*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403070253331999656.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403070253331999656.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403070253331999656.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 238
First residue number = 9
Last residue number = 246
Number of atoms found = 1887
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 11.688804 +/- 10.567838 From: -11.415000 To: 38.581000
= -4.837957 +/- 17.731971 From: -39.523000 To: 30.682000
= 14.211849 +/- 20.435411 From: -19.268000 To: 53.531000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.1505 % Filled.
Pdbmat> 665171 non-zero elements.
Pdbmat> 72666 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.02 +/- 22.26
Maximum number = 125
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 1.453320E+06
Pdbmat> Larger element = 500.298
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
238 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403070253331999656.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403070253331999656.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403070253331999656.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1887 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 238 residues.
Blocpdb> 11 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 14 atoms in block 2
Block first atom: 12
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 26
Blocpdb> 15 atoms in block 4
Block first atom: 46
Blocpdb> 18 atoms in block 5
Block first atom: 61
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 79
Blocpdb> 18 atoms in block 7
Block first atom: 95
Blocpdb> 23 atoms in block 8
Block first atom: 113
Blocpdb> 15 atoms in block 9
Block first atom: 136
Blocpdb> 14 atoms in block 10
Block first atom: 151
Blocpdb> 17 atoms in block 11
Block first atom: 165
Blocpdb> 20 atoms in block 12
Block first atom: 182
Blocpdb> 13 atoms in block 13
Block first atom: 202
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 215
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 234
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 251
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 267
Blocpdb> 16 atoms in block 18
Block first atom: 284
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 300
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 317
Blocpdb> 19 atoms in block 21
Block first atom: 332
Blocpdb> 16 atoms in block 22
Block first atom: 351
Blocpdb> 16 atoms in block 23
Block first atom: 367
Blocpdb> 13 atoms in block 24
Block first atom: 383
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 396
Blocpdb> 13 atoms in block 26
Block first atom: 411
Blocpdb> 13 atoms in block 27
Block first atom: 424
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 437
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 453
Blocpdb> 10 atoms in block 30
Block first atom: 471
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 481
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 499
Blocpdb> 13 atoms in block 33
Block first atom: 516
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 529
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 545
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 560
Blocpdb> 19 atoms in block 37
Block first atom: 574
Blocpdb> 15 atoms in block 38
Block first atom: 593
Blocpdb> 17 atoms in block 39
Block first atom: 608
Blocpdb> 16 atoms in block 40
Block first atom: 625
Blocpdb> 15 atoms in block 41
Block first atom: 641
Blocpdb> 15 atoms in block 42
Block first atom: 656
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 671
Blocpdb> 10 atoms in block 44
Block first atom: 687
Blocpdb> 15 atoms in block 45
Block first atom: 697
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 712
Blocpdb> 12 atoms in block 47
Block first atom: 727
Blocpdb> 18 atoms in block 48
Block first atom: 739
Blocpdb> 13 atoms in block 49
Block first atom: 757
Blocpdb> 15 atoms in block 50
Block first atom: 770
Blocpdb> 12 atoms in block 51
Block first atom: 785
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 797
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 819
Blocpdb> 16 atoms in block 54
Block first atom: 835
Blocpdb> 24 atoms in block 55
Block first atom: 851
Blocpdb> 16 atoms in block 56
Block first atom: 875
Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 891
Blocpdb> 15 atoms in block 58
Block first atom: 908
Blocpdb> 17 atoms in block 59
Block first atom: 923
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 940
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 956
Blocpdb> 13 atoms in block 62
Block first atom: 965
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 978
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 994
Blocpdb> 15 atoms in block 65
Block first atom: 1008
Blocpdb> 16 atoms in block 66
Block first atom: 1023
Blocpdb> 14 atoms in block 67
Block first atom: 1039
Blocpdb> 21 atoms in block 68
Block first atom: 1053
Blocpdb> 20 atoms in block 69
Block first atom: 1074
Blocpdb> 13 atoms in block 70
Block first atom: 1094
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1107
Blocpdb> 19 atoms in block 72
Block first atom: 1121
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1140
Blocpdb> 15 atoms in block 74
Block first atom: 1156
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1171
Blocpdb> 18 atoms in block 76
Block first atom: 1187
Blocpdb> 13 atoms in block 77
Block first atom: 1205
Blocpdb> 20 atoms in block 78
Block first atom: 1218
Blocpdb> 12 atoms in block 79
Block first atom: 1238
Blocpdb> 13 atoms in block 80
Block first atom: 1250
Blocpdb> 16 atoms in block 81
Block first atom: 1263
Blocpdb> 13 atoms in block 82
Block first atom: 1279
