*** 2CMZ ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240228060628930665.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240228060628930665.atom to be opened.
Openam> File opened: 240228060628930665.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 409
First residue number = 1
Last residue number = 409
Number of atoms found = 3233
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 6.202747 +/- 11.975005 From: -21.889000 To: 36.545000
= 36.906509 +/- 10.745835 From: 14.466000 To: 65.357000
= -11.578526 +/- 31.708726 From: -92.330000 To: 37.986000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.4347 % Filled.
Pdbmat> 1145275 non-zero elements.
Pdbmat> 125123 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.40 +/- 22.22
Maximum number = 128
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 2.502460E+06
Pdbmat> Larger element = 486.230
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
409 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240228060628930665.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240228060628930665.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240228060628930665.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3233 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 409 residues.
Blocpdb> 27 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 26 atoms in block 2
Block first atom: 28
Blocpdb> 25 atoms in block 3
Block first atom: 54
Blocpdb> 22 atoms in block 4
Block first atom: 79
Blocpdb> 31 atoms in block 5
Block first atom: 101
Blocpdb> 22 atoms in block 6
Block first atom: 132
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 154
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 180
Blocpdb> 19 atoms in block 9
Block first atom: 208
Blocpdb> 22 atoms in block 10
Block first atom: 227
Blocpdb> 32 atoms in block 11
Block first atom: 249
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 281
Blocpdb> 19 atoms in block 13
Block first atom: 305
Blocpdb> 22 atoms in block 14
Block first atom: 324
Blocpdb> 24 atoms in block 15
Block first atom: 346
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 370
Blocpdb> 24 atoms in block 17
Block first atom: 392
Blocpdb> 22 atoms in block 18
Block first atom: 416
Blocpdb> 26 atoms in block 19
Block first atom: 438
Blocpdb> 24 atoms in block 20
Block first atom: 464
Blocpdb> 20 atoms in block 21
Block first atom: 488
Blocpdb> 28 atoms in block 22
Block first atom: 508
Blocpdb> 21 atoms in block 23
Block first atom: 536
Blocpdb> 36 atoms in block 24
Block first atom: 557
Blocpdb> 23 atoms in block 25
Block first atom: 593
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 616
Blocpdb> 22 atoms in block 27
Block first atom: 645
Blocpdb> 25 atoms in block 28
Block first atom: 667
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 692
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 717
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 739
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 763
Blocpdb> 25 atoms in block 33
Block first atom: 786
Blocpdb> 22 atoms in block 34
Block first atom: 811
Blocpdb> 29 atoms in block 35
Block first atom: 833
Blocpdb> 19 atoms in block 36
Block first atom: 862
Blocpdb> 25 atoms in block 37
Block first atom: 881
Blocpdb> 21 atoms in block 38
Block first atom: 906
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 927
Blocpdb> 21 atoms in block 40
Block first atom: 948
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 969
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 991
Blocpdb> 23 atoms in block 43
Block first atom: 1011
Blocpdb> 24 atoms in block 44
Block first atom: 1034
Blocpdb> 25 atoms in block 45
Block first atom: 1058
Blocpdb> 24 atoms in block 46
Block first atom: 1083
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 1107
Blocpdb> 30 atoms in block 48
Block first atom: 1130
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1160
Blocpdb> 27 atoms in block 50
Block first atom: 1183
Blocpdb> 19 atoms in block 51
Block first atom: 1210
Blocpdb> 26 atoms in block 52
Block first atom: 1229
Blocpdb> 21 atoms in block 53
Block first atom: 1255
Blocpdb> 24 atoms in block 54
Block first atom: 1276
Blocpdb> 21 atoms in block 55
Block first atom: 1300
Blocpdb> 31 atoms in block 56
Block first atom: 1321
Blocpdb> 26 atoms in block 57
Block first atom: 1352
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1378
Blocpdb> 18 atoms in block 59
Block first atom: 1403
