = 159.978643 +/- 27.221282 From: 0.000000 To: 219.854000 = 166.603940 +/- 15.640013 From: 0.000000 To: 212.251000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.2375 % Filled. Pdbmat> 1055129 non-zero elements. Pdbmat> 115105 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 71.12 +/- 22.53 Maximum number = 123 Minimum number = 0 Pdbmat> Matrix trace = 2.302100E+06 Pdbmat> Larger element = 448.220 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 406 non-zero elements, NRBL set to 3 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 240228060327926732.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 3 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 240228060327926732.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 240228060327926732.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 3237 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 3 residue(s) per block. Blocpdb> 406 residues. Blocpdb> 24 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 26 atoms in block 2 Block first atom: 25 Blocpdb> 24 atoms in block 3 Block first atom: 51 Blocpdb> 20 atoms in block 4 Block first atom: 75 Blocpdb> 28 atoms in block 5 Block first atom: 95 Blocpdb> 23 atoms in block 6 Block first atom: 123 Blocpdb> 25 atoms in block 7 Block first atom: 146 Blocpdb> 23 atoms in block 8 Block first atom: 171 Blocpdb> 27 atoms in block 9 Block first atom: 194 Blocpdb> 28 atoms in block 10 Block first atom: 221 Blocpdb> 25 atoms in block 11 Block first atom: 249 Blocpdb> 27 atoms in block 12 Block first atom: 274 Blocpdb> 24 atoms in block 13 Block first atom: 301 Blocpdb> 27 atoms in block 14 Block first atom: 325 Blocpdb> 26 atoms in block 15 Block first atom: 352 Blocpdb> 26 atoms in block 16 Block first atom: 378 Blocpdb> 18 atoms in block 17 Block first atom: 404 Blocpdb> 28 atoms in block 18 Block first atom: 422 Blocpdb> 26 atoms in block 19 Block first atom: 450 Blocpdb> 22 atoms in block 20 Block first atom: 476 Blocpdb> 22 atoms in block 21 Block first atom: 498 Blocpdb> 26 atoms in block 22 Block first atom: 520 Blocpdb> 21 atoms in block 23 Block first atom: 546 Blocpdb> 31 atoms in block 24 Block first atom: 567 Blocpdb> 17 atoms in block 25 Block first atom: 598 Blocpdb> 24 atoms in block 26 Block first atom: 615 Blocpdb> 22 atoms in block 27 Block first atom: 639 Blocpdb> 29 atoms in block 28 Block first atom: 661 Blocpdb> 22 atoms in block 29 Block first atom: 690 Blocpdb> 21 atoms in block 30 Block first atom: 712 Blocpdb> 25 atoms in block 31 Block first atom: 733 Blocpdb> 21 atoms in block 32 Block first atom: 758 Blocpdb> 23 atoms in block 33 Block first atom: 779 Blocpdb> 24 atoms in block 34 Block first atom: 802 Blocpdb> 21 atoms in block 35 Block first atom: 826 Blocpdb> 22 atoms in block 36 Block first atom: 847 Blocpdb> 22 atoms in block 37 Block first atom: 869 Blocpdb> 28 atoms in block 38 Block first atom: 891 Blocpdb> 22 atoms in block 39 Block first atom: 919 Blocpdb> 26 atoms in block 40 Block first atom: 941 Blocpdb> 23 atoms in block 41 Block first atom: 967 Blocpdb> 22 atoms in block 42 Block first atom: 990 Blocpdb> 19 atoms in block 43 Block first atom: 1012 Blocpdb> 26 atoms in block 44 Block first atom: 1031 Blocpdb> 23 atoms in block 45 Block first atom: 1057 Blocpdb> 27 atoms in block 46 Block first atom: 1080 Blocpdb> 24 atoms in block 47 Block first atom: 1107 Blocpdb> 24 atoms in block 48 Block first atom: 1131 Blocpdb> 29 atoms in block 49 Block first atom: 1155 Blocpdb> 19 atoms in block 50 Block first atom: 1184 Blocpdb> 25 atoms in block 51 Block first atom: 1203 Blocpdb> 21 atoms in block 52 Block first atom: 1228 Blocpdb> 24 atoms in block 53 Block first atom: 1249 Blocpdb> 23 atoms in block 54 Block first atom: 1273 Blocpdb> 27 atoms in block 55 Block first atom: 1296 Blocpdb> 31 atoms in block 56 Block first atom: 1323 Blocpdb> 27 atoms in block 57 Block first atom: 1354 Blocpdb> 25 atoms in block 58 Block first atom: 1381 Blocpdb> 23 atoms in block 59 Block first atom: 1406 Blocpdb> 31 atoms in block 60 Block first atom: 1429 Blocpdb> 25 atoms in block 61 Block first atom: 1460 Blocpdb> 24 atoms in block 62 Block first atom: 1485 Blocpdb> 22 atoms in block 63 Block first atom: 1509 Blocpdb> 27 atoms in block 64 Block first atom: 1531 Blocpdb> 17 atoms in block 65 Block first atom: 1558 Blocpdb> 26 atoms in block 66 Block first atom: 1575 Blocpdb> 24 atoms in block 67 Block first atom: 1601 Blocpdb> 28 atoms in block 68 Block first atom: 1625 Blocpdb> 23 atoms in block 69 Block