*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403090107092413824.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403090107092413824.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403090107092413824.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 28
First residue number = 31
Last residue number = 309
Number of atoms found = 204
Mean number per residue = 7.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 47.082319 +/- 12.792365 From: 17.214000 To: 70.369000
= 37.839618 +/- 4.850894 From: 28.094000 To: 48.855000
= 59.761931 +/- 6.594786 From: 46.330000 To: 75.729000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 18.4361 % Filled.
Pdbmat> 34582 non-zero elements.
Pdbmat> 3707 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 36.34 +/- 16.80
Maximum number = 74
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 74140.0
Pdbmat> Larger element = 304.176
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
28 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403090107092413824.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403090107092413824.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403090107092413824.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 204 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 28 residues.
Blocpdb> 7 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 8
Blocpdb> 6 atoms in block 3
Block first atom: 20
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 26
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 35
Blocpdb> 9 atoms in block 6
Block first atom: 44
Blocpdb> 7 atoms in block 7
Block first atom: 53
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 60
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 68
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 76
Blocpdb> 8 atoms in block 11
Block first atom: 80
Blocpdb> 6 atoms in block 12
Block first atom: 88
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 94
Blocpdb> 7 atoms in block 14
Block first atom: 98
Blocpdb> 6 atoms in block 15
Block first atom: 105
Blocpdb> 8 atoms in block 16
Block first atom: 111
Blocpdb> 7 atoms in block 17
Block first atom: 119
Blocpdb> 6 atoms in block 18
Block first atom: 126
Blocpdb> 5 atoms in block 19
Block first atom: 132
Blocpdb> 5 atoms in block 20
Block first atom: 137
Blocpdb> 11 atoms in block 21
Block first atom: 142
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 153
Blocpdb> 7 atoms in block 23
Block first atom: 165
Blocpdb> 7 atoms in block 24
Block first atom: 172
Blocpdb> 6 atoms in block 25
Block first atom: 179
Blocpdb> 6 atoms in block 26
Block first atom: 185
Blocpdb> 8 atoms in block 27
Block first atom: 191
Blocpdb> 6 atoms in block 28
Block first atom: 198
Blocpdb> 28 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 34610 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 612
Prepmat> Matrix trace = 74140.0000
Prepmat> Last element read: 612 612 54.4373
Prepmat> 407 lines saved.
Prepmat> 259 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 204
RTB> Total mass = 204.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 204
RTB> Number of blocks = 28
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 16750.6813
RTB> 4872 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 168
Diagstd> Nb of non-zero elements: 4872
Diagstd> Projected matrix trace = 16750.6813
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 168 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 16750.6813
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 18 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
%Diagstd-Wn> Six expected. Parts of the structure interact too little ?
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.2487619 1.1600468
3.4090885 3.7348783 4.0664032 4.4821120 4.5933961
6.0781646 8.3481774 8.3496312 9.9730441 10.8606803
12.8258206 13.7915457 14.6344745 15.9283784 16.3238218
18.8391663 20.4471639 20.7360785 22.6873384 23.1783077
23.2543200 24.2240405 25.9511932 29.5480250 31.6257319
32.8343637 34.2689619 35.0950319 36.7010674 36.8668984
37.3132981 39.8059275 40.6923019 40.7502843 43.7645665
45.0277072 46.2788460 47.0809606 48.2142067 49.3417542
51.5340330 52.4551975 54.4817279 54.9654266 55.4933222
58.2770186 58.6491399 60.4866992 62.0060423 64.4998979
65.1275357 65.6206379 68.3624452 69.8439928 70.3516097
71.9453933 72.3175368 73.7462887 75.9664563 77.1162607
77.3065896 79.0143386 80.5454682 82.3525795 84.7051973
86.5289643 86.6359686 87.4117527 91.4559312 93.5776428
93.6235169 94.8731301 95.9893781 96.7475514 100.7825102
102.8599964 104.5029263 105.2745790 106.2542520 108.9426372
111.2172947 111.3943637 113.6693519 115.1007586 117.1015068
119.5795654
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034335 0.0034338 0.0034338 0.0034339 0.0034339
0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034339
0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034340 0.0034340 0.0034341 54.1610670 116.9588351
200.5000178 209.8618539 218.9780081 229.8987629 232.7352829
267.7204267 313.7553319 313.7826501 342.9328991 357.8687649
388.8999257 403.2754194 415.4165999 433.3921717 438.7389615
471.3311256 491.0342877 494.4912311 517.2339874 522.8006780
523.6572285 534.4641409 553.1895222 590.2819577 610.6826380
622.2423739 635.6905487 643.3067390 657.8617375 659.3463115
663.3261201 685.1239571 692.7099239 693.2032688 718.3839086
728.6772271 738.7313685 745.1057894 754.0198742 762.7857535
779.5470743 786.4833694 801.5317249 805.0819351 808.9387563
828.9797900 831.6222573 844.5497217 855.0909033 872.1170835
876.3500247 879.6613371 897.8505944 907.5275330 910.8194573
921.0787775 923.4578826 932.5354810 946.4686082 953.6044339
