*** Model-II ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403122110082987071.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403122110082987071.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403122110082987071.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 180.209696 +/- 24.314928 From: 122.564000 To: 250.305000
= 178.239807 +/- 24.352181 From: 121.975000 To: 244.519000
= 176.836034 +/- 23.912628 From: 117.153000 To: 246.030000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.6257 % Filled.
Pdbmat> 3538632 non-zero elements.
Pdbmat> 385778 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 68.83 +/- 18.12
Maximum number = 116
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 7.715560E+06
Pdbmat> Larger element = 499.815
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1395 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403122110082987071.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403122110082987071.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403122110082987071.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 11210 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1395 residues.
Blocpdb> 68 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 50 atoms in block 2
Block first atom: 69
Blocpdb> 60 atoms in block 3
Block first atom: 119
Blocpdb> 33 atoms in block 4
Block first atom: 179
Blocpdb> 57 atoms in block 5
Block first atom: 212
Blocpdb> 53 atoms in block 6
Block first atom: 269
Blocpdb> 56 atoms in block 7
Block first atom: 322
Blocpdb> 56 atoms in block 8
Block first atom: 378
Blocpdb> 53 atoms in block 9
Block first atom: 434
Blocpdb> 60 atoms in block 10
Block first atom: 487
Blocpdb> 58 atoms in block 11
Block first atom: 547
Blocpdb> 59 atoms in block 12
Block first atom: 605
Blocpdb> 50 atoms in block 13
Block first atom: 664
Blocpdb> 61 atoms in block 14
Block first atom: 714
Blocpdb> 54 atoms in block 15
Block first atom: 775
Blocpdb> 56 atoms in block 16
Block first atom: 829
Blocpdb> 57 atoms in block 17
Block first atom: 885
Blocpdb> 51 atoms in block 18
Block first atom: 942
Blocpdb> 58 atoms in block 19
Block first atom: 993
Blocpdb> 63 atoms in block 20
Block first atom: 1051
Blocpdb> 59 atoms in block 21
Block first atom: 1114
Blocpdb> 60 atoms in block 22
Block first atom: 1173
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1233
Blocpdb> 58 atoms in block 24
Block first atom: 1289
Blocpdb> 70 atoms in block 25
Block first atom: 1347
Blocpdb> 56 atoms in block 26
Block first atom: 1417
Blocpdb> 59 atoms in block 27
Block first atom: 1473
Blocpdb> 48 atoms in block 28
Block first atom: 1532
Blocpdb> 60 atoms in block 29
Block first atom: 1580
Blocpdb> 56 atoms in block 30
Block first atom: 1640
Blocpdb> 48 atoms in block 31
Block first atom: 1696
Blocpdb> 47 atoms in block 32
Block first atom: 1744
Blocpdb> 53 atoms in block 33
Block first atom: 1791
Blocpdb> 52 atoms in block 34
Block first atom: 1844
Blocpdb> 54 atoms in block 35
Block first atom: 1896
Blocpdb> 56 atoms in block 36
Block first atom: 1950
Blocpdb> 58 atoms in block 37
Block first atom: 2006
Blocpdb> 55 atoms in block 38
Block first atom: 2064
Blocpdb> 45 atoms in block 39
Block first atom: 2119
Blocpdb> 48 atoms in block 40
Block first atom: 2164
Blocpdb> 65 atoms in block 41
Block first atom: 2212
Blocpdb> 58 atoms in block 42
Block first atom: 2277
Blocpdb> 50 atoms in block 43
Block first atom: 2335
Blocpdb> 49 atoms in block 44
Block first atom: 2385
Blocpdb> 42 atoms in block 45
Block first atom: 2434
Blocpdb> 57 atoms in block 46
Block first atom: 2476
Blocpdb> 50 atoms in block 47
Block first atom: 2533
Blocpdb> 58 atoms in block 48
Block first atom: 2583
Blocpdb> 60 atoms in block 49
Block first atom: 2641
Blocpdb> 58 atoms in block 50
Block first atom: 2701
Blocpdb> 65 atoms in block 51
Block first atom: 2759
Blocpdb> 62 atoms in block 52
Block first atom: 2824
Blocpdb> 54 atoms in block 53
Block first atom: 2886
Blocpdb> 64 atoms in block 54
Block first atom: 2940
Blocpdb> 56 atoms in block 55
Block first atom: 3004
Blocpdb> 51 atoms in block 56
Block first atom: 3060
Blocpdb> 57 atoms in block 57
Block first atom: 3111
Blocpdb> 51 atoms in block 58
Block first atom: 3168
Blocpdb> 63 atoms in block 59
Block first atom: 3219
Blocpdb> 59 atoms in block 60
Block first atom: 3282
Blocpdb> 64 atoms in block 61
Block first atom: 3341
Blocpdb> 58 atoms in block 62
Block first atom: 3405
Blocpdb> 62 atoms in block 63
Block first atom: 3463
