*** dhr81 test ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403081337012335849.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403081337012335849.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403081337012335849.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 228
First residue number = 1
Last residue number = 228
Number of atoms found = 3521
Mean number per residue = 15.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 9.567915 +/- 10.355332 From: -13.950000 To: 33.527000
= 12.049040 +/- 8.825094 From: -16.756000 To: 30.539000
= 2.210172 +/- 10.860614 From: -22.188000 To: 25.461000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.6476 % Filled.
Pdbmat> 2593098 non-zero elements.
Pdbmat> 285823 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 162.35 +/- 52.18
Maximum number = 261
Minimum number = 35
Pdbmat> Matrix trace = 5.716460E+06
Pdbmat> Larger element = 938.624
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
228 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403081337012335849.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403081337012335849.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403081337012335849.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3521 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 228 residues.
Blocpdb> 28 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 34 atoms in block 2
Block first atom: 29
Blocpdb> 39 atoms in block 3
Block first atom: 63
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 102
Blocpdb> 30 atoms in block 5
Block first atom: 128
Blocpdb> 25 atoms in block 6
Block first atom: 158
Blocpdb> 48 atoms in block 7
Block first atom: 183
Blocpdb> 36 atoms in block 8
Block first atom: 231
Blocpdb> 25 atoms in block 9
Block first atom: 267
Blocpdb> 46 atoms in block 10
Block first atom: 292
Blocpdb> 35 atoms in block 11
Block first atom: 338
Blocpdb> 30 atoms in block 12
Block first atom: 373
Blocpdb> 34 atoms in block 13
Block first atom: 403
Blocpdb> 39 atoms in block 14
Block first atom: 437
Blocpdb> 19 atoms in block 15
Block first atom: 476
Blocpdb> 41 atoms in block 16
Block first atom: 495
Blocpdb> 34 atoms in block 17
Block first atom: 536
Blocpdb> 25 atoms in block 18
Block first atom: 570
Blocpdb> 29 atoms in block 19
Block first atom: 595
Blocpdb> 34 atoms in block 20
Block first atom: 624
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 658
Blocpdb> 34 atoms in block 22
Block first atom: 683
Blocpdb> 33 atoms in block 23
Block first atom: 717
Blocpdb> 34 atoms in block 24
Block first atom: 750
Blocpdb> 34 atoms in block 25
Block first atom: 784
Blocpdb> 26 atoms in block 26
Block first atom: 818
Blocpdb> 25 atoms in block 27
Block first atom: 844
Blocpdb> 31 atoms in block 28
Block first atom: 869
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 900
Blocpdb> 30 atoms in block 30
Block first atom: 925
Blocpdb> 25 atoms in block 31
Block first atom: 955
Blocpdb> 34 atoms in block 32
Block first atom: 980
Blocpdb> 26 atoms in block 33
Block first atom: 1014
Blocpdb> 32 atoms in block 34
Block first atom: 1040
Blocpdb> 41 atoms in block 35
Block first atom: 1072
Blocpdb> 35 atoms in block 36
Block first atom: 1113
Blocpdb> 30 atoms in block 37
Block first atom: 1148
Blocpdb> 34 atoms in block 38
Block first atom: 1178
Blocpdb> 38 atoms in block 39
Block first atom: 1212
Blocpdb> 26 atoms in block 40
Block first atom: 1250
Blocpdb> 25 atoms in block 41
Block first atom: 1276
Blocpdb> 39 atoms in block 42
Block first atom: 1301
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 1340
Blocpdb> 24 atoms in block 44
Block first atom: 1364
Blocpdb> 31 atoms in block 45
Block first atom: 1388
Blocpdb> 29 atoms in block 46
Block first atom: 1419
Blocpdb> 29 atoms in block 47
Block first atom: 1448
Blocpdb> 38 atoms in block 48
Block first atom: 1477