954.7804931 965.2687241 974.5762763 985.4483886 999.4252316
1010.1271241 1010.7515079 1015.2668227 1038.4873681 1050.4643807
1050.7218309 1057.7106933 1063.9148461 1068.1082544 1090.1540329
1101.3326960 1110.0933630 1114.1843062 1119.3565357 1133.4287441
1145.2002750 1146.1115488 1157.7558180 1165.0226619 1175.1045880
1187.4730597
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 204
Rtb_to_modes> Number of blocs = 28
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2488
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.160
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.409
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.735
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.066
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.482
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.593
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.078
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.348
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.350
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.973
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 168 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99996 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999
1.00003 1.00003 0.99998 1.00003 1.00004
0.99998 0.99998 1.00001 0.99998 1.00002
0.99993 0.99996 1.00001 1.00001 1.00002
0.99999 0.99998 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 0.99999
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99994
1.00001 1.00000 1.00002 1.00002 0.99999
1.00009 1.00002 1.00002 1.00001 0.99996
1.00003 1.00001 1.00004 0.99997 1.00000
0.99999 0.99995 0.99999 1.00000 1.00001
1.00004 1.00000 0.99997 0.99999 1.00003
0.99999 1.00001 0.99995 0.99999 0.99995
0.99999 1.00001 1.00004 1.00002 1.00001
0.99999 0.99999 1.00003 0.99997 1.00000
1.00000 1.00004 1.00000 0.99997 1.00002
1.00005 1.00007 1.00000 0.99998 1.00001
0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 1.00004
0.99998 1.00003 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000 1.00004 1.00002 1.00003 0.99997
0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 3672 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99996 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999
1.00003 1.00003 0.99998 1.00003 1.00004
0.99998 0.99998 1.00001 0.99998 1.00002
0.99993 0.99996 1.00001 1.00001 1.00002
0.99999 0.99998 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 0.99999
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99994
1.00001 1.00000 1.00002 1.00002 0.99999
1.00009 1.00002 1.00002 1.00001 0.99996
1.00003 1.00001 1.00004 0.99997 1.00000
0.99999 0.99995 0.99999 1.00000 1.00001
1.00004 1.00000 0.99997 0.99999 1.00003
0.99999 1.00001 0.99995 0.99999 0.99995
0.99999 1.00001 1.00004 1.00002 1.00001
0.99999 0.99999 1.00003 0.99997 1.00000
1.00000 1.00004 1.00000 0.99997 1.00002
1.00005 1.00007 1.00000 0.99998 1.00001
0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 1.00004
0.99998 1.00003 0.99998 1.00000 1.00003
1.00000 1.00004 1.00002 1.00003 0.99997
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403090107092413824.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403090107092413824.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403090107092413824.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403090107092413824.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 28
First residue number = 31
Last residue number = 309
Number of atoms found = 204
Mean number per residue = 7.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2488
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.160
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.409
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.735
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.066
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.482
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.593
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.078
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.348
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.350
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.973
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.6
Bfactors> 106 vectors, 612 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 18 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.248800
Bfactors> 88 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.659 for 28 C-alpha atoms.
Bfactors> = 1.051 +/- 2.15
Bfactors> = 6.204 +/- 2.44
Bfactors> Shiftng-fct= 5.153
Bfactors> Scaling-fct= 1.132
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403090107092413824 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403090107092413824.eigenfacs
2403090107092413824.atom
making animated gifs
11 models are in 2403090107092413824.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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11 models are in 2403090107092413824.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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11 models are in 2403090107092413824.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403090107092413824.10.pdb, 1 models will be skipped
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
getting mode 11
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generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403090107092413824.10.pdb
2403090107092413824.11.pdb
2403090107092413824.7.pdb
2403090107092413824.8.pdb
2403090107092413824.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.172s
user 0m0.168s
sys 0m0.004s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403090107092413824.Chkmod.res: No such file or directory
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