Blocpdb> 50 atoms in block 64
Block first atom: 3525
Blocpdb> 56 atoms in block 65
Block first atom: 3575
Blocpdb> 52 atoms in block 66
Block first atom: 3631
Blocpdb> 55 atoms in block 67
Block first atom: 3683
Blocpdb> 60 atoms in block 68
Block first atom: 3738
Blocpdb> 63 atoms in block 69
Block first atom: 3798
Blocpdb> 52 atoms in block 70
Block first atom: 3861
Blocpdb> 52 atoms in block 71
Block first atom: 3913
Blocpdb> 56 atoms in block 72
Block first atom: 3965
Blocpdb> 71 atoms in block 73
Block first atom: 4021
Blocpdb> 62 atoms in block 74
Block first atom: 4092
Blocpdb> 51 atoms in block 75
Block first atom: 4154
Blocpdb> 51 atoms in block 76
Block first atom: 4205
Blocpdb> 54 atoms in block 77
Block first atom: 4256
Blocpdb> 63 atoms in block 78
Block first atom: 4310
Blocpdb> 60 atoms in block 79
Block first atom: 4373
Blocpdb> 57 atoms in block 80
Block first atom: 4433
Blocpdb> 53 atoms in block 81
Block first atom: 4490
Blocpdb> 42 atoms in block 82
Block first atom: 4543
Blocpdb> 51 atoms in block 83
Block first atom: 4585
Blocpdb> 57 atoms in block 84
Block first atom: 4636
Blocpdb> 51 atoms in block 85
Block first atom: 4693
Blocpdb> 63 atoms in block 86
Block first atom: 4744
Blocpdb> 48 atoms in block 87
Block first atom: 4807
Blocpdb> 66 atoms in block 88
Block first atom: 4855
Blocpdb> 64 atoms in block 89
Block first atom: 4921
Blocpdb> 56 atoms in block 90
Block first atom: 4985
Blocpdb> 69 atoms in block 91
Block first atom: 5041
Blocpdb> 48 atoms in block 92
Block first atom: 5110
Blocpdb> 52 atoms in block 93
Block first atom: 5158
Blocpdb> 57 atoms in block 94
Block first atom: 5210
Blocpdb> 50 atoms in block 95
Block first atom: 5267
Blocpdb> 56 atoms in block 96
Block first atom: 5317
Blocpdb> 29 atoms in block 97
Block first atom: 5373
Blocpdb> 58 atoms in block 98
Block first atom: 5402
Blocpdb> 55 atoms in block 99
Block first atom: 5460
Blocpdb> 45 atoms in block 100
Block first atom: 5515
Blocpdb> 48 atoms in block 101
Block first atom: 5560
Blocpdb> 74 atoms in block 102
Block first atom: 5608
Blocpdb> 59 atoms in block 103
Block first atom: 5682
Blocpdb> 68 atoms in block 104
Block first atom: 5741
Blocpdb> 59 atoms in block 105
Block first atom: 5809
Blocpdb> 45 atoms in block 106
Block first atom: 5868
Blocpdb> 63 atoms in block 107
Block first atom: 5913
Blocpdb> 59 atoms in block 108
Block first atom: 5976
Blocpdb> 59 atoms in block 109
Block first atom: 6035
Blocpdb> 63 atoms in block 110
Block first atom: 6094
Blocpdb> 63 atoms in block 111
Block first atom: 6157
Blocpdb> 62 atoms in block 112
Block first atom: 6220
Blocpdb> 65 atoms in block 113
Block first atom: 6282
Blocpdb> 58 atoms in block 114
Block first atom: 6347
Blocpdb> 49 atoms in block 115
Block first atom: 6405
Blocpdb> 48 atoms in block 116
Block first atom: 6454
Blocpdb> 51 atoms in block 117
Block first atom: 6502
Blocpdb> 58 atoms in block 118
Block first atom: 6553
Blocpdb> 56 atoms in block 119
Block first atom: 6611
Blocpdb> 61 atoms in block 120
Block first atom: 6667
Blocpdb> 46 atoms in block 121
Block first atom: 6728
Blocpdb> 50 atoms in block 122
Block first atom: 6774
Blocpdb> 52 atoms in block 123
Block first atom: 6824
Blocpdb> 66 atoms in block 124
Block first atom: 6876
Blocpdb> 51 atoms in block 125
Block first atom: 6942
Blocpdb> 53 atoms in block 126
Block first atom: 6993
Blocpdb> 53 atoms in block 127
Block first atom: 7046
Blocpdb> 57 atoms in block 128
Block first atom: 7099
Blocpdb> 55 atoms in block 129
Block first atom: 7156
Blocpdb> 50 atoms in block 130
Block first atom: 7211
Blocpdb> 66 atoms in block 131
Block first atom: 7261
Blocpdb> 53 atoms in block 132
Block first atom: 7327
Blocpdb> 50 atoms in block 133
Block first atom: 7380
Blocpdb> 52 atoms in block 134
Block first atom: 7430
Blocpdb> 63 atoms in block 135
Block first atom: 7482
Blocpdb> 53 atoms in block 136
Block first atom: 7545
Blocpdb> 66 atoms in block 137
Block first atom: 7598
Blocpdb> 68 atoms in block 138
Block first atom: 7664
Blocpdb> 65 atoms in block 139
Block first atom: 7732
Blocpdb> 58 atoms in block 140
Block first atom: 7797
Blocpdb> 54 atoms in block 141
Block first atom: 7855
Blocpdb> 61 atoms in block 142
Block first atom: 7909
Blocpdb> 52 atoms in block 143
Block first atom: 7970
Blocpdb> 60 atoms in block 144
Block first atom: 8022
Blocpdb> 64 atoms in block 145
Block first atom: 8082
Blocpdb> 53 atoms in block 146
Block first atom: 8146
Blocpdb> 56 atoms in block 147
Block first atom: 8199