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1421
Blocpdb> 22 atoms in block 61
Block first atom: 1443
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1465
Blocpdb> 29 atoms in block 63
Block first atom: 1489
Blocpdb> 23 atoms in block 64
Block first atom: 1518
Blocpdb> 21 atoms in block 65
Block first atom: 1541
Blocpdb> 20 atoms in block 66
Block first atom: 1562
Blocpdb> 22 atoms in block 67
Block first atom: 1582
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1604
Blocpdb> 28 atoms in block 69
Block first atom: 1619
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 1647
Blocpdb> 26 atoms in block 71
Block first atom: 1678
Blocpdb> 15 atoms in block 72
Block first atom: 1704
Blocpdb> 20 atoms in block 73
Block first atom: 1719
Blocpdb> 26 atoms in block 74
Block first atom: 1739
Blocpdb> 27 atoms in block 75
Block first atom: 1765
Blocpdb> 28 atoms in block 76
Block first atom: 1792
Blocpdb> 26 atoms in block 77
Block first atom: 1820
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1846
Blocpdb> 32 atoms in block 79
Block first atom: 1863
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 1895
Blocpdb> 25 atoms in block 81
Block first atom: 1917
Blocpdb> 24 atoms in block 82
Block first atom: 1942
Blocpdb> 21 atoms in block 83
Block first atom: 1966
Blocpdb> 27 atoms in block 84
Block first atom: 1987
Blocpdb> 22 atoms in block 85
Block first atom: 2014
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 2036
Blocpdb> 19 atoms in block 87
Block first atom: 2052
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 2071
Blocpdb> 20 atoms in block 89
Block first atom: 2093
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 2113
Blocpdb> 25 atoms in block 91
Block first atom: 2134
Blocpdb> 24 atoms in block 92
Block first atom: 2159
Blocpdb> 27 atoms in block 93
Block first atom: 2183
Blocpdb> 26 atoms in block 94
Block first atom: 2210
Blocpdb> 23 atoms in block 95
Block first atom: 2236
Blocpdb> 30 atoms in block 96
Block first atom: 2259
Blocpdb> 23 atoms in block 97
Block first atom: 2289
Blocpdb> 20 atoms in block 98
Block first atom: 2312
Blocpdb> 23 atoms in block 99
Block first atom: 2332
Blocpdb> 20 atoms in block 100
Block first atom: 2355
Blocpdb> 22 atoms in block 101
Block first atom: 2375
Blocpdb> 25 atoms in block 102
Block first atom: 2397
Blocpdb> 24 atoms in block 103
Block first atom: 2422
Blocpdb> 18 atoms in block 104
Block first atom: 2446
Blocpdb> 16 atoms in block 105
Block first atom: 2464
Blocpdb> 26 atoms in block 106
Block first atom: 2480
Blocpdb> 20 atoms in block 107
Block first atom: 2506
Blocpdb> 24 atoms in block 108
Block first atom: 2526
Blocpdb> 32 atoms in block 109
Block first atom: 2550
Blocpdb> 30 atoms in block 110
Block first atom: 2582
Blocpdb> 26 atoms in block 111
Block first atom: 2612
Blocpdb> 21 atoms in block 112
Block first atom: 2638
Blocpdb> 20 atoms in block 113
Block first atom: 2659
Blocpdb> 25 atoms in block 114
Block first atom: 2679
Blocpdb> 19 atoms in block 115
Block first atom: 2704
Blocpdb> 22 atoms in block 116
Block first atom: 2723
Blocpdb> 18 atoms in block 117
Block first atom: 2745
Blocpdb> 27 atoms in block 118
Block first atom: 2763
Blocpdb> 31 atoms in block 119
Block first atom: 2790
Blocpdb> 30 atoms in block 120
Block first atom: 2821
Blocpdb> 24 atoms in block 121
Block first atom: 2851
Blocpdb> 24 atoms in block 122
Block first atom: 2875
Blocpdb> 21 atoms in block 123
Block first atom: 2899
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 2920
Blocpdb> 26 atoms in block 125
Block first atom: 2939
Blocpdb> 19 atoms in block 126
Block first atom: 2965
Blocpdb> 25 atoms in block 127
Block first atom: 2984
Blocpdb> 26 atoms in block 128
Block first atom: 3009
Blocpdb> 28 atoms in block 129
Block first atom: 3035
Blocpdb> 18 atoms in block 130
Block first atom: 3063
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 3081
Blocpdb> 22 atoms in block 132
Block first atom: 3105
Blocpdb> 24 atoms in block 133
Block first atom: 3127
Blocpdb> 20 atoms in block 134
Block first atom: 3151
Blocpdb> 27 atoms in block 135
Block first atom: 3171
Blocpdb> 26 atoms in block 136
Block first atom: 3198
Blocpdb> 10 atoms in block 137
Block first atom: 3223
Blocpdb> 137 blocks.
Blocpdb> At most, 36 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1145412 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9699
Prepmat> Matrix trace = 2502460.0000
Prepmat> Last element read: 9699 9699 115.2569
Prepmat> 9454 lines saved.
