*** TPPP_av_unbound ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403081947452373657.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403081947452373657.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403081947452373657.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 2157
Mean number per residue = 9.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 66.390304 +/- 14.621939 From: 34.736000 To: 100.284000
= 58.801738 +/- 6.856525 From: 43.348000 To: 78.552000
= 66.392959 +/- 13.026973 From: 34.953000 To: 91.581000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.1555 % Filled.
Pdbmat> 1079562 non-zero elements.
Pdbmat> 118542 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 109.91 +/- 32.57
Maximum number = 226
Minimum number = 26
Pdbmat> Matrix trace = 2.370840E+06
Pdbmat> Larger element = 944.891
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
219 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403081947452373657.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403081947452373657.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403081947452373657.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2157 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 219 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 22 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 40
Blocpdb> 13 atoms in block 4
Block first atom: 59
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 72
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 91
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 108
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 134
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 148
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 169
Blocpdb> 16 atoms in block 11
Block first atom: 181
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 197
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 218
Blocpdb> 12 atoms in block 14
Block first atom: 244
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 256
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 286
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 303
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 322
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 340
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 351
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 366
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 377
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 389
Blocpdb> 19 atoms in block 24
Block first atom: 404
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 423
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 437
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 456
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 472
Blocpdb> 34 atoms in block 29
Block first atom: 506
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 540
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 554
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 573
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 588
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 611
Blocpdb> 27 atoms in block 35
Block first atom: 625
Blocpdb> 23 atoms in block 36
Block first atom: 652
Blocpdb> 18 atoms in block 37
Block first atom: 675
Blocpdb> 32 atoms in block 38
Block first atom: 693
Blocpdb> 21 atoms in block 39
Block first atom: 725
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 746
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 763
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 785
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 805
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 822
Blocpdb> 28 atoms in block 45
Block first atom: 836
Blocpdb> 17 atoms in block 46
Block first atom: 864
Blocpdb> 17 atoms in block 47
Block first atom: 881
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 898
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 915
Blocpdb> 25 atoms in block 50
Block first atom: 933
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 958
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 979
Blocpdb> 18 atoms in block 53
Block first atom: 1001
Blocpdb> 16 atoms in block 54
Block first atom: 1019
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1035
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 1061
Blocpdb> 27 atoms in block 57
Block first atom: 1079
Blocpdb> 29 atoms in block 58
Block first atom: 1106
Blocpdb> 22 atoms in block 59
Block first atom: 1135
Blocpdb> 15 atoms in block 60
Block first atom: 1157
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 1172
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 1192
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 1207
Blocpdb> 34 atoms in block 64
Block first atom: 1233
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1267
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1289
Blocpdb> 18 atoms in block 67
Block first atom: 1310
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1328
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1344
Blocpdb> 18 atoms in block 70
Block first atom: 1369
Blocpdb> 31 atoms in block 71
Block first atom: 1387
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1418
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1436
Blocpdb> 19 atoms in block 74
Block first atom: 1451
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1470
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1486
Blocpdb> 13 atoms in block 77
Block first atom: 1503
Blocpdb> 22 atoms in block 78
Block first atom: 1516
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1538
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1553
Blocpdb> 16 atoms in block 81
Block first atom: 1569
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1585
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 1601
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 1627
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1645
Blocpdb> 30 atoms in block 86
Block first atom: 1663
Blocpdb> 14 atoms in block 87
Block first atom: 1693
Blocpdb> 22 atoms in block 88
Block first atom: 1707
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 1729
Blocpdb> 34 atoms in block 90
Block first atom: 1752
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1786
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1802
Blocpdb> 18 atoms in block 93
Block first atom: 1815
Blocpdb> 18 atoms in block 94
Block first atom: 1833
Blocpdb> 19 atoms in block 95
Block first atom: 1851
Blocpdb> 22 atoms in block 96
Block first atom: 1870
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 1892
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 1909
Blocpdb> 19 atoms in block 99
Block first atom: 1926
Blocpdb> 13 atoms in block 100
Block first atom: 1945
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 1958
Blocpdb> 13 atoms in block 102
Block first atom: 1984
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 1997
Blocpdb> 20 atoms in block 104
Block first atom: 2028
Blocpdb> 14 atoms in block 105
Block first atom: 2048
Blocpdb> 27 atoms in block 106
Block first atom: 2062
Blocpdb> 25 atoms in block 107
Block first atom: 2089
Blocpdb> 20 atoms in block 108
Block first atom: 2114
Blocpdb> 10 atoms in block 109
Block first atom: 2134
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 2143
Blocpdb> 110 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1079672 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6471
Prepmat> Matrix trace = 2370840.0000
Prepmat> Last element read: 6471 6471 527.6160
Prepmat> 6106 lines saved.