Blocpdb> 64 atoms in block 148
Block first atom: 8255
Blocpdb> 57 atoms in block 149
Block first atom: 8319
Blocpdb> 56 atoms in block 150
Block first atom: 8376
Blocpdb> 56 atoms in block 151
Block first atom: 8432
Blocpdb> 54 atoms in block 152
Block first atom: 8488
Blocpdb> 54 atoms in block 153
Block first atom: 8542
Blocpdb> 57 atoms in block 154
Block first atom: 8596
Blocpdb> 57 atoms in block 155
Block first atom: 8653
Blocpdb> 51 atoms in block 156
Block first atom: 8710
Blocpdb> 48 atoms in block 157
Block first atom: 8761
Blocpdb> 71 atoms in block 158
Block first atom: 8809
Blocpdb> 63 atoms in block 159
Block first atom: 8880
Blocpdb> 54 atoms in block 160
Block first atom: 8943
Blocpdb> 47 atoms in block 161
Block first atom: 8997
Blocpdb> 65 atoms in block 162
Block first atom: 9044
Blocpdb> 61 atoms in block 163
Block first atom: 9109
Blocpdb> 58 atoms in block 164
Block first atom: 9170
Blocpdb> 58 atoms in block 165
Block first atom: 9228
Blocpdb> 52 atoms in block 166
Block first atom: 9286
Blocpdb> 55 atoms in block 167
Block first atom: 9338
Blocpdb> 53 atoms in block 168
Block first atom: 9393
Blocpdb> 55 atoms in block 169
Block first atom: 9446
Blocpdb> 60 atoms in block 170
Block first atom: 9501
Blocpdb> 55 atoms in block 171
Block first atom: 9561
Blocpdb> 61 atoms in block 172
Block first atom: 9616
Blocpdb> 55 atoms in block 173
Block first atom: 9677
Blocpdb> 57 atoms in block 174
Block first atom: 9732
Blocpdb> 58 atoms in block 175
Block first atom: 9789
Blocpdb> 51 atoms in block 176
Block first atom: 9847
Blocpdb> 49 atoms in block 177
Block first atom: 9898
Blocpdb> 51 atoms in block 178
Block first atom: 9947
Blocpdb> 51 atoms in block 179
Block first atom: 9998
Blocpdb> 47 atoms in block 180
Block first atom: 10049
Blocpdb> 41 atoms in block 181
Block first atom: 10096
Blocpdb> 64 atoms in block 182
Block first atom: 10137
Blocpdb> 56 atoms in block 183
Block first atom: 10201
Blocpdb> 56 atoms in block 184
Block first atom: 10257
Blocpdb> 57 atoms in block 185
Block first atom: 10313
Blocpdb> 52 atoms in block 186
Block first atom: 10370
Blocpdb> 57 atoms in block 187
Block first atom: 10422
Blocpdb> 70 atoms in block 188
Block first atom: 10479
Blocpdb> 58 atoms in block 189
Block first atom: 10549
Blocpdb> 62 atoms in block 190
Block first atom: 10607
Blocpdb> 53 atoms in block 191
Block first atom: 10669
Blocpdb> 54 atoms in block 192
Block first atom: 10722
Blocpdb> 54 atoms in block 193
Block first atom: 10776
Blocpdb> 54 atoms in block 194
Block first atom: 10830
Blocpdb> 51 atoms in block 195
Block first atom: 10884
Blocpdb> 56 atoms in block 196
Block first atom: 10935
Blocpdb> 61 atoms in block 197
Block first atom: 10991
Blocpdb> 48 atoms in block 198
Block first atom: 11052
Blocpdb> 55 atoms in block 199
Block first atom: 11100
Blocpdb> 56 atoms in block 200
Block first atom: 11154
Blocpdb> 200 blocks.
Blocpdb> At most, 74 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 29 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3538832 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 33630
Prepmat> Matrix trace = 7715560.0000
Prepmat> Last element read: 33630 33630 27.6722
Prepmat> 20101 lines saved.
Prepmat> 18894 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 11210
RTB> Total mass = 11210.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 11210
RTB> Number of blocks = 200
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 143253.8885
RTB> 40416 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1200
Diagstd> Nb of non-zero elements: 40416
Diagstd> Projected matrix trace = 143253.8885
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1200 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 143253.8885
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0127281 0.0355192 0.0492201 0.0913947
0.1244010 0.1664973 0.1833038 0.1899796 0.2813545
0.3448287 0.3794347 0.4907520 0.5046984 0.5770284
0.6360813 0.6795894 0.7277975 0.8672864 0.9025836
0.9681883 1.0212100 1.0813378 1.1398573 1.1764916
1.2401815 1.4408271 1.5018538 1.6064964 1.7753945
1.9078692 2.0665941 2.1207936 2.2119888 2.2383450
2.4878844 2.6403394 2.7216871 2.8564585 2.9209817
3.0525098 3.1503122 3.2143426 3.3913066 3.4792961
3.6566525 3.7304630 3.9021974 4.0411368 4.2464601
4.3798941 4.5059485 4.6369366 4.8235746 4.9756937
5.0296169 5.2858098 5.3845988 5.5311677 5.6793952
5.8005650 5.8928189 5.9733705 6.2804109 6.3827336
6.5219007 6.7977603 6.8502445 7.1034546 7.2105702