Blocpdb> 29 atoms in block 49
Block first atom: 1515
Blocpdb> 29 atoms in block 50
Block first atom: 1544
Blocpdb> 26 atoms in block 51
Block first atom: 1573
Blocpdb> 29 atoms in block 52
Block first atom: 1599
Blocpdb> 29 atoms in block 53
Block first atom: 1628
Blocpdb> 31 atoms in block 54
Block first atom: 1657
Blocpdb> 20 atoms in block 55
Block first atom: 1688
Blocpdb> 34 atoms in block 56
Block first atom: 1708
Blocpdb> 21 atoms in block 57
Block first atom: 1742
Blocpdb> 26 atoms in block 58
Block first atom: 1763
Blocpdb> 25 atoms in block 59
Block first atom: 1789
Blocpdb> 39 atoms in block 60
Block first atom: 1814
Blocpdb> 21 atoms in block 61
Block first atom: 1853
Blocpdb> 37 atoms in block 62
Block first atom: 1874
Blocpdb> 27 atoms in block 63
Block first atom: 1911
Blocpdb> 40 atoms in block 64
Block first atom: 1938
Blocpdb> 34 atoms in block 65
Block first atom: 1978
Blocpdb> 25 atoms in block 66
Block first atom: 2012
Blocpdb> 46 atoms in block 67
Block first atom: 2037
Blocpdb> 27 atoms in block 68
Block first atom: 2083
Blocpdb> 30 atoms in block 69
Block first atom: 2110
Blocpdb> 34 atoms in block 70
Block first atom: 2140
Blocpdb> 32 atoms in block 71
Block first atom: 2174
Blocpdb> 19 atoms in block 72
Block first atom: 2206
Blocpdb> 27 atoms in block 73
Block first atom: 2225
Blocpdb> 35 atoms in block 74
Block first atom: 2252
Blocpdb> 29 atoms in block 75
Block first atom: 2287
Blocpdb> 29 atoms in block 76
Block first atom: 2316
Blocpdb> 29 atoms in block 77
Block first atom: 2345
Blocpdb> 29 atoms in block 78
Block first atom: 2374
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2403
Blocpdb> 35 atoms in block 80
Block first atom: 2432
Blocpdb> 29 atoms in block 81
Block first atom: 2467
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 2496
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 2521
Blocpdb> 20 atoms in block 84
Block first atom: 2547
Blocpdb> 31 atoms in block 85
Block first atom: 2567
Blocpdb> 36 atoms in block 86
Block first atom: 2598
Blocpdb> 30 atoms in block 87
Block first atom: 2634
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 2664
Blocpdb> 34 atoms in block 89
Block first atom: 2689
Blocpdb> 36 atoms in block 90
Block first atom: 2723
Blocpdb> 22 atoms in block 91
Block first atom: 2759
Blocpdb> 48 atoms in block 92
Block first atom: 2781
Blocpdb> 31 atoms in block 93
Block first atom: 2829
Blocpdb> 30 atoms in block 94
Block first atom: 2860
Blocpdb> 34 atoms in block 95
Block first atom: 2890
Blocpdb> 38 atoms in block 96
Block first atom: 2924
Blocpdb> 37 atoms in block 97
Block first atom: 2962
Blocpdb> 21 atoms in block 98
Block first atom: 2999
Blocpdb> 30 atoms in block 99
Block first atom: 3020
Blocpdb> 24 atoms in block 100
Block first atom: 3050
Blocpdb> 23 atoms in block 101
Block first atom: 3074
Blocpdb> 31 atoms in block 102
Block first atom: 3097
Blocpdb> 46 atoms in block 103
Block first atom: 3128
Blocpdb> 29 atoms in block 104
Block first atom: 3174
Blocpdb> 30 atoms in block 105
Block first atom: 3203
Blocpdb> 25 atoms in block 106
Block first atom: 3233
Blocpdb> 36 atoms in block 107
Block first atom: 3258
Blocpdb> 34 atoms in block 108
Block first atom: 3294
Blocpdb> 25 atoms in block 109
Block first atom: 3328
Blocpdb> 48 atoms in block 110
Block first atom: 3353
Blocpdb> 33 atoms in block 111
Block first atom: 3401
Blocpdb> 32 atoms in block 112
Block first atom: 3434
Blocpdb> 34 atoms in block 113
Block first atom: 3466
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 3499
Blocpdb> 114 blocks.
Blocpdb> At most, 48 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 19 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2593212 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10563
Prepmat> Matrix trace = 5716460.0000
Prepmat> Last element read: 10563 10563 248.8388
Prepmat> 6556 lines saved.