Blocpdb> 18 atoms in block 83
Block first atom: 1292
Blocpdb> 16 atoms in block 84
Block first atom: 1310
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1326
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 1344
Blocpdb> 19 atoms in block 87
Block first atom: 1360
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1379
Blocpdb> 13 atoms in block 89
Block first atom: 1401
Blocpdb> 13 atoms in block 90
Block first atom: 1414
Blocpdb> 14 atoms in block 91
Block first atom: 1427
Blocpdb> 11 atoms in block 92
Block first atom: 1441
Blocpdb> 12 atoms in block 93
Block first atom: 1452
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1464
Blocpdb> 19 atoms in block 95
Block first atom: 1483
Blocpdb> 16 atoms in block 96
Block first atom: 1502
Blocpdb> 16 atoms in block 97
Block first atom: 1518
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1534
Blocpdb> 21 atoms in block 99
Block first atom: 1550
Blocpdb> 12 atoms in block 100
Block first atom: 1571
Blocpdb> 17 atoms in block 101
Block first atom: 1583
Blocpdb> 17 atoms in block 102
Block first atom: 1600
Blocpdb> 16 atoms in block 103
Block first atom: 1617
Blocpdb> 16 atoms in block 104
Block first atom: 1633
Blocpdb> 15 atoms in block 105
Block first atom: 1649
Blocpdb> 15 atoms in block 106
Block first atom: 1664
Blocpdb> 19 atoms in block 107
Block first atom: 1679
Blocpdb> 15 atoms in block 108
Block first atom: 1698
Blocpdb> 18 atoms in block 109
Block first atom: 1713
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 1731
Blocpdb> 16 atoms in block 111
Block first atom: 1745
Blocpdb> 20 atoms in block 112
Block first atom: 1761
Blocpdb> 13 atoms in block 113
Block first atom: 1781
Blocpdb> 19 atoms in block 114
Block first atom: 1794
Blocpdb> 16 atoms in block 115
Block first atom: 1813
Blocpdb> 15 atoms in block 116
Block first atom: 1829
Blocpdb> 14 atoms in block 117
Block first atom: 1844
Blocpdb> 13 atoms in block 118
Block first atom: 1858
Blocpdb> 17 atoms in block 119
Block first atom: 1870
Blocpdb> 119 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 665290 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5661
Prepmat> Matrix trace = 1453320.0000
Prepmat> Last element read: 5661 5661 181.0571
Prepmat> 7141 lines saved.
Prepmat> 6014 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1887
RTB> Total mass = 1887.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1887
RTB> Number of blocks = 119
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 152176.4134
RTB> 38751 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 714
Diagstd> Nb of non-zero elements: 38751
Diagstd> Projected matrix trace = 152176.4134
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 714 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 152176.4134
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0273569 0.0316062 0.0461973 0.3616076
0.5086768 1.1466740 1.4348916 3.2354854 3.4917425
5.8595691 7.6778583 8.5799549 10.5807644 11.5313860
12.2929206 13.0384072 13.4043479 15.6512465 16.4173067
16.8372711 18.5545102 19.5496846 20.1730882 20.7992036
21.6161213 23.3590667 24.1509385 25.0607545 25.4441180
27.2222275 27.8026617 28.6312835 29.7977484 30.1517052
31.0730355 31.8895547 32.9084053 33.4139103 34.3404624
35.1167274 35.6799421 36.3357109 37.7066139 38.2489982
38.9451271 39.3936394 40.3115725 40.6098724 41.4330345
41.6282532 43.0430669 43.3784881 43.9554294 44.2957328
45.0520268 45.7455971 46.2125249 47.2293678 48.8002587
49.8303014 50.2293657 50.9239533 51.5212555 52.5070633
53.6767085 54.7279093 54.8675894 56.9729502 57.6076098
57.6812157 59.1399862 60.4017392 60.4939677 61.5128754
61.8558807 62.2930938 63.0559365 64.0291999 64.5768475
66.9889315 67.6683998 67.7909782 68.7725657 69.6653284
70.1366960 70.5624269 70.8932966 71.7005660 72.2425153
72.6466058 73.1058947 73.9790226 74.6788081 75.5626772
76.1114504 76.5572752 76.7811637 77.3147641 78.0630028
79.3258865
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034313 0.0034324 0.0034332 0.0034334 0.0034334
0.0034339 17.9609308 19.3055033 23.3401559 65.3001337
77.4490745 116.2827433 130.0782936 195.3282254 202.9160431
262.8621901 300.8952473 318.0810409 353.2269259 368.7534013
380.7350148 392.1096673 397.5741384 429.6054144 439.9934753
445.5855854 467.7567109 480.1369820 487.7322505 495.2433277
504.8753467 524.8352834 533.6570927 543.6161513 547.7583177
566.5746112 572.5830243 581.0529213 592.7710768 596.2813407
605.3229233 613.2245144 622.9435581 627.7098326 636.3533719
643.5055520 648.6454118 654.5790641 666.8129830 671.5916888
677.6755909 681.5666516 689.4617068 692.0079646 698.9862793
700.6310403 712.4376861 715.2082016 719.9486866 722.7302388
728.8739812 734.4630139 738.2018500 746.2792159 758.5886535
766.5527344 769.6160699 774.9190471 779.4504265 786.8720963
795.5879901 803.3405868 804.3651025 819.6522489 824.2049307
824.7313111 835.0950123 843.9563828 844.6004633 851.6836198
854.0548783 857.0679017 862.2997699 868.9290519 872.6371549
888.7851824 893.2812814 894.0899856 900.5397633 906.3660398
909.4271846 912.1831276 914.3192560 919.5102445 922.9787657
925.5565193 928.4777022 934.0058040 938.4129000 943.9499081
947.3714209 950.1419959 951.5303064 954.8309718 959.4401905
967.1698448
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1887
Rtb_to_modes> Number of blocs = 119
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9842E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9909E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.7357E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.1606E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.6197E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3616
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5087