Prepmat> 8281 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3233
RTB> Total mass = 3233.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3233
RTB> Number of blocks = 137
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 161591.6017
RTB> 40137 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 822
Diagstd> Nb of non-zero elements: 40137
Diagstd> Projected matrix trace = 161591.6017
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 822 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 161591.6017
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0926430 0.1333880 0.2938468 0.4000465
0.6387684 0.9992025 1.4360103 1.7988917 2.5325308
2.6407993 3.5782008 4.1435700 4.9140655 5.4525867
6.5481716 8.5354988 8.9435071 9.0317111 9.8034634
10.4580297 11.2623759 11.5004194 13.1214911 13.7434832
14.2687943 14.9827064 16.2021282 17.3126325 17.6839881
18.1287912 18.4267037 18.9357537 19.6647461 20.1256575
21.3845156 21.6272782 22.2508846 23.7686680 23.8381855
24.5707116 25.0846552 25.5464756 26.5887817 27.0760158
27.6552040 28.5140951 28.9526616 29.6778585 30.6605664
31.2824569 31.7997202 32.2148147 32.4046024 33.1094116
33.5583753 34.0195593 34.5491861 35.0821529 36.0861304
36.3387865 36.9653288 37.6165358 38.3246166 39.4678787
40.3675233 40.4659061 40.6877213 41.1726636 41.4127719
41.7221444 42.2864261 43.5209325 44.2076397 44.2456081
44.8654128 45.5748126 45.9119788 46.8205879 47.9354140
48.7402585 49.0933059 49.6678867 49.9658907 50.8391264
50.9913954 51.5843194 51.9674192 52.4539479 52.9327620
53.8797896 54.2006818 54.7651761 55.0420977 55.0788350
55.6691768 57.2844335 57.6892837 57.8378200 58.0917519
58.8072919
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034316 0.0034319 0.0034336 0.0034338 0.0034340
0.0034342 33.0523009 39.6600936 58.8648074 68.6831966
86.7894640 108.5480518 130.1289892 145.6457390 172.8115037
176.4667871 205.4128638 221.0459794 240.7219822 253.5692413
277.8787303 317.2559181 324.7500368 326.3475071 340.0047988
351.1722708 364.4267841 368.2579403 393.3569925 402.5721140
410.1936363 420.3300267 437.1005086 451.8318443 456.6520244
462.3594131 466.1429357 472.5378247 481.5478537 487.1585390
502.1633220 505.0056233 512.2346124 529.4167803 530.1904221
538.2749226 543.8753159 548.8589834 559.9438768 565.0510149
571.0625940 579.8625716 584.3048990 591.5773803 601.2919183
607.3593308 612.3601620 616.3438955 618.1567687 624.8431477
629.0653199 633.3731108 638.2843421 643.1886897 652.3271242
654.6067673 660.2259147 666.0160251 672.2552305 682.2085731
689.9400130 690.7802544 692.6709348 696.7865550 698.8153407
701.4207205 706.1480615 716.3815235 722.0112164 722.3212048
727.3628478 733.0907272 735.7974631 743.0425967 751.8367004
758.1221652 760.8629191 765.3024810 767.5949294 774.2733651
775.4320170 779.9273187 782.8180932 786.4740016 790.0554227
797.0915880 799.4616860 803.6140563 805.6432426 805.9120569
810.2194788 821.8898016 824.7889874 825.8501234 827.6610492
832.7427698
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3233
Rtb_to_modes> Number of blocs = 137
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9860E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.2643E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1334
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2938
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.81
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 822 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000
1.00003 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00006 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99997 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 1.00001 0.99997 0.99998 0.99999
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999
1.00002 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
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1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 58194 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99996 1.00003 0.99999
1.00002 0.99996 1.00001 0.99999 0.99999
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1.00001 0.99998 1.00002 0.99999 0.99999
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0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000
1.00003 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00006 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99997 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 1.00001 0.99997 0.99998 0.99999
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999
1.00002 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
0.99998 1.00002 0.99996 0.99997 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240228060628930665.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240228060628930665.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240228060628930665.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240228060628930665.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 409
First residue number = 1
Last residue number = 409
Number of atoms found = 3233
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9860E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.2643E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1334
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2938
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4000
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6388
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9992
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.436
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.799
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.533
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.641
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.578
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.144
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.914
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.548
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.535
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.944
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.032
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.803
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.81
Bfactors> 106 vectors, 9699 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.092643
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.359 for 409 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.149 +/- 0.15
Bfactors> = 65.502 +/- 6.78
Bfactors> Shiftng-fct= 65.353
Bfactors> Scaling-fct= 45.470
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060628930665 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060628930665.eigenfacs
240228060628930665.atom
240228060628930665.10.pdb
240228060628930665.11.pdb
240228060628930665.12.pdb
240228060628930665.13.pdb
240228060628930665.14.pdb
240228060628930665.15.pdb
240228060628930665.16.pdb
240228060628930665.7.pdb
240228060628930665.8.pdb
240228060628930665.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m11.957s
user 0m11.929s
sys 0m0.028s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240228060628930665.Chkmod.res: No such file or directory
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