Prepmat> 5166 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3521
RTB> Total mass = 3521.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3521
RTB> Number of blocks = 114
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 318524.4237
RTB> 48294 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 684
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48294
Diagstd> Projected matrix trace = 318524.4237
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 684 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 318524.4237
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.9773703 5.6678689 9.3448626 14.2050484
14.6451042 18.6598902 20.6267398 22.2128625 25.1305401
27.3016936 30.9788548 33.4037891 36.3419849 38.5397385
39.7636131 40.6210680 41.7333318 45.5929310 46.4933870
50.4158358 52.1939632 52.9216652 56.6408267 56.8312761
58.1025981 61.1404687 63.8936415 65.5508638 69.2412491
69.3988440 72.4171486 75.2070658 76.4130625 78.3873215
80.6103696 82.1348329 84.5627962 85.6646421 89.7690391
91.5657710 94.4618273 98.8526445 100.7042046 101.1088384
101.9072723 103.3571786 105.6841173 107.4576879 109.6826394
110.3683444 113.1902140 117.2013777 118.2419011 120.1172131
121.6451757 124.0987261 125.3801513 128.3949171 130.0747515
130.5286302 131.8578913 132.6588194 136.8703364 139.2332488
141.3200633 141.8685884 143.5850214 145.0837449 146.6292933
148.0449415 149.5252906 153.0153582 155.1461688 157.5640913
158.7525661 160.4209108 161.9886958 162.6491973 167.4933910
168.7174196 168.8641392 171.7282487 172.7105109 174.8095848
176.7313425 177.9539445 180.9874987 182.3871226 184.6816820
184.8504693 186.1965548 189.3920957 190.6872458 192.6989036
194.0521933 195.5093989 196.1267471 197.7826089 201.0977751
202.1866833
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034316 0.0034322 0.0034324 0.0034327 0.0034341
0.0034360 216.5675054 258.5265671 331.9569314 409.2763399
415.5674400 469.0831391 493.1858133 511.7967747 544.3725169
567.4009706 604.4048770 627.6147572 654.6355747 674.1393255
684.7597114 692.1033465 701.5147538 733.2364335 740.4417059
771.0432971 784.5225253 789.9726049 817.2596774 818.6325037
827.7383113 849.1016057 868.0087452 879.1935425 903.6031310
904.6308590 924.0936600 941.7260905 949.2466721 961.4311582
974.9688415 984.1447257 998.5847927 1005.0694736 1028.8654145
1039.1107998 1055.4154599 1079.6660030 1089.7304393 1091.9175361
1096.2203725 1103.9911785 1116.3493978 1125.6776054 1137.2716852
1140.8210979 1155.3131609 1175.6055796 1180.8126091 1190.1395949
1197.6853167 1209.7035132 1215.9330837 1230.4648045 1238.4879424
1240.6468309 1246.9480009 1250.7293584 1270.4276803 1281.3470070
1290.9136467 1293.4165214 1301.2173605 1307.9907080 1314.9391353
1321.2714979 1327.8609761 1343.2683804 1352.5888656 1363.0880324
1368.2191270 1375.3897045 1382.0941690 1384.9090156 1405.3811298
1410.5069895 1411.1201570 1423.0368641 1427.1008497 1435.7469452
1443.6172689 1448.6020310 1460.8969059 1466.5347770 1475.7309677
1476.4051758 1481.7710338 1494.4321606 1499.5332610 1507.4221834
1512.7060998 1518.3751958 1520.7705473 1527.1768459 1539.9226720
1544.0862455
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3521
Rtb_to_modes> Number of blocs = 114
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9865E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9897E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0012E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.977
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.668
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.345
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 202.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 684 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 63378 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00002 1.00003 1.00000 0.99996 0.99999
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
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1.00002 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403081337012335849.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403081337012335849.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403081337012335849.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403081337012335849.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 228
First residue number = 1
Last residue number = 228
Number of atoms found = 3521
Mean number per residue = 15.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9865E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9897E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0012E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.977
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.668
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.345
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.2
Bfactors> 106 vectors, 10563 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.977000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.006 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.006
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081337012335849 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2403081337012335849.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081337012335849.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081337012335849 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
11 models are in 2403081337012335849.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081337012335849 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081337012335849 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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2403081337012335849.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403081337012335849.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081337012335849 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403081337012335849.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403081337012335849.eigenfacs
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2403081337012335849.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403081337012335849.eigenfacs
2403081337012335849.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081337012335849.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081337012335849.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403081337012335849.10.pdb
2403081337012335849.11.pdb
2403081337012335849.7.pdb
2403081337012335849.8.pdb
2403081337012335849.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m10.531s
user 0m10.424s
sys 0m0.076s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403081337012335849.Chkmod.res: No such file or directory
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