7.3762343 7.4830301 7.8338014 7.9649227 8.0476612
8.1136105 8.3211622 8.4834338 8.6292909 8.7083547
8.8359528 9.0921578 9.3078603 9.5131377 9.5478599
9.8039647 9.8998157 9.9709283 10.1659423 10.4601722
10.5706868 10.7224279 11.0703189 11.2015322 11.4867562
11.5353503 11.6419209 11.7615559 11.9278946 11.9601809
12.1930345
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034325 0.0034331 0.0034334 0.0034334 0.0034337
0.0034338 12.2511643 20.4656995 24.0916538 32.8288516
38.3007442 44.3097030 46.4923018 47.3313414 57.5999612
63.7671439 66.8904020 76.0722619 77.1456184 82.4885893
86.6067209 89.5196903 92.6404320 101.1291946 103.1665717
106.8501639 109.7369324 112.9213278 115.9365909 117.7849222
120.9310723 130.3470518 133.0788729 137.6369890 144.6913969
149.9925136 156.1071784 158.1409996 161.5052871 162.4646178
171.2814676 176.4514191 179.1489955 183.5309186 185.5921919
189.7246742 192.7400993 194.6889765 199.9764281 202.5540704
207.6524808 209.7377717 214.5111642 218.2966417 223.7735783
227.2621376 230.5092688 233.8357221 238.4952762 242.2267487
243.5357550 249.6611960 251.9834127 255.3898849 258.7893062
261.5353681 263.6069321 265.4024984 272.1380757 274.3460053
277.3207538 283.1249895 284.2158654 289.4210310 291.5950085
294.9257096 297.0530571 303.9355902 306.4686547 308.0563189
309.3159802 313.2472544 316.2868374 318.9942349 320.4522567
322.7914131 327.4377608 331.2990637 334.9324076 335.5430902
340.0134914 341.6715631 342.8965188 346.2335123 351.2082409
353.0586717 355.5837020 361.3061441 363.4410651 368.0391184
368.8167815 370.5165420 372.4154317 375.0396433 375.5468767
379.1850292
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 11210
Rtb_to_modes> Number of blocs = 200
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2728E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.5519E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.9220E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.1395E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1244
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1665
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1833
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1900
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2814
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3448
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3794
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4908
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5047
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5770
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6361
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6796
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7278
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8673
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9026
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9682
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.021
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.081
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.140
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.176
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.240
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.441
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.502
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.606
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.775
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.908
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.067
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.121
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.238
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.488
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.640
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.722
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.856
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.921
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.053
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.150
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.214
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.391
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.479
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.657
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.730
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.902
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.041
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.246