first atom: 1653 Blocpdb> 20 atoms in block 70 Block first atom: 1676 Blocpdb> 23 atoms in block 71 Block first atom: 1696 Blocpdb> 27 atoms in block 72 Block first atom: 1719 Blocpdb> 23 atoms in block 73 Block first atom: 1746 Blocpdb> 22 atoms in block 74 Block first atom: 1769 Blocpdb> 26 atoms in block 75 Block first atom: 1791 Blocpdb> 18 atoms in block 76 Block first atom: 1817 Blocpdb> 22 atoms in block 77 Block first atom: 1835 Blocpdb> 22 atoms in block 78 Block first atom: 1857 Blocpdb> 29 atoms in block 79 Block first atom: 1879 Blocpdb> 21 atoms in block 80 Block first atom: 1908 Blocpdb> 27 atoms in block 81 Block first atom: 1929 Blocpdb> 29 atoms in block 82 Block first atom: 1956 Blocpdb> 21 atoms in block 83 Block first atom: 1985 Blocpdb> 22 atoms in block 84 Block first atom: 2006 Blocpdb> 20 atoms in block 85 Block first atom: 2028 Blocpdb> 20 atoms in block 86 Block first atom: 2048 Blocpdb> 24 atoms in block 87 Block first atom: 2068 Blocpdb> 22 atoms in block 88 Block first atom: 2092 Blocpdb> 23 atoms in block 89 Block first atom: 2114 Blocpdb> 22 atoms in block 90 Block first atom: 2137 Blocpdb> 26 atoms in block 91 Block first atom: 2159 Blocpdb> 25 atoms in block 92 Block first atom: 2185 Blocpdb> 24 atoms in block 93 Block first atom: 2210 Blocpdb> 22 atoms in block 94 Block first atom: 2234 Blocpdb> 30 atoms in block 95 Block first atom: 2256 Blocpdb> 21 atoms in block 96 Block first atom: 2286 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 2307 Blocpdb> 25 atoms in block 98 Block first atom: 2325 Blocpdb> 26 atoms in block 99 Block first atom: 2350 Blocpdb> 23 atoms in block 100 Block first atom: 2376 Blocpdb> 21 atoms in block 101 Block first atom: 2399 Blocpdb> 24 atoms in block 102 Block first atom: 2420 Blocpdb> 26 atoms in block 103 Block first atom: 2444 Blocpdb> 21 atoms in block 104 Block first atom: 2470 Blocpdb> 24 atoms in block 105 Block first atom: 2491 Blocpdb> 24 atoms in block 106 Block first atom: 2515 Blocpdb> 34 atoms in block 107 Block first atom: 2539 Blocpdb> 26 atoms in block 108 Block first atom: 2573 Blocpdb> 20 atoms in block 109 Block first atom: 2599 Blocpdb> 20 atoms in block 110 Block first atom: 2619 Blocpdb> 25 atoms in block 111 Block first atom: 2639 Blocpdb> 28 atoms in block 112 Block first atom: 2664 Blocpdb> 24 atoms in block 113 Block first atom: 2692 Blocpdb> 24 atoms in block 114 Block first atom: 2716 Blocpdb> 26 atoms in block 115 Block first atom: 2740 Blocpdb> 23 atoms in block 116 Block first atom: 2766 Blocpdb> 18 atoms in block 117 Block first atom: 2789 Blocpdb> 25 atoms in block 118 Block first atom: 2807 Blocpdb> 22 atoms in block 119 Block first atom: 2832 Blocpdb> 25 atoms in block 120 Block first atom: 2854 Blocpdb> 24 atoms in block 121 Block first atom: 2879 Blocpdb> 25 atoms in block 122 Block first atom: 2903 Blocpdb> 23 atoms in block 123 Block first atom: 2928 Blocpdb> 20 atoms in block 124 Block first atom: 2951 Blocpdb> 27 atoms in block 125 Block first atom: 2971 Blocpdb> 20 atoms in block 126 Block first atom: 2998 Blocpdb> 20 atoms in block 127 Block first atom: 3018 Blocpdb> 19 atoms in block 128 Block first atom: 3038 Blocpdb> 25 atoms in block 129 Block first atom: 3057 Blocpdb> 29 atoms in block 130 Block first atom: 3082 Blocpdb> 23 atoms in block 131 Block first atom: 3111 Blocpdb> 27 atoms in block 132 Block first atom: 3134 Blocpdb> 17 atoms in block 133 Block first atom: 3161 Blocpdb> 27 atoms in block 134 Block first atom: 3178 Blocpdb> 26 atoms in block 135 Block first atom: 3205 Blocpdb> 7 atoms in block 136 Block first atom: 3230 Blocpdb> 136 blocks. Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1055265 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 9711 Prepmat> Matrix trace = 2302100.0000 Prepmat> Last element read: 9711 9711 0.0000 Prepmat> 9317 lines saved. Prepmat> 8235 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3237 RTB> Total mass = 3237.