*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403061455331929025.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403061455331929025.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403061455331929025.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 2157
Mean number per residue = 9.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 60.665721 +/- 20.432659 From: 22.500000 To: 108.720000
= 65.890417 +/- 10.730414 From: 31.210000 To: 89.950000
= 47.656110 +/- 18.755484 From: -3.110000 To: 80.510000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.5621 % Filled.
Pdbmat> 745916 non-zero elements.
Pdbmat> 81583 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 75.64 +/- 32.67
Maximum number = 167
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.631660E+06
Pdbmat> Larger element = 600.171
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
219 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403061455331929025.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403061455331929025.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403061455331929025.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2157 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 219 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 40
Blocpdb> 13 atoms in block 4
Block first atom: 59
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 72
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 91
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 108
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 134
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 148
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 169
Blocpdb> 16 atoms in block 11
Block first atom: 181
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 197
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 218
Blocpdb> 12 atoms in block 14
Block first atom: 244
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 256
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 286
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 303
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 322
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 340
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 351
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 366
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 377
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 389
Blocpdb> 19 atoms in block 24
Block first atom: 404
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 423
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 437
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 456
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 472
Blocpdb> 34 atoms in block 29
Block first atom: 506
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 540
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 554
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 573
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 588
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 611
Blocpdb> 27 atoms in block 35
Block first atom: 625
Blocpdb> 23 atoms in block 36
Block first atom: 652
Blocpdb> 18 atoms in block 37
Block first atom: 675
Blocpdb> 32 atoms in block 38
Block first atom: 693
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 725
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 746
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 763
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 785
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 805
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 822
Blocpdb> 28 atoms in block 45
Block first atom: 836
Blocpdb> 17 atoms in block 46
Block first atom: 864
Blocpdb> 17 atoms in block 47
Block first atom: 881
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 898
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 915
Blocpdb> 25 atoms in block 50
Block first atom: 933
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 958
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 979
Blocpdb> 18 atoms in block 53
Block first atom: 1001
Blocpdb> 16 atoms in block 54
Block first atom: 1019
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1035
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 1061
Blocpdb> 27 atoms in block 57
Block first atom: 1079
Blocpdb> 29 atoms in block 58
Block first atom: 1106
Blocpdb> 22 atoms in block 59
Block first atom: 1135
Blocpdb> 15 atoms in block 60
Block first atom: 1157
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 1172
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 1192
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 1207
Blocpdb> 34 atoms in block 64
Block first atom: 1233
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1267
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1289
Blocpdb> 18 atoms in block 67
Block first atom: 1310
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1328
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1344
Blocpdb> 18 atoms in block 70
Block first atom: 1369
Blocpdb> 31 atoms in block 71
Block first atom: 1387
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1418
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1436
Blocpdb> 19 atoms in block 74
Block first atom: 1451
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1470
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1486
Blocpdb> 13 atoms in block 77
Block first atom: 1503
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1516
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1538
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1553
Blocpdb> 16 atoms in block 81
Block first atom: 1569
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1585
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 1601
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 1627
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1645
Blocpdb> 30 atoms in block 86
Block first atom: 1663
Blocpdb> 14 atoms in block 87
Block first atom: 1693
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1707
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 1729
Blocpdb> 34 atoms in block 90
Block first atom: 1752
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1786
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1802
Blocpdb> 18 atoms in block 93
Block first atom: 1815
Blocpdb> 18 atoms in block 94
Block first atom: 1833
Blocpdb> 19 atoms in block 95
Block first atom: 1851
Blocpdb> 22 atoms in block 96
Block first atom: 1870
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 1892
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 1909
Blocpdb> 19 atoms in block 99
Block first atom: 1926
Blocpdb> 13 atoms in block 100
Block first atom: 1945
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 1958
Blocpdb> 13 atoms in block 102
Block first atom: 1984
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 1997
Blocpdb> 20 atoms in block 104
Block first atom: 2028
Blocpdb> 14 atoms in block 105
Block first atom: 2048
Blocpdb> 27 atoms in block 106
Block first atom: 2062
Blocpdb> 25 atoms in block 107
Block first atom: 2089
Blocpdb> 20 atoms in block 108
Block first atom: 2114
Blocpdb> 10 atoms in block 109
Block first atom: 2134
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 2143
Blocpdb> 110 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 746026 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6471
Prepmat> Matrix trace = 1631660.0000
Prepmat> Last element read: 6471 6471 143.4891
Prepmat> 6106 lines saved.