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.380
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.506
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.637
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.824
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.976
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.030
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.286
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.385
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.531
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.679
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.801
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.893
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.973
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.280
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.383
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.522
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.798
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.850
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.103
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.211
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.376
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.483
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.834
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.965
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.048
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.114
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.321
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.483
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.629
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.708
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.836
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.092
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.308
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.513
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.548
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.900
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.971
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.19
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1200 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00003
0.99997 0.99998 0.99998 0.99997 1.00003
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99996
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00003
0.99998 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001
1.00001 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998
0.99999 1.00002 0.99998 0.99999 1.00004
1.00005 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003 1.00004 1.00000 1.00001 0.99999
0.99998 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 1.00003 0.99999
0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00003 0.99997 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 201780 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00003
0.99997 0.99998 0.99998 0.99997 1.00003
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99996
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00003
0.99998 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001
1.00001 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998
0.99999 1.00002 0.99998 0.99999 1.00004
1.00005 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003 1.00004 1.00000 1.00001 0.99999
0.99998 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 1.00003 0.99999
0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00003 0.99997 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403122110082987071.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403122110082987071.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403122110082987071.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403122110082987071.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2728E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.5519E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9220E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.1395E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1244
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1665
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1833
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1900
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2814
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4908
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5047
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5770
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.54
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.64
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.19
Bfactors> 106 vectors, 33630 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.012728
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.524 for 1395 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.278 +/- 0.61
Bfactors> = 95.910 +/- 32.95
Bfactors> Shiftng-fct= 95.631
Bfactors> Scaling-fct= 54.158
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2403122110082987071.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403122110082987071.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2403122110082987071.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403122110082987071.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2403122110082987071.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2403122110082987071.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.60
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.64
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.1
Projmod> 106 vectors, 33630 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 11210 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 2.83
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.049 Sum= 0.002 q= -14.5687
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.024 Sum= 0.003 q= -7.0873
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.064 Sum= 0.007 q= -19.0839
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.132 Sum= 0.024 q= -39.4200
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.292 Sum= 0.110 q= -87.3556
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.010 Sum= 0.110 q= -3.1350
Vector: 7 F= 12.25 Cos= -0.379 Sum= 0.254 q= -113.4113
Vector: 8 F= 20.46 Cos= -0.210 Sum= 0.298 q= -62.9347
Vector: 9 F= 24.09 Cos= -0.227 Sum= 0.349 q= -67.8836
Vector: 10 F= 32.83 Cos= -0.024 Sum= 0.350 q= -7.0363
Vector: 11 F= 38.30 Cos= 0.012 Sum= 0.350 q= 3.5817
Vector: 12 F= 44.31 Cos= 0.041 Sum= 0.352 q= 12.1222
Vector: 13 F= 46.49 Cos= 0.025 Sum= 0.352 q= 7.3745
Vector: 14 F= 47.33 Cos= 0.047 Sum= 0.354 q= 13.9665
Vector: 15 F= 57.60 Cos= -0.025 Sum= 0.355 q= -7.5768
Vector: 16 F= 63.76 Cos= 0.041 Sum= 0.357 q= 12.1903
Vector: 17 F= 66.88 Cos= 0.028 Sum= 0.358 q= 8.2430
Vector: 18 F= 76.07 Cos= 0.100 Sum= 0.368 q= 30.0502
Vector: 19 F= 77.14 Cos= -0.108 Sum= 0.379 q= -32.3396
Vector: 20 F= 82.48 Cos= -0.014 Sum= 0.380 q= -4.3075
Vector: 21 F= 86.60 Cos= 0.002 Sum= 0.380 q= 0.6968
Vector: 22 F= 89.52 Cos= 0.219 Sum= 0.427 q= 65.4264
Vector: 23 F= 92.64 Cos= 0.043 Sum= 0.429 q= 12.8533
Vector: 24 F= 101.13 Cos= -0.021 Sum= 0.430 q= -6.2777
Vector: 25 F= 103.16 Cos= -0.036 Sum= 0.431 q= -10.8517
Vector: 26 F= 106.85 Cos= 0.017 Sum= 0.431 q= 5.1156
Vector: 27 F= 109.72 Cos= 0.009 Sum= 0.431 q= 2.7020
Vector: 28 F= 112.90 Cos= 0.099 Sum= 0.441 q= 29.4936
Vector: 29 F= 115.94 Cos= -0.013 Sum= 0.441 q= -3.9568
Vector: 30 F= 117.76 Cos= 0.037 Sum= 0.443 q= 11.0461
Vector: 31 F= 120.92 Cos= -0.176 Sum= 0.474 q= -52.6888
Vector: 32 F= 130.35 Cos= -0.059 Sum= 0.477 q= -17.7892
Vector: 33 F= 133.08 Cos= 0.048 Sum= 0.480 q= 14.4914
Vector: 34 F= 137.61 Cos= 0.023 Sum= 0.480 q= 6.8493
Vector: 35 F= 144.67 Cos= 0.035 Sum= 0.481 q= 10.4049
Vector: 36 F= 149.99 Cos= 0.033 Sum= 0.482 q= 9.8397
Vector: 37 F= 156.12 Cos= 0.064 Sum= 0.486 q= 19.1852
Vector: 38 F= 158.14 Cos= 0.002 Sum= 0.486 q= 0.7169
Vector: 39 F= 161.50 Cos= 0.009 Sum= 0.487 q= 2.7207
Vector: 40 F= 162.45 Cos= 0.038 Sum= 0.488 q= 11.3618
Vector: 41 F= 171.28 Cos= -0.031 Sum= 0.489 q= -9.3766
Vector: 42 F= 176.43 Cos= -0.019 Sum= 0.489 q= -5.7327
Vector: 43 F= 179.15 Cos= 0.062 Sum= 0.493 q= 18.6738
Vector: 44 F= 183.51 Cos= 0.019 Sum= 0.494 q= 5.5445
Vector: 45 F= 185.58 Cos= -0.002 Sum= 0.494 q= -0.5531
Vector: 46 F= 189.73 Cos= 0.011 Sum= 0.494 q= 3.2416
Vector: 47 F= 192.72 Cos= 0.013 Sum= 0.494 q= 3.9443
Vector: 48 F= 194.67 Cos= -0.045 Sum= 0.496 q= -13.4932
Vector: 49 F= 199.96 Cos= -0.020 Sum= 0.496 q= -6.0781
Vector: 50 F= 202.54 Cos= 0.013 Sum= 0.496 q= 4.0148
Vector: 51 F= 207.65 Cos= -0.015 Sum= 0.497 q= -4.6224
Vector: 52 F= 209.72 Cos= 0.035 Sum= 0.498 q= 10.3901
Vector: 53 F= 214.50 Cos= 0.000 Sum= 0.498 q= 0.1469
Vector: 54 F= 218.28 Cos= 0.005 Sum= 0.498 q= 1.6432
Vector: 55 F= 223.75 Cos= -0.024 Sum= 0.499 q= -7.1061
Vector: 56 F= 227.26 Cos= -0.007 Sum= 0.499 q= -2.1265