Prepmat> 5140 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2157
RTB> Total mass = 2157.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2157
RTB> Number of blocks = 110
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 202157.6067
RTB> 33090 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 660
Diagstd> Nb of non-zero elements: 33090
Diagstd> Projected matrix trace = 202157.6067
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 660 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 202157.6067
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2385733 0.3809989 0.7496376 0.9176452
1.4154583 1.7392436 3.9894685 4.6404567 5.1998565
5.8085311 7.1397530 8.8104843 9.6600905 13.0689014
13.7604801 15.1083943 15.4460976 18.0986297 18.6760888
22.4904320 23.8042956 24.2161063 24.8715990 26.8928732
28.5133451 29.8806912 30.8672072 32.0161878 32.6343091
34.6316226 35.4358600 37.1353637 38.4680150 39.9309486
41.7518423 44.0459095 45.7266374 47.4249377 48.1769362
49.2279784 50.9134855 51.9059526 52.1744003 53.5833051
55.5821774 56.0151636 57.1066733 57.3181130 57.9045873
60.3575698 61.8922888 64.1647248 64.8367743 66.2886153
67.3860310 68.8594804 71.5128498 72.3786553 73.8396757
74.0434814 74.4691334 75.4348963 78.2844483 78.7302163
81.3071773 82.0881051 82.4597515 83.2752173 84.1259718
85.4874629 86.2217378 86.5663367 89.5822704 90.0065428
90.4572050 91.9479888 92.9838422 93.1732299 94.9866404
96.5063438 97.1522028 98.2742305 100.7373659 102.1614922
103.3617871 104.1504203 104.6131673 105.3679417 108.0030060
108.8786025 109.5768378 110.3420458 111.4329843 112.6087214
113.1632371 113.8352545 114.8976791 116.7939343 117.5891874
118.9749280
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034315 0.0034319 0.0034324 0.0034334 0.0034337
0.0034354 53.0403290 67.0281346 94.0201563 104.0237925
129.1944373 143.2107058 216.8966292 233.9244647 247.6229889
261.7148951 290.1595527 322.3258758 337.5094031 392.5679330
402.8209728 422.0893901 426.7805976 461.9746311 469.2866994
514.9845248 529.8134114 534.3766060 541.5606916 563.1367655
579.8549452 593.5955003 603.3147575 614.4408620 620.3438650
639.0453811 646.4229526 661.7426420 673.5117373 686.1990208
701.6703121 720.6892952 734.3107955 747.8227358 753.7283816
761.9058024 774.8393980 782.3550012 784.3754879 794.8954833
809.5861282 812.7333565 820.6136012 822.1313745 826.3266617
843.6477504 854.3061878 869.8481583 874.3916071 884.1272045
891.4155770 901.1086340 918.3057902 923.8480267 933.1257426
934.4126204 937.0945893 943.1514335 960.8000742 963.5316895
979.1736598 983.8647379 986.0894018 990.9532531 996.0022681
1004.0295490 1008.3322697 1010.3452404 1027.7945559 1030.2255599
1032.8015060 1041.2772916 1047.1261953 1048.1920359 1058.3432493
1066.7759383 1070.3396314 1076.5026575 1089.9098451 1097.5868471
1104.0157907 1108.2195153 1110.6787320 1114.6782534 1128.5302427
1133.0955897 1136.7230382 1140.6851721 1146.3102109 1152.3417420
1155.1754788 1158.6003935 1163.9944466 1173.5603405 1177.5489643
1184.4671096
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2157
Rtb_to_modes> Number of blocs = 110
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9855E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9878E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2386
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3810
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7496
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9176
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.415
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.739
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.989
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.640
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.200
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.809
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.140
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.810
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.660
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.0
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 660 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00004 1.00001 1.00003 1.00001 0.99997
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1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 1.00003
1.00003 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
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0.99999 1.00004 1.00002 1.00002 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 38826 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
0.99998 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000
1.00001 0.99997 0.99997 0.99998 0.99999
1.00002 0.99998 1.00002 1.00000 1.00004
1.00000 1.00002 0.99996 1.00002 1.00000
0.99998 0.99995 1.00001 1.00000 1.00004
1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00004 1.00001 1.00003 1.00001 0.99997
0.99997 1.00000 0.99997 1.00002 0.99999
0.99997 0.99998 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00002
1.00002 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
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0.99999 1.00002 0.99998 1.00002 1.00001
1.00002 1.00000 1.00001 0.99997 1.00002
1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 1.00003
1.00003 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 0.99999 0.99996 1.00002
0.99999 1.00004 1.00002 1.00002 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403081947452373657.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403081947452373657.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403081947452373657.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403081947452373657.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 2157
Mean number per residue = 9.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9855E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9878E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2386
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7496
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9176
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.415
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.739
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.989
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.640
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.200
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.809
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.140
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.660
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.4
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.9
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.0
Bfactors> 106 vectors, 6471 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.238600
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.731 for 219 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.087 +/- 0.09
Bfactors> = 967.039 +/- 819.88
Bfactors> Shiftng-fct= 966.952
Bfactors> Scaling-fct= 9300.324
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081947452373657 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081947452373657.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081947452373657 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403081947452373657.eigenfacs
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2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081947452373657.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081947452373657 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403081947452373657.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403081947452373657.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081947452373657 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403081947452373657.eigenfacs
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2403081947452373657.atom
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2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
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2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
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2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081947452373657.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081947452373657 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403081947452373657.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403081947452373657.eigenfacs
2403081947452373657.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081947452373657.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081947452373657.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403081947452373657.10.pdb
2403081947452373657.11.pdb
2403081947452373657.7.pdb
2403081947452373657.8.pdb
2403081947452373657.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.484s
user 0m6.452s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403081947452373657.Chkmod.res: No such file or directory
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