Prepmat> 5307 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2157
RTB> Total mass = 2157.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2157
RTB> Number of blocks = 110
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 126250.3469
RTB> 27078 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 660
Diagstd> Nb of non-zero elements: 27078
Diagstd> Projected matrix trace = 126250.3469
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 660 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 126250.3469
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0015051 0.0021794 0.0034594 0.0087318
0.0154220 0.0320155 0.0382168 0.0432145 0.0703224
0.0847000 0.1049698 0.2040936 0.2582612 0.3002458
0.3543312 0.6055206 0.7858920 0.8549567 1.1379918
1.3798984 1.6353467 1.8987620 2.1620714 2.2386155
2.8060410 3.1688124 3.3722840 3.9365968 4.2363839
4.4822207 4.5705346 4.9136226 5.1576734 5.3532385
5.4512779 5.8034872 6.1175909 6.1366151 6.3665448
7.0600545 7.4042651 7.7234683 8.7557987 9.1065395
9.4620994 9.8543900 10.1226859 10.5667365 11.0113504
11.1234896 11.8578871 12.2767378 12.3857517 13.0474373
13.2091122 13.5636316 14.0036417 14.9429236 15.5905544
16.0774213 16.7914431 16.9332879 17.5818585 18.4460930
18.9166198 19.4256672 19.7032462 20.4184217 20.5731748
21.4741913 21.6702565 22.1050459 22.6636848 23.0094095
23.8968630 24.5073363 24.6031920 26.2953743 27.2622659
27.7677873 28.2256563 28.6256036 28.7434826 30.2970035
30.6512844 31.0399940 31.5892209 32.3385165 32.7324638
32.9925810 33.5193896 34.0769600 34.3765020 35.0766005
36.2807552 37.3924131 37.6952071 37.7273204 38.5038858
38.9824553
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034330 0.0034332 0.0034332 0.0034338 0.0034344
0.0034353 4.2128228 5.0694466 6.3869878 10.1472264
13.4854703 19.4301137 21.2286580 22.5740885 28.7966608
31.6036335 35.1825597 49.0580107 55.1854876 59.5023029
64.6397946 84.5005910 96.2668384 100.4077756 115.8416815
127.5612711 138.8673685 149.6340907 159.6725623 162.4744328
181.9040169 193.3052030 199.4147823 215.4545879 223.5079286
229.9015499 232.1553959 240.7111344 246.6165386 251.2485565
253.5388062 261.6012377 268.5873144 269.0046095 273.9978654
288.5355346 295.4855579 301.7876508 321.3239997 327.6966238
334.0327373 340.8867756 345.4961084 352.9926962 360.3425704
362.1727797 373.9374275 380.4843254 382.1698884 392.2454271
394.6681638 399.9293463 406.3645134 419.7716152 428.7716471
435.4150897 444.9787698 446.8542846 455.3314728 466.3881181
472.2990239 478.6116355 482.0190163 490.6890486 492.5450265
503.2151286 505.5071542 510.5531856 516.9642854 520.8923955
530.8425508 537.5802881 538.6305821 556.8458132 566.9911171
572.2237999 576.9222711 580.9952835 582.1903115 597.7163265
601.2008962 605.0010032 610.3300279 617.5261125 621.2760732
623.7397561 628.6998127 633.9072264 636.6872039 643.1377894
654.0838698 664.0289700 666.7121158 666.9960473 673.8256837
678.0002827
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2157
Rtb_to_modes> Number of blocs = 110
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9945E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5051E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.1794E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.4594E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.7318E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5422E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.2015E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8217E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.3215E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.0322E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.4700E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1050
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2041
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2583
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3002
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3543
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6055
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7859
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8550
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.138
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.380
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.635
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.899
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.162
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.239
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.806
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.169
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.98
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 660 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
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1.00000 1.00004 1.00003 0.99999 0.99999
1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00002
1.00000 1.00000 0.99998 0.99998 1.00004
1.00002 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001
1.00000 0.99999 0.99994 1.00001 1.00002
1.00003 0.99998 1.00002 1.00002 1.00000
1.00001 0.99997 1.00002 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 0.99997 1.00003 0.99999
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1.00001 1.00001 1.00003 1.00003 0.99999
0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 1.00004 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 0.99997 0.99999 1.00002 0.99995
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00004
1.00000 1.00004 1.00004 0.99998 0.99995
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1.00000 0.99995 0.99999 0.99999 1.00000
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0.99998 0.99998 1.00002 1.00002 0.99998
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 38826 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 0.99996 0.99999 0.99997 0.99999
1.00000 1.00004 1.00003 0.99999 0.99999
1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00002
1.00000 1.00000 0.99998 0.99998 1.00004
1.00002 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001
1.00000 0.99999 0.99994 1.00001 1.00002
1.00003 0.99998 1.00002 1.00002 1.00000
1.00001 0.99997 1.00002 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 0.99997 1.00003 0.99999
1.00004 0.99999 0.99997 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 1.00003 1.00003 0.99999
0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 1.00004 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 0.99997 0.99999 1.00002 0.99995
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00004
1.00000 1.00004 1.00004 0.99998 0.99995
0.99996 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99995 0.99999 0.99999 1.00000
1.00003 1.00002 0.99997 1.00001 1.00000
0.99998 0.99998 1.00002 1.00002 0.99998
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403061455331929025.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403061455331929025.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403061455331929025.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403061455331929025.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 2157
Mean number per residue = 9.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9945E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5051E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.1794E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.4594E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.7318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5422E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.2015E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8217E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.3215E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.0322E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.4700E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1050
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2041
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2583
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3002
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3543
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6055
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7859
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8550
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.138
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.380
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.635
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.899
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.162
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.239
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.806
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.169
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.372
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.937
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.482
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.914
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.158
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.353
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.451
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.803
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.118
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.137
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.367
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.060
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.404
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.756
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.107
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.462
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.854
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.73
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.99
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.52
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.98
Bfactors> 106 vectors, 6471 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.001505
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 12.535 +/- 23.66
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -12.535
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061455331929025 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061455331929025.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061455331929025 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061455331929025.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061455331929025 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061455331929025.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061455331929025 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061455331929025.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061455331929025 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061455331929025.eigenfacs
2403061455331929025.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061455331929025.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061455331929025.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403061455331929025.10.pdb
2403061455331929025.11.pdb
2403061455331929025.7.pdb
2403061455331929025.8.pdb
2403061455331929025.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.018s
user 0m5.986s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403061455331929025.Chkmod.res: No such file or directory
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