*** HYDROLASE 19-MAY-97 1AKI ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403061344231916285.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403061344231916285.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403061344231916285.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 129
First residue number = 1
Last residue number = 129
Number of atoms found = 1001
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 27.603086 +/- 7.217169 From: 10.331000 To: 47.134000
= 25.011093 +/- 9.520189 From: 4.392000 To: 45.545000
= 0.182890 +/- 7.229016 From: -16.030000 To: 16.852000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 8.0397 % Filled.
Pdbmat> 362630 non-zero elements.
Pdbmat> 39631 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.18 +/- 23.15
Maximum number = 127
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 792620.
Pdbmat> Larger element = 487.212
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
129 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403061344231916285.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403061344231916285.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403061344231916285.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1001 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 129 residues.
Blocpdb> 9 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 7 atoms in block 2
Block first atom: 10
Blocpdb> 11 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 28
Blocpdb> 11 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 6 atoms in block 6
Block first atom: 43
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 49
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 58
Blocpdb> 5 atoms in block 9
Block first atom: 66
Blocpdb> 5 atoms in block 10
Block first atom: 71
Blocpdb> 5 atoms in block 11
Block first atom: 76
Blocpdb> 8 atoms in block 12
Block first atom: 81
Blocpdb> 9 atoms in block 13
Block first atom: 89
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 98
Blocpdb> 10 atoms in block 15
Block first atom: 109
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 119
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 123
Blocpdb> 8 atoms in block 18
Block first atom: 131
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 139
Blocpdb> 12 atoms in block 20
Block first atom: 147
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 159
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 170
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 174
Blocpdb> 6 atoms in block 24
Block first atom: 186
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 192
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 200
Blocpdb> 8 atoms in block 27
Block first atom: 204
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 212
Blocpdb> 7 atoms in block 29
Block first atom: 226
Blocpdb> 6 atoms in block 30
Block first atom: 233
Blocpdb> 5 atoms in block 31
Block first atom: 239
Blocpdb> 5 atoms in block 32
Block first atom: 244
Blocpdb> 9 atoms in block 33
Block first atom: 249
Blocpdb> 11 atoms in block 34
Block first atom: 258
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 269
Blocpdb> 6 atoms in block 36
Block first atom: 278
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 284
Blocpdb> 11 atoms in block 38
Block first atom: 292
Blocpdb> 8 atoms in block 39
Block first atom: 303
Blocpdb> 7 atoms in block 40
Block first atom: 311
Blocpdb> 9 atoms in block 41
Block first atom: 318
Blocpdb> 5 atoms in block 42
Block first atom: 327
Blocpdb> 7 atoms in block 43
Block first atom: 332
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 339
Blocpdb> 11 atoms in block 45
Block first atom: 347
Blocpdb> 8 atoms in block 46
Block first atom: 358
Blocpdb> 7 atoms in block 47
Block first atom: 366
Blocpdb> 8 atoms in block 48
Block first atom: 373
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 381
Blocpdb> 6 atoms in block 50
Block first atom: 385
Blocpdb> 7 atoms in block 51
Block first atom: 391
Blocpdb> 8 atoms in block 52
Block first atom: 398
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 406
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 418