Vector: 57 F= 230.50 Cos= 0.009 Sum= 0.499 q= 2.7770
Vector: 58 F= 233.83 Cos= -0.034 Sum= 0.500 q= -10.0209
Vector: 59 F= 238.50 Cos= 0.008 Sum= 0.500 q= 2.5316
Vector: 60 F= 242.22 Cos= 0.043 Sum= 0.502 q= 12.7732
Vector: 61 F= 243.53 Cos= 0.006 Sum= 0.502 q= 1.8323
Vector: 62 F= 249.65 Cos= 0.001 Sum= 0.502 q= 0.2648
Vector: 63 F= 251.98 Cos= 0.005 Sum= 0.502 q= 1.4502
Vector: 64 F= 255.38 Cos= 0.010 Sum= 0.502 q= 3.0052
Vector: 65 F= 258.77 Cos= 0.001 Sum= 0.502 q= 0.4413
Vector: 66 F= 261.53 Cos= -0.023 Sum= 0.502 q= -7.0025
Vector: 67 F= 263.60 Cos= -0.027 Sum= 0.503 q= -8.0147
Vector: 68 F= 265.38 Cos= -0.014 Sum= 0.503 q= -4.1885
Vector: 69 F= 272.12 Cos= 0.001 Sum= 0.503 q= 0.3963
Vector: 70 F= 274.34 Cos= 0.014 Sum= 0.504 q= 4.0786
%Projmod-Wn> Eigenvector 71 Norm= 1.0001
Vector: 71 F= 277.31 Cos= 0.017 Sum= 0.504 q= 5.1193
Vector: 72 F= 283.12 Cos= 0.024 Sum= 0.504 q= 7.1425
Vector: 73 F= 284.20 Cos= 0.007 Sum= 0.504 q= 2.1248
Vector: 74 F= 289.40 Cos= 0.019 Sum= 0.505 q= 5.7696
Vector: 75 F= 291.59 Cos= -0.021 Sum= 0.505 q= -6.2167
Vector: 76 F= 294.91 Cos= -0.008 Sum= 0.505 q= -2.2834
Vector: 77 F= 297.04 Cos= 0.053 Sum= 0.508 q= 15.7433
Vector: 78 F= 303.93 Cos= -0.003 Sum= 0.508 q= -0.9185
Vector: 79 F= 306.46 Cos= -0.004 Sum= 0.508 q= -1.0700
Vector: 80 F= 308.05 Cos= 0.022 Sum= 0.509 q= 6.5782
Vector: 81 F= 309.31 Cos= -0.012 Sum= 0.509 q= -3.5712
Vector: 82 F= 313.23 Cos= -0.011 Sum= 0.509 q= -3.3741
Vector: 83 F= 316.27 Cos= 0.052 Sum= 0.512 q= 15.6331
Vector: 84 F= 318.98 Cos= -0.008 Sum= 0.512 q= -2.4483
Vector: 85 F= 320.43 Cos= 0.012 Sum= 0.512 q= 3.7368
Vector: 86 F= 322.78 Cos= 0.007 Sum= 0.512 q= 2.1869
Vector: 87 F= 327.42 Cos= 0.007 Sum= 0.512 q= 1.9509
Vector: 88 F= 331.29 Cos= 0.005 Sum= 0.512 q= 1.3478
Vector: 89 F= 334.92 Cos= -0.006 Sum= 0.512 q= -1.7072
Vector: 90 F= 335.53 Cos= -0.018 Sum= 0.512 q= -5.2987
Vector: 91 F= 340.00 Cos= -0.068 Sum= 0.517 q= -20.2670
Vector: 92 F= 341.66 Cos= 0.007 Sum= 0.517 q= 2.1353
Vector: 93 F= 342.88 Cos= 0.004 Sum= 0.517 q= 1.0521
Vector: 94 F= 346.29 Cos= 0.020 Sum= 0.517 q= 6.0201
Vector: 95 F= 351.19 Cos= 0.003 Sum= 0.517 q= 0.8004
Vector: 96 F= 353.03 Cos= 0.013 Sum= 0.517 q= 3.7424
Vector: 97 F= 355.53 Cos= 0.042 Sum= 0.519 q= 12.6347
Vector: 98 F= 361.29 Cos= 0.001 Sum= 0.519 q= 0.4381
Vector: 99 F= 363.40 Cos= -0.003 Sum= 0.519 q= -0.9068
Vector: 100 F= 368.08 Cos= -0.010 Sum= 0.519 q= -2.9973
Vector: 101 F= 368.88 Cos= 0.009 Sum= 0.519 q= 2.7000
Vector: 102 F= 370.47 Cos= -0.036 Sum= 0.521 q= -10.6498
Vector: 103 F= 372.37 Cos= -0.009 Sum= 0.521 q= -2.7250
Vector: 104 F= 375.06 Cos= 0.030 Sum= 0.522 q= 8.9543
Vector: 105 F= 375.53 Cos= 0.004 Sum= 0.522 q= 1.1737
Vector: 106 F= 379.12 Cos= -0.017 Sum= 0.522 q= -5.1618
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003432
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 12.250582
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.38 for mode 7 with F= 12.25 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.144 0.281 0.404 0.443 0.461 0.522
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403122110082987071 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
making animated gifs
11 models are in 2403122110082987071.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 1395 1.984 1275 1.069
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 1395 2.005 1275 1.085
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 1395 2.043 1266 1.074
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 1395 2.097 1259 1.039
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 1395 2.166 1258 1.035
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 1395 2.343 1256 1.029
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 1395 2.449 1256 1.029
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 1395 2.563 1257 1.032
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 1395 2.686 1257 1.032
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 1395 2.816 1258 1.035
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403122110082987071 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
making animated gifs
11 models are in 2403122110082987071.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 1395 2.193 1258 1.041
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 1395 2.172 1258 1.039
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 1395 2.167 1258 1.037
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 1395 2.179 1256 1.030