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 3237 RTB> Number of blocks = 136 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 144345.6201 RTB> 36876 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 816 Diagstd> Nb of non-zero elements: 36876 Diagstd> Projected matrix trace = 144345.6201 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 816 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 144345.6201 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0001402 0.0004756 0.0006700 0.0029237 0.0051801 0.0092776 0.0143025 0.0903922 0.3502365 0.4657774 1.1998436 1.7371489 1.9564301 2.2542425 2.7060832 2.8175964 2.9879570 3.2204717 3.9145006 4.3170856 4.9967778 5.0913930 5.2845773 5.7613521 6.0177718 6.4871711 7.0474436 7.7150992 8.3872581 8.4751891 8.9609881 9.3675644 9.9041284 10.6578866 10.9919703 11.1958977 11.6543349 11.8980509 12.1303581 13.1819081 13.4623194 14.4437788 14.5125093 14.9646142 15.3611911 15.4596330 16.1492765 17.0653349 17.3595709 18.2525295 18.6835527 18.9973596 19.1990283 19.4398882 20.3666636 20.9211974 21.2462875 21.7610109 21.9790216 22.7455177 23.8519891 23.9634765 24.3695696 24.5371091 24.7665780 25.5765314 25.8917190 26.8225207 27.4302971 27.8181432 28.0677763 28.0941728 28.4338219 28.8168252 28.9451553 29.8240597 30.0418936 30.4736864 31.2084017 31.7907190 32.5844637 33.0114948 33.5396850 34.1190756 34.6121788 35.6662692 35.8581863 36.2397837 36.9901461 37.1180290 37.6864298 37.9538735 38.2469557 38.7319681 39.2589997 39.5997645 40.0475690 40.1104498 41.0656511 41.8475322 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034330 0.0034332 0.0034337 0.0034338 0.0034342 0.0034343 1.2860103 2.3681120 2.8108119 5.8716651 7.8156073 10.4595696 12.9867588 32.6483054 64.2652206 74.1113128 118.9481245 143.1244395 151.8893931 163.0405367 178.6347123 182.2781751 187.7078573 194.8745058 214.8490625 225.6267629 242.7394133 245.0268018 249.6320869 260.6498560 266.3870671 276.5813908 288.2777251 301.6240997 314.4888735 316.1331061 325.0672604 332.3599029 341.7459770 354.5119077 360.0253271 363.3496450 370.7140332 374.5701722 378.2092023 394.2615453 398.4329297 412.7011650 413.6819156 420.0761672 425.6059853 426.9675509 436.3870114 448.5932015 452.4439369 463.9346496 469.3804649 473.3058820 475.8114673 478.7867930 490.0667364 496.6935827 500.5377161 506.5645732 509.0957340 517.8967592 530.3439037 531.5819085 536.0671684 537.9067294 540.4161041 549.1817587 552.5552669 562.3996925 568.7357598 572.7424190 575.3065035 575.5769656 579.0457786 582.9326037 584.2291499 593.0327258 595.1945314 599.4566426 606.6400017 612.2734896 619.8699295 623.9185170 628.8901172 634.2988267 638.8659610 648.5211166 650.2635936 653.7144407 660.4475042 661.5881739 666.6344889 668.9957108 671.5737567 675.8184798 680.4009247 683.3474555 687.2003305 687.7396233 695.8804520 702.4739216 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3237 Rtb_to_modes> Number of blocs = 136 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9943E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9987E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.4025E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.7557E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.7000E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9237E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.1801E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.2776E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.4302E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.0392E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3502 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4658 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.200 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.737 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.956 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.254 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.706 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.818 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.988 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.220 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.915 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.317 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.997 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.091 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.285 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.761 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.018 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.487 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.047 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.715 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.387 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.475 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.961 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.368 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 1.00004 1.00000 1.00000 1.00001 1.00004 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99997 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002 1.00001 1.00004 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 0.99997 1.00001 1.00003 1.00003 1.00005 1.00000 1.00003 0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 0.99995 1.00003 0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 240228060327926732.