Blocpdb> 8 atoms in block 55
Block first atom: 422
Blocpdb> 8 atoms in block 56
Block first atom: 430
Blocpdb> 9 atoms in block 57
Block first atom: 438
Blocpdb> 8 atoms in block 58
Block first atom: 447
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 455
Blocpdb> 6 atoms in block 60
Block first atom: 463
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 469
Blocpdb> 14 atoms in block 62
Block first atom: 480
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 494
Blocpdb> 6 atoms in block 64
Block first atom: 508
Blocpdb> 8 atoms in block 65
Block first atom: 514
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 522
Blocpdb> 4 atoms in block 67
Block first atom: 530
Blocpdb> 11 atoms in block 68
Block first atom: 534
Blocpdb> 7 atoms in block 69
Block first atom: 545
Blocpdb> 7 atoms in block 70
Block first atom: 552
Blocpdb> 4 atoms in block 71
Block first atom: 559
Blocpdb> 6 atoms in block 72
Block first atom: 563
Blocpdb> 11 atoms in block 73
Block first atom: 569
Blocpdb> 8 atoms in block 74
Block first atom: 580
Blocpdb> 8 atoms in block 75
Block first atom: 588
Blocpdb> 6 atoms in block 76
Block first atom: 596
Blocpdb> 8 atoms in block 77
Block first atom: 602
Blocpdb> 8 atoms in block 78
Block first atom: 610
Blocpdb> 7 atoms in block 79
Block first atom: 618
Blocpdb> 6 atoms in block 80
Block first atom: 625
Blocpdb> 6 atoms in block 81
Block first atom: 631
Blocpdb> 5 atoms in block 82
Block first atom: 637
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 642
Blocpdb> 8 atoms in block 84
Block first atom: 650
Blocpdb> 6 atoms in block 85
Block first atom: 658
Blocpdb> 6 atoms in block 86
Block first atom: 664
Blocpdb> 8 atoms in block 87
Block first atom: 670
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 678
Blocpdb> 7 atoms in block 89
Block first atom: 686
Blocpdb> 5 atoms in block 90
Block first atom: 693
Blocpdb> 6 atoms in block 91
Block first atom: 698
Blocpdb> 7 atoms in block 92
Block first atom: 704
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 711
Blocpdb> 6 atoms in block 94
Block first atom: 719
Blocpdb> 5 atoms in block 95
Block first atom: 725
Blocpdb> 9 atoms in block 96
Block first atom: 730
Blocpdb> 9 atoms in block 97
Block first atom: 739
Blocpdb> 8 atoms in block 98
Block first atom: 748
Blocpdb> 7 atoms in block 99
Block first atom: 756
Blocpdb> 6 atoms in block 100
Block first atom: 763
Blocpdb> 8 atoms in block 101
Block first atom: 769
Blocpdb> 4 atoms in block 102
Block first atom: 777
Blocpdb> 8 atoms in block 103
Block first atom: 781
Blocpdb> 4 atoms in block 104
Block first atom: 789
Blocpdb> 8 atoms in block 105
Block first atom: 793
Blocpdb> 8 atoms in block 106
Block first atom: 801
Blocpdb> 5 atoms in block 107
Block first atom: 809
Blocpdb> 14 atoms in block 108
Block first atom: 814
Blocpdb> 7 atoms in block 109
Block first atom: 828
Blocpdb> 5 atoms in block 110
Block first atom: 835
Blocpdb> 14 atoms in block 111
Block first atom: 840
Blocpdb> 11 atoms in block 112
Block first atom: 854
Blocpdb> 8 atoms in block 113
Block first atom: 865
Blocpdb> 11 atoms in block 114
Block first atom: 873
Blocpdb> 6 atoms in block 115
Block first atom: 884
Blocpdb> 9 atoms in block 116
Block first atom: 890
Blocpdb> 4 atoms in block 117
Block first atom: 899
Blocpdb> 7 atoms in block 118
Block first atom: 903
Blocpdb> 8 atoms in block 119
Block first atom: 910
Blocpdb> 7 atoms in block 120
Block first atom: 918
Blocpdb> 9 atoms in block 121
Block first atom: 925
Blocpdb> 5 atoms in block 122
Block first atom: 934
Blocpdb> 14 atoms in block 123
Block first atom: 939
Blocpdb> 8 atoms in block 124
Block first atom: 953
Blocpdb> 11 atoms in block 125
Block first atom: 961
Blocpdb> 4 atoms in block 126
Block first atom: 972
Blocpdb> 6 atoms in block 127
Block first atom: 976
Blocpdb> 11 atoms in block 128
Block first atom: 982
Blocpdb> 9 atoms in block 129
Block first atom: 992
Blocpdb> 129 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 362759 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3003
Prepmat> Matrix trace = 792620.0000
Prepmat> Last element read: 3003 3003 69.4951
Prepmat> 8386 lines saved.