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 1395 2.206 1256 1.029
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 1395 2.305 1257 1.033
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 1395 2.376 1257 1.034
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 1395 2.459 1259 1.041
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 1395 2.552 1259 1.044
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 1395 2.656 1259 1.047
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403122110082987071 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
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2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2403122110082987071.atom
making animated gifs
11 models are in 2403122110082987071.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 1395 2.152 1261 1.048
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 1395 2.139 1260 1.044
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 1395 2.142 1260 1.042
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 1395 2.161 1259 1.038
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 1395 2.197 1258 1.035
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 1395 2.314 1255 1.026
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 1395 2.393 1255 1.027
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 1395 2.484 1256 1.031
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 1395 2.586 1256 1.032
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 1395 2.697 1256 1.034
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403122110082987071 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403122110082987071.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403122110082987071.eigenfacs
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2403122110082987071.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
making animated gifs
11 models are in 2403122110082987071.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 1395 2.422 1222 1.203
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 1395 2.360 1247 1.181
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 1395 2.310 1259 1.134
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 1395 2.275 1264 1.088
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 1395 2.254 1262 1.049
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 1395 2.258 1255 1.056
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 1395 2.283 1248 1.094
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 1395 2.322 1236 1.143
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 1395 2.374 1221 1.196
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 1395 2.440 1191 1.213
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403122110082987071 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403122110082987071.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403122110082987071.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403122110082987071.eigenfacs
2403122110082987071.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403122110082987071.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403122110082987071.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403122110082987071.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403122110082987071.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 1395 2.433 1221 1.202
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 1395 2.369 1237 1.164
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 1395 2.318 1255 1.137
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 1395 2.280 1259 1.083
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 1395 2.257 1263 1.057
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 1395 2.255 1257 1.057
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 1395 2.277 1251 1.093
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 1395 2.313 1239 1.134
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 1395 2.364 1225 1.173
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 1395 2.427 1208 1.210
2403122110082987071.10.pdb
2403122110082987071.11.pdb
2403122110082987071.7.pdb
2403122110082987071.8.pdb
2403122110082987071.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m5.165s
user 1m4.964s
sys 0m0.172s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403122110082987071.Chkmod.res: No such file or directory
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elNémo
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