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.147
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.435
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.235
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.492
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.860
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.678
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.580
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.33
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 714 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
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1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 33966 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99997 0.99996 1.00000 1.00001 1.00000
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1.00001 0.99997 0.99999 0.99995 1.00002
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1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
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1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00002 1.00003 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001
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1.00000 1.00003 1.00001 0.99996 0.99998
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00002
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403070253331999656.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403070253331999656.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403070253331999656.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403070253331999656.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 238
First residue number = 9
Last residue number = 246
Number of atoms found = 1887
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9842E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9909E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.7357E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1606E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.6197E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3616
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5087
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.147
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.435
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.235
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.678
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.580
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.53
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.40
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.33
Bfactors> 106 vectors, 5661 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.027357
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.567 for 238 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.803 +/- 0.55
Bfactors> = 36.770 +/- 12.07
Bfactors> Shiftng-fct= 35.967
Bfactors> Scaling-fct= 22.040
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403070253331999656 7 -150 150 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
making animated gifs
16 models are in 2403070253331999656.7.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.7.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.7.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403070253331999656 8 -150 150 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
making animated gifs
16 models are in 2403070253331999656.8.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.8.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.8.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403070253331999656 9 -150 150 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
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2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
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2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
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2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
making animated gifs
16 models are in 2403070253331999656.9.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.9.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.9.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403070253331999656 10 -150 150 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
making animated gifs
16 models are in 2403070253331999656.10.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.10.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.10.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403070253331999656 11 -150 150 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=110
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=130
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
calculating perturbed structure for DQ=150
2403070253331999656.eigenfacs
2403070253331999656.atom
making animated gifs
16 models are in 2403070253331999656.11.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 10 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 16 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.11.pdb, 2 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making animated gif 300x300
16 models are in 2403070253331999656.11.pdb, 2 models will be skipped
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making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
2403070253331999656.10.pdb
2403070253331999656.11.pdb
2403070253331999656.7.pdb
2403070253331999656.8.pdb
2403070253331999656.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.626s
user 0m6.606s
sys 0m0.020s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403070253331999656.Chkmod.res: No such file or directory
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