Prepmat> 6764 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1001
RTB> Total mass = 1001.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1001
RTB> Number of blocks = 129
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 187424.0897
RTB> 56421 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 774
Diagstd> Nb of non-zero elements: 56421
Diagstd> Projected matrix trace = 187424.0897
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 774 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 187424.0897
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.7907608 5.2768499 6.0784413 8.6548211
12.5059481 15.2413854 16.2874865 18.5891183 19.0818163
21.4992063 23.0576169 24.3909306 25.7875897 28.2751742
29.0060278 29.5231193 29.8697825 32.6766689 33.5698647
33.8754598 36.1408399 37.6681171 38.3249824 39.0837042
40.2897869 41.1140131 41.4435012 43.1402905 44.7546639
46.8260384 47.3555562 48.1285174 49.3664694 52.6519057
53.3684437 54.5318958 55.1529532 55.6087149 56.3257604
56.8318011 59.0308022 60.0887551 60.4490621 61.1853613
61.5808843 62.4307564 63.6932581 64.1626282 64.8672004
66.7222834 66.9062272 67.0005850 68.6762664 69.0393211
70.3537278 71.0500007 71.5371812 73.2316323 73.7920884
75.1919425 76.1522155 77.2914232 78.9344823 79.9022464
80.4031578 81.0681587 81.8300785 82.5174094 83.7392985
84.3330539 84.4844088 84.7683866 85.1935647 86.7544131
88.6568672 88.7902251 89.9746019 90.4442136 91.0398239
93.2493718 93.9637105 95.1509553 95.5636737 96.9369500
97.2650360 98.4496970 98.9458822 99.3298918 100.7151311
101.4555503 102.9398116 103.4527260 103.4543003 105.0246593
105.0432019 106.2039691 106.7312740 107.9276650 108.8336914
109.4913222
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034328 0.0034335 0.0034347 0.0034349 0.0034351
0.0034354 211.4260389 249.4495072 267.7265204 319.4657675
384.0197766 423.9430331 438.2503934 468.1927410 474.3568050
503.5081375 521.4377750 536.3020606 551.4430357 577.4281137
584.8431526 590.0331347 593.4871365 620.7463422 629.1729981
632.0302716 652.8214278 666.4725030 672.2584381 678.8801952
689.2753786 696.2900920 699.0745623 713.2418416 726.4645561
743.0858454 747.2755131 753.3495305 762.9767686 787.9566547
793.3001736 801.9006738 806.4541226 809.7793724 814.9834923
818.6362852 834.3237813 841.7669761 844.2869253 849.4132763
852.1543017 858.0144040 866.6465503 869.8339468 874.5967466
887.0145230 888.2363677 888.8624867 899.9090484 902.2845817
910.8331683 915.3292135 918.4619987 929.2758213 932.8250088
941.6314008 947.6250916 954.6868317 964.7808239 970.6770797
973.7149394 977.7333630 982.3172359 986.4340907 993.7106390
997.2273797 998.1218548 999.7979433 1002.3021816 1011.4421973
1022.4721103 1023.2408239 1030.0427438 1032.7273379 1036.1222140
1048.6202438 1052.6290692 1059.2582538 1061.5530404 1069.1532383
1070.9610006 1077.4632649 1080.1750528 1082.2691063 1089.7895559
1093.7880786 1101.7599079 1104.5013467 1104.5097505 1112.8609952
1112.9592311 1119.0916469 1121.8663636 1128.1365526 1132.8618715
1136.2793925
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1001
Rtb_to_modes> Number of blocs = 129
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.791
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.277
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.078
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.5
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 774 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
0.99999 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
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0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002
1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998
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0.99999 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
0.99997 1.00001 1.00004 1.00002 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999
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0.99998 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 18018 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
0.99997 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001
1.00002 1.00000 0.99998 0.99998 0.99997
1.00002 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
0.99999 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 1.00003 1.00005
0.99999 1.00001 1.00000 0.99996 1.00001
0.99999 1.00004 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00002
1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
0.99997 1.00001 1.00004 1.00002 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999
0.99998 1.00003 1.00002 1.00000 1.00001
0.99998 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403061344231916285.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403061344231916285.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403061344231916285.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403061344231916285.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 129
First residue number = 1
Last residue number = 129
Number of atoms found = 1001
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.791
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.277
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.078
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.77
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.7
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.5
Bfactors> 106 vectors, 3003 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.791000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.647 for 129 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.034 +/- 0.05
Bfactors> = 17.578 +/- 3.58
Bfactors> Shiftng-fct= 17.544
Bfactors> Scaling-fct= 77.346
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061344231916285 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061344231916285.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061344231916285 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403061344231916285.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
11 models are in 2403061344231916285.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061344231916285 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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2403061344231916285.atom
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061344231916285.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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making animated gifs
11 models are in 2403061344231916285.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061344231916285 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403061344231916285.eigenfacs
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2403061344231916285.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061344231916285.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061344231916285.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403061344231916285.eigenfacs
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2403061344231916285.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403061344231916285.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061344231916285 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061344231916285.eigenfacs
2403061344231916285.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061344231916285.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061344231916285.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403061344231916285.10.pdb
2403061344231916285.11.pdb
2403061344231916285.7.pdb
2403061344231916285.8.pdb
2403061344231916285.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.886s
user 0m6.846s
sys 0m0.040s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403061344231916285.Chkmod.res: No such file or directory
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