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 240228060327926732.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 240228060327926732.atom Openam> file on opening on unit 11: 240228060327926732.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 406 First residue number = 1 Last residue number = 406 Number of atoms found = 3237 Mean number per residue = 8.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9943E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.4025E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.7557E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.7000E-04 Rdmodfacs> 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CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.956 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.254 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.706 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.818 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.988 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.220 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.915 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.317 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.997 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.091 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.285 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.761 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.018 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.487 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.047 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.715 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.387 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.475 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.961 Rdmodfacs> 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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.85 Bfactors> 106 vectors, 9711 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000140 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.556 for 406 C-alpha atoms. Bfactors> = 47.019 +/- 37.93 Bfactors> = 121.181 +/- 38.25 Bfactors> Shiftng-fct= 74.162 Bfactors> Scaling-fct= 1.008 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 7 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 8 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 9 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 10 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 11 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 12 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 12 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 12 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 13 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 13 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 13 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 14 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 15 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 15 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 15 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom getting mode 16 running: ../../bin/get_modes.sh 240228060327926732 16 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 16 calculating perturbed structure for DQ=-100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=0 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=20 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=40 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=60 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=80 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom calculating perturbed structure for DQ=100 240228060327926732.eigenfacs 240228060327926732.atom 240228060327926732.10.pdb 240228060327926732.11.pdb 240228060327926732.12.pdb 240228060327926732.13.pdb 240228060327926732.14.pdb 240228060327926732.15.pdb 240228060327926732.16.pdb 240228060327926732.7.pdb 240228060327926732.8.pdb 240228060327926732.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m11.917s user 0m11.816s sys 0m0.072s ../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory cat: 240228060327926732.Chkmod.res: No such file or directory




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